[참조결정] 조심2012광1293
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 1994.1.1. 개업하여 건설업, 부동산매매업, 도소매업, 부동산 관리 및 임대업 등을 영위하는 사업자로, 2005.4.29. OOO 외 2필지를 매입하였고, 위 임야에 공장부지를 조성하여 공장동 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 분양 목적으로 신축하였으나, 분양이 되지 않아 2008년부터 임대를 시작하여 해당 임대수입을 본점에서 일괄 신고․납부하였다.
- 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.12.12.부터 2018.1.19.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점부동산을 사업자등록을 하지 않은 상태로 임대하고 있는 사실을 확인하여 구 부가가치세법 시행령제4조 제1항 제4호에 따라 쟁점부동산에 대하여 지점 사업자등록을 하여야 함에도 하지 아니하였다고 보아 처분청에 쟁점부동산에 대하여 지점 법인으로 직권등록을 하고 무신고가산세 및 세금계산서 미발급가산세(미등록가산세와 미발급가산세 중 큰 금액)를 과세하도록 과세자료를 통보하였다.
- 다. 이에 따라 처분청은 2018.4.12. 청구법인에게 부과제척기간 7년을 적용하여 다음 ＜표1＞과 같이 부가가치세를 결정․고지하였다. OOO
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.6.18. 이의신청을 거쳐 2018.11.8. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점부동산은 부동산임대업이 아닌 부동산매매업에 해당하므로 부가가치세법상 사업자등록의 의무가 없다. (가) 청구법인은 2005.4.29. 공장 부지를 개발하여 분양할 목적으로 OOO 소재 임야를 매입하였고, 매입한 임야를 절토하고 골짜기를 성토하여 토지를 개발하여 공장부지를 조성하였으며, 조성된 공장부지에 공장 건물을 신축하여 분양에 나섰으나 경기 침체 등으로 인하여 공장 건물 등의 분양이 되지 않아 공장건물이 분양될 때까지 일시적으로 공장 건물을 임대하였다. (나) 쟁점부동산을 분양하기 위해 주변 중개업소 등에 매도를 계속해서 의뢰하였고, 공장 건물 분양을 위해 최선을 다하였으나 분양이 되지 않았으며, 설상가상으로 2002년 설계한 OOO간 민자 고속도로의 노선안이 2007년 쟁점부동산 건물의 한복판을 관통하는 노선안으로 변경되어 더욱더 쟁점부동산의 분양이 어려워졌다. (다) 쟁점부동산을 관통하는 OOO간 민자 고속도로의 변경 노선안은 지역 주민들의 반발이 거세어졌고, 2010년 OOO 국정감사에서 이OOO은 정OOO에게 “2007년 OOO 부근 마을 노선이 2002년 7월 설계한 직선에서 마을 안쪽을 지나는 곡선으로 변경된 사실을 알고 있느냐”라고 물었고, “골프장과 레미콘 공장이 다칠까봐 곡선으로 변경한 것 아니냐”고 추궁하였으며, “노선변경으로 마을 주민과 공장주들의 반대 민원이 발생하고 있는데 상식적으로 납득이 가지 않는다”라고 발언하는 등 OOO간 민자 고속도로의 변경 노선안에 대해 사회적으로 크게 문제점을 야기하여 쟁점부동산의 분양을 더욱더 어렵게 만들었고, 2014년 OOO간 민자 고속도로의 확정 노선안은 2002년 7월 설계한 노선안에 준하는 노선으로 변경 확정되었다. (라) 청구법인은 쟁점부동산을 분양하기 위해 계속적으로 시도하였으나 분양이 되지 않아 2014년 8월경부터는 해당 건물을 철거하고 아파트를 건설하여 분양할 계획을 검토하기도 하였다. (마) 부가가치세법상 사업장 소재지는 부동산임대업의 경우 ‘부동산의 등기부상 소재지’로 규정되어 있고, 건설업·운수업·부동산매매업의 경우 ‘법인인 경우 법인의 등기부상 소재지’이며, 개인인 경우 ‘사업에 관한 업무를 총괄하는 장소’로 규정되어 있다. (바) 청구법인은 부동산을 개발하여 분양을 목적으로 한 부동산매매업을 영위하기 위해 OOO 소재 임야를 매입하였고, 매입한 임야를 절토하고 골짜기 등을 성토하여 공장부지를 조성하였으며, 조성된 공장부지 위에 공장건물을 신축하여 분양을 하였으나, 경기 침체 및 OOO간 민자 고속도로의 변경노선안이 미등록지점법인의 건물을 관통하는 것으로 변경되어 쟁점부동산이 분양이 되지 않아 분양이 될 때까지 일시적으로 부동산 임대를 하였으며, 사업의 주 목적은 부동산매매업에 해당하는 사업을 영위하였다. (사) 따라서 청구법인은 부동산매매업을 영위하기 위해 쟁점부동산을 신축하여 분양하였으며, 외부적인 요인에 의해 분양이 되지 않아 부득이 일시적으로 쟁점부동산을 임대하였으므로 처분청에서 쟁점부동산에 대하여 부동산임대업을 영위하는 미등록 지점사업자로 보아 지점사업자를 직권으로 등록하고 2011년 제1기부터 2017년 제1기까지 일반무신고가산세 및 세금계산서 미발급 등 가산세를 포함하여 과세한 처분은 취소되어야 한다.
