[참조결정] 조심2016지0942
[주 문] OOO이 2018.2.8., 2018.12.13. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2013.9.30. OOO와 OOO 79,716.2㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 OOO원에 취득하고 2013.11.1. 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부한 후 2016.6.30. 당초 취득세 신고시 누락된 취득가액 OOO원(상하수도건설비)에 대하여 추가적으로 취득세 등 OOO원(가산세 포함)을 수정신고ㆍ납부하였다.
- 나. 청구법인은 2015.7.30. 이 건 토지에 집단에너지시설 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 착공하고 2017.11.20. 임시사용승인을 받은 후 해당 토지는 지방세특례제한법 제78조 제4항에 해당하므로 2017.12.12. 기납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를, 2018.10.17. 동일한 사유로 이 건 가산세에 대한 경정청구를 각각 제기하였으나, 처분청은 2018.2.8., 2018.12.13. 이를 거부하였다.
- 다. 청구법인은 2018.2.8. 경정청구 거부처분에 불복하여 2018.5.4. 이의신청을 제기하였으나 처분청은 2018.6.27. 기각결정하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.27. 심판청구를, 2018.12.13. 경정청구 거부처분에 불복하여 2019.1.9. 심판청구를 각각 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인이 3년의 유예기간 내에 이 건 토지에서 OOO 건설을 착공하고 결과적으로 해당 부지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용한 이상 “정당한 사유”는 인정되어야 한다. 취득세의 추징사유인 ‘정당한 사유’의 의미 및 판단 기준에 대하여 대법원은 “정당한 사유란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나, 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다”는 기준을 제시하고 있다(대법원 1996.1.26. 선고 95누13104 판결, 대법원 2011.4.10. 선고 99두9780 판결, 같은 뜻임). 이와 관련하여, 조세심판원은 “유예기간 내에 산업용 건축물의 건축공사에 착공하여 정상적으로 건축물을 완공하고, 그 건축물을 산업용으로 사용하였다면 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것”이라는 기준을 제시하면서, 2013.1.18. 공장용 건축물 등의 신축을 위한 부지를 취득하고 3년 이내인 2015.8.7. 건축공사에 착공한 후 지속적으로 공사를 실시하여 2016.3.3. 건축물의 사용승인을 받은 사안에서 ‘정당한 사유’를 인정한 바 있다(조심 2016지942, 2016.12.22., 같은 뜻임). 청구법인은 2013.9.30. 이 건 토지를 취득하여 그로부터 3년 이내인 2015.7.29. OOO 건설공사에 착공하였고, 이후에 지속적으로 공사를 실시하여 2017.11.20. 임시사용승인을 받아 정상적으로 OOO를 완공하고 해당 건물을 산업용 건축물의 용도로 사용하고 있는바, 위 조세심판원 심판례에 비추어 “정당한 사유”가 인정되어야 함은 명백하다. 그리고, OOO 주식회사의 의견서 및 다른 OOO 등 공사기간 사례 등에 비추어 보면 이 건 발전소 공사기간(28개월)은 통상의 공사기간이거나 통상의 공사기간보다 단축되었고, 다른 환경영향평가 등의 사례에 비추어 보면 이 건 발전소는 환경영향평가서 초안제출부터 환경영향평가의 완료까지 9개월 정도 소요되었는바 이는 통상적인 기간이거나 통상적인 기간보다 오히려 단축되었음을 알 수 있다. 결국, 청구법인은 이 건 토지에서 OOO를 착공하고 최종적으로 해당 부지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하였고, 유예기간 3년을 경과한 것에 대하여는 그 정당한 사유가 있으므로 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
- 나. 처분청 의견 건축물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합해 볼 때, 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세, 등록세의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 당해 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다(대법원 2008.5.29. 선고, 2008두3319 판결, 같은 뜻임). 청구법인이 이 건 토지에 집단에너지공급시설용 건축물을 신축하기 위해 관련 법령에서 규정된 적법절차 이행으로 상당한 기간이 소요된 것과, 이로 인해 취득일로부터 3년이 경과하도록 이 건 토지를 해당 용도로 사용하지 못한 사실은 당사자 간 모두 인정하고 있으나, 집단에너지공급시설용 건축물을 비롯하여 일반적인 건축 사업은 그 규모나 면적에 따라 반드시 이행해야 하는 각종 절차와 기준, 기간 등이 해당 법령에 명시되어 있고, 사업시행자는 사업추진을 위한 기본 및 실시계획 설계를 통하여 사업단계별 공사 소요기간, 자금집행 등 일정을 계획․조정하여 사업을 수행한다고 할 것이므로 청구법인도 스스로의 주장과 같이 법적으로 이행해야 하는 의무절차가 환경영향평가법, 건축법 등에 명시되어 있었으므로 관련된 법적 의무이행 절차를 알았거나 충분히 알 수 있어, 이 건 토지를 취득한 이후 3년 이내에 해당 용도에 직접 사용될 수 있도록 사업추진 일정과 소요기간 등을 미리 고려하여 사업을 계획하고 추진할 수 있었다고 볼 수 있다. 