[참조결정] 조심2018지3200
[주 문] 인천광역시 연수구청장이 2018.1.11. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분 및 2018.7.23. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 지방세법 제15조 제1항 제1호의 세율을 적용하여 그 세액을 각각 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2009.4.1. 연구개발사업, 기술시험, 검사 및 분석업 등을 목적사업으로 하여 설립되어 2009.5.7. 외국인투자기업으로 등록된 법인으로, 2012.4.16. 및 2013.5.15. 인천경제자유구역청장으로부터 인천광역시 연수구 OOO 토지 28,722.4㎡(이하 “OOO 토지”라 한다), 같은 동 OOO 토지 18,604.5㎡(이하 “OOO 토지”라 한다), 같은 동 OOO 토지 37,052.9㎡(이하 “OOO 토지”라 하고, OOO 토지 및 OOO2 토지와 합하여 이하 “이 건 토지”라 한다)를 다음 ＜표1＞과 같이 취득(매매)한 후, 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정되기 전의 것) 제46조에 따른 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 전액 감면받았다. ＜표1＞ 토지 취득내역 (단위: 원)
- 나. 이후 청구법인은 인천경제자유구역청장의 환매권 행사로 2014.4.8. OOO 토지를, 2015.11.17. OOO 토지 및 OOO 토지를 각 인천경제자유구역청장에게 환매한 후, 당초 감면받은 취득세 등을 자진신고하면서, 이 건 토지 중 OOO 토지에 대하여는 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제121조의2 제1항 제1호 등에 따라 외국인투자기업이 기획재정부에 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산으로 재차 감면신청을 하여 외국인투자비율(4.68%)에 해당하는 토지의 취득가액 OOO원에 대한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 감면받고, 위와 같이 감면받은 토지를 제외한 나머지 토지의 취득가액 OOO원에 대한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
- 다. 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 기획재정부에 신고한 외국인투자기업 감면대상 사업인 “Bio분야 연구개발”과 관련한 시설을 설치하거나 영위하지 않고 이를 매각하였으므로 외국인투자기업이 기획재정부에 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 해당하지 아니하는 것으로 보아 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 등에 따른 외국인투자기업에 대한 취득세 등 감면을 배제하여 2018.1.11. 청구법인에게 기감면한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(무신고가산세 및 납부불성실가산세를 포함)을 부과·고지하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.4.9. 이의신청을 거쳐 2018.9.20. 심판청구를 제기하였다(조심 2018지2253).
- 마. 청구법인은 기업부설연구소용으로 사용하기 위하여 단계적으로 건축을 진행하던 중 외부 사정으로 이 건 토지를 환매하였으므로 기업부설연구소용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하며 2018.6.13. 기 신고·납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2018.7.23. 이를 거부하였다.
- 바. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.19. 심판청구를 제기하였다(조심 2018지3200).
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2009.4.1. 인천경제자유구역 송도국제도시 내 첨단의료복합단지 조성사업을 위하여 길의료재단, 인천도시공사 및 OOO의 합작투자로 설립된 외국인투자기업으로, 인천경제자유구역청장으로부터 인천경제자유구역 송도국제도시 5공구에 사업부지 205,793㎡(이 건 토지 포함)를 공급받아 2009년부터 2030년까지 단계적으로 첨단의료복합단지 조성사업을 진행하고 있으나, 개발사업 진행 과정에서 글로벌 경기침체와 경기불황, 길재단의 투자지연, 인천도시공사의 출자지분에 대한 매수요청 등 외부적 요인으로 인해 이 건 토지에 대한 매매계약 당시의 개발조건인 “계약일로부터 1년 이내 착공 및 착공일로부터 2년 이내 준공”하는 조건의 충족이 현실적으로 불가능해졌고, 이에 인천경제자유구역청장은 이 건 토지에 대한 매매계약을 해제하고 매각대금보다 낮은 가격으로 이 건 토지를 환수하였다.