(2) 미등록지점법인에 대한 무신고가산세 및 세금계산서미발급 등 가산세는 국세기본법상 신의성실의 원칙에 위배되어 취소되어야 한다. (가) OOO세무서장은 2009.1.5.부터 2009.1.22.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시하면서 쟁점부동산의 임대행위를 알고 있었으면서도 임대행위에 대하여 본점 법인에 “세금계산서미발급 등 가산세”를 부과하지 않았고, 미등록 지점법인에 세법상 부과되는 “일반무신고가산세 및 세금계산서 미발급 등 가산세”를 부과하지도 않고 조사를 종결하여 청구법인은 당연히 쟁점부동산의 임대행위의 본점 업무 처리가 정당한 줄 알고 그 당시부터 조사청의 조사 당시까지 본점에서의 각종 세무신고 및 세금계산서 발행 등 미등록 지점 법인의 모든 업무를 총괄하여 왔다. (나) 또한, 쟁점부동산의 임대에 대하여 2007년 제2기부터 2017년 제1기까지 계속하여 본점소재지에서 매출세금계산서를 교부하였고, 쟁점부동산과 관련된 모든 업무를 본점에서 총괄하였으며, 부가가치세도 본점에서 10여 년간 계속하여 신고하였으므로 과세관청은 이러한 본점에서의 세무신고에 대하여 쟁점부동산의 임대 수입금액 등이 포함되어 있는 것을 알았을 것임에도 불구하고 그동안 행정지도나 사전안내 등을 전혀 하지 않았다. (다) 처분청은 청구법인의 본점 법인에서 2007년 제2기부터 2017년 제1기까지 20개 과세기간 동안 미등록 지점법인의 임대수입금액을 포함하여 세무신고를 하였음에도 이러한 세무신고내용에 대해 단 한 번도 잘못된 내용에 대해 행정지도나 사전안내 등을 한 적이 없어 청구법인은 본점의 세무신고에 대해 정당한 신고로 인정할 수밖에 없었다. (라) 국세기본법제15조에 규정된 내용을 보면 “납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다”라고 규정하고 있다. (마) 청구법인은 쟁점부동산 임대에 대하여 본점 법인에서 모든 업무를 총괄하였고, 부가가치세 등 세무신고도 본점 법인으로 20개 과세기간동안 계속하여 신고하였으므로 과세관청에서 쟁점부동산의 임대행위를 알고 있었을 것임에도 청구법인에게 어떠한 행정지도나 사전안내 등을 전혀 하지 않아 청구법인은 본점의 신고에 대해 정당한 신고로 인정할 수밖에 없었으므로 과세관청은 신의성실의 원칙을 위반하였기에, 처분청에서 쟁점부동산에 대해 부동산임대업을 영위하는 미등록 지점사업자로 보아 지점사업자를 직권으로 등록하고, 지점법인에 부과처분한 2007년 제2기부터 2017년 제1기까지 일반무신고가산세 및 세금계산서 미발급 등 가산세는 전부 취소되어야 한다.
