주택재개발정비구역에 제공되어 종교시설이 철거된 이 사건 토지에 대하여 재산세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. OOO일원 62,245.8㎡가 주택재개발정비구역으로 지정되어 2012.1.19. OOO주택재개발정비사업 시행계획 인가되고 2015.3.12. 관리처분계획 인가됨에 따라 청구법인 소유의 OOO85.6㎡, 같은 동 OOO195.7㎡, 같은 동 OOO45㎡(합계 326.3㎡, 이하 “이 사건 토지”라 한다)가 위 사업구역에 포함되어 그 지상의 종교시설(교회)이 2016.10.11. 철거되었다.
• 나. 처분청은 2017년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 이 사건 토지에 대하여 그 지상의 종교시설이 멸실되어 지방세특례제한법제50조에 따른 재산세 면제대상이 아니라 보아 이 사건 토지의 시가표준액에 공정시장가액비율(70%)을 적용하여 산출한 OOO을 과세표준으로 하고 지방세법제111조 제1항 제1호 다목의 세율 등을 적용하여 산출한 재산세(토지분) OOO재산세 도시지역분 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 2017.9.10. 청구법인에게 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.11.29. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견 가.청구법인 주장 이 사건 토지는 OOO주택재개발정비사업 구역에 위치하고 있어 청구법인은 2019년 10월경 주택재개발사업이 완료되면 아파트 부지로 포함되는 이 사건 토지를 대신하여 OOO외 3필지 322.9㎡(이하 “대토부지”라 한다)를 이전받을 예정이고, 2017.7.14. 건축허가를 받아 심판청구일 현재 대토부지에 굴착공사를 완료하여 부지경계를 펜스로 설치하고 공사착공을 계획하고 있다. 이 사건 토지가 재개발사업 부지에 포함됨에 따라 청구법인은 2016년 10월경 기존 교회건물을 멸실하고 2017년 3월부터 기본설계를 시작하여 신축공사 시행을 위한 준비를 완료하였으나, 처분청이 2017년 4월까지도 대토부지 지상의 건축물을 철거하지 못하다가 2017년 5월에야 지상 건축물 철거 및 토지 조성을 마무리함에 따라 2017년 과세기준일(6.1.)까지 교회 건축공사를 착공할 수 없었던 점, 대토부지는 재개발사업이 준공되어야 소유권이전등기를 받을 것이고 이 사건 토지는 재개발사업이 진행 중이어서 사용하지도 못하고 있음에도 이 사건 토지에 대하여 재산세를 부과한 것은 부당한 점, 재개발사업이 진행 중이어서 입주민이 없는 상황에서 종교활동을 하여야 과세대상에서 제외된다는 것은 부당한 점 등에 비추어 이 건 재산세 등 부과처분은 부당하다(재개발사업이 완료되어 대토부지에 대한 소유권이전등기를 받은 이후에 종교목적으로 사용하고 있는지 여부를 판단하여 과세여부를 검토하여야 할 것임). 나.처분청 의견 지방세특례제한법제50조 제2항에서 종교단체의 재산세 등이 면제되기 위해서는 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산이거나 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지이어야 한다고 규정하고 있는바, 이 사건 토지 지상의 종교시설은 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 철거된 것으로 나타나고, 대토부지는 과세기준일에 신축 설계가 진행 중이고 건축 허가를 위한 준비단계에 있었으므로 건축공사에 착수한 것으로 볼 수 없어 목적사업에 직접 사용할 건축물을 ‘건축 중’인 토지에 해당하지 아니하며, 청구법인은 2017년 과세기준일(6.1.) 이후인 2017.7.14. 종교시설 신축에 대한 건축허가를 받아 ‘건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우’에도 해당하지 아니하고, 건축허가 이전에 기공 예배 행사를 하였다 하더라도 종교목적으로 사용하는 부동산이란 일시적이 아닌 정상적인 종교의식, 예배, 종교교육, 선교 등의 활동을 할 수 있는 최소한의 시설을 갖추고 있을 때와 종교목적으로 사용할 건축물의 건축 공사를 진행하고 있을 때를 의미하지 행정청의 사용승인 없이 임시․불법적으로 사용한 것은 목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없으며, 종교목적으로 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유를 감면사유로 인정하고 있지 아니하므로 이 사건 토지는 감면대상인 종교 목적사업에 직접 사용되는 부동산 등에 해당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 주택재개발정비구역에 제공되어 종교시설이 철거된 이 사건 토지에 대하여 재산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 증빙자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) OOO주택재개발정비사업은 사업시행자인 OOO주택재개발정비사업조합(대표자: OOO)’이 도시 및 주거환경정비법제28조 제1항에 따라 OOO일대 62,245.8㎡에서 시행하는 주택재개발정비사업으로, 2004.6.25. 