청구인이 이 건 부동산을 취득일부터 5년이 경과할 때까지 해당 용도대로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부

[주 문] 서울특별시 금천구청장이 2018.5.10. 청구인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 서울특별시 금천구 OOO의 사용현황 등을 재조사하여 청구인이 직접 사용하는 면적에 대하여는 취득세 등의 추징대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2016.2.25. 서울특별시 금천구 OOO 건축물 86.49㎡ 및 그 부속토지 23.79㎡(명칭: OOO, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 같은 날지방세특례제한법제58조의2 제2항에 따른 지식산업센터를 신축하여 설립한 자로부터 최초로 분양받은 부동산의 취득으로 신고하여 100분의 50에 해당하는 취득세 등을 경감받고, 나머지 100분의 50에 해당하는 취득세 등 OOO원을 처분청에 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 ㈜OOO(이하 “협력사업자”라 한다)에게 이 건 부동산을 임대하여,지방세특례제한법제58조의2 제2항 제1호 나목에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아 2018.5.10. 청구인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.7.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 2015.8.4. 인천광역시 부평구에서 협력사업자가 운영하는 인터넷 사이트(클럽 OOO, OOO)의 서버관리, 시스템 모니터링 등의 유지보수를 운영하는 사업을 영위하다가, 2016.2.25. 이 건 부동산을 취득하게 되자 2016년 3월경 협력사업자에게 무상임대[사실관계 (사)의 기재와 같다]를 제안하여, 이 때부터 청구인과 협력사업자는 이 건 부동산을 공동으로 사용하게 되었다. 청구인이 협력사업자와 이 건 부동산을 공동(전체 86.49㎡ 중 협력사업자 40㎡, 나머지 40.49㎡는 공동 사용)으로 사용하게 된 이유는 청구인이 협력사업자가 운영하는 시스템을 유지․관리하는 위탁업무를 수행하는 특성상 같은 공간에서 협력사업자와 사업을 수행하는 것이 업무의 효율성이나 사업의 영속성에 도움이 된다고 판단하였기 때문이었다. 다만, 청구인과 협력사업자가 2016년 3월에 무상이 아닌 유상 임대차계약[사실관계 (마)의 기재와 같다]을 체결하였으나, 이는 협력사업자의 요청을 청구인이 수용한 것 뿐이지 실제로는 협력사업자로부터 임대보증금이나 월 사용료를 받지 않았으며 이의 증빙서류로 이 건 부동산에 대한 관리비를 청구인이 납부하였다는 관리비 영수증, 무상임대차계약서, 협력사업자의 제무제표(임대료 지불 여부), 청구인과 협력사업자간의 특수관계를 입증하는 주식등변동사항명세서(협력사업자 발행 주식의 30%를 청구인이 소유)등을 제출하였음에도 처분청은 이를 부인하며 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 처분청이 2018.3.19. 현지에 출장하여 확인한 바에 따르면, 협력사업자는 이 건 부동산 전체 면적을 임대하여 사용하고 있는 것으로 확인이 되는 점, 국세청이 처분청에 제공한 과세자료에서도 협력사업자가 이 건 부동산 전체 면적을 사업장으로하여 사업을 영위하는 사실이 확인되는 점, 협력사업자의 2016년 합계잔액시산표상에 임차보증금 OOO원이 지급된 것이 나타는 점, 설령 청구인이 협력사업자에게 이 건 부동산을 무상으로 임대하였다 하더라도 청구인이 이 건 부동산을 해당 용도 대로 사용하지 않고 타인에게 임대를 하고 있는 것이 확인이 되는 이상 그 임대가 무상이라 하더라도 해당 용도가 아닌 다른 용도로 사용한 것으로 볼 수 밖에 없으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구인이 이 건 부동산을 취득일부터 5년이 경과할 때까지 해당 용도대로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 2014.1.1.부터 2014.12.31.까지의 협력사업자에 대한 주식등변동상황명세서를 보면 청구인은 협력사업자의 주식을 12,000주(비율 30%) 보유하고 있는 것으로 나타난다. 세부 주식보유 현황은 다음 ＜표1＞의 내용과 같다. ＜표1＞ 2014년도 협력사업자 주식 보유 현황 (나) 청구인은 2015.8.4. 인천광역시 부평구 OOO을 사업장 소재지로, 상호를 OOO로, 소프트웨어 개발 등을 목적사업으로 하여 사업을 개시하였고, 2016.3.28. 사업장 소재지를 위 인천광역시(부평구)에서 이 건 부동산 소재지로 이전하였다. (다) 청구인(수탁자)과 협력사업자(위탁자)이 2015.7.20. 개발 및 운영(유지보수) 위탁 계약의 주요내용을 보면, “OOO 사이트에 대한 모니터링 및 운영 업무를 수행함에 있어 위탁자와 수탁자의 권리와 의무를 규정(제1조)한다고, 그 기간은 2015.8.1.부터 2016.8.31.까지로 한다(제3조)고” 기재되어 있다. (라) 청구인(수분양자)과 OOO 주식회사(분양자, 대표자 김OOO)는 2016.1.20. 이 건 부동산을 분양하는 계약을 다음의 ＜표2＞과 같이 체결하였다. ＜표2＞ 이 건 부동산 분양계약 체결 주요내용(발췌) (마) 청구인은 2016.2.25. 이 건 부동산을 취득하여 아래와 같이 부동산이용계획서를 제출하고, 같은 날지방세특례제한법제58조의2 제2항에 따른 지식산업센터를 신축하여 설립한 자로부터 최초로 분양받은 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고지방세법제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 100분의 50에 해당하는 취득세 등을 경감받고, 나머지 100분의 50에 해당하는 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고․납부하였다. (바) 청구인(임대인)과 협력사업자(임차인)는 2016.3.2. 