청구법인이 산업단지를 조성 완료한 쟁점토지에 대하여「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따라 산업용 건축물등의 신축과 관계없이 취득세 등을 감면받을 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2016지0512

[주 문] OOO이 2017.9.1. 청구법인에게 한 취득세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. OOO일반산업단지의 사업시행자인 청구법인은 2011.7.13. OOO 외 19필지 토지 71,900㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO에 취득하고, 산업단지의 조성을 완료하여 쟁점토지의 지목을 농지 등에서 공장용지 등으로 변경한 후, 2013.12.13. 처분청으로부터 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제1항에 따라 쟁점토지의 지목변경 취득세 등을 면제받았으나, 쟁점토지의 감면 유예기간(3년) 내에 산업용 건축물 등의 건축공사를 완료할 수 없을 것으로 판단하여 2017.1.11. 기 감면받은 취득세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2017.7.3. 처분청에 지방세특례제한법제78조 제1항 규정에 따라 산업단지 조성이 완료된 쟁점토지는 취득세 등의 면제대상이고, 추징대상에도 해당되지 않는다는 이유로 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.9.1. 이를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2013.12.10. 처분청으로부터 쟁점토지를 포함한 산업시설용지(141,528㎡), 지원시설용지(3,307㎡), 공공시설용지(26,608㎡)의 준공을 내용으로 하는 OOO일반산업단지 조성사업 준공인가를 받고, 2014.1.13. 해당용지에 대하여 지목을 공장용지, 공원, 도로, 유지(물저류지), 주차장 등으로 소유권보존등기를 마쳐 지방세특례제한법 제78조 제1항에서 정하는 토지분 취득세 등의 감면규정을 충족하였으나, 처분청은 산업시설용지 중 공장신축에 사용하지 아니한 부분이 있어 토지분 취득세 감면이 배제되어야 한다고 자진신고·납부를 독려하였고, 당시 청구법인은 산업용 건축물 등이 본래의 용도로 사용되지 아니하였다 하여 건물분 취득세 등이 부과되어 불복 중에 있어서 토지분 취득세를 자진 납부하게 된 것이다. 청구법인은 산업단지 시행사업자로서 쟁점토지에 산업단지 준공인가를 받아 지방세특례제한법 제78조 제1항 단서에서 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니한 경우 해당부분에 대하여 감면된 취득세를 추징한다는 감면배제 규정을 적용받지 아니한다. 처분청은 같은 법 제78조 제1항이 아닌 제3항의 단서를 적용하여 쟁점토지에 산업용 건축물 등이 신축되지 아니하였다 하여 미사용부분에 대하여 토지분 취득세의 감면을 배제해야 한다고 자의적으로 해석하고 있다. 그러나, 같은 법 제78조 제3항은 산업용 건축물 등의 신축에 대한 취득세 및 재산세와 토지분 재산세에 대한 감면을 규정하고 있고, 같은 법 제78조 제1항에서 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 산업단지 조성이 완료되는 것을 조건으로 감면하고 있으며, 동 조건을 충족하면 산업용 건축물 등의 신축여부와 관련 없이 산업단지 조성이 완료된 토지에 대하여 토지분 취득세는 감면되는 것이므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법 제78조 제3항 제1호에서 산업용 건축물 등의 신축으로 취득하는 부동산에 대해서는 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다고 규정하고 있고, 단서에서 정당한 사유없이 3년 이내에 산업용 건축물 등을 신축하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있으며, 지방세법 시행령 제13조에서 부동산, 차량, 기계장비 또는 항공기는 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당물건을 취득하였을 때의 사실상 현황에 따라 부과한다고 규정하고 있는바, 공장 부속토지에 해당하는지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정(대법원 1995.11.21. 선고 95누3312 판결)된다 할 것이므로 여러 필지가 하나의 공장 부속토지가 될 수도 있고 반면 한 개의 필지라도 다른 용도로 사용되는 부분에 대해서는 공장 부속토지로 볼 수 없다 할 것이다. 청구법인이 산업단지 조성완료 후 공장등록 및 공장 입지기준 면적 이내의 토지라 하더라도 일부에만 공장용 건축물을 신축하여 사용하고 있으며, 쟁점토지는 나대지 상태로 공장 건축물(2동∼4동)의 공장용지 바닥과 미사용 토지의 바닥 높이의 차이 및 도로로 명확히 구분되어 있으며, 산업단지 내 일부는 건축허가를 받은 것이고 쟁점토지는 증설예정인 토지로 남아 있으며, 1동 공장 토지 일부만 기초공사를 하다가 장기간 방치된 상태이므로 쟁점토지에 대하여 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 산업단지를 조성 완료한 쟁점토지에 대하여 지방세특례제한법 제78조 제1항에 따라 산업용 건축물등의 신축과 관계 없이 취득세 등을 감면받을 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2005.12.29. OOO를 본점 소재지로 하고, 주방용품 및 일용잡화 제조판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. (나) 처분청은 2013.12.13. 