(3) 미등록 지점의 매출을 본점 매출에 포함하여 부가가치세를 신고․납부하였으므로 미등록 법인지점에 대하여 부가가치세를 무신고한 것으로 보아 7년의 부과제척기간을 적용한 것은 부당하다. (가) 재정경제부의 1994년 개정세법 해설을 보면, 7년의 부과제척기간을 규정한 취지에 대하여 과세권 행사의 난이도 차이를 고려한 것이라고 되어 있는데, 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 방법으로 조세를 포탈한 경우나 무신고한 경우 통상적인 경우보다 장기의 제척기간을 적용하여 과세권을 적절하게 행사할 수 있도록 한 것이므로 쟁점부동산의 임대에 대하여 미등록지점법인으로 사업자등록이 되어 있지 않아 미등록지점법인으로 세무신고를 할 수가 없어 청구법인의 본점법인에서 정상적으로 신고·납부하였으므로 부과제척기간을 7년이 아니라 5년을 적용하여야 한다. (나) 국세기본법제26조의2 제1항 제2호에서 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 7년의 부과제척기간을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제10호에서 납세자는 납세의무자(연대납세의무자와 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 경우의 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)와 세법에 따라 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자를 말한다고 규정하고 있으므로, 납세의무자가 아닌 납세자가 신고하는 경우에도 신고서를 제출한 것으로 보아야 할 것인바, 청구법인의 본점에서 미등록 지점 법인의 부가가치세 신고서를 제출한 것은 납세의무자(미등록 지점 법인)의 신고서로 볼 수 없다고 하더라도, 지점과 본점은 결국 동일한 납세자이므로 부과제척기간과 관련하여서는 미등록 지점 법인의 부가가치세를 무신고한 것으로 볼 수 없다. (다) 쟁점부동산 건물의 임대 수입금액에 대하여 청구법인의 본점에서 부가가치세를 정상적으로 신고·납부하였으므로 미등록 지점의 부가가치세 제척기간은 5년이 적용되어야 하고, 미등록 지점의 부가가치세를 무신고한 것으로 보아 7년의 부과제척기간을 적용함은 부당하다.
(1) 쟁점부동산 임대는 일시적인 것으로 부동산임대업이 아닌 부동산매매업에 해당한다는 주장에 대해 (가) 청구법인이 쟁점부동산을 완공하여 2008.1.24. 보존등기를 하였고, 보존등기 무렵부터 곧바로 임대를 개시하여 조사일 현재까지 계속하여 임대업을 영위하고 있다. 청구법인은 10여 개의 공장동 건물을 10년이 넘도록 다수의 사업자에게 계속적․반복적으로 임대를 주고 고액의 임대료를 받아왔으므로 일시적인 임대에 해당한다는 주장은 설득력이 없다. (나) 청구법인이 2007년 12월경 쟁점부동산 사용승인 후 임대를 시작한 2008년 귀속 법인세 신고서의 B/S상 쟁점부동산이 유형고정자산으로 구분되어 있고, 그 후 사업연도 B/S상에도 계속하여 유형고정자산으로 구분하였다. 만약 청구법인 주장대로 부동산매매업을 영위하였다면 청구법인 B/S상 재고자산으로 구분되어 있어야 할 것이다. (다) 쟁점부동산에서 발생한 임대수입은 아래 ＜표2＞와 같고, 청구법인 본점에서 신고한 부가가치세 과세표준 중 극히 일부(2011년 제1기 OOO원, 2011년 제2기 OOO원, 2012년 제1기 OOO원, 2012년 제2기 OOO원)를 제외하고 모두 쟁점부동산에서 발생한 임대수입이다. OOO (라) 청구법인 본점의 국세청 전산망의 사업자등록 기본사항에 나타나는 주업종이나 부업종에도 부동산매매업은 등록되어 있지 않고, 오히려 본점의 사업자등록상 업종에 부동산임대업은 포함하여 등록하였다. 이에 따라 청구법인은 쟁점부동산을 임대하고 발생한 수익을 본점에서 신고하였다. (마) 법인등기부상 부동산매매업이 기재되어 있기는 하나 이는 향후 발생할지 모르는 업종을 포괄하기 위한 경우로 보이고, 실제로 부동산매매업을 영위하였다면 사업자등록상 부동산매매업을 추가하는 것이 일반적이다. 게다가 청구법인은 1994.1.1. 사업개시 이후 조사시점까지 부동산매매업을 영위한 사실이 없다. (바) 청구법인은 쟁점부동산 18개동 중 조사시점까지 단 한 개의 동도 분양한 사실이 없고, 2007년 12월경 쟁점부동산에 대해 사용승인을 받자마자 곧바로 임대사업에 공하였으며, 조사시점까지도 임대업에 공하고 있다. 따라서 위 내용과 같이 쟁점부동산에 대하여는 부동산매매업이 아닌 부동산임대업에 해당하는 것이 명백하여 임대부동산의 등기부상 소재지를 사업장으로 보아야 할 것이므로 당초 처분은 정당하다.
