[요지] 협의수용 및 수용재결이 사업시행자가 종전 부동산 소유자에게 매매대금을 지급한 후 부동산등기부상에 소유권이전을 원인으로 등기가 이루어지는 형식이 동일함에도 협의수용은 4%의 세율을, 수용재결은 2.8%의 낮은 세율이 적용되는 결과를 초래함으로써 거래세인 취득세의 세율에 차별을 두는 것이 합리적으로 설명되지 아니할 뿐 아니라, 조세공평의 원칙에도 맞지 아니하는 점 등에 비추어, 청구법인이 2013년에 기존에 존재하던 이 사건 토지를 수용으로 취득하였다 하더라도 원시취득의 세율 적용대상으로 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[참조결정] 조심2018지0309
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법의 주장 및 처분청 의견
(1) 지방세법에 원시취득에 관하여 별도의 정의규정을 둔 것은 법률 제14475호로 2016.12.27. 개정되고 2017.1.1. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용되는 것(이하 “개정법률”이라 한다)으로, 이 사건 토지에는 개정법률을 소급적용할 수는 없고, 경정청구 거부처분의 사유로 지방세기본법 기본통칙 20-2(새로운 해석의 적용시점)를 들고 있으나 이 통칙은 이 건 거부처분의 사유로는 적절하지 아니하다. 개정법률 이전의 지방세법 제11조 제1항 제3호(이하 “종전법률”이라 한다)에서 부동산 취득의 세율에 관하여 ‘원시취득’의 경우 ‘1천분의 28’로 규정하면서 위 원시취득에 관하여 별도의 정의규정을 두고 있지 아니하였고, 운영과정에서는 명칭이나 형식에 관계없이 건축물의 신축, 공유수면 매립 등 물건이 새로 생성된 경우에만 원시취득에 따른 취득세율 2.8%를 적용해 왔으며, 처분청의 이 건 거부처분 사유 또한 기존에 사용되던 부동산이므로 원시취득으로 볼 수 없다는 것이다. 지방자치단체의 운영방침에도 불구하고 대법원 판결(2016.6.23. 선고 2016두34783 판결, 이하 “이 건 판결”이라 한다)을 통해 수용재결을 통하여 취득한 부동산은 건물의 신축, 공유수면의 매립 또는 개간 등 과세객체가 새로이 생성되는 경우와 차이가 있을 수 있지만, 전(前)의 권리의 하자 및 제한을 승계하지 않으므로 원시취득에 해당한다고 판시하였고, 이 건 판결이 기존 운영방침과 다르자 혼란이 초래될 것을 우려하여 개정법률에서 원시취득 관련 취득세 용어를 명확하게 하는 것으로 개정되어 원시취득에서 수용재결 등과 같이 과세물건이 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외된다는 별도의 규정을 두었으나, 개정법률은 부칙 제1조 및 제2조에서 2017.1.1. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용된다고 하였는바, 2013년도에 수용으로 이 사건 토지를 취득한 청구법인에게는 적용될 여지가 없으므로 개정법률 전에 납세의무가 성립한 이 사건 토지의 취득에 개정법률을 적용하여 이 건 거부처분을 한 것은 소급과세금지원칙에 위반되어 그 자체로 부당하다 할 것이다. 한편, 이 건 거부처분의 사유로 지방세기본법 기본통칙 20-2(새로운 해석의 적용시점)를 들고 있으나, 이 통칙은 종전의 해석이 타당하다는 것을 기본 전제로 하고 있다는 점에서 이 건 거부처분의 사유로는 적절하지 아니하다.
