쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 중과세율을 적용하여 감면분 취득세를 산정하고 이를 기준으로 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부

[참조결정] 조심2015지1059 / 조심2018지0175 / 조심2014지0379

[주 문] OOO이 2018.7.18. 청구법인에게 한 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.1.26. OOO 소재 토지상에 신관연구동 건축물 11,967㎡(지하 1층∼지상 15층, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 증축하여 취득한 후, 지방세특례제한법 제78조 제4항에 따른 산업단지에서 산업용 건축물을 증축하려는 자가 취득하는 부동산으로 신고하여 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 일반세율과 지방세법 제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 산정한 취득세 등을 감면받고, 취득세 감면분 농어촌특별세 OOO원 등을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 이 건 건축물 중 기업부설연구소용으로 사용중인 8,038.34㎡(이하 “쟁점연구소”라 한다)를 본점 및 주사무소의 사업용 부동산에 해당하는 것으로 보아, 2018.7.18. 청구법인에게 쟁점연구소에 대하여 중과세율을 적용하여 감면분 취득세를 산정하고 이를 과세표준으로 하여 산출한 농어촌특별세에서 기 납부한 세액을 차감하여 산정한 농어촌특별세(취득세 감면분) OOO원을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 인사ㆍ기획, 재무, 주요 의사결정 등 본점 본연의 업무는 법인내 별도의 조직에서 이루어지고 있고, 쟁점연구소는 독립된 연구 공간, 설비 및 인력을 통해 오로지 연구개발만을 전담하고 있다. 수도권 과밀억제권역내 본점 사업용 부동산 취득에 대한 중과세는 1972년부터 대도시의 인구 및 산업의 집중을 억제하고 지역균형 발전을 도모하기 위해 입법되었는바, 기업부설연구소를 본점으로 보는 것은 그 취지에 비추어 타당하지 않다. 조세심판원은 “법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사ㆍ기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정과정, 다른 사무소 등과의 업무상 지휘감독체계 등을 종합하여 본점에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다”라고 하면서 본점은 “대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 경영 전략 등 법인의 전반적인 사업을 수행하는 곳”으로 결정하였다(조심 2015지1059, 2017.3.16. 등 다수, 같은 뜻임). 청구법인은 법인내 인사위원회와 부서별 사업본부, 경영관리본부 및 경영전략그룹 등을 두고 인사ㆍ생산ㆍ영업ㆍ구매ㆍ기획 및 재경 업무를 총괄하며, 이사회를 통하여 중요한 경영의사에 대한 결정을 하고 있다. 이에 반해 쟁점연구소는 독립된 연구 공간과 설비 및 인력을 통해 연구개발만을 전담하고 있어 본점에서 수행하는 업무와는 무관하다. 쟁점연구소의 연구인력이 생산ㆍ판매ㆍ영업 등 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하는 경우 기업부설연구소 인정이 취소될 수 있으므로, 연구인력들은 모두 연구개발활동만을 수행한다. 쟁점연구소는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법령에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 기업부설연구소로 인정받은 곳으로서 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의4 제1호, 같은 법 제14조의3 제1항 제7호에 따라 기업부설연구소 등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸할 수 없으며, 이를 위반하면 기업부설연구소 등의 인정을 취소할 수 있는 제재 내용이 함께 규정되어 있다. 따라서, 쟁점연구소의 구성인력 전부는 연구개발 활동만을 담당하며 생산ㆍ판매ㆍ영업 등 기업활동 관련 어떠한 업무도 겸해서 수행하지 않는바, 처분청이 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 중과된 취득세를 기준으로 감면 취득세를 산정하여 청구법인에게 농어촌특별세를 부과한 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제13조 제1항에 따르면 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우의 취득세율은 표준세율에 중과기준세율 100분의 200을 합한 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제25조에 의하면 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산이란 법인의 본점의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소 등은 제외)으로 되어 있다. 본점에 대한 유권해석을 보면 본점 부분이 신축ㆍ증축 등으로 중과세되는 경우에 연구소 부분은 지방세법 시행령 제26조에서 규정하는 대도시에 소재한 법인 중과세의 예외규정이 없으므로 지방세법 제13조 제1항에 따른 중과세대상이다(서울 세제-18743, 2017.12.28., 같은 뜻임). 