[요지] 부동산 등을 취득함에 따라 성립한 취득세 납세의무와 주식을 취득함에 따라 성립한 과점주주 취득세 납세의무는 별개이므로 주식발행법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세 등을 감면받았다 하더라도 과점주주에 따른 취득세 등이 당연히 감면되는 것은 아닌 점 등에 비추어 이 건 취득세 등은 조세특례제한법및 지방세특례제한법에 따른 감면대상이 아니라 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[요지] 부동산 등을 취득함에 따라 성립한 취득세 납세의무와 주식을 취득함에 따라 성립한 과점주주 취득세 납세의무는 별개이므로 주식발행법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세 등을 감면받았다 하더라도 과점주주에 따른 취득세 등이 당연히 감면되는 것은 아닌 점 등에 비추어 이 건 취득세 등은 조세특례제한법및 지방세특례제한법에 따른 감면대상이 아니라 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[참조결정] 조심2013지0929 / 조심2012지0645
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 법인은 2015.8.19. 이 건 선박을 취득한 후,조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것, 이하 같다) 제121조의15 제1항 제1호에 따라 취득세 표준세율(1천분의 30)의 1천분의 20을 경감받았고, 청구법인은 이 건 법인의 주식을 취득하는 방법으로 이 건 선박을 취득한 후 국제선박으로 사용하고 있으므로 청구법인이 이 건 법인의 과점주주가 되었다 하더라도 이 건 선박에 대한 과점주주 취득세는 위의 조항에 따라 과점주주 취득세율(1천분의 20)에서 1천분의 20을 경감하여야 할 것(대법원 2011.1.27. 선고 2009두20816 판결, 같은 뜻임)것인바, 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다. (2)조세특례제한법제121조의15 제1항 제1호는 국제선박에 대한 취득세 면제 조항이므로 청구법인이 이 건 법인의 주식을 취득하는 방법으로 이 건 선박의 소유권을 취득하였다고 하더라도 이 건 선박이조세특례제한법제121조의15 제1항 제1호에 따른 취득세 경감 대상이라는 사실은 다툼이 없으므로 과점주주에 따른 이 건 취득세 등도 당연히 경감되어야 한다.
(3) 국제선박으로 등록하여 취항 중인 선박을 취득한 경우 그 취득일부터 6개월 내에 취득자 명의로 변경 등록을 하였는지 여부에 관계 없이 취득세 면제대상이라 할 것(조심 2012지645, 2012.12.6., 같은 뜻임)이므로 이 건 선박을 청구법인 명의로 변경하지 않았다고 하여조세특례제한법제121조의15 제1항 제1호의 적용을 배제하는 것은 부당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) OOO주식회사(이 건 법인)은 2015.8.19. OOO에서 건조된 이 건 선박을 OOO에 취득한 후, 2015.8.28. 이를 국제선박(선적항: OOO)으로 등록하고,조세특례제한법제121조의15 제1항 제1호에 따라지방세법제12조 제1항 제1호 4)의 세율(1천분의 20.2)에서 1천분의 20을 경감하여 산출한 취득세 OOO을 처분청에 신고․납부하였다. (나) 처분청은 청구법인이 2015.8.20. 이 건 법인의 주식 100%를 취득하여 과점주주가 되었으나, 과점주주에 따른 취득세 등을 신고․납부하지 않았다고 보아 2017.12.11. 청구법인에게 이 건 선박의 장부상 가격 OOO(리스자산 중 자본화 가격)을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 취득세 등 OOO을 부과․고지하였다. (다) 청구법인은 이 건 법인의 주식을 취득하는 방법으로조세특례제한법제121조의15 제1항 제1호에 따른 취득세 면제 대상인 이 건 선박을 취득하였으므로 과점주주에 따른 취득세 등도 동 규정에 따라 면제되어야 한다고 주장한다. (2)지방세법제7조 제5항에서 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고,조세특례제한법제121조의15 제1항 제1호에서 2015.12.31.까지 국제선박으로 등록하기 위하여 취득하는 선박으로서 OOO을 선적항으로 하는 경우에는지방세법제12조 제1항 제1호에 따른 취득세율에서 1천분의 20을 경감한다고 규정하고 있으며,지방세특례제한법제57조의2 제5항 본문에서 같은 항 각 호에 해당하는 경우에는 2015.12.31.까지지방세법제7조 제5항에서 규정한 과점주주 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대,지방세법제7조 제5항에서 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 과점주주가 주식발행법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는 점, 부동산 등을 취득함에 따라 성립한 취득세 납세의무와 주식을 취득함에 따라 성립한 과점주주 취득세 납세의무는 별개이므로 주식발행법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세 등을 감면받았다 하더라도 과점주주에 따른 취득세 등이 당연히 감면되는 것은 아닌 점, 청구법인은지방세특례제한법제57조의2 제5항 각 호에서 규정한 과점주주 취득세 면제 대상에 해당하지 않는 점, 이 건 선박의 공부상 소유자 및 국제선박으로 등록한 자는 청구법인이 아니라 OOO주식회사이므로 청구법인이 납부하여야 하는 이 건 취득세 등은조세특례제한법제121조의15 제1항 제1호에 따른 경감대상이 아닌 점, 청구법인이 인용한 판례(대법원 2011.1.27. 