(2) 청구법인에게 가산세를 부과한 것이 신의성실의 원칙을 위배하였다는 주장에 대하여 (가) OOO세무서장이 2009.1.5.∼2009.1.22. 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하면서 쟁점부동산 임대행위에 대해 부과처분 없이 종결하여 본점업무처리가 정당한 것으로 알았으므로 미등록지점에 대해 가산세 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배한 것이라 주장하나,
1. 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 98두2713, 2000.8.18. 참조).
2. 처분청은 청구법인에게 지점 미등록 관련 가산세를 부과하지 않는다거나 청구법인 본점에서의 업무처리가 정당하다는 취지의 공적인 견해 표명을 한 사실이 없으며, 처분청이 청구법인에게 공적인 견해 표명을 하지 않은 이상 신의성실의 원칙에 위배될 여지가 없다.
3. 부가가치세법제57조 제3항을 비롯한 각 세법에서 과세표준과 세액을 결정한 후 추가로 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견되면 처분청은 즉시 그 과세표준과 세액을 경정하도록 규정하고 있고, 그렇게 경정하는 것은 당해 세법의 규정에 따른 것이다.
4. 청구법인에 대해 처분청의 공적인 견해표명이 없었다는 점이 명백한 이상 신의성실의 원칙 위반 여부 판단을 위한 다음 요건들도 모두 충족되지 않아 청구법인의 주장은 아무런 이유가 없다.
5. 설령, 공적인 견해 표명이 있었다 하더라도 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하는데, 이 건의 경우 구 부가가치세법 시행령제4조 제1항 제4호에서 임대업의 사업장 소재지는 “부동산의 등기부상 소재지”라고 명백하게 규정하고 있으므로 지점미등록에 대하여 청구법인에 귀책사유가 없다고 볼 수도 없다.
6. 신의성실의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 것이나, 이 건 처분은 지점사업장 미등록이 관계법령에 어긋나는 것임이 명백하고, 납세자와 과세관청 간 신뢰가 발생하지도 않았으며, 단지 미등록 임대사업장에 대한 세법적용 누락을 바로잡은 것에 불과한 것이므로 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다. 또한, 과세관청이 세무조사에서 지적하지 않았다 하여 청구법인의 지점 사업자 미등록이 정당하다고 인정하기는 어렵다(조심2012광1293, 2012.5.25. 참조). (나) 처분청이 청구법인에게 지점사업장 등록에 대한 행정지도나 사전안내 등을 하지 않아 신의성실의 원칙을 위배한 것이라고도 주장하나, 부가가치세는 자진납부세목으로 납세자 스스로 부가가치세 법령에 따라 적법하게 사업자등록을 하고 제세신고납부의무를 이행해야 하는 것이고, 과세관청의 행정지도, 사전안내, 기타 요청에 등에 의하여 신고납부하는 세목이 아니므로 과세관청이 행정지도, 사전안내 등을 하지 않았다 하여 신의성실의 원칙을 위반하였다거나 부가가치세법상 가산세 대상인 지점사업장 미등록을 정당한 것으로 볼 수는 없다.
(3) 임대사업장 미등록에 대한 제척기간 7년 적용은 미등록 지점의 부가가치세법상 무신고에 대한 것이므로 본점이 지점의 부가가치세를 대신 납부하였다 하여 지점의 신고의무가 면제되는 것이 아니므로 미등록지점의 무신고에 대하여 7년의 부과제척기간을 적용한 것은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점부동산을 미등록 지점법인 사업장으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
② 행정지도나 사전안내 없이 미등록 지점법인으로 보아 과세한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
③ 부과제척기간 7년을 적용해서 과세한 처분의 당부
(1) 부가가치세법(2010.12.27. 법률 제10409호로 일부 개정된 것) 제5조[등록] ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다. 제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 제22조[가산세] ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 제5조 제1항에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액
③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 적힌 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우
(2) 부가가치세법 시행령(2011.9.29. 대통령령 제23162호로 일부 개정된 것) 제4조[사업장의 범위] ① 법 제4조 제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다.
