[요지]
① 이 건 토지의 취득가격은 그 취득일까지 시화MTV사업과 관련하여 청구법인에게 지급의무가 확정된 집행금액에서 그 취득과 관련이 없는 비용을 차감하여 산출한 금액을 준공간주면적으로 나누어 제곱미터 당 취득가격을 산출하고, 이 금액을 쟁점토지 면적에 곱하여 산출하는 것이 타당함.② 지방세법 시행령 제18조 제2항 제4호에 따른 ① 부가가치세, 지방세법 시행령 제18조 제2항 제1호에 따른 ② 판매비, 이 건 토지와는 별개의 취득물건에 소요된 ③ 토취장 보상비, ④ 방조제건설비 배분비, ⑤ 광역도로건설비, 청구법인의 전체 건설자금이자 중 시화MTV사업 외에 소요된 부분을 안분하여 산출한 ⑧ 단지 외 건설자금이자는 이 건 토지의 취득가격으로 보기 어렵다고 판단됨. 다만, 수질개선비 및 환경개선비의 경우 인허가 조건 등을 이행하는 데에 소요된 비용으로 이 건 토지의 취득가격에 포함된다고 판단됨.
[주 문] OOO과 OOO이 2018.2.28. 및 2018.5.14. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 청구법인이 2012.12.3.～2015.11.23. 기간 동안 취득한 토지(면적 2,035,019㎡)의 취득가격은 OOO 사업지구 2차 준공시까지 투입한 총 사업비에서 부가가치세, 판매비용, 토취장 보상비, 방조제건설비 배분비용, 광역도로건설비용, 단지 외 건설자금이자를 제외한 금액을 해당 토지의 준공간주면적(6,701,707㎡)으로 나누어 산출한 1㎡당 취득가격에 공원, 도로 등 국가 등에 귀속되는 토지를 제외한 1,573,018.20㎡을 곱하여 산출한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 시행하는 OOO사업은 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지조성사업으로, OOO지구에서 공유수면을 매립하여 첨단·벤처 업종 등 지식기반 산업과 OOO 수변을 이용한 관광·휴양 기능이 조화를 이루는 친환경 첨단복합 산업단지를 조성하는 사업이다. 해당 사업은 2002년부터 2020년까지 3조 OOO원을 투입하여 9.99㎢를 매립·개발하는 방식으로 진행된다. 청구법인은 2012.12.3.부터 2015.11.23.까지 전체 사업부지 중 일부인 이 건 토지에 대한 준공인가를 받고 그 부분에 대해서 취득세 등을 신고·납부하였는데, 그 과세표준을 OOO의 예정사업비에 전체 사업부지 중 이 건 토지가 차지하는 비율을 적용하여 산출하였고, 이렇게 산정한 과세표준은 이 건 토지 준공일까지 실제 투입된 사업비를 기준으로 산정한 것보다 과다할 수밖에 없을 뿐만 아니라, 예정사업비는 일종의 예산에 불과한 것이라서 지방세법 제10조 제5항 제3호에 따른 법인장부 등에 따라 취득가격이 증명되는 경우로도 볼 수 없다. 따라서, 이 건 토지의 준공일까지 매립 등에 실제 소요된 비용을 기준으로 그 취득가격을 산출하는 것이 타당하다.
(2) 그 산정방법에 대해서 구체적으로 보면, OOO 조성사업에 투입된 사업비 OOO원(이하 “집행금액”이라 한다)에서 부가가치세나 다른 물건에 소요된 비용 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 제외한 OOO원(이하 “총 공사비”라 한다)을 각 공구별 면적에 사업진행률을 곱하여 산정한 면적 6,701,707㎡(이하 “준공간주면적”이라 한다)로 나누어 ㎡당 공사비OOO를 산정하고, 여기에 이 건 토지에서 공원, 도로 등의 면적을 제외한 1,573,018.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 곱하여 그 취득가격을 OOO원으로 산정하는 것이 타당하다.
