이 건 부동산 취득 당시 출자한도규정을 위반한 농업회사법인이 취득세 등이 감면되는 농업법인에 해당하는지 여부

[주 문] OOO군수가 2018.2.26. 청구법인에게 한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO(가산세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.7.5. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조에 따라 설립된 농업회사법인으로, 2014.9.18. <별지1> 목록 기재 부동산(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득하고 지방세특례제한법제11조 제2항에 따라 농업법인이 영농·유통·가공에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등의 100분의 50을 감면받았다.
• 나. 처분청은 농업법인 실태조사 결과 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 비농업인의 출자한도를 초과하여 농업회사법인의 설립요건을 충족하지 못하였다고 보아 지방세특례제한법제11조 제2항에 따른 감면을 배제하여 2018.2.26. 청구법인에게 기감면받은 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.25. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 청구법인은 2012.7.5. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조에 따른 농업회사법인으로 설립되어 2014.9.18. 이 건 부동산을 취득한 후 이 건 부동산 등에서 농축산물의 생산, 가공, 유통, 판매사업 등을 계속하여 영위하여 왔고, 설립 후 이 건 취득세 등 부과처분을 받은 2018년 2월까지 위 법 제20조의2에 따른 실태조사를 받거나 시정명령을 받은 사실이 없다. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법령에 따르면 농업회사법인으로 설립된 후 청구법인의 사정으로 농업회사법인의 설립요건이 일부 충족되지 않은 경우 시정명령을 하여야 하고, 시정명령에도 불구하고 복구가 되지 않으면 해산명령을 통해 농업회사법인을 해산할 수 있을 뿐 농업회사법인의 설립요건을 위반하였다는 사정만으로 농업회사법인의 설립이 당연무효가 된다거나 설립이 취소되는 것은 아니다. 나.처분청 의견 지방세특례제한법제11조 제1항에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 “농업법인”이라 한다고 하고 있고, 청구법인은 농업회사법인으로서 지방세특례제한법제11조 제2항에 따라 이 건 부동산을 취득하고 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 감면신청을 하였으므로 청구법인이 취득세 등 감면대상에 해당하기 위해서는 우선적으로 납세의무 성립일인 이 건 부동산의 취득일에 청구법인이 농업법인에 해당하여야 할 것이다. 이 건 부동산의 취득일인 2014.9.18. 당시 청구법인의 지분 100%를 보유하고 있던 대표이사 OOO은 청구법인의 설립일 이전부터 소유하고 있던 농지를 2012.8.6. 매각한 상태로서 청구법인의 유일한 출자자인 OOO이 이 건 부동산의 취득일에 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제2조 제1호에 따른 농업인에 해당하지 않은 점, 위 법 시행령 제18조 제1항에서 농업인 등이 아닌 자가 농업회사법인에 출자할 수 있는 한도를 총 출자액의 100분의 90으로 규정하고 있음에도 불구하고 이 건 부동산의 취득일에 농업인이 아닌 OOO의 출자한도가 총 출자액의 100분의 90을 초과한 것이 확인되는 점 등에 비추어 청구법인은 이 건 부동산의 취득일에 농업회사법인에 해당하지 않는 것으로 보인다. 따라서 청구법인의 이 건 부동산 취득에 대하여 감면을 배제하고 감면된 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 부동산 취득 당시 출자한도규정을 위반한 농업회사법인이 취득세 등이 감면되는 농업법인에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지2> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 설립 및 소유 주식 현황 등은 다음과 같다.

1. 청구법인은 2012.7.5. OOO에서 자본금을 OOO천만원으로 하고 농축산물의 생산, 가공, 유통 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

2. OOO은 자본금 OOO천만원을 전액 출자하여 청구법인을 설립하고 2018.4.10.까지 청구법인의 총 발행주식 5,000주(@OOO자본금 OOO천만원)를 전부 소유하다가, 2018.4.10. 농업인인 OOO에게 위 주식 중 11%(550주)를 양도하여 청구법인의 주주명부에 2018.4.20. OOO이 4,450주(89%)를, OOO가 550주(11%)를 각 소유한 것으로 등재된 것으로 나타난다.