청구법인을 산업단지개발사업의 시행자로 하고 유치업종을 고무제품 및 플라스틱제품 제조업으로 하는 OOO 일반산업단지계획 변경승인 고시 및 산업단지조성 준공인가를 하였으며, 주요 내용은 아래와 같다. OOO일반산업단지 준공인가 주요 내용 (다) 청구법인은 2012.1.18. 산업단지 내의 일부에 건축허가를 받고 2014.1.20. 2․3동 건축물 14,668.09㎡를 준공하였고, 2015.8.4. 건축허가사항을 변경하여 2016.6.8. 4동 건축물 10,677.6㎡를 준공한 후 2016.6.15. 공장등록을 하였다. (라) 청구법인은 산업단지 내 쟁점토지에 산업용 건축물 등을 신축하지 아니하였다 하여 2017.1.11. 당초 감면받은 취득세 등을 신고·납부하였다. (마) 처분청은 2016.1.20. 산업단지 내 건축물(2동, 3동)을 해당용도로 사용하지 아니하였다는 이유로 건물분 취득세 등을 추징하였고, 청구법인은 이에 불복하여 심판청구한 결과, 2017.4.27. 산업단지 내 신축건물(2동, 3동)에 대하여 유예기간 3년이 경과하지 아니한 상태에서 해당용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다는 결정(조심 2016지512, 2017.4.25.)을 하였다. (바) 청구법인은 2017.7.3. 쟁점토지가 지방세특례제한법 제78조 제1항에 따른 감면대상에 해당한다며 경정청구를 하였으나, 처분청은 2017.8.28. 감면유예기간 내 정당한 사유 없이 쟁점토지에 산업용 건축물 등을 신축하지 아니하였다는 이유로 경정청구를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제78조 제1항에서 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하되, 다만, 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 위의 지방세특례제한법 제78조에서 제1항 본문에 따라 감면받은 지방세는 제1항 단서에 따라, 제2항 본문에 따라 감면받은 지방세는 제2항 단서에 따라, 제3항 본문에 따라 감면받은 지방세는 제3항 단서에 따라 각각 추징할 수 있도록 지방세의 감면규정과 그에 대한 추징규정을 구분하는 체계와 형식을 갖추고 있으므로, 위 법 제78조 제1항에 따라 감면받은 지방세는 제1항 단서규정의 요건을 충족하는 경우에만 추징할 수 있고, 같은 조 제3항 단서의 추징규정에 따라 추징하는 것은 허용될 수 없다고 보는 것이 타당하다 할 것(대법원 2018.8.30 선고 2018두43590 판결, 같은 뜻임)이다. 처분청은 쟁점토지에 산업용 건축물 등을 신축하지 아니하였으므로 지방세특례제한법 제78조 제3항 단서에 따라 쟁점토지의 취득세 등을 추징해야 한다는 의견이나, 청구법인은 OOO일반산업단지의 사업시행자로서 산업단지 조성을 위하여 쟁점토지를 취득하고 쟁점토지의 지목을 변경한 후 같은 법 제78조 제1항에 따라 취득세 등을 감면받은 점, 같은 법 제78조 제1항 단서에서 추징사유로 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니하는 경우만을 규정하고 있는 점, 청구법인은 쟁점토지의 취득일 또는 지목변경일부터 3년 이내에 산업단지의 조성을 완료한 사실이 처분청이 2013.12.13. 청구법인에게 한 산업단지 조성 준공인가서 등에 의하여 확인되는 점, 청구법인이 같은 법 제78조 제1항에 따라 감면받은 쟁점토지의 취득세 등을 같은 조 제3항의 단서규정에 의하여 추징대상이 되는지 여부를 판단할 수 없는 점 등에 비추어, 청구법인은 산업단지를 조성하기 위하여 쟁점토지를 취득하여 취득세 등의 감면대상에 해당하고, 쟁점토지의 지목변경일부터 3년 이내에 산업단지의 조성을 완료하여 감면받은 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제78조[산업단지 등에 대한 감면] ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

③ 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사를 끝내면 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지 조성공사가 끝난 후에 정당한 사유 없이 3년 이내에 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 산업용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령으로 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)의 신축이나 증축으로 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

2. 2014년 12월 31일까지 산업단지 또는 산업기술단지 안에서 신축하거나 증축한 산업용 건축물등 및 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함한다)에 대하여는 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.