(2) 처분청은 이 건 토지를 환매하여 기업부설연구소용으로 직접 사용하지 아니하였다 하여 경정청구를 거부하였으나, 청구법인이 건축계획에 따른 경관심의, 건축허가, 착공 및 건설 등 순차적으로 사업을 진행하던 중 위와 같은 외부적인 요인으로 사업진행이 지연되었고, 그럼에도 개발사업을 중단하거나 포기하지 않고 있었으나 인천경제자유구역청장은 청구법인이 당초 계획대로 개발사업을 진행하지 못할 것으로 판단하여 이 건 토지를 매각대금보다 낮은 가격으로 환매하였고, 취득가액보다 낮은 가격으로 환매한 경우는 지방세특례제한법 제46조에 따른 기업부설연구소 감면의 추징사유에서 제외되는 정당한 사유에 해당한다 할 것이다.
(3) 처분청은 이 건 토지가 외국인투자기업이 기획재정부에 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 해당하지 아니하는 것으로 보아 취득세 등 감면을 배제하였으나, 청구법인은 기획재정부에 신고한 “Bio분야 연구개발” 사업을 영위하기 위하여 이 건 토지를 취득하였으므로 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 등에 따른 취득세 등 감면대상에 해당하고, 개발사업을 시작할 당시부터 현재까지 4.68%의 외국인투자비율을 유지하면서 사업을 영위하고 있는바, 조세특례제한법제121조의5 제3항에 열거된 추징사유에 해당하지 아니하므로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
(4) 지방세법제15조 제1항 제1호에 따르면 “환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간 내에 매도자가 환매한 경우의 그 매도자와 매수자의 취득”의 경우 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하도록 규정하고 있는바, 이 건 토지는 환매등기를 병행한 부동산으로서 취득세에서 중과기준세율을 차감한 세율을 적용하여야 하므로 당초 신고·납부한 세액 중 중과기준세율 차감분에 해당하는 OOO원은 과다납부한 세액으로서 환급되어야 한다.
(1) 인천경제자유구역청장은 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 공급조건(계약일로부터 1년 이내 착공 및 착공일로부터 2년 이내 준공)을 미이행함에 따라 이 건 토지에 대한 환매권을 행사하였고, 청구법인은 이 건 토지를 외국인투자사업으로 신고한 감면대상 사업용 또는 기업부설연구소용으로 사용하지 않고 나대지 상태로 방치한 상태에서 이를 인천경제자유구역청장에게 매각(환매)하게 되었다.
(2) 기업의 과학기술연구를 장려하여 고도의 기술혁신을 이룩하려는 이 건 법률조항의 입법취지를 실현하기 위해서는 기업부설연구소의 설치가 필수적인 점 등에 비추어 보면, 이 건 시행령 조항은 이 건 법률조항 본문에 따라 취득세 등이 면제되기 위한 사후적 요건으로서의 기업부설연구소 설치와 그 인적·물적 시설기준 등을 정한 것으로 봄이 타당(대법원 2013.11.28. 선고 2011두27551 판결, 같은 뜻임)한 것으로서, 이 건 토지가 지방세특례제한법제46조 제1항에 따라 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 취득세 등이 감면된 후 감면의 사후적 요건을 명시하고 있는 같은 법 시행령 제23조 제1항에 따라 토지를 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에서 정한 기준을 갖춘 기업부설연구소를 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 경우에 한하여 감면의 적용을 받을 수 있고, 청구법인과 같이 기업부설연구소를 설치하지 않은 나대지 상태에서 매각한 경우 감면대상에 해당하지 아니한다 할 것이다. 또한, 청구법인이 주장하는 부동산 경기침체, 일부 출자법인의 투자 지연, 수익용 부동산의 분양률 저조 등의 외부적 사정으로 토지매매계약 당시의 조건이 이행되지 않아 취득 후 약 2년을 전후하여 인천경제자유구역청장이 환매하였다는 사유는 청구법인의 내부적 사정으로 그 귀책사유는 청구법인에게 있다 할 것이지 취득세 등 추징이 배제되는 정당한 사유에 해당하지도 아니한다 할 것이다.
(3) 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득한 부동산 등에 대하여 취득세 등이 감면되는 것은 감면의 사후적 요건을 명시하고 있는 조세특례제한법 시행령제116조의2 제1항에 따라 “고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(사업장)을 설치 또는 운영하는 경우”에 한하여 감면이 적용되는 것으로서, 이 건 토지를 취득한 후 신고한 사업을 영위하기 위한 사업장을 설치하지도 아니한 채 이를 나대지 상태로 매각한 경우까지 신고한 사업에 사용한 경우라 볼 수는 없다 할 것이고, 청구법인이 매매계약상의 조건을 미이행함에 따라 인천경제자유구역청장이 환매권을 행사하게 되었는바 이 건 토지에서 신고한 사업을 영위하지 못한 귀책사유 역시 청구법인에게 있다고 할 수 있으므로 이 건 토지를 조세특례제한법제121조의2 제1항 등에 의한 외국인투자기업에 대한 취득세 등 감면대상이 아닌 일반과세대상으로 보아 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 없다.