사무동과 구분된 연구동이 취득세 중과대상인 본점이나 주사무소의 사업용 부동산과 그 부대시설인지 살펴보면, 설계할 당시부터 연구동ㆍ사무동으로 구획설계가 되었고, 연구동은 연구소로 사용하고 사무동은 본점으로 사용하며, 연구동과 사무동 간의 출입증을 별도로 관리하여 다른 동으로 출입이 통제된다고 할지라도 연구동이 지방세법 시행령 제25조에 규정하는 기숙사 등 후생복지시설에 해당하지 않고, 대외적인 거래와 직접적인 관련이 없는 내부업무만을 수행하는 곳이라면 취득세 중과대상인 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산과 그 부대시설용 부동산이다(서울세제-8071, 2018.6.20., 같은 뜻임). 또한, 지방세법 기본통칙 13-5에서 본점 이외의 장소에서 경리, 인사, 연구, 연수, 재산관리업무 등 대외적인 거래와 직접적인 관련이 없는 내부적 업무만을 처리하는 경우에는 본점으로 되어 있다. 따라서, 처분청이 쟁점연구소를 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산으로 보아 중과된 취득세를 기준으로 감면분 취득세를 산정하여 청구법인에게 농어촌특별세를 과세한 이 건 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 중과세율을 적용하여 감면분 취득세를 산정하고 이를 기준으로 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점연구소(8,038.34㎡)는 연구활동시설이나 연구활동 지원시설이라는 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) OOO은 2018.3.13.부터 2018.3.21.까지 처분청에 대한 지방세 지도점검을 수행한 결과 쟁점연구소를 본점으로 보아 취득세를 중과하도록 통보하였다. (나) 청구법인은 2018.5.31. 신고하여 2018.6.1. 쟁점연구소를 ‘기업부설연구소’로 승인받았고 해당 승인면적은 다음의 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 쟁점연구소에 대한 면적현황 (다) 과세예고 통지내역(2018.7.6.)의 주요 내용은 다음과 같다. 물건지: OOO 과세근거: 산업단지감면으로 취득세 100%를 면제받았으나, 기업부설연구소는 본점에 해당하는 것으로 보아 지방세법 제13조를 적용(중과)하고 100% 면제하여 취득세 등을 재계산하여 감면분 취득세의 20%인 농어촌특별세(OOO원, 가산세 포함)를 부과함 (라) 청구법인이 제출한 OOO 센터현황에 따르면 해당 센터의 총면적은 8,038.3㎡이고, 연구자재창고, 실험실, 종합연구소 사무실, 휴게실 및 도서실, 회의실 등으로 구성되어 있다. (마) OOO에 소재한 이 건 토지에는 두 동의 건물이 있는데 한 동은 본래 있었던 청구법인의 본사건물이고, 나머지 한 동은 증축한 쟁점연구소 건물이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조는 과밀억제권역에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외)을 취득하는 경우 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 법인의 본점용 부동산은 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용되고 있는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말하며, 이에 해당하는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사ㆍ기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정과정 및 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 판단하여야 한다(조심 2014지379, 2015.1.2. 외 다수, 같은 뜻임). (나) 처분청은 쟁점연구소가 본점 사업용 부동산이므로 중과된 취득세를 기준으로 감면분 취득세를 산정하고 이를 근거로 하여 농어촌특별세를 부과하여야 한다는 의견이나, 쟁점연구소가 실제 연구활동에 사용된 것에 대하여는 다툼이 없고 본점 건물은 해당 필지에 별도로 존재하므로 쟁점연구소를 본점이나 주사무소의 사업용 부동산이라 보기 어려운 점, 쟁점연구소는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법령에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로서 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조의4 제1호, 같은 법 제14조의3 제1항 제7호에서 기업부설연구소 등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하고 이를 위반하는 경우 기업부설연구소 등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있으므로 쟁점연구소는 연구개발활동만을 담당할 뿐 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점연구소는 기업부설연구소로서 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산으로 보기는 어려우므로(조심 2018지175, 2018.6.1., 같은 뜻임) 처분청이 쟁점연구소 부분에 대하여 중과세율을 적용하여 감면분 취득세를 산정하고 이를 기준으로 산출한 농어촌특별세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법 제78조【산업단지 등에 대한 감면】④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지 등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 나. 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

