조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점주식은 비상장 중소기업 발행주식이므로 10%의 양도소득세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2018-중-4978 선고일 2019.02.11

청구인은 쟁점주식 양도일 현재 그 발행법인의 보유 주주지분으로 보아 대주주의 요건을 충족하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주식을 20%의 양도소득세율 적용대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 보유하고 있던 비상장 중소기업인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다) 발행주식 OOO주(지분율 OOO%) 중 OOO주(지분율 OOO%, 이하 “쟁점①주식”이라 한다)를 2016.4.22. OOO 외 1인에게 OOO원에 양도하고, OOO 발행주식 OOO주(지분율 OOO%, 이하 “쟁점②주식”이라 하고, 쟁점①주식과 합하여 “쟁점주식”이라 한다)를 2016.10.22. 주식회사 OOO에게 OOO원에 양도한 후, 2016.8.31. 및 2017.2.28. 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제11호 다목에 따른 OOO%의 양도소득세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
  • 나. 이후 2018.7.5. 청구인은 당시소득세법상 주권상장법인 대주주에 대하여만 규정하고 있었으므로 비상장 중소기업의 경우 대주주 여부에 관계없이 양도소득세율을 OOO%가 아니라 OOO%(소득세법제104조 제1항 제11호 나목)를 적용하여야 한다고 주장하면서 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 소득세법제94조에 규정된 ‘대주주’를 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것으로 볼 수 없다는 이유로 2018.8.22. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.11.16. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 2017.2.3. 소득세법 시행령제167조의8 제2호가 개정되기 전에는 소득세법상 주권비상장법인의 대주주 범위가 규정되어 있지 않았는바, 2016년 비상장 중소기업 주식 양도의 경우 모든 주주는 대주주가 아닌 자에 해당되므로 OOO%의 양도소득세율이 적용된다. (가) 중소기업주식의 양도소득세율을 규정하고 있던 구소득세법제3장 제104조 제1항 제11호 나목에서 2015년까지 중소기업의 주주는 일반주주와 대주주 구분없이 중소기업주식 양도차익의 OOO%를 양도소득세로 납부하도록 규정하고 있었고, 2015.12.15. 법률 제13558호 동 조항이 개정됨에 따라 중소기업의 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우에만 OOO%의 세율을 적용하는 것으로 변경되었다. (

  • 나) 그 대주주의 범위에 대하여 구 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제3장 제94조 제1항 제3호에서 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주 (이하 이 장에서 “대주주”라 한다)라고 규정함으로써 주권상장법인의 대주주만을 규정하고 비상장법인의 대주주의 범위는 규정하고 있지 않았다. (
  • 다) 따라서, ‘대주주’의 범위를 정한 상기의 소득세법규정은 상장주식을 양도하는 경우 양도소득세 과세대상이 되는 ‘대주주’의 범위를 정한 것으로 보아야 하므로, 이 건과 같이 비상장 중소기업 주식 양도에 대하여는 위 조항에서 규정한 대주주의 범위를 적용할 수 없다. (라) 기획재정부는 2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정한 소득세법 시행령제167조의8 제1항 제2호에서 주권비상장법인의 대주주의 정의를 ‘소유주식 비율 OOO% 및 시가총액 OOO원’으로 새로이 규정하였는바, 이는 위와 같은 개정전에는 소득세법상 비상장법인의 대주주의 범위는 규정되어 있지 아니하였고, 위 개정 조항은 부칙에 따라 2017.2.3.이 속하는 과세기간에 주식을 양도하는 분부터 적용된다. (마) 청구인이 쟁점주식 양도에 대하여 당초 양도소득세를 신고할 당시에는 위와 같은 규정 내용을 인지하지 못하여 OOO%의 세율을 적용하였으므로, 쟁점주식에 대한 양도소득세 OOO원와 지방소득세 OOO원을 환급하여야 하고, 이와 관련된 가산금 등도 환급하여야 한다.
  • 나. 처분청 의견

(1) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전 소득세법제104조 제1항 제11호 나목에서 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 OOO%의 양도소득세 세율을 적용하는 것으로 규정하고 있었고, 2015.12.15. 동 조항을 개정하여 중소기업 주식 중 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우에만 OOO%의 양도소득세율을 적용하도록 개정하였으며, 이와 관련하여 소득세법제94조 제1항 제3호 가목에서 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전‧후 모두 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율・시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것이라고 규정하여 ‘대주주’에 대하여 규정하고, 제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무에서 사용하고 있는 ‘대주주’는 모두 소득세법제94조 제1항 제3호 가목의 ‘대주주’와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있으므로 문언해석상 동 규정의 ‘대주주’는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당하다.

(2) 따라서, 처분청이 비상장 중소기업 발행주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 주식은 OOO%의 양도소득세율 적용대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 쟁점주식은 비상장 중소기업 발행주식이므로 OOO의 양도 소득세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
  • 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

  • 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
  • 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
  • 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 (2) 소득세법 시행령(2016.3.31. 대통령령 제27074호로 일부개정된 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. (후단 생략)

  • 가. 주주 1인 및 그와 법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호 에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자 1) 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 2) 국세기본법 시행령제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자
  • 나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1. 직계존비속 2) 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자 3) 국세기본법 시행령제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 보유하고 있던 비상장 중소기업인 OOO 발행주식 OOO를 2016.4.22. OOO 외 1인에게 OOO원에 양도하고, OOO 발행주식 OOO를 2016.10.22. 주식회사 OOO에게 OOO원에 양도한 사실관계에 대하여는 청구인과 처분청 간에 별다른 다툼이 없다.

(2) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전 소득세법제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 OOO%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가, 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 OOO%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전‧후 모두 “주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 ‘대주주’에 대하여 규정하면서 ‘제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무’에서 사용하고 있는 ‘대주주’는 모두 소득세법제94조 제1항 제3호 가목의 ‘대주주’와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 비상장 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 OOO%의 양도소득세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 개정된 소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 ‘대주주’는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 ‘대주주’와 동일한 것으로 보아야 할 것이고, 위 소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 동 규정의 “대주주”는 상장법인 뿐만 아니라 비상장법인의 대주주를 포함하는 것으로 보이는 점(조심 2017서3402, 2017.10.24. 등 다수 같은 뜻임), 청구인은 쟁점주식 양도일 현재 그 발행법인의 주주지분을 OOO% 이상 보유하고 있었던바, 소득세법 시행령제157조 제4항 제1호에서 규정한 대주주의 요건을 충족하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주식을 OOO%의 양도소득세율 적용대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)