(3) 아울러, 쟁점비용의 구체적인 내역과 취득가격에서 제외되어야 하는 이유에 대해서 보면, ① 부가가치세 OOO원 및 ② 판매비 OOO원의 경우 지방세법 시행령 제18조 제2항 제1호 및 제4호에 따라 취득가격에서 제외되는 것이고, ③ 토취장 보상비OOO원은 이미 토취장을 취득하면서 별도로 취득세를 신고납부하였으므로 이 건 토지의 취득가격에서는 제외되어야 하며, ④ 방조제건설비용 배분비 OOO원도 정부가 1994년도에 이미 완료한 방조제건설비용을 지방자치단체와 청구법인에게 배분한 것으로 이미 지출한 비용을 단지 본 사업 예산에 편성하여 분양원가에서 회수할 수 있도록 한 것이고, ⑤ 광역교통도로건설비 OOO원은 대규모개발사업의 경우 광역교통개선대책을 수립하여 도로를 건설하는바, 해당 도로는 단지 외에 건설되고 있으며 모두 국가와 지방자치단체에 귀속되는 시설이므로 해당 시설에 투입된 비용은 이 건 토지의 취득가격으로 볼 수 없으며, ⑥ 수질개선비 OOO원 및 ⑦ 대기환경개선비 OOO원은 환경부, 지방자치단체 등이 모여 사업계획을 수립하고 일부 사업을 청구법인이 수행하도록 정하고 그 사업비를 OOO사업에서 발생한 개발이익에서 충당하는 것이므로 이 건 토지 취득과는 구분되는 별개의 사업인바, 해당 사업에 소요된 비용은 이 건 토지의 취득가격으로 볼 수 없다. 마지막으로 건설자금 이자 중 취득물건과 별개로 차입하는 자금의 지급이자는 취득물건에 투자되었다는 것이 입증되지 않는 한 과세표준에서 제외함이 타당하므로 ⑧ 단지 외 공사를 목적으로 차입한 자금에 대한 이자에 해당하는 OOO원은 이 건 토지의 취득가격에서 제외함이 타당하다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 이 건 토지의 취득일까지 전체 토지에 투입한 공사비를 준공간주면적으로 나누어 산출한 단위당 공사비(제곱미터 당 공사비)에 이 건 토지의 면적을 곱하는 방식으로 이 건 토지의 취득가격을 산출하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점비용을 이 건 토지의 취득가격에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 지방세법 제10조(과세표준) ⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득
2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득
3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득
4. 공매방법에 의한 취득
5. 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같 은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득
(2) 지방세법 시행령 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용
2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.
3. 농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원 조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용
4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료
5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액
6. 부동산을 취득하는 경우 주택도시기금법 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다)외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.