(4) 이 건 토지가 지방세법 제15조 제1항 제1호에 따른 특례세율 적용대상에 해당한다는 점에는 이견이 없다.
3. 심리 및 판단
① 이 건 토지를 환매하여 유예기간 내에 기업부설연구소용으로 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는지 여부
② 외국인투자기업 감면대상에 해당 여부
③ 환매조건부 매매계약에 따라 취득한 이 건 토지에 대하여 특례세율을 적용하여 달라는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2009.4.1. 연구개발사업, 기술시험, 검사 및 분석업 등을 목적사업으로 하고, 인천경제자유구역 송도국제도시 5공구내 의료산업의 연구, 임상, 사업화의 프로세스를 포괄적으로 제공하는 글로벌 바이오단지를 조성하여 동아시아의 대표적인 OOO를 구축하고자 의료법인 OOO의료재단, OOO Pte Ltd 및 인천광역시 도시개발공사가 합작하여 설립된 법인이다. (나) 청구법인은 2009.5.7. 대한무역투자진흥공사에 외국인투자기업으로 등록(등록번호 제30027호)하면서 외국투자가를 싱가포르 국적의 “OOO Pte Ltd.”로, 신고(허가)된 사업을 “의학 및 약학 연구개발업(KSIC 70113) 등”으로, 외국인 투자금액 및 투자비율을 “OOO원(USD OOO 상당, 4.68%)”으로 하여 등록하였고(외국인투자기업등록증명서 등록번호 제30027호, 2009.5.7.), 조세감면결정통보(대외경제총괄과-3299, 2009.12.21.)에 따르면, 기획재정부장관은 2009.12.21. 청구법인에게 외국인투자신고내용을 외국투자가인 OOO Pte Ltd.(싱가포르)가 “Bio 분야 연구개발” 사업을 영위하고자 현금 OOO원(USD OOO 상당), 4.68%를 투자하는 것으로 하고, 조세감면 대상 사업·기술을 “고도기술 수반산업 및 산업지원 서비스업을 위한 연구개발 활동을 수행하기 위하여 연구시설을 새로이 설치하거나 증설하는 경우”로 하여 조세특례제한법제121조의2 제4항 및 제5항의 규정에 따라 취득세·등록세·재산세를 감면하는 것으로 조세감면 결정한 것으로 나타난다. (다) 인천경제자유구역청장과 청구법인이 2009년 11월에 체결한 OOO Complex 조성사업 기본협약서 등에 따르면, 인천경제자유구역청장은 청구법인이 송도국제도시 5공구내 의료산업의 연구, 임상, 사업화의 프로세스를 포괄적으로 제공하는 글로벌 바이오단지를 조성할 수 있도록 인천광역시 연수구 OOO 토지 205,793.3㎡를 공급하고, 청구법인은 인천경제자유구역청장의 정책에 부합되도록 개발을 추진하고 글로벌바이오연구단지를 조성하며, 2010년 8월부터 단계적으로 사업을 진행하여 2013년 12월에 준공하기로 약정한 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 2010.7.6. 및 2011.5.15. 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하면서, ① 청구법인은 매매계약일로부터 5년내에 이 건 토지를 본 건 사업 이외의 목적으로 근저당 설정 등의 담보로 제공하거나 제3자에게 매각할 수 없고, 토지 소유권을 이전받은 날로부터 5년 동안 외국인투자촉진법령에 따른 외국인투자기업으로 존속되어야 하며, 청구법인이 이러한 의무를 위반하는 경우에는 인천경제자유구역청장이 청구법인에게 본 계약상의 매매대금에서 계약금을 공제한 금원을 지급함과 동시에 환매특약에 따라 청구법인은 이 건 토지의 소유권을 인천경제자유구역청장에게 이전하고 이 건 토지를 명도하여야 한다고 약정하였고, ② 청구법인은 계약 체결일로부터 1년 이내에 건축물 등을 착공하여 동 시설물 착공일부터 2년 이내에 준공하기로 하고, 본 건축시설의 건축일정에 따라 건축물 등이 착공 및 준공되지 아니하는 등(부득이한 사유 발생시 준공 시기의 연장은 가능)의 사유가 발생할 경우 본 계약은 자동적으로 해제하기로 약정하였으며, 청구법인은 이에 따라 이 건 토지에 대한 소유권이전등기를 하면서 부동산등기부에 등기원인을 “환매특약부 매매”로 하여 환매특약 등기한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 2012.4.16. 및 2013.5.15. 인천경제자유구역청장으로부터 이 건 토지를 다음 ＜표2＞와 같이 취득(매매)하였고, 취득세 등을 신고하면서 지방세특례제한법 제46조에 따른 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 전액 감면받았다. ＜표2＞ 토지 취득내역 (단위: 원) (바) 이후 청구법인은 인천경제자유구역청장의 환매권 행사로 2014.4.8. 인천광역시 연수구 송도동 206 토지를, 2015.11.17. 같은 동 204 토지 및 같은 동 205 토지를 다음 ＜표3＞과 같이 각 인천경제자유구역청장에게 환매한 후, 당초 감면받은 취득세 등을 자진신고하면서,
1. 2014.5.23. 이 건 토지 중 송도동 206 토지에 대하여는 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 등에 따라 외국인투자기업이 기획재정부에 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산으로 재차 감면신청을 하여 그 취득가액을 과세표준으로 하고 지방세법 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(4%) 등을 적용하여 산출한 취득세 등 중 외국인투자비율(4.68%) 상당의 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 감면받고, 나머지 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였고,
