농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.12.29. OOO외 1필지 토지 21,789㎡(이하 "이 건 토지"라 한다) 중 12,613㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고 지방세특례제한법〔2015.12.29. 법률 제13637호로 개정(시행 2016.1.1.)되기 전의 것, 이하 같다〕제11조 제1항에 따라 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 2017.3.21. 쟁점토지의 현장을 조사하고 청구법인이 동 토지를 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2017.8.8. 청구법인에게 기 면제한 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.10.20. 이의신청을 거쳐 2018.3.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 토지를 매도인 OOO(이하 “매도인”이라 한다)과 분할·매수하기로 약정하고 2015.12.29. 쟁점토지를 먼저 취득한 후 나머지 토지 지분의 소유권을 취득할 때까지 쟁점토지에 대한 사용승낙과 설정된 담보등기에 대한 말소 등을 협의하기 위하여 매도인과 수차례 연락을 시도하였으나 1년이 넘게 연락이 두절되었고 추후 매도인이 구치소에 수용(2016.3.1.∼2017.2.27.)되어 있는 사실을 비로소 알게 되었는바, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 경작할 수 없었던 것은 매도인의 행방을 알 수 없어 위의 문제를 해결할 방법이 없었기 때문으로 그와 연락이 두절된 2016년 3월경부터 다시 행방을 알게 된 2017년 3월경까지의 기간을 유예기간에서 제외하면 쟁점토지의 취득일부터 1년이 넘지 않은 시점인 2017년 6월경부터 매도인으로부터 나머지 토지 지분을 매수(동 토지에 대하여 취득세 등을 면제 받음)하여 쟁점토지에 농작물을 심어 경작하고 버섯재배를 위한 비닐하우스 설치를 준비하고 있음에도 처분청이 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인과 매도인 간에 작성된 부동산 매매계약서에 따르면 청구법인이 쟁점토지를 취득하는 것은 농작물 경작 등의 영농 목적이 아니라 창고부지로 허가를 득한 상태에서 창고를 건축하고자 매입하는 것이라고 명시되어 있고, 매도인은 청구법인이 쟁점토지에 목적사업의 인·허가를 득하기 전까지 방해가 될 수 있는 저당권, 지상권, 임차권 등의 모든 제한물권을 제거하여 청구법인이 완전한 소유권을 행사할 수 있도록 하여야 하는 의무이행 조항과 함께 쌍방 간의 채무불이행시 서면으로 계약을 해제하고 손해배상을 청구 할 수 있는 조항이 명시되어 있으므로 매도인이 행방불명 등의 이유로 그 의무를 이행하지 못할 경우 청구법인은 계약을 해제하고 손해배상 청구 등의 민사상의 절차를 이행할 수 있었다고 보여지며, 설령, 청구법인이 쟁점토지를 영농 목적으로 사용하고자 하였다고 하더라도 동 토지에는 청구법인이 취득하기 오래전부터 이미 매도인을 채무자로 하여 설정된 근저당권 및 지상권으로 인하여 공동소유자인 청구법인은 아무런 행위도 할 수 없는 상태로 청구법인은 쟁점토지를 취득하는 즉시 근저당권과 지상권의 제거를 매도인에게 촉구했어야 함에도 이를 이행하지 아니하였으므로 동 토지를 유예기간 내에 영농 목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵고, 쟁점토지를 유예기간인 1년이 경과하도록 아무런 행위 없이 방치하다가 그 이후 경작하여 수확을 하고, 버섯재배사로 사용할 계획이 있다고 하더라도 이미 성립한 취득세 납세의무에는 아무런 영향을 줄 수 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2015.11.2. OOO를 본점 소재지로, 버섯유통 도·소매업, 음식업, 프랜차이즈업, 종균 배양 연구·판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 농업회사법인이다. (나) 청구법인(매수인)은 2015.11.2. 매도인과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였고 주요내용은 아래와 같다. (다) 청구법인은 2015.12.29. 쟁점토지를 취득하고 지방세특례제한법제11조 제1항에 따라 농업법인이 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세 등을 면제받았다. (라) 처분청의 담당공무원이 2017.3.21. 쟁점토지에 현지 출장하여 작성한 사후관리 출장결과보고서(사진첨부)의 내용은 아래와 같다. (마) 이 건 토지의 등기사항전부증명서에는 2011.4.5.부터 현재까지 OOO의 지상권(목적: 건물 기타공작물이나 수목의 소유, 범위: 토지의 전부, 존속기간: 설정등기일로부터 만 30년) 및 근저당권(채무자 매도인, 채권최고액 금OOO)이 설정되어 있는 것으로 나타난다. (바) 청구법인이 제출한 자료에 따르면, 매도인은 2016.3.1.부터 2017.2.27.까지 OOO에서 수용되었던 것으로 나타나고, 청구법인은 2017.9.29. 이 건 토지 중 매도인의 나머지 지분에 대하여 소유권이전등기(등기원인 2017.6.7. 매매)를 한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 유예기간 내에 영농에 직접 사용하고자 하였으나 매도인의 구치소 수용으로 인하여 토지사용 승낙 등이 지연됨에 따른 것이라 주장하나, 지방세특례제한법제11조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”라 함은 부동산의 취득 이후에 발생한 법령상, 사실상의 장애사유로 당해 부동산을 사용할 수 없게 된 사유 등을 말하는 것이고, 부동산을 취득할 당시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이며, 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 외부적 사유는 당해 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다 할 것(대법원 2002.4.26. 선고 2000두10038 판결, 같은 뜻임)인바, 쟁점토지의 매매계약서 및 등기부등본 등에 따르면 청구법인이 동 토지를 취득하기 전에 설정된 지상권 및 저당권 등으로 인하여 그 사용에 제한이 있었던 사정을 충분히 알 수 있었거나 설령 몰랐다 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 이를 알 수 있었던 것으로 보이므로 청구법인이 이러한 장애사유를 해소하기 위하여 노력하였다 하더라도 동 사유로 인하여 쟁점토지를 유예기간 내에 영농에 직접 사용하지 못한 것이라면 이를 정당한 사유로 보기는 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 지방세특례제한법〔2015.12.29. 법률 제13637호로 개정(시행 2016.1.1.)되기 전의 것〕 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우