3. OOO은 2009.6.29. OOO답 2,602㎡를 취득하여 경작하였고, 2009.7.27. OOO에 대한 농지원부가 최초 작성되었으나, 2012.8.10. OOO이 위 농지를 매각하고 새로이 농지를 취득하지 아니함에 따라 이 건 부동산 취득일 현재 농업인에 해당하지 아니한 것으로 확인된다.

4. OOO는 2009.7.22. 농업경영체로 등록하고 OOO등에서 농지를 경작하는 농업인인 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2014.9.18. 이 건 부동산을 OOO에 취득하고 지방세특례제한법제11조 제2항에 따라 농업회사법인이 영농·유통·가공에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 다음 <표1>과 같이 취득세 등의 100분의 50을 감면받았다. <표1> 취득세 등 신고 및 감면내역 (단위: 원, %) (다) 농림축산식품부장관은 2017년 농업법인 실태조사를 실시하여 청구법인의 발행주식 중 비농업인OOO보유 출자지분의 비율이 비농업인의 출자한도(100분의 90)를 초과하는 것으로 확인하여 2018.3.26. 청구법인에게 시정조치 사전통지서를 송부한 것으로 나타난다. (라) 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 비농업인의 출자한도를 초과하여 농업회사법인의 설립요건을 충족하지 못하였다고 보아 2018.2.26. 청구법인에게 다음 <표2>와 같이 취득세 등 합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다. <표2> 취득세 등 부과내역 (단위: 원, %) 0.03%1,200일(가산일수: 자진신고 납기일부터 2018.2.1.까지 적용) (마) 농림축산식품부 농업정책국 경영인력과 담당공무원의 국민신문고 민원회신(접수일 2018.4.26.)에 따르면 ‘농업법인 실태조사로 비농업인 출자한도를 위반한 경우’와 관련하여 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법령의 요건을 갖추어 적법하게 설립되었으나 불가피한 사유로 농업인 지분이 10% 미만으로 변경된 농업회사법인을 법령상 제한에 따라 ‘농업회사법인’으로 볼 수 없는지에 대하여 ‘당연부정’되어야 한다고 볼만한 근거규정이 없으므로 그 즉시 농업회사법인에 해당하지 않는다고 보기는 어려움이 있다는 취지로 회신한 것으로 나타난다. (바) 행정안전부의 농업회사법인 설립 이후 설립요건 미충족시 추징대상 여부 관련 질의회신[지방세특례제도과-1497(2017.11.2.)]에 따르면, 농업회사법인을 설립하여 농지 취득시 감면을 받고 영농목적으로 사용하고 있으나 추징 유예기간 내에 설립요건을 미충족하게 된 경우 추징여부와 관련하여 ‘영농조합법인을 설립하여 부동산 취득시 감면을 받고 영농 목적으로 사용하면서 추징 유예기간 내에 조합원의 수가 5인에서 3인으로 변경되어 영농조합법인의 설립요건을 미충족하게 되었다고 하더라도, 부동산 취득 당시 감면요건을 충족하였고 감면요건을 충족한 이후 사후관리 측면에서 영농조합법인의 설립요건 미충족 사유를 별도의 추징규정을 두고 있지 않는 한 감면된 취득세를 추징할 수 없다’고 답변한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제11조 제2항은 농업회사법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제2조 제2호는 "농업법인"이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제19조는 제1항에서 농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다고 규정하고, 같은 조 제2항에서 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제18조 제1항에서 농업인이 아닌 자가 농업회사법인에 출자할 수 있는 한도와 관련하여 ‘법 제19조 제2항에 따라 농업인 또는 농업생산자단체가 아닌 자가 농업회사법인에 출자할 수 있는 한도는 다음 각 호와 같다’고 규정하면서 그 제1호에서 ‘농업회사법인의 총출자액이 OOO억원 이하인 경우: 총출자액의 100분의 90’로 규정하고 있다. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 비농업인의 농업회사법인 출자한도를 초과하였으므로 지방세특례제한법 제11조 제2항에 따라 취득세가 감면되는 농업법인에 해당하지 아니한다고 보았으나, 청구법인은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따라 적법하게 설립된 농업회사법인으로, 이 건 부동산의 취득 당시 비농업인의 출자한도를 위반하였다 하여도 당연무효·설립취소·해산 등에 의해 법인 설립 자체가 부인되지 않는 한 여전히 위 법률에 따른 농업회사법인에 해당한다 할 것인 점, 이 건 부동산 취득 당시 시행 중이던 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법령에는 농업법인의 설립요건 위반에 대한 조치가 규정되어 있지 아니하다가 이 건 부동산 취득 이후 개정된 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2015.1.6. 법률 제12961호로 일부개정된 것)에서 비농업인이 보유한 출자지분이 법 제19조 제2항에서 정한 출자한도를 초과하는 경우 시정명령을 명하고, 시정명령에 3회 이상 불응하거나 위 출자한도를 초과한 후 1년 이상 경과하는 경우 법원에 해당 농업법인의 해산을 청구할 수 있도록 규정하고 있는 등 비농업인이 보유한 출자지분이 법 제19조 제2항에서 정한 출자한도를 초과한다 하여 농업법인의 설립이 당연히 부인되지 않는 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 부동산 취득 당시 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따라 설립된 농업회사법인에 해당한다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지2> 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다.

