청구법인이 판결을 원인으로 취득한 토지를 등록세 감면대상에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 대구지방법원의 소유권이전등기 확정 판결(2017.9.28. 선고, 2016가합208123 판결, 이하 “법원판결”이라 한다)에 따라 OOO외 3필지의 유지 등 29,287㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)의 소유권을 1970.1.12.자로 취득하고 위 토지의 소유권을 청구법인 명의로 등기하기 위하여지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 구지방세법이라 한다) 제266조 제2항 제1호에서 규정한농어촌정비법에 의해 농업생산기반정비계획에 따라 취득하는 농업기반시설용 토지로 하여 2017.10.30. 등록세 등의 감면 신청서를 제출하였으나, 2017.11.1. 처분청이 이를 반려하자 2017.11.21. 등록세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 신고·납부하고, 2017.11.9. 기 신고·납부한 세액에 대하여 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2017.12.1. 이 사건 토지는 취득원인이 구농촌근대화촉진법에 따른 농지개량시설의 이관이므로, 구지방세법제266조 제2항 제1호의 규정에 따른 농업기반시설용 토지에 해당하지 아니하여 감면요건을 충족하지 못하였다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.1.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 사건 토지는 1932년 10월경 OOO의 사업계획인가를 받아 OOO일대에 설치한 농업생산기반시설OOO의 부지와 이에 부속되는 수로 부지로 법원판결에 따라 1970.1.12. OOO에서 OOO농지개량조합으로의 이관을 원인으로 청구법인이 소유권을 취득한 것으로, 구농촌근대화촉진법제16조에서 조합이 설치자로부터 이관된 농지개량시설을 인수하여 관리하는 경우 농지개량시설의 설치에 관하여 발생한 국가·지방자치단체 또는 OOO의 권리의무는 조합이 포괄승계한다고 규정하고 있고,농어촌정비법부칙 제6조에서는 구농촌근대화촉진법에 의한 농지개량 사업 및 농지개량시설은농어촌정비법에 의한 농업생산기반 정비사업 및 농업생산기반시설로 본다고 규정한 바, OOO은 국가OOO의 농업생산기반정비계획에 따라 이 사건 토지를 설치한 것이고, 청구법인의 전신인 OOO으로부터 이 사건 토지를 이관 받아 그 권리의무를 포괄승계한 것으로 청구법인이 국가·지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업기반시설용 토지임이 명백하여 구지방세법제266조 제2항 제1호 규정에 의한 등록세 감면 대상에 해당됨에도 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 이 사건 토지의 권리의무를 포괄승계한 것이 인정된다는 법원판결만으로 이 사건 토지가 구지방세법제266조 제2항 제1호의 감면 규정에 부합한다는 청구법인의 주장은 구체적인 자료를 제출하지 않아 인정하기 어려우며, 이 사건 토지가 국가·지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업기반시설용 토지 등에 해당한다고 인정된다 하더라도, 이 사건 토지의 취득일은 1970.1.12.이고, 등기접수일은 2017.11.28.로, 2011.1.1. 전부 개정된지방세법부칙 제6조에서 이 법 시행 전에 이 법에 규정된 취득세 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기하거나 등록하는 자는 종전의 규정에 따른 등록세 및 지방교육세의 납세의무를 진다는 규정에 의해 청구법인은 등록세 납세의무가 있으며, 구지방세법부칙 제2조에서 구지방세법제266조에 대한 적용시한을 2010.12.31.로 규정한 바, 구지방세법제29조 제1항 제2호에서 등록세의 납세의무성립 시기는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때라고 규정하고 있고,지방세특례제한법부칙 제2조(일반적 적용례)에서 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하면서 이 사건 토지의 등록세 납세의무 성립시기에 등록세에 대한 감면은 별도로 정하지 않은 바, 처분청이 청구법인의 등록세 등에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 판결을 원인으로 취득한 토지를 등록세 감면대상에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에 의하여 확인되는 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인의 등기사항증명서상 설립일은 2000.1.1.이며, 목적란에는 청구법인이 환경친화적으로 농어촌정비사업을 시행하고 농업기반시설을 종합관리하며 농업인의 영농규모 적정화를 촉진함으로써 농업생산성을 증진시키고 농어촌의 경제 사회적 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 기재되어 있다. (나) 법원판결서상의 주문에는 피고(대한민국)가 원고(청구법인)에게 이 사건 토지에 대하여 1970.1.12.자 이관을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행하라고 기재되어 있으며, 이 사건 토지의 등기부등본상 소유권이전등기에 대한 원인일은 1970.1.12., 접수일은 2017.11.28.로 확인된다. (다) 청구법인은 이 사건 토지가농어촌정비법에 의해 농업생산기반정비계획에 따라 취득하는 농업기반시설용 토지에 해당하는 것으로 보아 2017.10.30. 등록세 등의 감면 신청서를 제출하였으나, 2017.11.1. 처분청이 아래의 사유로 이를 반려하자 2017.11.21. 등록세 등 OOO을 신고·납부하고, 기 신고·납부한 세액에 대하여 경정청구를 하였으나 처분청은 2017.12.1. 이를 거부하는 통지를 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 구지방세법제29조 제1항에서 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다고 규정하면서 그 제2호에서 등록세는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록을 하는 때를 규정하고 있고, 같은 법 제266조 제2항에서 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따라 설립된 OOO가 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다고 규정하면서 그 제1호에서 OOO가 농어촌정비법에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 농업생산시설기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물에 대하여는 등록세 등을 면제한다고 규정하고 있으며, 그 부칙 제2조에서 위 조항은 2010.12.31.까지 적용한다고 규정하고 있다. 또한, 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정된 것) 부칙 제6조에서 이 법 시행 전에 이 법에 규정된 취득세 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기하거나 등록하는 자는 종전의 규정에 따른 등록세 및 지방교육세의 납세의무를 진다고 규정하고 있으며, 지방세특례제한법에는 OOO에 대한 등록세 면제규정은 없는 것으로 나타난다. 청구법인은 이 사건 토지의 등록세 등이 구 지방세법제266조 제2항에 따라 면제되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 자료만으로는 이 사건 토지가 국가 또는 지방자치단체의 농업생산시설기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업기반시설용 토지 등인 사실이 확인되지 아니하여 위 조항에 따른 등록세 등의 감면대상으로 보기 어려운 점, 청구법인은 2017.11.28. 이 사건 토지를 자신의 명의로 등기하여 등록세 등의 납세의무가 성립하였으나 이 당시 시행되는 지방세특례제한법 등에 등록세 면제규정은 없었던 점 등에 비추어, 청구법인이 이 사건 토지를 자신의 명의로 등기함에 따른 등록세 등을 면제대상으로 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률