(2) 지방세법 제13조【과밀억제권역 안 취득 등 중과】 ① 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지·유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(3) 지방세법 시행령 제25조【본점 또는 주사무소의 사업용 부동산】법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

(4) 농어촌특별세법 제3조【납세의무자】 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조 제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자 (중략)

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것 제5조【과세표준과 세율】① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과세표준 세율 1 조세특례제한법ㆍ관세법ㆍ지방세법 및 ㆍ지방세특례제한법에 따라 감면을 받는 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액(제2호의 경우는 제외한다) 100분의 20

(5) 농어촌특별세법 시행령 제4조【비과세】⑥ 법 제4조 제12호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.

5. 지방세법 제9조 제2항, 지방세특례제한법 제13조 제2항 제1호의2, 제15조 제2항, 제16조 제1항, (중략), 제46조, (중략), 제76조 제1항, 제79조, 제80조, 제81조 제1항ㆍ제2항, 제83조 제1항ㆍ제2항, 제85조 제1항, 제85조의2, 제88조, 제89조 및 제90조 제1항에 따른 감면

(6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2【기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등】① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.

② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 과학기술정보통신부장관에게 인정을 신청하여야 한다.

③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소 등”이라 한다)가 소속된 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 신고하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소등의 인정 및 변경신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 과학기술정보통신부령으로 정한다. 제14조의3【기업부설연구소등의 인정취소】① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소 등 또는 기업부설연구소 등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.

1. 거짓 또는 그 밖의 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우

2. 기업부설연구소 등이 소속된 기업이 기업부설연구소등의 인정취소를 요청한 경우

3. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 폐업하거나 기업부설연구소등의 폐쇄 사실을 과학기술정보통신부장관이 확인한 경우

4. 제14조의2 제1항에 따른 인정기준에 미달되어 과학기술정보통신부장관이 그 보완을 명한 날부터 1개월이 지날 때까지 미달된 사항을 보완하지 아니한 경우

5. 제14조의2 제3항에 따른 변경신고를 변경사유가 발생한 날부터 1년 이내에 하지 아니한 경우

6. 기업부설연구소 등의 연구개발활동이 없다고 과학기술정보통신부장관이 인정한 경우

7. 기업부설연구소 등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우

8. 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제17조 등 다른 법률에 따라 기업부설연구소등의 연구개발활동이 제한된 경우

② 과학기술정보통신부장관은 제1항에 따라 기업부설연구소등의 인정을 취소하려는 경우에는 청문을 실시하여야 한다. 다만, 제1항 제2호 또는 제3호에 해당하는 경우에는 청문을 실시하지 아니할 수 있다.

③ 제1항 제1호에 따라 소속 기업부설연구소등의 인정이 취소된 기업은 취소된 날부터 1년이 지날 때까지 제14조의2 제2항에 따른 인정을 신청할 수 없다. 제14조의4【기업부설연구소등의 준수사항】기업부설연구소 등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.

1. 기업부설연구소 등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 중소기업기본법 제2조 제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소 등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)

2. 건축법에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것

3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항

(7) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조의2【기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준】① 법 제14조의2 제1항에서 “연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관”이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 과학기술정보통신부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설 연구기관: 5명 이상. 다만, 중소기업기본법 시행령 제8조제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설 연구기관은 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

2. 국외에 있는 기업부설 연구기관: 5명 이상

3. 제1호에도 불구하고 과학기술정보통신부령으로 정하는 과학기술 분야 연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설 연구기관: 2명 이상

4. 중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 중견기업으로서 직전 3개 사업연도의 평균매출액(사업연도가 1개인 경우에는 해당 사업연도의 매출액으로, 2개인 경우에는 2개 사업연도의 평균매출액으로 하고, 사업기간이 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산하여 계산한다)이 5천억원 미만인 중견기업이 설립한 기업부설 연구기관: 7명 이상

5. 그 밖의 기업부설 연구기관: 10명 이상

② 법 제14조의2 제1항에서 “연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업의 연구개발부서”란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업의 연구개발부서를 말한다.

③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 기업부설 연구기관 및 기업의 연구개발부서가 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 과학기술정보통신부령으로 정한다.