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2015년 12월 31일까지 경감한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2015.1.6. 법률 제12961호로 일부개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농업인"이란 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 가목에 따른 농업인을 말한다.

2. "농업법인"이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다. 제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립) ④ 영농조합법인 및 영어조합법인의 해산명령에 관하여는 상법 제176조를 준용한다. 이 경우 관할 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를 말한다. 이하 같다)·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)은 법원에 영농조합법인 또는 영어조합법인의 해산을 청구할 수 있다.

⑤ 영농조합법인 및 영어조합법인의 설립, 출자, 사업, 정관 기재사항 및 해산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

⑤ 농업회사법인 및 어업회사법인의 해산명령에 관하여는 제16조 제4항을 준용한다.

⑥ 농업회사법인 및 어업회사법인의 설립·출자, 부대사업 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ 농업회사법인의 농업생산자단체 조합원이나 준조합원 가입에 관하여는 제17조 제3항을 준용하고 어업회사법인의 어업생산자단체 조합원이나 준조합원 가입에 관하여는 제17조 제4항과 제5항을 준용한다.

⑧ 농업회사법인 및 어업회사법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 상법 중 회사에 관한 규정을 준용한다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령(2015.7.6. 대통령령 제26376호로 일부개정되기 전의 것) 제18조(농어업인 등이 아닌 자의 출자한도) ① 법 제19조 제2항에 따라 농업인 또는 농업생산자단체가 아닌 자가 농업회사법인에 출자할 수 있는 한도는 다음 각 호와 같다.

1. 농업회사법인의 총출자액이 80억원 이하인 경우: 총출자액의 100분의 90

2. 농업회사법인의 총출자액이 80억원을 초과하는 경우: 총출자액에서 8억원을 제외한 금액

(4) 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법(2015.6.22. 법률 제13356호로 제명개정 및 일부개정되기 전의 것) 제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "농어업인"이란 다음 각 목의 자를 말한다.

• 가. 농업인: 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자

(5) 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26681호로 일부개정되기 전의 것) 제3조(농어업인의 기준) ① 법 제3조 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

1. 1천제곱미터 이상의 농지(농어촌정비법 제98조에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람

2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람

3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람

4. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 제1항에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하·유통·가공·수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람

5. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통·가공·판매활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람