1. 취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용
2. 전기사업법, 도시가스사업법, 집단에너지사업법, 그 밖의 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용
3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용
4. 부가가치세
5. 제1호부터 제4호까지의 비용에 준하는 비용
(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO 사업을 2002년 착공하여 2020년 완료할 예정으로 진행중이며, 총 사업비는 OOO원(예정), 총 조성면적은 9,994,907㎡[국토교통부 고시 제2017-672호(2017.10.18.)]이고, 그 사업 경위 등은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 사업 경위 등 (나) OOO은 2015.9.24. 이 건 토지에 대한 준공을 인가하였고, 그 내용을 2015.10.2. 공고OOO하였으며, 그 구체적인 현황은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 이 건 토지 준공 현황 (다) 청구법인은 2012.12.3.부터 2015.11.23.까지 이 건 토지에 대한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였고, 2018.2.28. 및 2018.5.14. 실제 투입된 공사비를 기준으로 과세표준을 경정하여 취득세 등 OOO원을 환급하여 달라고 경정청구를 제기하였으며, 처분청에서 이를 거부하자 심판청구를 제기하였다가 2019.9.11. 청구이유 변경서를 제출하면서 환급세액을 아래 ＜표3＞과 같이 변경하였다. ＜표3＞ 청구이유 변경서 상의 청구세액 (라) 청구법인은 제곱미터 당 취득가격을 산정하여 쟁점토지의 면적을 곱하는 방법으로 이 건 토지에 대한 취득가격을 경정하여야 한다면서 그 산정 방식을 아래 ＜표4＞와 같이 제출하였다. ＜표4＞ 이 건 토지의 취득가격 산정 방식(경정청구) (마) 청구법인은 각 공구의 예정사업비에서 실제 투입 공사비가 차지하는 비율을 각 공구별 진행률로 보고, 그 진행률을 각 공구별 면적에 곱하여 각 공구별 준공간주면적을 산정하여 이를 모두 합하는 방식으로 ＜표4＞의 준공간주면적을 산출하였다. (바) 청구법인은 전체 집행금액 OOO원에서 쟁점비용 OOO원을 제외하여 ＜표4＞의 총 공사비 OOO원을 산출하였고, 집행금액과 쟁점비용에 대한 산출 근거로 청구법인은 장부(전산회계시스템)에서 추출한 전산파일(청구법인 소명자료 제21호증)을 제출하였는데, 해당 문서에는 전체 집행금액 및 쟁점비용에 대한 내역(계정과목, 회계일자, 금액, 전표번호 등)이 구체적으로 기재되어 있다. (사) 청구법인은 쟁점비용에 대한 내역과 발생 근거를 아래 ＜표5＞와 같이 제출하였다. ＜표5＞ 쟁점비용 항목 및 발생 근거 (아) 청구법인이 제출한 자료에 따르면 쟁점비용은 다음과 같다.
① 부가가치세의 경우, 청구법인이 OOO 사업을 진행하면서 지출한 부가가치세로서 청구법인은 이에 대한 입증자료로 도급공사비의 회계전표 및 이를 정리한 집행내역을 제출하였고, 회계전표에는 각 공구별 시공사에게 지급한 기성금이 공급가액과 부가가치세액으로 구분하여 기재되어 있고, 집행내역은 회계전표번호를 비롯한 전표의 내용이 기재되어 있다.
② 판매비용의 경우, 청구법인은 이 건 토지의 원가로 회계처리한 항목 중 광고선전비나 물품구입비 내역을 제출하였고, 그 내역은 OOO건이며 금액은 OOO원으로 기재되어 있다.
③ 토취장 보상비의 경우 OOO 사업에 필요한 토석을 채취하기 위해서 취득한 토취장의 매입비용으로 토취장은 사업지구 외에 위치한 것으로 확인되고, 토지보상비, 지장물 보상비, 취득과 관련한 농어촌특별세 등의 항목을 합한 금액으로 나타난다.
④ 방조제건설비 배분비용의 경우 2000.7.31. 정부, 청구법인 등 유관기관은 청구법인이 1994년경 완공한 OOO 건설비용의 분담방법을 결정하고자 “OOO 건설비용분담 및 관리방안 수립을 위한 용역” 발주에 합의하여, OOO이 용역을 수행한 결과 방조제건설비용은 OOO 관련 사업별로 배분하되, OOO에 방조제건설비용 중 50%를 배분하고, 나머지는 OOO 확장사업OOO을 비롯한 4개 사업에 배분하도록 하면서 OOO사업에는 OOO원을 배부하고 이를 산업단지 분양원가에서 회수하도록 하였으며, 해당 부분을 발췌한 내용은 아래 ＜표6＞과 같다. ＜표6＞ 방조제건설비 배분내역(청구법인 소명자료 제9호증 중 일부 발췌)
⑤ 광역교통도로건설비의 경우, 청구법인은 대도시광역교통관리특별법에 따라 국토교통부장관 및 경기도지사 등과 협의하여 OOO사업으로 인한 광역교통개선대책을 수립하였고, 그 계획에 따라 제2외곽순환로와 연계하기 위한 OOO 설치, OOO 확장 및 대로 2-16호선 신설 등 12건의 사업을 시행하였고, 청구법인이 관련 사업을 직접 시행한 사실이 각 사업에 대한 OOO 공고(제2013-93호)에서 확인된다.