아래와 같이 임대차계약을 체결하였고, 같은 날 협력사업자는 사업장 소재지(본점)를 서울특별시 금천구 OOO에서 이 건 부동산 소재지로 이전하였다. (사) 지방소득세 과세를 위하여 국세청장이 서울특별시장에게 제공한 사업장 관련 정보시스템(서울시세무종합시스템)에 따르면, “2016.3.15.부터 2018.3.14.까지 이 건 부동산 소재지에서 협력사업자가 86.49㎡를 임차하고 있다”는 사실이 나타난다. (아) 청구인(임대인)과 협력사업자(임차인)는 2016.4.5. 이 건 부동산에 대한 무상임대차 계약서를 체결한 주요 내용을 보면, “이 건 부동산 전체 면적 86.49㎡ 중에서 40㎡ 부분에 대해 무상으로 임대차하는 계약을 체결하면서 그 특약사항으로 임대인과 임차인간의 공동 사업이 진행중인 기간에 한하여 유효하며 유지보수 위탁계약이 만료되면 임대인의 요청이 없더라도 임차인은 즉시 해당 공간을 임대인에게 반환하고 사업장을 이전하기로 한다”고 기재되어 있다. (자) 이 건 부동산 소재지를 관리하는 OOO이 작성한 2018년 2월분 관리비명세를 보면, 관리비 납부자를 청구인으로 지정한 것으로 기재되어 있다. (차) 처분청(담당공무원 세무7급 장OOO 외 1명)이 2018.3.19. 현지에 출장하여 작성한 출장복명서를 보면, “청구인은 이 건 부동산 면적 전부를 임대하였다(다음 현장사진 참조)”고 기재되어 있다. (카) 처분청과 서울특별시장은 이 건 부동산의 사용실태를 확인하고, 청구인이 이 건 부동산 취득일부터 5년 이내에 지식산업센터 용도로 사용하지 않고 다른 용도(임대)로 사용중인 것으로 보아, 처분청은 2018.3.26. 이 건 취득세 등 OOO원을 청구인에게 부과한다는 내용의 과세예고를 하였고, 이에 청구인은 2018.4.9. 서울특별시장에게 과세전적부심사 청구를 하였으나 서울특별시장은 2018.5.2. 불채택 결정을 하였다. (타) 처분청은 2018.5.10. 위 (바)의 과세예고를 한 내용대로 취득세 OOO원(가산세 OOO원), 지방교육세 OOO원(가산세 OOO원), 농어촌특별세 OOO원(가산세 OOO원) 합계 OOO원 청구인에게 부과․고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴 본다. (가) 지방세특례제한법제58조의2 제2항에서산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다고 규정하면서 그 제1호에서 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감하되 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 그 나목에서 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있다. (나) 청구인은 처분청이 이 건 부동산에 대해 이 건 취득세 등을 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 청구인과 협력사업자는 2016.3.2. 이 건 부동산을 임차하는 임대차계약을 체결한 점, 처분청이 2018.3.19. 현지에 출장하여 확인한 바에 따르면, 협력사업자는 이 건 부동산을 임차하여 사용하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인이 이 건 부동산을 취득일부터 5년 이내에 해당 용도대로 직접 사용하지 않고 다른 용도대로 사용한 것으로 보여진다. 다만, 처분청이 작성한 출장복명서 등에 의하면 2018.3.19. 현재 이 건 부동산을 협력사업자에게 전부 임대하고 있다고 기재되어 있고 입증자료로 현장사진을 첨부하고 있으나 현장사진만 보면, 청구인 또는 협력사업자가 어느 면적 만큼을 사용하고 있는지가 불분명하여 이 건 부동산을 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용하였다는 확정적인 입증자료로 보기는 어렵다는 점, 청구인은 이 건 부동산을 협력사업자에게 전체 면적 86.49㎡ 중 40.49㎡만 임대하고 나머지는 청구인이 직접 사용하고 있다고 주장하고 있는 점 등에 비추어 청구인은 이 건 부동산을 취득한 후 일부는 협력사업자에게 임대하고 일부는 직접 사용한 것으로 보이나, 청구인이 직접 사용한 면적이 확인되지 아니하므로 처분청은 직접 사용하는 면적을 재조사하고 해당 면적을 취득세 등의 추징대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항,국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.1.14. 법률 제12251호로 개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ②산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(중소기업기본법제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2014.1.14. 법률 제12246호로 개정된 것) 제28조의5(지식산업센터에의 입주) ① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.

1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설

2. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령(2013.12.30. 대통령령 제25050호로 개정된 것) 제36조의4(지식산업센터에의 입주) ① 법 제28조의5 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

1. 제6조제2항 및 같은 조 제3항에 따른 지식산업 및 정보통신산업 제6조(산업단지의 입주자격) ③ 법 제2조 제18호에서 "정보통신산업"이란 정보의 수집·가공·저장·검색·송신·수신 및 그 활용과 이에 관련되는 기기·기술·역무, 그 밖에 정보화를 촉진하기 위한 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.

1. 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업

2. 소프트웨어 개발 및 공급업