선고 2009두20816 판결)는 과점주주가 부동산 등을 취득함에 따른 과점주주 취득세도지방세법또는 기타 법령에서 정한 비과세 또는 감면요건을 충족하면 비과세 또는 감면된다는 취지로서 해당 법인이 부동산 등을 취득하여 취득세를 감면받았다 하여 해당 법인의 과점주주가 됨에 따른 과점주주 취득세도 당연히 감면된다고 판결한 것이 아닌 점(조심 2013지0929, 2014.1.6., 같은 뜻임) 등에 비추어 이 건 취득세 등은조세특례제한법및지방세특례제한법에 따른 감면 대상이 아니라 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세 기본법제96조 제4항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법 제7조[납세의무자 등] ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등(법인이신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산 등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는지방세기본법제44조를 준용한다. 제12조 [부동산 외 취득의 세율] ① 다음 각 호에 해당하는 부동산등에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
1. 선박
4. 수입에 의한 취득 및 주문 건조에 의한 취득: 1천분의 20.2
(2) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제121조의15[국제선박 등록에 대한 지방세 감면] ①국제선박등록법 제4조에 따라 국제선박으로 등록하기 위하여 취득하는 선박으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 선박을 2015년 12월 31일까지 취득하는 경우에는지방세법제12조 제1항 제1호에 따른 취득세율에서 1천분의 20을 경감하여 취득세를 과세하고, 지방교육세를 면제한다. 다만, 선박의 취득일부터 6개월 이내에 국제선박으로 등록하지 아니한 경우에는 경감된 취득세 및 면제된 지방교육세를 추징한다. 1.제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제221조 제1항에 따른 선박등록특구를 선적항으로 하는 선박
2. 대통령령으로 정하는 외국선박
(3) 지방세특례제한법 제57조의2[기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면] ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 2015년 12월 31일까지지방세법제7조 제5항에 따라 과점주주가 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 보아 부과하는 취득세를 면제한다. 다만, 제8호의 경우에는 2016년 12월 31일까지 해당 취득세를 면제한다. 1.금융산업의 구조개선에 관한 법률제10조에 따른 제3자의 인수, 계약이전에 관한 명령 또는 같은 법 제14조제2항에 따른 계약이전결정을 받은 부실금융기관으로부터 주식 또는 지분을 취득하는 경우
2. 금융기관이 법인에 대한 대출금을 출자로 전환함에 따라 해당 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 경우 3.독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 해당 지주회사의 설립ㆍ전환일부터 3년 이내에독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사의 요건을 상실하게 되는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다. 4.예금자보호법제3조에 따른 예금보험공사 또는 같은 법 제36 조의3에 따른 정리금융회사가 같은 법 제36조의5 제1항 및 제38조에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우
5. 한국자산관리공사가금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률제26조 제1항 제1호에 따라 인수한 채권을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우 6.농업협동조합의 구조개선에 관한 법률에 따른 농업협동조합 자산관리회사가 같은 법 제30조 제3호 다목에 따라 인수한 부실자산을 출자전환함에 따라 주식 또는 지분을 취득하는 경우 7.조세특례제한법제38조 제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환ㆍ이전으로 완전자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 같은 법 제38조제2항에 해당하는 경우(같은 조 제3항에 해당하는 경우는 제외한다)에는 면제받은 취득세를 추징한다. 8.자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인의 주식을 취득한 경우