(2) 개정법률 이전의 지방세법상 원시취득에 대한 정의규정이 존재하지 않으므로 원시취득은 강학상 개념 및 원시취득과 승계취득을 구분 짓는 중요한 개념지표에 따라 판단해야 하고, 수용재결의 경우 원시취득으로 본 대법원판결과 세법이 아닌 다른 법률에서 수용은 원시취득으로 보고 있다는 점에서 수용도 마찬가지로 원시취득으로 보아야 한다. 전술한 바와 같이 지방세법이 개정되기 전까지 종전법률에서 원시취득에 관하여 별도의 정의규정을 두고 있지 아니하였고, 수용에 의한 부동산 취득에 관하여 명시적인 세율 규정을 두고 있지도 아니하였으며, 달리 원시취득에 관하여 정의규정을 두고 있는 법령이 별도로 존재하지도 않았으므로 지방세법에 있어서의 원시취득의 개념은 이 건 판결과 같이 강학상 개념대로 해석할 수밖에 없는데 통상 원시취득은 ‘어떤 권리가 타인의 권리에 기함이 없이 특정인에게 새로 발생하는 것’이라 일컬어지며, 이에 대응하는 개념으로 어떤 권리가 타인의 권리에 기하여 특정인에게 승계적으로 발생하는 승계취득이 있는바, 원시취득과 승계취득을 구별 짓는 중대한 차이가 승계취득한 권리는 전의 권리 제한 및 하자를 승계하나 원시취득은 그러하지 않는다는 것이므로 청구법인이 이 사건 토지의 소유권을 수용으로 취득하면서 전 소유자에게 있던 권리제한을 전혀 승계하지 않았다면 원시취득의 개념에 부합한다 할 것이다. 한편, 대법원(대법원 2009.9.10. 선고 2006다61536, 61543 판결)에서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 “공익사업법”이라 함) 제45조 제1항은 “토지 수용의 경우 사업시행자는 수용의 개시일에 토지의 소유권을 취득하고 그 토지에 관한 다른 권리는 소멸하는 것인바, 수용되는 토지에 대하여 가압류가 집행되어 있더라도 토지 수용으로 사업시행자가 그 소유권을 원시취득하게 됨에 따라 그 토지 가압류의 효력은 절대적으로 소멸하는 것이고, 이 경우 법률에 특별한 규정이 없는 이상 토지에 대한 가압류가 그 수용보상금채권에 당연히 전이되어 효력이 미치게 된다거나 수용보상금채권에 대하여도 토지 가압류의 처분금지적 효력이 미친다고 볼 수 없다”고 판시하였다. 또한, 이 건 판결에서 공익사업법에 따른 수용재결의 효과로서 수용에 의한 사업시행자의 소유권 취득은 토지 등 소유자와 사업시행자와의 법률행위에 의한 승계취득이 아니라 법률의 규정에 의한 원시취득에 해당하는 점(대법원 2001.1.16. 선고 98다58511 판결 등 참조), 지방세법은 이 사건 조항의 원시취득에서 수용재결에 의한 토지의 취득을 제외하는 규정을 따로 두고 있지 않은 점 등을 종합하면, 이 사건 토지의 취득은 이 사건 조항에서 정한 원시취득에 해당하므로 ‘1천분의 28’의 표준세율이 적용되어야 하고, 수용에 따른 등기가 소유권보존등기가 아닌 소유권이전등기의 형식으로 경료된다거나 종전 소유자가 양도소득세를 부담한다는 사정만으로는 달리 볼 수 없다. 따라서 이 사건 조항의 ‘원시취득’을 공유수면의 매립과 같이 부동산이 원시적으로 생성된 경우의 부동산 취득만을 의미한다는 이유로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다라고 판시하였다. 그리고 조세심판원에서 최근 “청구법인은 이 건 부동산을 경락받아 취득하여 종전의 권리의 제한 및 하자를 승계하지 아니한 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 부동산을 원시취득하였다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 부동산의 취득을 승계취득으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다(조심 2018지309, 2018.5.16.)라고 결정한 바 있다. 결국, 이 건 판결에서 수용재결의 경우 원시취득에 해당되어 원시취득에 의한 취득세 세율(2.8%)을 적용하여야 하는 것으로 판결한 바 있었고, 조세심판원에서 경매 취득의 경우 종전의 권리의 제한 및 하자를 승계하지 아니한 점 등을 들어 원시취득하였다고 보는 것이 타당하다라고 결정하고 있는 점, 수용에 의한 사업시행자의 소유권 취득은 토지 등 소유자와 사업시행자와의 법률행위에 의한 승계취득이 아니라 법률의 규정에 의한 원시취득에 해당하는 점 및 세법이 아닌 다른 법률과 관련된 대법원 판례에서 수용도 마찬가지로 원시취득하는 것으로 판시하고 있다는 점에서 수용도 원시취득으로 보아 원시취득에 의한 취득세 세율(2.8%)이 적용되어야 할 것이다.
