[참조결정] 조심2014지1271
[주 문] OOO가 2018.4.17. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)의 부과처분은
1. OOO 및 OOO 2필지 토지의 취득세 등을 추징대상에서 제외한다.
2. 같은 리 OOO 토지에 대한 취득가액은 청구법인이 OOO로부터 OOO원에 취득한 OOO 6필지 토지의 시가표준액에서 당해 2필지 토지의 시가표준액이 차지하는 비율을 곱하여 산정한 금액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
3. 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2013.12.4. OOO 외 16필지 토지 53,110㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고, 이를 학교법인이 고유업무에 사용할 목적으로 취득한 토지라는 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세를 감면받았다.
- 나. 처분청은 2018.2.23. 이 건 토지에 대한 현장확인 결과 청구법인이 건 토지 중 4필지 토지 28,165㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 자연림 상태로 방치하고 있으므로 쟁점토지를 정당한 사유없이 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 토지로서 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당되는 것으로 보아 쟁점토지의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 2018.4.17. 청구법인에게 부과․고지하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.13. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 쟁점토지를 자연 상태의 임야로 방치하고 있다고 보아 이 건 부과처분을 하였으나, 청구법인은 부속기관으로 OOO에 OOO의 자연과학대학(생태연구) 및 약학대학 실습 및 교수들의 각종 연구활동 장소로 ‘OOO 수목원’(이하 ‘OOO수목원’이라 한다)을 운영하고 있으며, 약학대학의 연구 장소로서 OOO 내에서 약초원을 운영하고 있고, 약초원은 약학대학의 실습을 위해 각종 식물들이 식재되어 있으며, 생태계의 연구에도 사용되고 있다. 청구법인은 OOO캠퍼스 내 약초원 부지가 협소하여 연구 공간 확보를 위해 부지 추가 매입을 검토하였고, OOO수목원과 연접하여 있는 부지 일대가 기존의 실습 장소로도 사용되는 등 생태와 약재 연구에 적합한 환경을 제공하고 있어 이를 매입하면 ① 기존 OOO수목원의 연구와 연계 ② 약초원의 실습 ③ 다른 자연과학대학의 연구로 사용될 수 있다는 판단하에, 2013년 12월에 이 건 토지를 일괄 매입하였으며, 이 건 토지의 취득 전후의 항공사진에서 알 수 있듯이 청구법인은 실제로 자연상태로 방치하지 아니하고 식재 작업 등을 교육용에서 사용하기 위한 작업을 하였고, 이 건 토지는 당초부터 ‘자연과학대학 및 약학대학’이 일정 부분을 자연 상태로 사용되는 것을 기초로 하고 있으므로, 자연 상태로 활용이 가능하면 현상을 유지하였고, 식재나 약초가 필요한 경우에 한하여 일정한 보존 공사를 하였으며, 이 건 토지를 약학대학 약학과 및 산업제약학과 실습 수업, 자연림 상태에서 자생하는 약초 실습 수업, 자연과학대학 생명과학학과 현장 실습 수업, 자연과학대학 동물의 생태 연구, 자연과학대학 에코과학부는 이 건 토지에서 생태학 연구를 수행하고 있음에도, 처분청에서는 일단의 토지 중 일부가 자연상태의 임야라고 하여 이를 교육용에 사용하지 아니하였다고 단정하고, 한 번의 현장 확인으로 청구법인이 취득 이후 3년간 단 한 차례도 해당 목적으로 사용한 적이 없다고 판단한 것은 잘못이라 할 것이므로 이 건 부과처분은 취소되어야 할 것이다.
(2) 또한, 처분청은 청구법인의 재산세 이의제기에 따라 현장조사를 한 후 이 건 토지에 대하여 계속하여 재산세 감면을 하였음에도 불구하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 서로 모순되며, 행정의 자기구속의 법리에 반하고, 중복세무조사에 위배된다 할 것으로서, 학교법인에 대한 감면 규정은 취득세뿐 아니라 재산세도 동일하게 규정하고 있으므로 직접 사용하였는지에 대한 판단 기준도 본질적으로 동일하다 할 것인바, 처분청은 이 건 토지를 취득한 이후 3년간 재산세를 부과하면서 이 건 토지 전부가 해당 용도로 사용하였음을 인정하여 감면을 하였음에도, 이후 다시 쟁점토지를 교육용으로 사용한 적 없다고 보아 이 건 취득세 부과처분을 하는 것은 행정의 자기구속의 법리에 위배되며, 중복 조사의 금지 규정에도 위배되어 부당하다.
