① 농업법인 설립등기일부터 2년 이내에 해당 농업법인의 과점주주가 된 경우에도「지방세특례제한법」제11조에 따른 농업법인에 대한 감면대상으로 볼 수 있는지 여부 ② 법인설립 시 발행된 주식을 다른 주주로부터 취득한 경우에도「지방세법」제7조 제5항에서 규정하고 있는 “법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우”에 해당하여 취득으로 볼 수 없는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2015.11.16. 농업회사법인 주식회사 OOO(이하쟁점법인이라 한다)의 주식 100%를 취득하여 과점주주가 되었다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점법인의 과점주주가 되었으나 취득세 등을 신고·납부를 하지 아니한 것을 확인한 후 2017.9.11. 쟁점법인의 법인장부가액 OOO을 과세표준으로 하여 취득세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.11.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 (1)지방세특례제한법제11조에 의하면 농업법인이 설립일부터 2년 내에 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하고 있으므로 농업법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우에도 취득세 등이 면제되어야 한다. (2)지방세법제7조 제5항에 따르면 법인설립 시에 발행하는 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로 증자 등을 통해 발행한 주식이 아닌 법인설립당시의 주식을 청구인이 취득하였으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1)지방세법제7조 제5항에서 법인의 주식 등을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주는 해당법인이 소유한 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있을 뿐지방세특례제한법에 취득세가 면제되거나 경감되는 부분에 대하여 과점주주에 따른 취득세를 면제하거나 경감한다는 규정은 없으므로 농업법인의 과점주주인 청구인에게지방세특례제한법제11조에서 규정하고 있는 농업법인에 대한 취득세 감면규정을 적용할 수는 없는 것이다. (2)지방세법제7조 제5항에서 “법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다”는 규정은 법인설립 시 과점주주는 당해 법인의 설립주체로서 당해 법인과 실질적으로 동일하다 할 것이어서, 당해 법인이 부동산을 취득하였음에도 설립 시 과점주주에게 다시 한번 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 볼 경우 이중과세에 해당될 여지가 있어 과점주주 납세의무자에서 제외한 것이고, 이미 설립되어 있는 법인의 주식을 취득하여 성립된 과점주주는 새로이 당해 법인의 취득세 과세물건을 실질적으로 취득한 것으로 보아 납세의무가 발생하는 것으로 보아야 하므로 단지 주주로부터 법인설립 시의 주식을 취득하였다고 하여 이를 적용할 수는 없는 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 농업법인 설립등기일부터 2년 이내에 해당 농업법인의 과점주주가 된 경우에도지방세특례제한법제11조에 따른 농업법인에 대한 감면대상으로 볼 수 있는지 여부

② 법인설립 시 발행된 주식을 다른 주주로부터 취득한 경우에도지방세법제7조 제5항에서 규정하고 있는 “법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우”에 해당하여 취득으로 볼 수 없는지 여부

• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 쟁점법인은 2015.9.3. 농, 림, 축산물의 생산 및 도·소매업 등을 목적으로 하고 본점은 OOO로 하며 1주의 금액은 OOO발행주식의 총수 5,000주로 하여 설립되었음이 등기사항일부증명서에 나타난다. (나) 쟁점법인의 설립 당시 주식 5,000주(100%)는 OOO가 소유하고 있다가 2015.11.16. 청구인이 주식 5,000주(100%) 전부를 양수하였음이 주식등변동상황명세서에 기재되어 있다. (다) 처분청은 2017.9.11. 쟁점법인의 법인장부가액 OOO을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 쟁점①에 대하여살피건대, 청구인은 농업법인이 설립일부터 2년 내에 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하고 있으므로 농업법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우에도 취득세 등이 면제되어야 한다고 주장하나, 지방세법제7조 제5항에서 법인의 주식 등을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는 점,지방세특례제한법에서 취득세가 면제되거나 경감되는 부분에 대하여 과점주주에 따른 취득세를 면제하거나 경감한다는 규정이 없는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구인은 법인설립 시에 발행하는 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로 증자 등을 통해 발행한 주식이 아닌 법인설립 당시의 주식을 청구인이 취득한 것이므로 취득세 등의 납세의무가 성립하지 아니한다고 주장하나, 지방세법제7조 제5항에서 “법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다”는 규정은 법인설립 시 과점주주는 당해 법인의 설립주체로서 당해 법인과 실질적으로 동일하다 할 것이어서, 당해 법인이 부동산을 취득하였음에도 법인설립 시 과점주주에게 다시 한번 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 볼 경우 이중과세에 해당될 여지가 있어 과점주주 납세의무자에서 제외한 것이므로 청구인의 경우와 같이 법인설립 시의 주식을 다른 주주로부터 취득하였다고 하여 이를 적용할 수는 없는 것이고, 이미 설립되어 있는 법인의 주식을 취득하여 성립된 과점주주는 새로이 당해 법인의 취득세 과세물건을 실질적으로 취득한 것으로 보아 납세의무가 발생하는 것으로 보아야 하는 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제4항과국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률

(1) 지방세법 제7조(납세의무자) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 "부동산등"이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

② 부동산등의 취득은민법,자동차관리법,건설기계관리법항공안전법,선박법,입목에 관한 법률,광업법또는 수산업법등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.

③ 건축물 중 조작 설비, 그 밖의 부대설비에 속하는 부분으로서 그 주체구조부와 하나가 되어 건축물로서의 효용가치를 이루고 있는 것에 대하여는 주체구조부 취득자 외의자가 가설한 경우에도 주체구조부의 취득자가 함께 취득한 것으로 본다.

④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.

⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써지방세기본법제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등(법인이신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산 등을 포함 한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는지방세기본법제44조를 준용한다.

(2) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ①농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다.

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 각각 2015년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우