⑥ -1 수질개선비용의 경우, 국토교통부장관이 2001.1.30. 청구법인에게 보낸 공문(건설교통부 관리 58407-152) 등에 따르면, 당초 청구법인은 2005년까지 OOO에 대한 수질개선대책을 위해서 OOO원을 부담하되, 그 비용을 간석지내 공업단지 및 배후 주거단지 개발 이익 예상금과 자체자금으로 조달하도록 하였으나, 2001.1.1. 산업 입지 및 개발에 관한 법률 시행령이 개정되어 산업용지를 조성원가 이하로 분양하도록 결정되고 배후 주거단지의 개발계획이 수립되지 않아 개발이익금이 발생할 수 없게 되어, 수질개선대책비 전액을 청구법인 자체자금으로 조달하여야 하는 상황에 이르자 수질개선대책비용을 OOO원으로 감액하고 OOO 확장단지(OOO을 지칭함) 사업비에 포함하여 사업을 진행하도록 한 것으로 나타나고, 해당 부분을 발췌한 내용은 아래 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 청구법인 소명자료 제7호증 중 일부(1, 4페이지) 발췌
⑥ -2 한편, OOO 종합관리계획(청구법인 소명자료 제23호증)에 따르면, 수질개선사업은 2023년까지 OOO 해역 및 유역에서 추진되는 것으로 나타나고, 그 구체적인 사업내역은 아래 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ OOO 종합관리계획의 수질개선사업 내역
⑦ -1 환경개선비용의 경우, OOO이 2005.6.20. OOO에게 보낸 공문(OOO개발사업 환경영향평가 협의의견 통보) 및 붙임 문서(환경영향평가 협의내용)에 따르면, 정부, 청구법인으로 구성된 OOO지역 지속가능발전협의회가 2004년경 OOO지역에 관한 환경개선대책 로드맵을 확정하였고, 환경영향평가서 협의내용 중 관련 내용은 아래 ＜표9＞와 같다. ＜표9＞ 환경영향평가서 협의내용 중 일부(발췌)
⑦ -2 청구법인은 2006.8.28. 이사회를 개최하여 환경개선사업을 OOO사업과 병행하여 추진하면서 총 사업비를 OOO원에서 OOO원으로 변경하고 그 증가액 중 OOO을 환경개선사업에 편성한 사실이 청구법인의 이사회 회의록에서 확인되며, 환경개선사업 항목과 주요 내용은 아래 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ 환경개선사업(대기개선·수질개선) 주요 내용
⑧ 건설자금이자의 경우, 전체 집행금액에서 공유수면매립공사와 관련이 없는 부분에 해당하는 공사비가 차지하는 비율을 산출하고, 그 비율에 전체 건설자금이자를 반영하여 산출한 것으로 나타난다. (자) 청구법인은 수질개선비용 및 환경개선비용에 대한 처분청 의견(OOO산업단지와 관련한 인허가 조건 또는 원인자부담금에 해당)에 대한 항변자료로 처분청들로부터 부과받은 공공하수도 원인자부담금(OOO), 생활폐기물분담금(OOO), 생태계보전협력금(OOO), 해양생태계보전협력금(OOO)에 대한 내역을 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴보면, 청구법인은 예정사업비를 기준으로 하여 당초 취득세 등을 신고·납부하였는데, 예정사업비는 일종의 예산에 불과한 것이라서 사실상 취득가격의 산정 기준이 될 수 없는 점, 이 건 토지에 소요된 공사비 등을 정확하게 알 수 없다면 전체 사업부지에 소요된 공사비를 합리적인 기준에 따라 