청구법인이 환경영향평가에 상당한 기간이 소요됨을 알고 이 건 토지를 취득하기에 앞서 2012.12.28. OOO 환경영향평가를 위해 계약을 체결(계약기간 약 18개월)하여 평가를 시작였으나, 환경영향평가 대상을 지식경제부로부터 변경허가[2010.10.14. 기허가대상OOO 구역 추가]받은 전체 면적이 아닌 신규 추가사업 대상인 OOO에 대하여만 실시함으로써, 2014.1.15. 환경부와의 협의시 종전 허가면적인 OOO지사를 포함하여 환경영향평가 처음 절차인 준비서 단계부터 시작하여야만 하는 상황으로, 이후의 건축허가, 착공, 사용승인 등의 사업추진 단계가 지연되었는바, 이는 청구법인이 환경영향평가 법령 및 관련규정 등에 대한 면밀한 검토가 필요했었던 사항으로서 청구법인의 내부적인 요인이다. 따라서 이와 같은 문제점 등으로 인해 청구법인이 이 건 토지를 취득한 이후 3년이 경과하도록 해당 사업에 직접 사용하지 못한 이상 정당한 사유가 있으므로 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 또한, OOO(이하 “OOO”라 한다)가 청구법인에게 발송한 시행문과 매매계약서 따르면 2013.9.30.을 계약보증금 납부일로, 2014.3.29.을 잔금일로 하여 취득의 시기를 조정할 수 있는 사실이 확인되는바, 청구법인은 환경영향평가 및 OOO 공사기간에 상당한 기간이 소요됨을 알고 이 건 토지를 취득하기에 앞서서 OOO와 청구법인 간에 체결된 계약일정상 잔금일은 2014.3.29.로 할 수 있었음이 확인됨에도 2013.9.30. 이 건 토지의 매매잔금을 납부하고, 감면을 적용하지 아니하고 이 건 취득세 등을 신고․납부하였으므로 청구법인이 이 건 토지를 취득한 이후 3년이 경과하도록 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장은 이유없다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이 건 토지를 취득일부터 3년 이내에 산업용 건축물 등의 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유 여부
- 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인이 이 건 토지에 집단에너지사업법 제2조 제6호에 따른 집단에너지공급시설용 건축물(이 건 건축물)을 착공하여 완공하였고 이를 직접 사용하고 있는 것에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 이 건 토지에 산업용 건축물(집단에너지공급시설용 건축물)을 신축하였고, 건축경과는 다음과 같다. (나) 청구법인이 2010.10.14. 지식경제부장관으로부터 변경허가를 받은 집단에너지사업 주요내용은 다음과 같다. (다) 청구법인은 2012.12.28. OOO 집단에너지시설 환경영향평가에 대하여 체결한 용역계약의 주요 내용은 다음과 같다. (라) 청구법인은 2013.9.30. 이 건 토지를 취득하고 2013.11.29. OOO 집단에너지시설에 대한 설계용역계약을 체결하였는바, 해당 용역계약의 주요내용은 다음과 같다. (마) 청구법인은 2014.1.15. 환경부에 방문하여 OOO 집단에너지시설 환경영향평가에 대해 다음과 같이 협의하였다. (바) 청구법인은 2014.7.1. 신규사업대상인 OOO에 대해서만 실시하기로 한 당초의 환경영향평가를 OOO까지 평가범위에 포함하여 환경영향평가서를 재작성하는 내용으로 해당 계약을 변경하였는바, 계약기간은 당초 기간(2012.12.28.∼2014.7.1.)보다 14개월(2012.12.28.∼2015.9.1.) 연장되었고 해당 계약금액도 OOO원에서 OOO원으로 OOO원을 증액되었다. (사) 이 건 건축물(OOO 집단에너지시설)의 설계 및 공사와 관련한 계약체결 통보내역은 다음의 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 이 건 건축물 설계 및 공사관련 계약내역표 (아) 집단에너지공급시설 공사계획승인(2015.6.18.)에 의하면 산업통상자원부장관은 2015.6.18. 청구법인의 OOO 집단에너지시설 공사계획(CHP, 축열조, 순환펌프, 소내배관 등 설치공사) 승인신청서를 검토하고 이를 승인하였다. (자) 처분청은 2015.7.30. 청구법인에게 이 건 건축물(주용도: 발전시설, 대지면적: 79,716㎡)의 신축공사 착공신고필증을 교부하였다. (차) 건축허가알림(2015.7.28.)에 따르면 처분청은 2015.7.28. 청구법인의 이 건 건축물에 대한 건축(신축)허가를 승인하였는바, 해당 건축허가내용을 보면 이 건 건축물은 지역난방설비동, 가스터빈동, 스팀터빈동, HRSG동, 냉각펌프동, 종합관리동 등으로 구성되어 있다. (카) 처분청은 2017.11.20. 이 건 건축물에 대하여 임시사용승인을 처리하였다. (타) 이의신청결정서(2018.6.27.)의 주요 내용은 다음과 같다. (파) 집단에너지시설 건설공사기간 검토의견서(2019.9.18.)에서 집단에너지시설 건설관련 평균공사기간은 32개월(주 52시간을 반영할 경우에는 34개월)이고, 환경영향평가 소요기간 및 타발전소사례(2019.9.23.)를 보면 유사사례의 환경영향평가기간은 10개월에서 15개월 정도이며, 이 건 건축물의 경우 9개월 소요된 것으로 나타난다. (하) 이 건 토지의 매매계약서(2013.9.30. 