2012.3.15. 서울특별시 감면조례가 폐지되기 전인 2009.12.30. 단지조성공사가 준공된 때(또는 2010.1.8. 주택건설사업 사용검사필증을 교부받은 때)에 사실상 지목변경된 것으로 보아 취득세 등을 면제할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2011지0518 / 조심2016지0458 / 조심2014지0097

[주 문] OOO구청장이 2017.8.8. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.12.12. OOO외 262 필지에 대하여 OOO택지개발사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 준공검사를 신청하여 택지개발촉진법 제16조 및 같은 법 시행령 제11조의2의 규정에 의하여 2012.12.31. 국토해양부 고시(제2012-879호)에 의거 택지개발예정지구 개발계획변경 및 실시계획변경 승인 고시된 후 준공처리되었다. 청구법인은 2013.2.26. 지목변경을 취득원인으로 총 공사원가에 해당공구 면적을 산정하여 OOO을 과세표준액으로 하여 지방세특례제한법 제85조의2 제1항에 의거 간주취득세 75% 감면한 OOO을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2017.7.3. 구 서울특별시 감면조례 제8조에 따라 지방공사에 대한 면제에 해당하므로 기 납부한 취득세 등 OOO에 대하여 환급을 요구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.8.8. 위 감면규정이 2012.1.1. 폐지되었으므로 2012년 이전에 건축공사가 완료된 부속토지의 취득세 등 OOO은 환급하고, 건축공사가 완료되지 않은 부속토지 4필지(이하 “쟁점토지”라 한다)의 취득세 등 OOO에 대해서는 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지에 대하여 2007년 4월부터 부지조성공사를 착공하여 2009.12.31. 단지조성공사가 준공되어 이미 토지형질이 변경되었고, 지목이 사실상 변경되었으므로 지방세법 시행령 제20조 제10항의 규정에 근거하여 쟁점토지의 지목변경에 따른 취득시기는 서울특별시 감면조례가 폐지되기 전인 2012년 이전으로 보아야 한다. 처분청은 쟁점토지 중 청구법인이 분양한 토지를 매수자가 신축한 연도를 기준으로 지목이 변경되었다고 보아 청구법인이 분양 후 신축완료된 날을 지목변경일로 판단하여 쟁점토지를 제외한 일부만을 인용하였으나, 이는 지방세법 시행령 제20조 제10항의 규정을 자의적으로 해석한 결과이다. 따라서 지목변경의 취득시기는 2009.12.30. 단지공사 준공을 완료된 날이 지목이 사실상 변경된 날이다. 행정자치부 예규(지방세정운영과-2527, 2014.8.1.)는 과세대상 토지가 당초 전 또는 임야에서 대지로 지목이 변경되어 가액이 증가되고 토지사용승낙일 이후 건축물을 건축한 것을 전제로 하여 지목변경에 대한 취득시기는 지목이 사실상 변경된 날과 토지사용 승낙일 중 빠른날로, 납세의무자는 지목변경 당시의 토지소유자인 택지개발사업 시행자로 각각 보는 것이 타당하다고 해석하였는바, 쟁점토지는 단지공사 준공일인 2009.12.30.에 지목이 사실상 변경되었으므로 이 건 처분은 부당하다.