기본계획이 수립된 이후 2007.12.27. 정비구역 지정(서울특별시 고시 제2007-481호), 2012.1.19. 사업시행인가(마포구 고시 제2012-16호)를 거쳐 2015.3.12. 관리처분계획인가(마포구 고시 제2015-47호)되었고, 관리처분계획인가 고시가 있는 경우 도시 및 주거환경정비법제49조 제6항에 따라 종전의 토지 또는 건축물의 소유자 등은 이전고시가 있는 날까지 종전의 토지 또는 건축물에 대하여 이를 사용하거나 수익할 수 없게 된다. (나) 부동산등기부등본, OOO건축물대장 말소 신고내역 등에 따르면 청구법인은 2004.12.15. 이 사건 토지를 증여(2004.12.20. 소유권이전등기)받아 그 지상에 대한예수교장로회 OOO를 운영하고 있었으나, 관리처분계획에 따라 이 사건 토지가 아파트 부지로 지정되어 2016.10.11. 위 교회 건물이 철거된 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2015.3.12. 인가된 관리처분계획에 따라 OOO322.9㎡(대토부지)를 취득할 예정으로, 대토부지에 지하 1층․지상 6층 연면적 848.58㎡의 종교시설(교회 건물)을 신축하기 위하여 2017.6.27. 건축허가를 신청하였고, 처분청은 2017.7.14. 청구법인에게 건축허가를 통보하였다. (라) 처분청은 2017년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 이 사건 토지(교회 건물이 철거된 나대지임)에 대하여 과세대상의 구분을 지방세법제106조 제1항 제3호 마목, 같은 법 시행령 제102조 제5항 제7호에 따른 분리과세대상으로, 과세표준을 시가표준액(개별공시지가)에 공정시장가액비율(70%)을 적용하여 산출한 OOO으로 하고 지방세법 제111조 제1항 제1호 다목 3)의 세율(0.2%)을 적용하여 산출한 재산세(토지분) OOO재산세 도시지역분 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 2017.9.10. 청구법인에게 부과․고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 지방세특례제한법제50조 제2항 본문에서 종교단체 또는 향교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하나, 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우에는 재산세를 과세하는 것으로 규정하면서, 같은 법 시행령 제25조 제1항에서 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축 허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지를 그 사업에 직접 사용하고 있는 토지에 포함하는 것으로 규정하고 있는바, 2016.10.11. 이 사건 토지 지상의 종교시설(교회)이 철거되었고 재산세 과세기준일(2017.6.1.) 현재 대토부지 지상에 종교시설 건축을 위한 건축허가를 받지 못한 상태라 청구법인이 이 사건 토지를 종교사업에 직접 사용하지 못하고 있는 것으로 보이는 점, 지방세특례제한법 시행령제25조에서 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 행정기관의 건축규제조치로 착공하지 못한 경우만을 종교단체 등이 고유목적사업에 직접 사용하는 것으로 보고, 그러한 경우를 제외하고는 고유목적사업에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유나 일정기간을 유예하는 등의 규정을 두고 있지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 이 사건 토지를 재산세 비과세대상에 해당하지 아니한다고 보아 재산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제50조【종교단체 또는 향교에 대한 면제】① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령 제25조【종교 및 제사를 목적으로 하는 단체에 대한 면제대상 사업의 범위 등】① 법 제50조 제2항 본문에서 "대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지"란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다.