(1) 지방세기본법제20조 제3항에서 지방세법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다라고 규정하고 있으고, 지방세기본법 기본통칙 제20-2【새로운 세법해석의 적용시점】에서는 ‘이 법 또는 지방세관계법의 새로운 해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다’라고 명확하게 규정하고 있으며, 이 규정들은 법률불소급의 원칙인 헌법정신으로부터 비롯되었다고 할 것인바, 소급과세를 금지하는 것은 납세자의 기득권 보호 및 신뢰이익의 보호와 법의 안정성 확보 그리고 납세자로 하여금 예측 가능성의 보호를 위함이라고 하겠으나, 납세자에게 불이익을 주는 소급과세는 금지하고 법률로서 소급적용할 수 있는 근거가 없이 납세자에게 이익이 된다 하여 소급적용한다면 법의 공정력을 크게 손상시키게 되고 평등성 문제 등 법의 안정성에도 문제가 될 것이므로 법률의 근거 없이는 소급적용이 절대로 금지되어야 할 것이다. 청구법인은 2016.12.27. 개정법률을 이 사건 토지에 소급적용하였다고 오인하고 있으나, 개정법률을 소급적용한 것이 아니라 토지 수용을 원시취득으로 본다는 새로운 해석을 이미 납세의무가 성립된 이 사건 토지의 취득에는 적용할 수 없다고 한 것으로, 대법원(2010.4.15. 선고 2007두19294 판결) 판례에서는 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다‘라고 판시한바, 등록세의 지방세 편입(1977년) 당시부터 이 건 판결일(2016.6.23.)까지 수용으로 인한 취득은 예외 없이 승계 취득세율을 적용하였고, 수용으로 인한 취득에 대해 승계 취득세율을 적용하는 것은 납세자와 과세관청 간에 신뢰관계가 형성되어 이미 법 해석의 기준으로 확립된 것으로 보아야 할 것이므로 이 건 판결 전인 2013년도에 납세의무가 이미 성립한 이 사건 토지에는 적용될 여지가 없어서 지방세기본법 기본통칙 20-2가 이 건 거부처분의 사유로 적절하지 못하다는 주장은 부당하다.
(2) 청구법인은 개정법률 전에지방세법상 원시취득에 대한 정의규정이 존재하지 않았다고 하나 수용으로 인한 취득은 예외 없이 승계 취득세율을 적용하였고, 수용으로 인한 취득에 대해 승계 취득세율을 적용하는 것은 납세자와 과세관청 간에 신뢰관계가 형성되어 이미 법 해석의 기준으로 확립되었으며, 수용으로 인하여 소유권을 상실하는 종전 소유자에게 양도소득세도 부과하고 있으므로 이 건 판결 또는 다른 법률에서 수용을 원시취득으로 본다고 하여 원시취득에 대한 개념이 전혀 다른 지방세법 에서 따라야 하는 것은 아니다. 지방세법상 원시취득이란 그 명칭이나 형식에 관계없이 기존에 실재하지 않았던 과세물건에 대해 납세의무를 생성하는 것을 의미하는 것이나, 이 건 판결은 납세자와 과세관청 간에 확립된 법 해석의 기준을 무시하고, 손해배상 관련 판결(대법원 2006다61536, 61543) 내용인 “토지수용의 경우 사업시행자는 수용의 개시일에 토지의 소유권을 취득하고 그 토지에 다른 권리는 소멸하는 것인바, 수용되는 토지에 대하여 가압류가 집행되어 있더라도 토지 수용으로 사업시행자가 그 소유권을 원시취득하게 됨에 따라 그 토지 가압류의 효력은 절대적으로 소멸하는 것”을 근거로 토지수용의 경우 토지 그 자체가 아닌 토지상에 존재하는 종전의 권리와 의무가 소멸하는 것이라는 강학상 개념에만 오로지 중점을 두어 수용토지의 취득을 원시취득으로 판결한 것이라 하겠다. 