(2) 대법원(1995.6.30. 선고 94누5502 판결)에서도 납세의무의 성립시기를 전후하여 조세법령이 개정된 경우에 개정 전후의 규정 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 규정을 적용하여야 함은 법률불소급상 당연하다고 할 것이나, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 종전규정을 적용하여야 한다고 판시하고 있는바, 서울특별시 감면조례를 통하여 청구법인이 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 규정에 근거하여 청구법인은 2005년부터 시작하여 2007.4.5. 착공하여 2009년 준공하는 것으로 하였고, 2012.3.15. 개정되기 전의 서울특별시 감면조례 규정에 근거하여 지목변경에 대한 단지준공이 2009.12.30. 완공되었기 때문에 쟁점토지에 대한 취득세 등이 면제되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 서울특별시 감면조례 제8조 제1항(2012.1.1. 시행, 조례 제5277호로 폐지되기 전의 것)에서 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있었으나, 2012.1.1. 해당조례의 조항이 폐지됨과 동시에 지방세특례제한법 제85조의2 제1항이 신설되면서 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하면서 감면비율이 축소되었다. 다만, 부칙 제8조에서 이 법 시행 당시 주택사업 및 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과되는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 감면한다고 규정하고 있다. 한편, 지방세법 시행령 제20조 제10항에서는 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있고, 단서에서 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다고 규정하고 있다. 사실상 지목이 변경되었다 함은 토지의 지목을 변경하고자 하는 자가 그 사용하고자 하는 의도대로 지목을 변경하였음을 의미한다고 보는 것이 타당하므로 건축공사가 수반되는 경우에는 당해 토지가 건축물의 부속토지로서의 기능에 공여될 수 있는 시점 즉 건축공사가 완료되어 사용승인서가 교부된 때 등을 지목변경으로 인한 취득시기로 보아야 할 것(조심 2011지518, 2011.12.19., 조심 2016지458, 2014지97, 같은 뜻임)이며. 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않은 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결, 같은 뜻임)인바, 사실상 지목변경에 따른 납세의무성립일은 2010.1.8. 단지조성공사가 완료된 시점으로 볼 수 없으며, OOO1공구 용도별 건축 현황표에 따르면, 쟁점토지 중 아래 ＜표2＞ 연번 1, 5, 7, 8은 관련규정이 개정된 후에 사용승낙 및 건축행위가 완료된 필지로서 연번 1은 당초 사용계획은 사회복지시설용지이나 사용현황이 주차시설로, 연번 8은 학교용지이나 사용현황이 나대지로 사용 중인 것으로 나타나는 이상 지목을 변경하고자 하는 자가 그 사용하고자 하는 의도대로 지목을 변경하였다고 볼 수 없으므로 취득세 감면대상으로 볼 수 없다. 쟁점토지 중 연번 5와 7은 건물의 준공시점이 각각 2013년 이후로 당해 토지가 건축물의 부속토지로서의 기능에 공여된 시점(건축공사 완료)이 2012.1.1. 서울특별시세 감면조례가 폐지된 이후에 해당하고 개정된 지방세특례제한법 부칙 제8조에서는 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해서만 개정에도 불구하고 취득세를 면제한다고 규정하고 있으므로 쟁점토지 중 연번 5와 7은 법 개정 이후에 건축공사가 완료되어 법 개정 이전에 분양한 부동산으로 볼 수 없으므로 개정된 지방세특례제한법에 따라 취득세 등을 경감하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 2012.3.15. 서울특별시 감면조례가 폐지되기 전인 2009.12.30. 단지조성공사가 준공된 때(또는 2010.1.8. 주택건설사업 사용검사필증을 교부받은 때)에 사실상 지목변경된 것으로 보아 취득세 등을 면제할 수 있는지 여부

② 2012.1.1. 감면조례가 폐지되기 전인 2007.4.5. 단지조성공사를 착공한 것이므로 신뢰보호원칙에 따라 폐지 전 조례를 적용하여 취득세 등을 면제할 수 있는지 여부

• 나. 관련 법령 등

(1) 지방세법 제7조【납세의무자 등】 ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다. 제10조【과세표준】 ③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

(2) 지방세법 시행령 제17조【토지의 지목변경에 대한 과세표준】 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 부동산가격공시에 관한 법률에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장·군수·구청장이 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사 착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다) 제20조【취득의 시기 등】⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

(3) 지방세특례제한법(2012.1.1. 법률 제11138호로 개정된 것) 제85조의2【지방공기업 등에 대한 감면】① 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의75(100분의75의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율〔해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(지방공기업법제53조제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다)수의 비율을 말한다. 이하 이조에서 같다〕을 곱한 금액을 경감한다. 부칙 ＜제11138호, 2011.12.31＞ 제8조【지방공사에 대한 감면 적용특례】이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 감면한다.

1. 취득세의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식(지방공기업법 제53조제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 감면한다.

2. 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율을 곱한 금액을 감면한다.

(4) 서울특별시세 감면조례(2012.1.1. 조례 제5277호로 폐지되기 전의 것) 제8조【지방공사 등에 대한 감면】① ⌜지방공기업법⌟에 따라 설립된 지방공사 및 지방공단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 궤도차량에 대하여는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 지방세법 제112조 제1항 제2호에 따른 재산세와 같은 법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제하고, 주민세 재산분과 지방소득세 종업원분을 면제한다. 다만 총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.

② 지방자치단체가 출자 또는 출연한 법인(단체를 포함한다)에 대하여는 다음 각 호에 해당하는 지방세를 면제한다. 다만, 총자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 고유업무에 직접 사용하기 위하여는 그러하지 아니하다.

2. 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분

③ 제1항 내지 제2항의 경우 부동산의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인이 추진한 쟁점토지에 대한 개발사업 등 내역은 아래와 같다. (나) 청구법인은 2007.4.5. 쟁점토지에 단지조성공사를 착공하여 단지조성공사가 완료되어 2009.12.30. 아래와 같이 준공검사원을 제출하고 2010.1.8. 서울특별시로부터 사용검사필증을 교부받았다. (다) 2012.1.1. 서울특별시세 감면조례 제8조 제1항의 지방공사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 면제 규정이 폐지되고 지방세특례제한법 제85조의2 제1항이 신설되면서 취득세의 100분의 75를 경감하는 것으로 감면비율이 축소되었다. (라) 2012.12.31. 서울특별시 OOO택지개발사업 준공처리가 완료되었다. (마) 처분청이 2012.12.31 택지개발사업이 준공되어 신고․납부한 지목변경 간주취득세는 청구법인의 경정청구에 따라 취득의 시기에 대한 지정에 잘못이 있다 하여 아래 ＜표1＞과 같이 일부 환급처리한 것으로 나타난다. ＜표1＞ 처분청의 환급 내역 (단위: ㎡, 원) (바) 서울특별시 OOO1공구 전체면적(205,047.8㎡)에서 도로, 공원, 녹지, 하천 등 비과세 토지분 면적(73,304.9㎡) 차감한 면적 중에서 사실상 지목변경에 따른 과세여부는 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 서울특별시 OOO1공구 용도별 건축 현황 (사) 행정자치부 예규(지방세정운영과-2527, 2014.8.1.)에 의하면, ‘택지개발로 인한 지목변경과 건축물의 건축이 각각 이루어지는 경우로서 토지의 지목변경이 사실상 완료된 후 해당 토지에서 건축공사가 진행된 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 따라서, 과세대상 토지가 당초 전 또는 임야에서 대지로 지목이 변경되어 가액이 증가되고 토지사용 승낙일 이후 건축물을 건축한 것을 전제로 하여 지목변경에 대한 취득시기는 지목이 사실상 변경된 날과 토지사용 승낙일 중 빠른 날로, 납세의무자는 지목변경 당시의 토지소유자인 택지개발사업 시행자로 각각 보는 것이 타당하다’고 되어 있다.