계약)에 따르면 해당 토지의 매매잔금일은 2014.3.29.로 되어 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법 제78조 제4항에서 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산 등에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. 지방세특례제한법 시행령 제29조 제2호에서 집단에너지사업법 제2조 제6호에 따른 집단에너지공급시설용 건축물은 산업용 건축물 등의 범위에 포함하도록 규정하고 있다. (나) 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령․사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 납세자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결, 같은 뜻임). (다) 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득한 이후 3년이 경과하도록 해당 사업에 직접 사용하지 못하였고 여기에는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 보아 취득세 등의 환급을 구하는 이 건 경정청구를 거부하였으나, 청구법인은 비록 관계 법령에서 규정하는 유예기간(3년) 내에 이 건 토지를 해당 사업에 직접 사용하지는 못하였으나, 유예기간 이내 발전소 주기기(터빈) 구매계약체결(2014.8.11.) 및 환경영향평가(2015.5.27. 완료, 약 9개월 소요) 등을 거쳐 이 건 건축물을 착공(2015.7.28. 착공신고)하여 건설공사(28개월)를 진행하는 등 진지한 노력을 꾸준히 기울여서 해당 건축물을 최종적으로 취득하고 이를 해당 사업에 직접 사용하고 있는 점, 환경부와의 환경영향평가 진행(2014.1.15.)과정을 살펴보면 당초 환경영향평가의 대상은 OOO지역으로만 하였다가 소관부처인 환경부의 요청을 수용하여 OOO지역까지 포함하게 됨에 따라 지체없이 이를 반영한 환경영향평가 준비서를 제출(2014.1.24.)하는 등 공사지연을 최소화하려는 노력을 기울인 것이 확인되는 점, 청구법인이 제출한 사례 등에 따르면 이 건 환경영향평가기간과 OOO 건설공사기간은 유사한 시설의 통상적인 환경영향평가기간이나 건설공사기간 이내로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 토지를 취득하고 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에 따른 유예기간(3년) 내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 이 건 토지에 대하여 취득세 등(가산세 포함)의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법 제78조[산업단지 등에 대한 감면] ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지 등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1. 대상 지역
- 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
- 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
- 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지
2. 감면 내용
- 가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. (중략)
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
(2) 지방세특례제한법 시행령 제29조[산업용 건축물 등의 범위] 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.
2. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제6조 제5항에 따른 폐기물 수집운반ㆍ처리 및 원료재생업, 폐수처리업, 창고업, 화물터미널 또는 그 밖에 물류시설을 설치 및 운영하는 사업, 운송업(여객운송업은 제외한다), 산업용기계장비임대업, 전기업 및 농공단지에 입주하는 지역특화산업용 건축물, 도시가스사업법 제2조제5호에 따른 가스공급시설용 건축물 및 집단에너지사업법 제2조 제6호에 따른 집단에너지공급시설용 건축물 제38조[산업용 건축물 등의 범위] 법 제78조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.
(3) 집단에너지사업법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. “공급시설”이란 집단에너지의 생산·수송 또는 분배를 위한 시설로서 사업자의 관리에 속하는 시설을 말한다.
(4) 환경영향평가법 제34조[사전공사의 금지 등] ① 사업자는 제27조부터 제29조까지 및 제31조부터 제33조까지의 규정에 따른 협의ㆍ재협의 또는 변경협의의 절차가 끝나기 전에 환경영향평가 대상사업의 공사를 하여서는 아니 된다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공사의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 제27조부터 제31조까지의 규정에 따른 협의를 거쳐 승인등을 받은 지역으로서 재협의나 변경협의의 대상에 포함되지 아니한 지역에서 시행되는 공사
2. 전략환경영향평가를 거쳐 그 입지가 결정된 사업에 관한 공사로서 환경부령으로 정하는 경미한 사항에 대한 공사