[요지] 청구법인은 도로공사에 따라 쟁점토지가 수용되어 쟁점토지를 감면 목적에 직접 사용하지 못한 것이므로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전에 해당 도로에 대한 실시 설계가 진행되었고, 청구법인은 이러한 사실을 충분히 알 수 있었다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.
[요지] 청구법인은 도로공사에 따라 쟁점토지가 수용되어 쟁점토지를 감면 목적에 직접 사용하지 못한 것이므로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전에 해당 도로에 대한 실시 설계가 진행되었고, 청구법인은 이러한 사실을 충분히 알 수 있었다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하여 확인되는 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 2015.5.19. 농산물의 생산, 유통, 가공, 제조, 판매, 무역업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2016.7.13. 및 2016.8.25. 쟁점토지를 취득하고,지방세특례제한법제11조 제1항에 따라 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 하여 아래 ＜표1＞과 같이 취득세 등을 감면받았다. ＜표1＞ 감면토지 현황 (나) 청구법인이 2017.10.25. 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 면제받은 취득세 등을 신고하였음에도 이를 납부하지 아니하자 처분청은 2017.11.15. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO(가산세 포함)을 부과․고지하였다. (다) 쟁점토지는 2016.12.27. 민간투자사업 실시계획 승인․고시(국토교통부고시 제2016-953호, 2016.12.27. OOO고속도로 민간투자사업)에 의하여 수용대상 토지로 결정되었으며, 국토교통부(민자도로관리과-1349, 2015.5.18.)에 의하여 확인되는 사업추진현황은 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 민간투자사업 추진 현황 2006년 12월 최초제안서 제출 2015년 5월 실시협약 체결 및 사업자지정 2012년 11월 제3자 제안 제출 2015년 5월~ 2016년 4월 실시설계 2012년 12월 우선협상대상자 지정 2016년 7월 실시계획승인 및 공사 착공 2013년 7월~ 2014년 12월 정부협상 2021년 7월 개통 (라) 처분청이 2017.7.13. 쟁점토지에 대하여 2차 현장확인(1차 5.16.~5.19.)을 실시한 후 작성한 결과보고서에는 “쟁점토지는 영농으로 사용한 흔적 없는 순수 임야이며 OOO는 산을 깎은 같은 곳 OOO의 바로 뒤쪽 임야인데 두 번지 다 완전 임야 상태로 영농 흔적 없고, 같은 곳 OOO는 귀퉁이 일부 지대를 만든 곳이 있으나 그곳은 영농의 흔적 없는 나대지이고 나머지는 모두 임야이며, 777㎡ 중 268.5㎡를 소유한 같은 곳 OOO은 일부 임야 일부 진입로로 확인되고 쟁점토지를 영농으로 사용하지 않았으므로 진입로도 영농으로 사용한다고 볼 수 없다”고 기재되어 있다. (마) 처분청은 2017.6.30. 청구법인에게 유예기간 경과 시까지 쟁점토지를 목적사업으로 이용하지 못할 경우 취득세를 자진신고․납부 하라는 안내문(OOO세무과-20893, 2017.6.28.)을 발송하였으며, 청구법인은 2017.10.25. 감면받은 취득세 등 합계 OOO을 신고하고 납부서를 수령하였으나 납기 내까지 납부하지 아니하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법제11조 제1항에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제토록 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. 위 규정의 “정당한 사유”라 함은 토지취득 이후에 발생한 법령상 사실상의 장애사유로 당해 토지를 사용할 수 없게 된 사유 등을 말하는 것이고, 토지 취득 시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이며, 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다 할 것(대법원 2002.4.26. 선고 2000두10038 판결, 같은 뜻임)이다. 청구법인이 2016.7.13. 등에 쟁점토지를 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 그로부터 1년이 경과할 때까지 영농 등에 직접 사용하지 아니한 사실이 처분청이 작성한 출장복명서, 사진 등에 의하여 확인되는 점, 청구법인은 쟁점토지가 도로부지로 수용됨에 따라 영농 등에 직접 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있다고 주장하나, 쟁점토지 등에 신설된 도로는 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전인 2015년 5월부터 실시 설계가 진행되었고 2016년 7월에 실시설계 승인 및 착공된 사실이 국토교통부의 사업추진현황자료 등에 의하여 나타나므로 청구법인은 취득할 당시 향후 쟁점토지를 목적사업에 직접 사용하지 못할 것이라는 사실을 알았거나 알 수 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농 등에 직접 사용하지 아니하였다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 결정․통지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제4항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 지방세제한특례법 제11조(농업법인에 대한 감면) ①농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다.
② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2015년 12월 31일까지 경감한다.
③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우