(3) 지방세법 제4조【부동산 등의 시가표준액】① 이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은 부동산 가격공시에 관한 법률에 따라 공시된 가액(價額)으로 한다. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장이 산정한 가액으로 한다. 제106조【과세대상의 구분 등】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야
• 다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 라. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지
• 마. 가목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지 제110조【과세표준】① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지

② 선박 및 항공기에 대한 재산세의 과세표준은 제4조제2항에 따른 시가표준액으로 한다. 제111조【세율】① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 토지

• 가. 종합합산과세대상 과세표준 세 율 5,000만원 이하 5,000만원 초과 1억원 이하 1억원 초과 1,000분의2 10만원 + 5,000만원 초과금액의 1,000분의 3 25만원 + 1억원 초과금액의 1,000분의 5
• 나. 별도합산과세대상 과세표준 세 율 2억원 이하 2억원 초과 10억원 이하 10억원 초과 1,000분의2 40만원 + 2억원 초과금액의 1,000분의 3 280만원 + 10억원 초과금액의 1,000분의 4
• 다. 분리과세대상

1. 전·답·과수원·목장용지 및 임야: 과세표준의 1천분의 0.7

2. 골프장 및 고급오락장용 토지: 과세표준의 1천분의 40

3. 그 밖의 토지: 과세표준의 1천분의 2 제112조【재산세 도시지역분】① 지방자치단체의 장은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 제1호에 따른 도시지역 중 해당 지방의회의 의결을 거쳐 고시한 지역(이하 이 조에서 "재산세 도시지역분 적용대상 지역"이라 한다) 안에 있는 대통령령으로 정하는 토지, 건축물 또는 주택(이하 이 조에서 "토지등"이라 한다)에 대하여는 조례로 정하는 바에 따라 제1호에 따른 세액에 제2호에 따른 세액을 합산하여 산출한 세액을 재산세액으로 부과할 수 있다. 제114조【과세기준일】재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다.

(4) 지방세법 시행령(2017.12.29. 대통령령 제28524호로 일부개정되기 전의 것) 제102조【분리과세대상 토지의 범위】

⑤ 법 제106조 제1항 제3호 마목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만, 제1호 및 제37호에 따른 토지 중 취득일부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외하며, 제4호 및 제8호부터 제10호까지의 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행 중인 토지를 포함한다.

7. 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(같은 법 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체와 도시 및 주거환경정비법 제7조부터 제9조까지의 규정에 따른 사업시행자를 포함한다)가 주택을 건설하기 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 제공되고 있는 토지(주택법 제2조 제11호에 따른 지역주택조합ㆍ직장주택조합이 조합원이 납부한 금전으로 매수하여 소유하고 있는 신탁법에 따른 신탁재산의 경우에는 사업계획의 승인을 받기 전의 토지를 포함한다) 제109조【공정시장가액비율】 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60 제111조【토지 등의 범위】법 제112조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 토지, 건축물 또는 주택"이란 다음 각 호에 열거하는 것을 말한다.

1. 토지: 법 제9장에 따른 재산세 과세대상 토지 중 전·답·과수원·목장용지·임야를 제외한 토지와 도시개발법에 따라 환지 방식으로 시행하는 도시개발구역의 토지로서 환지처분의 공고가 된 모든 토지(혼용방식으로 시행하는 도시개발구역 중 환지 방식이 적용되는 토지를 포함한다)

2. 건축물: 법 제9장에 따른 재산세 과세대상 건축물

3. 주택: 법 제9장에 따른 재산세 과세대상 주택. 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 개발제한구역에서는 법 제13조제5항제1호 또는 제3호에 따른 별장 또는 고급주택(과세기준일 현재의 시가표준액을 기준으로 판단한다)만 해당한다.