(3) 지방세법 시행령제19조 제1항에서 부동산을 한꺼번에 취득하여 부동산의 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 한꺼번에 취득한 가격을 부동산 등의 시가표준액 비율로 나눈 금액을 기준으로 각각의 취득가격을 산정하도록 규정하고 있으며, 이 건 토지 중 쟁점토지를 포함한 6필지 토지를 OOO원에 일괄하여 취득하였으므로, 그 중 쟁점토지의 취득가격을 산정함에 있어서 시가표준액을 기준으로 안분하여 산정하여야 할 것임에도, 처분청은 시가표준액이 아닌 면적비율로 취득가격을 안분하여 산정한 후 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라 하겠다. 나.처분청 의견 학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치ㆍ경영하는 학교의 시설 또는 부지 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것(대법원 1994.10.28. 선고 94누224 판결, 같은 뜻임)이고, 비영리사업자인 학교법인이 당해 부동산을 그 사업에 ‘직접 사용’한다는 의미는 학교법인이 소유하는 부동산이 사립학교법의 규정에 따라 관할 교육청에 학교법인의 교육용 기본재산으로 등재되어야 함은 물론, 실제 사용 용도도 학교법인이 설치 경영하는 사립학교의 교지·교사·체육장·실습 또는 연구시설, 그리고 기타 교육에 직접 사용되는 시설ㆍ설비 및 교재ㆍ교구 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것(조심 2014지1271, 2015.3.4. 같은 뜻임)으로, 처분청이 제출한 출장복명서와 출장당시 촬영된 현장사진에는 쟁점 토지가 청구법인의 약초원과 그 부속토지로서 약초재배와 실험․실습 등 교육․연구의 장소라기 보다는 관리되지 않은 자연 상태의 임야 또는 나대지 상태로 보는 것이 타당해 보이고, 청구법인이 제출한 ‘2013년도 약초원 사용계획서’와 처분청이 제출한 ‘2015년도 약초원 사용계획서’를 살펴볼 때, 학교가 교육사업을 위해 약초원에 대하여 해당 필지별로 사용계획이 있으므로, 해당 필지별 사용계획에 따라 교육용으로 사용하고 있는지에 대해서 판단하는 것이 타당해 보이며, 특히, 쟁점토지의 경우, 2013년 사용계획서에 포함되었다가 2015년 사용계획서에는 약초원 대상 부지에서 제외된 것이 확인되는 바, 쟁점토지는 청구법인의 약초원 부지 조성사업과 관련이 없고 관리되지 않았다고 보이고, 또한, 청구법인이 제출한 ‘OOO 매입부지 약초원 조성공사 지출서류(2014.10월)’를 보면, 쟁점토지와 인근 토지에 대해 산림복원을 목적으로 3년생 소나무 500그루를 식재한다고 계획하였으나, 처분청의 쟁점 토지에 대한 현장사진을 보면 실제로 식재를 하였는지 확인하기 어렵고, 설령 식재를 하였다고 하더라도 이를 근거로 28,165㎡의 쟁점 토지를 전부를 사용하여 교육에 직접 사용하고 있다고 인정하기에는 무리가 있다 할 것이며, 쟁점토지에 소나무를 식재하여 산림을 복원하는 것과 교육에 직접 사용하는 것과는 관련성 또한 찾기 힘들다고 할 것으로, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간이 경과할 때까지 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 것은 잘못이 없다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
① 학교법인이 임야를 취득하여 취득세를 감면받은 후 유예기간(3년) 이내에 이를 고유업무에 사용하였는지 여부
② 중복 세무조사금지에 위배되는지 여부
③ 쟁점토지의 취득가액을 시가표준액을 기준으로 안분하여야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 자료에서 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청 담당공무원은 2015.11.27. 이 건 토지를 포함한 청구법인 소유의 19필지 토지에 대하여 토지분 재산세 부과처분에 대한 이의제기가 있으므로 현황조사를 하였으며, 당해 조사복명서에서 2011년～2015년 토지분 재산세를 감액환급하여야 할 것으로 조사복명하였고, 이러한 조사결과에 따라 재산세를 환급한 것으로 확인되며, 위 조사시 촬영한 현장사진 중 쟁점토지와 관련된 것으로 보이는 사진이 어느 것인지 불분명하고, 약초재배지로 조성한 토지가 있는 반면 쟁점토지로 보이는 일부 토지는 약간의 토지 성토작업이 이루어진 흔적은 있으나 다른 약초재배지처럼 약초를 식재한 흔적은 보이지 아니한다. (나) 처분청 담당공무원이 2018.2.23. 