3. 건설업·운수업과 부동산매매업에 있어서는 사업자가 법인인 경우에는 그 법인의 등기부상의 소재지(등기부상의 지점소재지를 포함한다. 이하 같다), 개인인 경우에는 그 업무를 총괄하는 장소.(단서 생략)
4. 부동산임대업에 있어서는 그 부동산의 등기부상의 소재지.(단서 생략)
(3) 국세기본법 제15조[신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제26조의2[국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)
2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
(1) 청구법인의 본점 및 지점의 사업자등록내역, 부가가치세 신고내역 및 법인세 신고서의 표준대차대조표의 내용은 다음과 같다. OOO OOO OOO
(2) 청구법인이 증빙서류로 제출한 서류는 다음과 같다. (가) 청구법인의 법인등기부등본상 2002.7.31. 부동산매매업이 추가되었고, 쟁점부동산의 등기부등본(건물)에 의하면 2008.1.24. 소유권 보존등기를 한 것으로 나타난다. (나) 청구법인의 쟁점부동산 분양안내 전단지, 쟁점부동산의 사업성 검토서(2006.1.), 쟁점부동산 소재지의 공동주택 계획안(2014.8.29.), OOO간 민자고속도로 변경 노선안 및 관련 보도자료, 청구법인의 조사이력 등을 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인의 등기부상 부동산매매업이 기재되어 있기는 하나, 청구법인은 1994.1.1. 사업개시 이후 조사시점까지 부동산매매업을 영위한 사실이 없는 점, 청구법인은 쟁점부동산 총 18개동 중 조사시점까지 단 한 개의 동도 분양한 사실이 없고, 2007년 12월경 쟁점부동산에 대해 사용승인을 받자마자 곧바로 임대사업에 사용하였으며, 조사 시점까지도 임대업에 사용하고 있는 점, 청구법인은 10여 개의 공장동 건물을 10년이 넘도록 다수의 사업자에게 계속적․반복적으로 임대를 주고 고액의 임대료를 받아온 점, 청구법인은 쟁점부동산을 임대에 사용하기 시작한 2008년 귀속 법인세 신고서의 표준대차대조표를 보면 쟁점부동산이 유형고정자산으로 구분되어 있고, 그 이후 사업연도에도 계속하여 유형고정자산으로 구분된 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점부동산을 이용하여 부동산 임대업을 영위하고 있는 것으로 보이고, 부가가치세법제4조 및 제5조에 따라 부동산 임대업을 영위하는 사업자는 그 부동산의 등기부등본상 소재지를 사업장으로 하여 사업자등록을 하여야 하며, 사업장마다 부가가치세를 신고하여야 하므로 처분청이 쟁점부동산을 미등록 사업장으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것(대법원 2002.11.26. 선고 2001두9103 판결, 참조)인바, 처분청은 청구법인에게 지점 미등록 관련 가산세를 부과하지 않는다거나 청구법인 본점에서의 업무처리가 정당하다는 취지의 공적인 견해표명을 한 사실이 없고, 처분청이 청구법인에게 공적인 견해표명을 하지 않은 이상 신의성실의 원칙에 위배될 여지가 없는 점, 부가가치세는 자진납부세목으로 납세자 스스로 부가가치세 법령에 따라 적법하게 사업자등록을 하고 신고․납부의무를 이행해야 하나, 청구법인이 관련 법령에 준하여 지점 사업자등록을 하지 아니하고, 지점 임대수입을 본점의 매출액에 포함하여 부가가치세를 신고한 이 건의 경우 청구법인에게 귀책사유가 있다고 보이는 점 등에 비추어 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배되었다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 2 이상의 사업장을 가진 사업자가 지점에 관하여 별도의 사업자등록을 아니한 탓으로 지점의 공급가액을 본점의 공급가액에 포함시켜 부가가치세를 계산하고 그 예정 및 확정 신고를 본점의 관할 세무서장에게 하였다면, 그 신고는 본점과 별개의 사업장인 지점에 관한 예정 및 확정 신고로서는 효력이 없어 지점에 관한 부가가치세 신고의무가 이행된 것으로 볼 수는 없는 것(대법원 2013.12.26. 선고 2013두17800 판결, 참조)이므로 미등록 지점의 무신고에 대하여 7년의 부과제척기간을 적용하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.