안분할 수밖에 없고, 청구법인이 제시한 방식(집행금액을 각 공구별 진행률에 따라 산정한 준공간주면적으로 나누어 제곱미터당 공사비를 산정하고, 그 금액을 쟁점토지 면적에 곱하는 방식)에 대하여 처분청도 별다른 이견이 없는 점 등에 비추어 이 건 토지의 취득가격은 그 취득일까지 OOO사업과 관련하여 청구법인에게 지급의무가 확정된 집행금액에서 그 취득과 관련이 없는 비용을 차감하여 산출한 금액을 준공간주면적으로 나누어 제곱미터 당 취득가격을 산출하고, 이 금액을 쟁점토지 면적에 곱하여 산출하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴보면, 처분청은 청구법인이 제출한 자료만으로는 총 집행금액이나 쟁점비용이 정확한 것인지 알기 어렵다는 의견이나, 청구법인이 제출한 소명자료(제21호증)에는 청구법인의 장부(전산회계시스템)에서 발췌한 상세내역(계정과목, 회계일자, 금액, 전표번호 등)이 담겨있는 점, 처분청에서 청구법인의 소명자료가 신뢰할 수 없는 자료라고 인정할 만한 정황이나 자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점비용의 산출근거로 제시한 전산회계시스템의 추출자료는 지방세법 제10조 제5항에서 규정한 법인장부 등에 따라 입증된 것이라고 판단된다. 한편, 처분청은 청구법인이 이 건 토지의 취득과 관련이 없다고 주장하는 쟁점비용에 대해서도 OOO사업과 관련한 인허가 조건에 따라 지출한 것이라면서 이 건 토지의 취득가격에 포함되어야 한다는 의견이나, ① 부가가치세의 경우, 지방세법 시행령 제18조 제2항 제4호에 따라 취득가격에서 제외되는 점, ② 판매비용의 경우, 물품비용이나 광고선전비로 지급된 것으로 이러한 비용은 지방세법 시행령 제18조 제2항 제1호에 따라 취득가격에서 제외되는 점, ③ 토취장 보상비의 경우, 이 건 토지 매립에 필요한 토석을 채취하기 위한 토취장을 매입하면서 지급한 것으로 이 건 토지와는 별개의 취득물건에 소요된 비용인 점, ④ 방조제건설비 배분비용의 경우, 청구법인이 실제로 지출한 비용이 아니라 이미 완공된 OOO방조제의 공사비 중 일부를 OOO 산업단지의 원가에 산입하여 청구법인에게 배분한 것에 불과한 점, ⑤ 광역도로건설비의 경우, 국토교통부장관 등이 OOO사업과 관련하여 수립한 광역교통개선대책에 따라 청구법인이 도로 등을 직접 건설하여 국가 등에 귀속시키기 위한 데에 소요된 비용으로 이 건 토지와는 별개의 물건에 직접적으로 소요된 비용인 점, ⑧ 단지 외 건설자금이자는 청구법인의 전체 건설자금이자 중 OOO사업 외에 소요된 부분을 안분하여 산출한 것인 점 등에 비추어 쟁점비용 중 부가가치세, 판매비용, 토취장 보상비, 방조제건설비 배분비용, 광역도로건설비용 및 단지 외 건설자금이자는 이 건 토지의 취득가격으로 보기 어렵다고 판단된다. 다만, 수질개선비 및 환경개선비의 경우, OOO사업에 대한 인허가 과정에서 청구법인이 수질개선사업 등을 충실히 이행할 것을 인허가 조건으로 명시한 점, 해당 사업으로 인한 편익이 이 건 토지에도 미칠 수밖에 없는 점 등에 비추어 해당 비용은 인허가 조건 등을 이행하는 데에 소요된 비용으로 이 건 토지의 취득가격에 포함된다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.