2. 2015.12.4. OOO 및 OOO 토지에 대하여 그 취득가액을 과세표준으로 하고 지방세법 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(4%) 등을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다. ＜표3＞ 이 건 토지에 대한 환매내역 (단위: 원) (사) 청구법인은 기업부설연구소용으로 사용하기 위하여 단계적으로 건축을 진행하던 중 외부 사정으로 이 건 토지를 환매하였으므로 기업부설연구소용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하며 2018.6.13. 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2018.7.23. 이를 거부하였다. (아) 처분청은 청구법인이 OOO 토지를 취득한 후 기획재정부에 신고한 외국인투자기업 감면대상 사업인 “Bio분야 연구개발”과 관련한 시설을 설치하거나 영위하지 않고 이를 매각하였으므로 외국인투자기업이 기획재정부에 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 해당하지 아니하는 것으로 보아 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 등에 따른 외국인투자기업에 대한 취득세 등 감면을 배제하여 2018.1.11. 청구법인에게 기감면한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(무신고가산세 및 납부불성실가산세를 포함)을 부과·고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제46조에 따르면 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(건축물 바닥면적의 7배 이내의 부속토지를 포함)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제23조 제1항은 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다. 또한, 조세특례제한법 제121조의2 제4항 각 호 외의 부분 본문에서 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다고 규정하고, 그 제1호에서 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(감면대상세액)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제116조의2 제1항에서 법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세·소득세·취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 기획재정부장관이 연 1회 이상 외국인투자촉진법 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 산업지원서비스업 또는 고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업분류상의 제조업외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영하는 경우로 한다고 규정하고 있다. (나) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 부동산 경기침체, 일부 출자법인의 투자 지연, 수익용 부동산의 분양률 저조 등의 외부적 사정으로 이 건 토지를 기업부설연구소용에 사용하지 못하고 인천경제자유구역청장에게 환매하였으므로 취득세 등 추징이 배제되는 정당한 사유가 있다고 주장하나, 지방세특례제한법제46조에 따라 취득세 등이 감면되는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이란 같은 법 시행령 제23조 제1항에 따라 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말하는 것으로서, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소를 설치하지 아니한 채 나대지 상태로 매각하여 당초부터 위 조항에 따른 취득세 등 감면대상에 해당하지 아니한다 할 것이고, 지방세 감면 이후 추징이 배제되는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 그 법인의 내부적인 사유의 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실 없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다고 할 것인바(대법원 1995.11.10. 선고 95누7482 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 주장하는 부동산 경기침체, 일부 출자법인의 투자 지연, 수익용 부동산의 분양률 저조 등의 외부적 사정으로 토지매매계약 당시의 조건이 이행되지 않아 기업부설연구소용에 직접 사용하지 못하고 인천경제자유구역청장이 환매하였다는 사유 등은 청구법인의 내부적 사정에 불과하여 취득세 등 추징이 배제되는 정당한 사유에도 해당하지 아니한다 할 것이다. 따라서 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니하고 매각하였다고 보아 취득세 등 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (다) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 계속하여 외국인투자비율을 유지하면서 사업을 영위하고 있으므로 조세특례제한법제121조의5 제3항에 따른 취득세 등 추징대상에 해당하지 아니하다고 주장하나, 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득한 부동산 등에 대하여 취득세 등이 감면되는 것은 감면의 사후적 요건을 명시하고 있는 조세특례제한법 시행령제116조의2 제1항에 따라 “고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(사업장)을 설치 또는 운영하는 경우”에 한하여 감면이 적용되는 것으로서, 이 건 토지를 취득한 후 신고한 사업을 영위하기 위한 사업장을 설치하지도 아니한 채 이를 나대지 상태로 매각한 경우까지 신고한 사업에 사용한 경우라 볼 수는 없다 할 것이므로, 청구법인이 고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설을 설치 또는 운영하는 경우에 해당하지 아니하여 취득세 등 면제대상에 해당하지 아니한다고 보아 취득세 등을 부과한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (라) 다만, 지방세법 제15조 제1항 제1호에서 “환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간 내에 매도자가 환매한 경우의 그 매도자와 매수자의 취득”에 대하여 특례세율을 적용하도록 규정하고 있고, 청구법인은 환매등기를 병행하여 이 건 토지를 취득한 후 환매기간 내에 이를 매도자에게 환매하였는바, 이 건 토지의 취득에 대하여 위 환매특례세율을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
