이 사건 토지의 취득일부터 2년 이내에 기업부설연구소 설립 승인을 받지 못한 데 대하여 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 1994.4.2. 설립되어 건축설계 및 건축자재 제조업 등을 영위하는 법인으로, 2015.2.27. OOO토지 3,025.6㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득(계약일 2014.11.27.)하고 같은 날 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제46조 제3항 및 같은 법 시행령 제23조 제1항에 따라 중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO을 감면받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 이 사건 토지의 취득일로부터 2년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제16조에 따른 기업부설연구소로 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받지 못함에 따라 취득세 등 감면대상이 아니라 보아 2017.10.10. 청구법인에게 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.12.29. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 청구법인은 2014.11.27. 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하면서 지정용도를 R&D용도로 제한하고 건축허가 신청 전에 OOO과 건축계획에 대한 사전협의를 하며 2년 이내에 건물을 완공하되 기반시설 지연 등의 부득이한 사유가 있는 경우 그로 인하여 지연된 기간은 개발착수기한 또는 완공기한에서 제외하도록 약정하였고, 같은 날 OOO으로부터 토지 사용승락을 받았다. 청구법인이 이 사건 토지에 대한 계약체결 및 토지사용승락을 받을 당시(2014.11.27.) 시행 중이던 지방세특례제한법 시행령(2014.12.31. 대통령령 제25958호로 개정되기 전의 것) 제23조에서는 토지를 취득한 후 “4년 이내”에 미래창조과학부장관에게 기업부설연구소 설치 신고를 하여 승인을 받도록 규정하고 있었으나 이후 청구법인이 이 사건 토지를 취득할 시점에는 토지를 취득한 후 “2년 이내”에 기업부설연구소 설치 신고를 하도록 관련 법령이 개정[지방세특례제한법 시행령(2014.12.31. 대통령령 제25958호로 개정된 것), 이하 “개정 법령”이라 한다]되었고, 이는 납세의무 성립시기를 전후하여 납세자에게 매우 불리하게 개정된 것으로 납세의무자인 청구법인의 기득권 내지 신뢰보호를 침해한 것이므로 감면요건의 충족여부를 판단함에 있어서 개정 전 법령을 적용하여야 한다. 나.처분청 의견 지방세법 시행령제20조 제2항 제1호에서 유상승계취득의 경우 취득의 시기를 사실상의 잔금지급일로 규정하고 있는바, 청구법인이 OOO과 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결할 당시 OOO으로부터 토지 사용승락을 받은 것은 사실이나 ‘심의 및 인·허가 신청용 및 설계를 위한 지질조사 용도’ 이외의 다른 용도의 사용을 엄격히 제한하고 있어 위 사용승락만으로 청구법인이 이 사건 토지를 취득한 것이라 볼 수 없고, 법인장부 등에서 청구법인이 이 사건 토지에 대한 매매대금 잔금 지급일이 2015.2.27.인 사실이 확인되므로 청구법인은 이 사건 토지를 잔금 지급일인 2015.2.27. 취득하였다 할 것이다. 청구법인은 이 사건 토지에 대한 매매계약일과 잔금지급일 사이에 감면규정이 납세자에게 불리하게 개정되어 기득권 내지 신뢰보호를 인정하여야 한다고 주장하나, 납세의무의 성립시기를 전후하여 조세법령이 개정된 경우에 개정 전후의 규정 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 규정을 적용하여야 함은 법률불소급의 원칙상 당연하다고 할 것이나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 종전 규정을 적용하여야 할 것인바(대법원 94누5502), 이 사건 토지의 취득과 관련한 감면규정인 개정 법령의 부칙 제1조에서 이 영은 2015.1.1.부터 시행한다고 규정하고, 제2조에서 기업부설연구소의 인정 기한 단축에 관한 경과조치로서 이 영 시행 전에 토지 또는 건축물을 취득한 기업부설연구소의 경우에는 제23조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 규정하고 있으므로 청구법인이 위 시행령 시행 이후인 2015.2.27. 이 사건 토지를 취득한 이상 개정규정을 적용할 수 없다. 따라서 청구법인이 이 사건 토지를 취득한 후 2년 이내에 2기업부설연구소 설치 신고를 하여 승인을 받지 아니한 데 대하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 사건 토지의 취득일부터 2년 이내에 기업부설연구소 설립 승인을 받지 못한 데 대하여 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것) 제46조【연구개발 지원을 위한 감면】① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

② 제1항에도 불구하고 독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 수도권정비계획법제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