(1) 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제29조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.

1. 취득세: 취득세 과세물건을 취득하는 때

2. 등록세: 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때 제266조(농어민관련사업 등에 대한 감면) ②한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따라 설립된 한국농어촌공사가 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다.

1. 한국농어촌공사가 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제18조·제20조·제24조 및 제44조의 규정에 의하여 취득·소유하는 부동산과 농지법에 의하여 취득하는 농지 및 농어촌정비법에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물에 대하여는 취득세·등록세 및 재산세를 면제한다. 부칙 제2조(적용시한) 제5장(제261조부터 제268조까지, 제268조의2, 제268조의3, 제269조부터 제273조까지, 제273조의2, 제274조, 제274조의2, 제275조부터 제277조까지, 제277조의2 및 제278조부터 제295조까지)의 규정(이 법에 따라 개정되지 아니한 부분을 포함한다)은 2010년 12월 31일까지 적용한다.

(2) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정된 것) 부칙 제6조(등록세 등의 경과조치) 이 법 시행 전에 이 법에 규정된 취득세 과세물건을 취득한 자로서 이 법 시행 후에 그 물건을 등기하거나 등록하는 자는 종전의 규정에 따른 등록세 및 지방교육세의 납세의무를 진다.

(3) 농어촌정비법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것) 제8조(농업생산기반 정비사업 기본계획의 수립) ① 농림수산식품부장관은 제7조제2항에 따른 예정지 조사 결과 농업생산기반 정비사업 중 타당성이 있다고 인정되는 사업은 그 지역에 대한 기본조사를 하고 농업생산기반 정비사업 기본계획을 세워야 한다. 다만, 제2조제5호나목의 경지 정리, 농업생산기반시설의 개수ㆍ보수 및 준설 사업은 다음 각 호의 자가 기본조사를 하고 농업생산기반 정비사업 기본계획을 세워야 한다.

1. 사업지역이 1개 광역시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 "시ㆍ도"라 한다)인 경우: 관할 광역시장ㆍ도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)

2. 사업지역이 2개 이상의 시ㆍ도에 걸쳐 있는 경우: 농림수산식품부장관이 관할 시ㆍ도지사와 협의하여 지정하는 시ㆍ도지사 제9조(농업생산기반 정비사업 시행계획의 수립 등) ① 농림수산식품부장관 또는 시ㆍ도지사는 제8조에 따른 농업생산기반 정비사업 기본계획 중 타당성이 있는 농업생산기반 정비사업에 대하여는 농업생산기반 정비사업 시행자를 지정하여야 한다.

② 농업생산기반 정비사업 시행자는 농업생산기반 정비사업 기본계획에 따라 사업을 하려면 해당 지역에 대한 세부 설계를 하고, 농업생산기반 정비사업 시행계획을 세워야 한다.

⑥ 농업생산기반 정비사업 시행자가 농업생산기반 정비사업 시행계획을 수립하면 농림수산식품부령으로 정하는 서류를 첨부하여 농림수산식품부장관에게 승인을 신청하여야 한다. 다만, 제2조제5호 나목의 경지 정리, 농업생산기반시설의 개수ㆍ보수 및 준설 사업은 시ㆍ도지사에게 승인을 신청하여야 한다. 제10조(농업생산기반 정비사업 시행자) 농업생산기반 정비사업은 국가, 지방자치단체, 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 토지 소유자가 시행한다. 다만, 제2조 제5호라목의 농업 주산단지 조성과 영농시설 확충사업은농업협동조합법제2조에 따른 조합도 시행할 수 있다.

(4) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부개정된 것) 부칙 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.