한편, 이 건 판결은 이미 2013년도에 납세의무가 성립한 이 사건 토지의 취득에는 적용될 여지가 없으나, 설령, 소급 적용이 된다 하여도 이 건 판결이 수용재결만을 원시취득으로 본 판례로서 협의에 의한 취득의 경우에는 사업시행자와 토지 소유자가 계약 체결로서 보상금 지급 완료일에 사업시행자가 소유권을 승계 취득하는바, 수용재결로 인한 취득이 아닌 협의취득 토지에는 적용될 수 없으므로 이 사건 토지 중 수용재결로 취득한 경우에만 원시취득세율을 적용하는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2013.4.11.부터 2013.8.22.까지의 기간 중에 청구법인이 시행하는 ‘OOO’ 개발사업에 편입되는 토지 등의 수용을 위한 재결신청을 하고, 이 사건 토지 중 OOO외 11필지를 수용재결로, 나머지 토지를 협의에 의하여 취득한 후, 각 일반세율 4%를 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(수용재결 OOO원, 협의 취득 OOO원)을 신고·납부하였다. (나) 청구법인은 2018.4.10. 수용으로 소유권을 취득하는 것은 원시취득에 해당하므로 취득세율 2.8%를 적용하여 이미 신고·납부한 취득세 등 합계 OOO원 중 OOO원에 대하여 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.5.10. 이 건 거부처분을 하였다. (다) 2010.3.31.지방세법이 법률 제10221호로 전부개정되기 전․후의 ‘원시취득’ 용어를 조문화한 내용은 다음과 같다.
1. 지방세법이 전부개정되기 전의 취득세․등록세 세율과 종전 등록세가 취득세에 통합된 후의 세율 개정 내역 및 2017년 개정세법 상의 원시취득 용어 정의를 요약하면 아래 ＜표＞와 같이 나타난다. ＜표＞ 지방세법전부개정 전․후에 따른 종전 등록세와 취득세의 세율 개정 및 원시취득 용어 개정내역 요약 2011년 전부 개정 전 (취득세, 등록세 구분) 2011년 전부 개정 후 (등록세 통합) 2016년말 개정 (원시취득 정의 마련) 취득세 (단일세율) 2% 취득세 (원시취득) ※ 세율에 ‘원시취득’ 용어를 처음으로 사용 2.8%
○원시취득: 수용재결 등 과세대상이 존재하는 상태의 취득을 제외함 (지방세법제6조 제1호) 등록세 (소유권보존) 0.8% 세율 합계 2.8% 취득세 (단일세율) 2% 취득세 (일반세율) 4% 등록세 (소유권이전) 2% 세율 합계 4%
2. 위 ＜표＞에서 확인되는 바와 같이 등록세가 1977년도에 지방세목에 편입된 이후 2011년도에 취득세로 통합되기 전까지 소유권보존등기를 경료하는 부동산의 취득․등기에 대하여 총 2.8%(취득세 2%, 소유권보존등기 등록세 0.8%)의 세율이, 재결수용 등 소유권이전등기를 경료하는 부동산의 취득․등기에 대하여는 총 4%(취득세 2%, 이전등기 등록세 2%)의 세율이 적용되었다가 2011년도에 취득을 원인으로 하는 등록에 대한 등록세 부분이 취득세로 단순 통합되는 과정에서 지방세법제11조 제1항 제3호에 ‘원시취득’을 2.8%로, 위 같은 항 제7호 나목에 일반취득을 4%로 개정하였다.