7. 그 밖의 원인으로 인한 취득
- 가. 농지: 1천분의 30
- 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.
1. 환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간 내에 매도자가 환매한 경우의 그 매도자와 매수자의 취득
(2) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정되기 전의 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
(3) 지방세특례제한법 시행령(2014.1.1. 대통령령 제25060호로 일부개정되기 전의 것) 제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다.
(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정되기 전의 것) 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 외국인투자 촉진법 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업
- 가. 산업지원서비스업: 부가가치가 높고 제조업지원 등 다른 산업의 발전을 지원하는 효과가 큰 서비스업
- 나. 고도의 기술을 수반하는 사업: 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업
2. 외국인투자촉진법 제18조 제1항 제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제121조의8 제1항 또는 제121조의9 제1항 제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의·의결을 거치는 사업
- 가. 제2호의2의 사업인 경우 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제25조에 따른 경제자유구역위원회
- 나. 제121조의8 제1항의 사업인 경우 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제7조에 따른 제주특별자치도지원위원회
- 다. 제121조의9 제1항 제1호의 사업인 경우 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제226조에 따른 제주국제자유도시종합계획심의회 2의2. 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업
④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 지방세특례제한법 제4조에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간에 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제1호 및 제2호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다.
1. 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.
⑤ 외국인투자기업이 사업개시일 전에 제1항 각 호의 사업에 사용할 목적으로 취득·보유하는 재산이 있는 경우에는 제4항에도 불구하고 그 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대하여 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 그 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 지방세특례제한법 제4조에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간의 범위에서 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제2호 및 제3호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다.
1. 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 날 이후에 취득하는 재산에 대한 취득세는 감면대상세액의 전액을 감면
2. 재산세는 해당 재산을 취득한 날부터 5년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 재산세는 그 재산을 취득한 날부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.
⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다.
⑦ 외국인(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제1호에 따른 "외국인"을 말한다), 외국투자가 또는 외국인투자기업은 외국인투자촉진법 제5조 제1항에 따른 신고를 하기 전에 하려는 사업이 제1항에 따른 감면대상에 해당하는지 확인하여 줄 것을 기획재정부장관에게 신청할 수 있다.
⑧ 기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 주무부장관과 협의하여 그 감면·감면내용변경·감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에 따른 취득세 및 재산세의 감면에 대해서는 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다. 제121조의5(외국인투자에 대한 감면세액의 추징 등) ③ 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의2 제4항·제5항 및 제12항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 이 경우 제1호에 해당하는 경우에는 그 미달된 비율에 상응하는 금액에 해당하는 세액을 추징한다.