쟁점토지 현황을 조사한 후 작성한 조사복명서에서는 쟁점토지가 자연상태의 임야로서 고유업무에 사용하는 토지에 해당되지 아니한다고 조사복명하였으며, 첨부된 사진 4매에는 토지를 약초재배지로 사용하기 위하여 분토를 하는 등의 흔적이 나타나지 아니하고, 자연상태의 임야인 것으로 보여진다. (다) 청구법인은 이 건 토지 중 쟁점토지를 포함한 6필지 토지를 OOO부터 취득한 후 처분청에 취득세 감면신청을 하면서 6필지 토지를 약초원 조성부지로 사용할 계획이라는 사용계획서를 제출하였다. (라) 이 건 토지의 지목 및 면적은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 이 건 토지 지목 및 면적 (마) 청구법인이 쟁점토지상에도 정비공사를 하였다는 증빙으로 제출한 현장 사진은 다음과 같다. (바) 청구법인의 재무처가 2014.10.27. 이 건 토지에 약초원 조성공사를 하기 위하여 작성한 내부품의서에는 쟁점토지는 산림복원(소나무 3년생-500주)을 식재할 계획이었으나 취득세 추징에 대비하여 약초원 조성을 검토하기 바란다는 관재팀의 의견이 부전지로 첨부되어 있다. (사) 청구법인은 2014.11.9.부터 약초원 조성공사를 실시하고 장비대여비 등을 지출한 지출결의서, 지출내역 등을 제출하였다. (아) 청구법인은 쟁점토지를 학교용으로 사용하였다는 증빙으로 다음과 같은 자료를 제시하고 있다.
1. 청구법인은 2017.6.12. 이 건 토지를 포함한 OOO 외 56필지 토지 251,970㎡에 대하여 지방세 감면요청을 하면서 제출한 연구시설 조성현황 사진 10매(가설컨테이너 사진 및 하천사진, 등산로프 설치사진 등), 연구활동사진 28매를 증빙으로 제시하고 있다.
2. 생명과학/에코과학부 OOO 연구원이 작성하였다는 연구목표를 “기후변화에 따른 양서류 다양성 변화 실태조사 및 평가기준 구축하기 위하여 양서류 4종(북방산개구리, 도룡농, 두꺼비, 수원청개구리)을 첫출현일 기준값 제시”로 하여 OOO수목원에서 연구활동을 진행하고 있다는 5페이지 연구계획서를 제출하였다.
3. OOO수목원을 학생들의 현장실습장으로 사용하였다는 증빙으로 생물과학과의 2017년도 제1학기 강의계획안, 약학실습Ⅳ과목의 2014년도 제1학기 및 2016년도 제2학기 강의계획안Ⅱ, 식물다양성 과목의 2018년도 제1학기 강의계획안을 제시하고 있고, 당해 강의계획안에 OOO수목원에서 야외관찰수업 등을 한다는 내용이 기재되어 있다.
4. 청구법인은 2015년 7월에 작성한 “OOO 약초원 사업계획서”를 제출하였으며, 그 중 학생실습 등과 관련된 내용은 아래와 같다. (자) 청구법인은 2013.9.12. OOO와 이 건 토지 중 OOO 외 5필지 토지 32,265㎡에 대하여 매매대금을 OOO원으로, 잔금지급일을 2013.12.4.로 하는 매매계약을 체결하여 이 건 토지를 취득한 것으로 매매계약서에서 확인된다. (차) 청구법인과 처분청은 조세심판관 회의에 참석하여 쟁점토지중 2필지 토지OOO의 경우 2018년도분 재산세를 부과하면서 학교용으로 사용하고 있다고 보아 재산세를 감면하였으나 나머지 2필지 토지OOO은 감면대상에서 제외하였다고 진술하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 먼저, 청구법인은 쟁점토지를 전부 학교용으로 사용하고 있다고 주장하나, “학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산”이란 학교법인이 설치경영하는 학교의 교지·교사·체육장·실습 또는 연구시설 등과 같이 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것(대법원 1994.10.28. 선고 94누224 판결 외 다수, 같은 뜻임)인 바, 청구법인은 쟁점토지를 교육용으로 사용하였다는 증빙으로 제시한 약초원 사업계획서를 보면 이 건 토지를 취득한 후 쟁점토지는 산림복원을 위한 토지로 사용할 계획이었고 나머지 토지에 약초를 재배하기로 하였던 점, 실제로도 쟁점토지는 공부상 지목이 임야이고 사실상의 지목도 임야상태로 보존되어 있으며 교육용으로 사용하기 위한 특별한 시설이 확인되지 아니하는 점, 학생들의 일시적인 현장실습 사진만으로 자연상태의 임야를 구체적으로 어떠한 학습활동에 이용하였는지 알 수 없는 점, 제출된 연구계획안만으로 실제 쟁점토지와 연구활동(양서류 다양성 실태조사)의 관련성이 충분히 입증되지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점토지 전부를 학교용으로 사용하였다고 보기는 어렵다 할 것이지만, 처분청이 2015.11.27. 