3. 한편, 2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의지방세법제131조 제4항에서 건축물 면적이 증가되는 때에는 그 증가된 부분에 대하여 소유권보존의 등기(0.8%)로 보고 등록세를 부과하도록 규정하였고, 전부개정으로 등록세 세율이 취득세로 통합되면서 지방세법제11조 제3항에서 건축(신축과 재축은 제외) 또는 개수로 인하여 건축물 면적이 증가할 때에는 그 증가된 부분에 대하여 원시취득으로 보아 제1항 제3호의 세율(2.8%)을 적용한다고 규정하였다. (라) 행정안전부에서 2016년도지방세법개정과 관련하여 작성한 개정법률에 대한 개정사유 등을 보면, 과세실무(유권해석, 심판결정례)는 건축물의 신축, 공유수면 매립 등과 같이 과세물건이 새롭게 생성되는 경우만 원시취득으로 판단하여 2.8%의 세율을 적용하였으나, 최근 이 건 판결에서 수용재결에 의한 소유권 취득도 원시취득에 해당한다고 판단함에 따라 그 개념을 명확히 할 필요가 있으므로 원시취득의 개념에서 수용재결 등과 같이 과세물건이 존재하는 상태에서 법률규정에 의하여 취득하는 것은 제외하는 것으로 개정을 추진한 것이 확인된다. (마) 이 사건 토지에 대한 등기사항전부증명서를 보면, 협의수용 및 수용재결에 의한 취득에 대하여 각 소유권이전을 원인으로 하여 명의이전 등기가 이루어졌다. (바) 청구법인이 제시한 이 건 판결(대법원 2016.6.23. 선고 2016두34783 판결)의 내용은 다음과 같다. 지방세법제6조 제1호는 취득세에서의 취득을 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득으로 정의하고 있고, 제11조 제1항 제3호(이하 이 사건 조항이라고 한다)에서 부동산을 원시취득하는 경우 취득세의 표준세율을 1천분의 28로 정하고 있다. 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 수용재결의 효과로서 수용에 의한 사업시행자의 소유권 취득은 토지 등 소유자와 사업시행자와의 법률행위에 의한 승계취득이 아니라 법률의 규정에 의한 원시취득에 해당하는 점, 지방세법은 이 사건 조항의 원시취득에서 수용재결에 의한 부동산의 취득을 제외하는 규정을 따로 두고 있지 않은 점 등을 종합하면, 이 사건 각 부동산의 취득은 이 사건 조항에서 정한 원시취득에 해당하므로 1천분의 28의 표준세율이 적용되어야 하고, 수용에 따른 등기가 소유권보존등기가 아닌 소유권이전등기의 형식으로 경료된다거나 종전 소유자가 양도소득세를 부담한다는 사정만으로는 달리 볼 수 없다는 이유로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다. 앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 실질과세의 원칙이나 이 사건 조항의 해석에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제104조 제8호에서 취득이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다고 규정하고 있고, 제112조 제1항에서 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다고 규정하고 있으며, 제131조 제1항에서 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다고 규정하면서 그 제4호에서 소유권의 보존은 1,000분의 8을 규정하고 있다. 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정된 것) 제6조 제1호에서 “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다고 규정하고 있고, 제11조 제1항에서 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하면서 그제3호에서 원시취득은 1천분의 28, 그 제7호에서 그 밖의 원인으로 인한 취득 중 농지 외의 것은 1천분의 40을 규정하고 있다. 또한, 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 개정된 것) 제6조 제1호에서 “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다고 규정하고 있다. (나) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임)이다. (다) 청구법인은 이 사건 토지를 수용으로 취득하였으므로 원시취득의 세율을 적용해야 한다고 주장하나, 등록세가 지방세로 편입된 1977년부터 2011.1.1. 소유권 취득을 수반하는 등록세가 취득세로 단순 통합되기 전까지 소유권보존등기를 필요로 하는 부동산의 취득․등기에 대하여는 일관되게 취득세율 2%, 소유권보존등기의 등록세율 0.8%를 적용해 왔고, 2011.1.1. 등록세가 취득세로 통합되면서 소유권보존등기대상이 되는 취득을 원시취득으로 규정하고 동 취득세율을 2.8%로 규정하였으며, 또한, 2011.1.1. 취득세로 통합되기 전의지방세법제131조 제4항에서 건축물 면적이 증가된 부분에 대하여 소유권보존등기 세율인 0.8%를 적용하도록 하였다가 취득세로 통합되면서지방세법제11조 제3항에서 ‘원시취득’으로 보아 2.8% 세율을 적용하도록 하였는바, 입법 연혁상 원시취득의 세율 적용대상은 소유권보존등기 대상이 되는 취득으로 한정하는 것이 타당한 점, 이에 따라 각 지방자치단체에서는 기존에 존재하던 토지 등을 취득하는 경우에는 취득의 방법에 관계 없이 승계취득의 세율을 적용하여 취득세 등을 과세하여 왔던 점, 등록세가 취득세에 단순 통합되면서 그 이전에 소유권이전등기를 수반하는 수용재결 등의 취득에 대하여 4%의 취득․등록세율이 적용되던 것을 통합 후에 특별히 2.8%의 낮은 세율을 적용하여야 할 당위성이 있다거나 입법자의 정책적인 의도가 있었다고 보기 어려운 점, 2016.12.27. 