1. 제121조의2 제5항 및 제12항에 따라 조세가 감면된 후 외국투자가의 주식등의 비율이 감면 당시의 주식등의 비율에 미달하게 된 경우
2. 제121조의2제4항 및 제12항에 따라 조세가 감면된 후 외국투자가가 이 법에 따라 소유하는 주식등을 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에 양도하는 경우
3. 외국인투자 촉진법에 따라 등록이 말소된 경우
4. 해당 외국인투자기업이 폐업하는 경우
5. 제121조의2 제1항 제1호 외의 사업을 하는 외국인투자기업이 외국인투자신고 후 5년(고용 관련 조세감면기준은 3년)이내에 출자목적물의 납입 및 외국인투자 촉진법 제2조 제1항 제4호 나목에 따른 장기차관의 도입 또는 고용인원이 제121조의2 제1항에 따른 조세감면기준에 미달하는 경우
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 추징할 세액의 범위, 여러 추징사유에 해당하는 경우의 적용방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(5) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부개정되기 전의 것) 제116조의2(조세감면의 기준등) ① 법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세·소득세·취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 기획재정부장관이 연 1회 이상 외국인투자촉진법 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 산업지원서비스업 또는 고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업분류상의 제조업외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영하는 경우로 한다.
② 법 제121조의2 제1항 제1호에 따른 사업(산업지원서비스업으로서 한국표준산업분류상의 연구 및 개발업에 해당하는 경우를 제외한다)은 다음 각호의 기술을 수반하는 사업이어야 한다.
1. 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업경쟁력 강화에 긴요한 기술
2. 외국에서 국내로 최초로 도입된 날(외국인투자촉진법에 의하여 해당 기술을 수반하는 외국인투자의 신고일과 외국인투자기업이 기술도입계약상 해당 기술의 소유자에게 그 기술의 사용대가를 최초로 지급하기로 한 날 중 빠른 날을 말한다)부터 3년이 경과되지 아니한 기술이거나 3년이 경과한 기술로서 이미 도입된 기술보다 경제적 효과 또는 기술적 성능이 뛰어난 기술
3. 해당 기술이 소요되는 공정이 주로 국내에서 이루어지는 기술
⑤ 법 제121조의2 제1항 제2호의2의 규정에 의하여 법인세·소득세·취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제2조 제1호의 규정에 의한 경제자유구역안에서 새로이 시설을 설치하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
5. 제1항 각 호의 어느 하나에 따른 사업(이하 이 호에서 "사업"이라 한다)을 위한 연구개발 활동을 수행하기 위하여 연구시설을 새로 설치하거나 증설하는 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 경우
- 가. 외국인투자금액이 미합중국 화폐 1백만불 이상일 것
- 나. 사업과 관련된 분야의 석사 이상의 학위가 있는 자로서 3년 이상 연구경력이 있는 자를 상시 10인 이상 고용할 것
(6) 인천광역시세 부과·징수 및 감면 조례(2013.7.29. 인천광역시조례 제5264호로 폐지되기 전의 것) 제94조(외국인투자유치지원을 위한 감면) 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. 다만, 조세특례제한법제121조의5 제3항에 따른 추징대상이 되는 경우에는 감면된 지방세를 추징한다.
1. 조세특례제한법제121조의2 제4항 제1호에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 같은 항 단서에 따라 사업 개시일부터 10년간 감면대상세액의 전액을 면제하고 그 다음 3년간 감면대상세액의 100분의 50을 경감하며, 같은 법 제121조의2 제1항 제2호의2·제2호의3·제2호의5·제2호의6·제2호의7과 제3호에 따른 감면대상사업의 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 사업 개시일부터 15년간 감면대상세액의 전액을 면제한다.
2. 조세특례제한법제121조의2 제5항 제1호에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 감면대상세액의 전액을 면제한다.
3. 조세특례제한법제121조의2 제12항 제3호 가목에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 같은 항 단서에 따라 사업 개시일부터 7년간 감면대상세액의 100분의 50을 경감하고, 그 다음 3년간 감면대상세액의 100분의 30을 경감한다.
4. 조세특례제한법제121조의2 제12항 제4호 가목에 따른 외국인투자비율에 해당하는 취득세는 감면대상세액의 100분의 50을 경감한다.