현장조사를 한 후 쟁점토지에 대하여 재산세를 감면하였고, 2018년도분 재산세를 부과하면서도 쟁점토지 중 2필지 토지에 대하여는 재산세를 감면한 점을 고려하면, 적어도 처분청이 계속하여 재산세를 감면한 2필지 토지의 경우에는 처분청 스스로 이를 학교용으로 사용한 것으로 인정하고 있다고 할 것이므로 이러한 토지까지 유예기간이 경과한 이후에 조사한 내용을 근거로 감면한 취득세를 추징한 처분은 잘못이라고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 부과처분이 중복세무조사금지의 원칙 및 행정의 자기구속의 법리에도 위배되므로 부당하다고 주장하나. 이 건 토지에 대하여 취득세 감면 후 감면의 적정성 여부를 판단하기 위해서는 3년의 유예기간이라는 시간적인 요건이 충족되고, 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였는지 여부 등 제반 사정을 확인한 이후에 이를 판단할 수 있는 것으로서 매년 토지의 현황에 따라 부과되는 재산세의 추징요건과는 차이가 있으며, 청구법인이 2015년도분 재산세에 대하여 이의를 제기하자 처분청 담당공무원이 2015.11.27. 현장을 조사하고 재산세를 감면한 것은 청구법인이 2013.12.4. 쟁점토지를 취득한 후 취득세 감면 유예기간이 경과되기 이전에 약초재배지를 순차적으로 조성하고 있으므로 쟁점토지도 약초재배지로 사용하고 있는 것으로 판단한 것에 불과하다고 보이고, 현장 사진에서도 쟁점토지의 현황과 관련된 사진이 확인되지 아니하는 점에서 현장 조사후 재산세를 계속 감면하였다는 사유로 유예기간이 경과할 때까지 쟁점토지를 교육용으로 사용하지 아니하였다고 보아 이 건 부과처분을 한 것이 중복세무조사에 따른 부과처분에 해당된다고 볼 수는 없다고 하겠으며, 또한, 기속행위에 속하는 지방세 부과처분에 있어서 지방세기본법제18조, 제20조 제3항 등에서 신의성실의 원칙 등을 규정하고 있으므로 이와 별도로 행정의 자기구속의 법리가 적용될 여지가 없고, 이 건의 경우에 있어서 재산세를 감면하였다는 사유만으로 이러한 신의성실의 원칙에 위배된다고 인정하기 어렵다고 판단된다.
(4) 끝으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 토지를 일괄하여 취득하였으므로 그 중 쟁점토지의 취득가액을 산정함에 있어서 시가표준액을 기준으로 안분하여야 한다고 주장하고 있으며, 지방세법 시행령제19조 제1항에서 부동산 등을 한꺼번에 취득하여 부동산 등의 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 한꺼번에 취득한 가격을 부동산등의 시가표준액 비율로 나눈 금액을 각각의 취득가격으로 한다고 규정하고 있으므로, 청구법인이 쟁점토지를 포함한 6필지 토지를 일괄 취득한 사실이 매매계약서에서 확인되고, 6필지 토지 중 쟁점토지의 가격이 구분되지 아니하므로 각각의 필지별 토지 취득가액을 시가표준액을 기준으로 안분하여 산정한 후 이를 취득세 과세표준으로 삼은 것이 타당하다 할 것임에도, 처분청에서 청구법인이 취득신고시 기재한 필지별 토지취득가격을 기준으로 쟁점토지의 취득가격을 산정하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.
(2) 지방세기본법 제80조(조사권의 남용 금지) ① 지방자치단체의 장은 적절하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 둘 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제88조 제4항 제2호 단서 또는 제96조 제1항 제3호 단서(제100조에 따라 국세기본법제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(3) 지방세법 시행령(2018.12.31. 대통령령 제29437호로 개정되기 전의 것) 제19조(토지 등의 일괄취득) ① 토지와 건축물 등을 한꺼번에 취득하여 토지 또는 건축물 등의 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 한꺼번에 취득한 가격을 토지와 건축물 등의 시가표준액 비율로 나눈 금액을 각각의 취득가격으로 한다.