개정법률에 따라 지방세법 제6조 제1호가 개정되면서 수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우를 원시취득에서 제외하도록 개정되었으나, 행정안전부의 2016년도지방세법개정법률에 대한 개정사유에서 법률개정 전부터 과세물건이 새롭게 생성되는 경우, 즉 소유권보존등기를 경료하는 경우의 취득에 대하여만 2.8% 세율을 적용하였다가 이 건 판결에 따라 원시취득 개념을 명확히 하기 위하여 개정한 것으로 나타나는바, 동 개정법률 규정은 원시취득의 정의를 변경하는 창설적 규정이 아니라 입법연혁 및 그 간의 각 지방자치단체들의 과세관행을 반영한 확인적 규정으로 보는 것이 타당한 점, 청구법인은 수용재결에 대하여 원시취득이라고 설시한 대법원의 이 건 판결 결정사례를 제시하고 있으나, 이 건 판결 내용의 경우, 협의수용 및 수용재결이 사업시행자가 종전 부동산 소유자에게 매매대금을 지급한 후 부동산등기부상에 소유권이전을 원인으로 등기가 이루어지는 형식이 동일함에도 협의수용은 4%의 세율을, 수용재결은 2.8%의 낮은 세율이 적용되는 결과를 초래함으로써 거래세인 취득세의 세율에 차별을 두는 것이 합리적으로 설명되지 아니할 뿐 아니라, 조세공평의 원칙에도 맞지 아니하는 점 등에 비추어, 청구법인이 2013년에 기존에 존재하던 이 사건 토지를 수용으로 취득하였다 하더라도 원시취득의 세율 적용대상으로 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 기재
(1) 지방세기본법 제20조(해석의 기준 등) ③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.
(2) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제104조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각 호와 같다.
8. 취득: 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다. 제112조(세율) ① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다. 제131조(부동산등기의 세율) ① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.
1. 상속으로 인한 소유권의 취득
(1) 농지: 부동산가액의 1,000분의 3
(2) 기타: 부동산가액의 1,000분의 8
2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득: 부동산가액의 1,000분의 15. 다만, 제127조제1항제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다.
3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득
(1) 농지: 부동산가액의 1,000분의 10
(2) 기타: 부동산가액의 1,000분의 20
4. 소유권의 보존: 부동산가액의 1,000분의 8
8. 제1호 내지 제7호 이외의 등기: 매1건당 3,000원
④ 제1항 제8호중 건축물면적이 증가되는 때에는 그 증가된 부분에 대하여 소유권보존의 등기로 보고 등록세를 부과한다.
(3) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되고, 2016.12.27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다. 제10조(과세표준) ③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다. 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
3. 원시취득: 1천분의 28
7. 그 밖의 원인으로 인한 취득
- 가. 농지: 1천분의 30
- 나. 농지 외의 것: 1천분의 40
③ 제10조 제3항에 따라 건축(신축과 재축은 제외한다) 또는 개수로 인하여 건축물 면적이 증가할 때에는 그 증가된 부분에 대하여 원시취득으로 보아 제1항 제3호의 세율을 적용한다. 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "등록"이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다. 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.
1. 부동산 등기
- 가. 소유권의 보존 등기: 부동산 가액의 1천분의 8
(4) 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 개정된 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다.
(5) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제45조(권리의 취득·소멸 및 제한) ① 사업시행자는 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 취득하며, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 이와 동시에 소멸한다.
② 사업시행자는 사용의 개시일에 토지나 물건의 사용권을 취득하며, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 사용 기간 중에는 행사하지 못한다.
③ 토지수용위원회의 재결로 인정된 권리는 제1항 및 제2항에도 불구하고 소멸되거나 그 행사가 정지되지 아니한다.
(6) 지방세기본법 기본통칙 20-2【새로운 세법해석의 적용시점】 이 법 또는 지방세관계법의 새로운 해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다.