③ 제1항에도 불구하고 중소기업기본법 제2조 제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 l00분의 75를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 75를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령 (가) 2014.12.31. 대통령령 제25958호로 일부개정되기 전의 것 (매매계약 체결 당시 시행 법령) 제23조【기업부설연구소】① 법 제46조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다. (나) 2014.12.31. 대통령령 제25958호로 일부개정된 것 (취득 당시 시행 법령, 2015.1.1. 시행) 제23조【기업부설연구소】① 법 제46조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 기업부설연구소"란 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(건축법에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다. <부 칙> (대통령령 제25958호, 2014.12.31.) 제1조【시행일】이 영은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【기업부설연구소의 인정 기한 단축에 관한 경과조치】이 영 시행 전에 토지 또는 건축물을 취득한 기업부설연구소의 경우에는 제23조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세법 시행령(2015.7.24. 대통령령 제26431호로 일부개정되기 전의 것) 제20조【취득의 시기 등】② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률[시행 2015.1.20.] (2015.1.20. 법률 제13007호로 일부개정된 것) 제14조【특정연구개발사업의 추진】① 미래창조과학부장관은 기초연구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2. 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발전담부서

(5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령[시행 2014.11.19.] (2014.11.19. 대통령령 제25751호로 일부개정된 것) 제16조【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】① 법 제14조 제1항 제2호에서 "연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 미래창조과학부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5명 이상. 다만, 중소기업기본법 시행령 제8조에 따른 소기업자가 설립한 기업부설연구소는 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 증빙자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 매매계약서 등에 따르면 청구법인은 2014.11.27. OOO과 이 사건 토지에 대하여 매매대금을 OOO[계약금은 매매대금의 10%, 중도금은 매매대금의 40%(납부예정일: 2015.2.27.), 잔금은 매매대금의 50%(납부예정일: 2015.2.27.)]으로 하고 지정용도를 R&D 용지로 하며 잔금을 납부하지 않고 목적용지를 무단 사용한 때에는 매매계약을 해제할 수 있도록 하여 매매계약을 체결한 것으로 나타난다. (나) 건축 인·허가용 토지사용 승낙서 등에 따르면 청구법인은 2014.11.27. OOO으로부터 이 사건 토지에 대하여 지정용도를 ‘심의 및 인·허가 신청, 설계를 위한 지질조사’로 하여 토지사용 승낙을 받은 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 매매계약 체결시 제출한 사업계획서에 따르면 주요 사업분야는 ‘건축설계 및 관련 서비스업’으로, 사업기간은 ‘2014년 10월 ～ 2017년 9월’로 기재되어 있다. (라) 계정별원장(매매대금) 등에 따르면 청구법인이 OOO에게 2014.11.27. 계약금 OOO2015.2.27. 중도금 및 잔금 OOO(중도금·잔금 OOO에서 할인금 OOO을 차감)을 각 납부하고 이 사건 토지를 취득한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 2015.2.27. 이 사건 토지를 취득하고 같은 날 처분청에 취득세 등 신고를 하면서 지방세특례제한법제46조 제3항에 따라 기업부설연구소로 직접 사용하기 위한 부동산으로 취득세 등 감면신청을 하여 과세표준을 취득가액OOO으로 하여 산출한 취득세 OOO중 75%인 OOO을 감면받은 것으로 나타난다. (바) 안전행정부장관은 2014.11.14. 공고 제2014-505호로 종전에는 기업부설연구소가 취득세 및 재산세를 경감받으려면 토지 또는 건축물을 취득한 후 미래창조과학부장관으로부터 4년 이내에 연구소로 인정을 받도록 하였으나, 취득 후 1년 이내에 연구소로 인정을 받도록 하되 건축법에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년 이내에 인정을 받도록 개정하는 내용의 지방세특례제한법 시행령일부개정령(안) 입법예고를 하여 2015.1.1. 개정 법령[지방세특례제한법 시행령(2014.12.31. 대통령령 제25958호로 일부개정]이 시행된 것으로 나타난다. (사) 처분청은 청구법인이 이 사건 토지 취득일로부터 2년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제16조에 따른 기업부설연구소로 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받지 못함에 따라 취득세 등 감면대상이 아니라 보아 2017.10.10. 청구법인에게 다음과 같이 계산한 취득세 등 합계 OOO을 부과·고지하였다. <취득세 등 부과내역> (단위: 원)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 개정 법령이 시행되기 이전에 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하였으므로 납세자에게 유리한 종전의 규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 개정 법령 시행 이전인 2014.11.27. 이 사건 토지를 취득하는 계약을 체결하여 위 개정 법령 시행 이후인 2015.2.27. 동 토지를 취득하였고, 그 취득일로부터 2년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제16조에 따른 기업부설연구소로 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받지 못한 사실을 확인할 수 있는 점, 위 개정 법령의 부칙 제2조는 “이 영 시행 전에 토지 또는 건축물을 취득한 기업부설연구소의 경우에는 제23조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”고 규정하여 개정 법령 시행 후에 토지를 취득한 이 건의 경우 개정된 법령을 적용하여야 하는 것인 점 등에 비추어 청구법인이 유예기간 내 기업부설연구소로 인정받지 못한데 대하여 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.