(2) 청구법인은 처분청의 답변에 대하여 아래와 같이 항변하였다. (가) 쟁점사업은 무주택 서민들의 주거안정을 위한 국민임대주택 단지 조성사업을 2004.12.31. 사업예정지구 지정 후 2007.4.5. 단지조성공사를 착공하여 2009.12.30. 단지조성 준공을 하여 2010.1.8. 서울특별시로부터 주택건설사업 사용검사필증을 교부받았다. 처분청이 건축공사가 완료되지 않았기 때문에 지목변경이 되지 않았다고 주장하나 지방세법 제20조 제10항 규정의 토지 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다라는 규정은 청구법인이 쟁점사업에 아파트 공사가 완료된 시점에 택지개발을 하여 지목이 이미 변경되었으며, 청구법인은 쟁점토지에 택지를 개발하여 사회복지시설 및 학교용지 부지 등으로 분양하기 위하여 지목을 변경하였고, OOO에서 예산 문제 등으로 아직까지 매입여부가 확정되지 않은 토지로서 쟁점사업의 아파트 준공이 완료되었을 때 이미 지목변경이 이루어졌다. 청구법인은 쟁점토지에서 택지를 개발하여 토지를 분양한 것으로 처분청은 매수인이 건물을 신축한 경우에 쟁점토지의 지목이 변경된 것으로 판단하였으나 청구법인이 당초 개발 계획에 따라 토지 및 건축물에 대한 보상금을 지급 후 취득하여 지목을 변경하여 분양하기 위하여 개발한 것으로 매수인이 청구법인으로부터 매수 후 건물을 신축한 경우를 지목변경일로 본 처분청의 결정은 부당하다. (나) 지목변경에 따른 건축공사 등을 착공한 후에 지방세 관계법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에는 그 취득시기에 관계없이 종전 법령을 적용하여 지방세 면제여부를 판단하여야 한다고 조세심판원에서 다수 인용하였는바, 2207.4.5. 지목변경공사를 착공함으로써 쟁점토지 및 쟁점토지의 취득(지목변경)과 밀접하게 관련된 직접적인 행위로 당시 서울특별시세 감면조례 규정이 폐지되기 전에 청구법인이 취득한 쟁점토지에 대하여는 취득세를 면제하도록 규정하고 있었기 때문에 청구법인은 장차 지목변경에 대한 취득세가 면제될 것으로 신뢰하였으므로 그 신뢰에는 청구법인에 귀책사유가 없다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 택지개발사업에 포함된 쟁점토지의 사실상 지목변경 시점을 건축물을 건축하는 것을 전제로 하여 사용승락 받은 시점으로 보았으나, 지방세법 시행령 제20조 제10항에서 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있고, 단서에서 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다고 규정하고 있고, 위의 규정에서 토지의 지목이 사실상 변경된 날이라 함은 토지의 형상이 사실상 변경되어 더 이상 종전의 지목으로 사용할 수 없거나 상당한 자금을 투입하지 아니하면 종전의 지목으로의 원상회복이 불가능한 상태에 이르게 된 날을 의미한다고 보는 것이 타당하다고 보이는바, 청구법인의 경우 2007.4.5. 서울특별시 OOO대규모 택지개발사업을 착공하여 2009.12.30. 단지조성공사를 완료하고 준공검사원을 제출한 점, 2010.1.8. 서울특별시로부터 주택건설사업에 대한 사용검사필증을 교부받은 점, 청구법인은 쟁점토지에 건축물을 건축하여 분양하는 목적이 아니라 토지를 개발하여 용도별로 분양하는 목적으로 보이는 점, 택지개발로 인한 지목변경과 건축물의 건축이 각각 이루어지는 경우 토지의 지목변경이 사실상 완료된 후 해당 토지에서 건축공사가 진행된 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것인 점 등에 비추어 청구법인이 추진한 서울특별시 OOO택지개발사업에 대한 지목이 사실상 변경된 날은 단지조성공사가 완료된 2009.12.30.로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 심리를 생략한다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.