2015.12.15. 개정된 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목 규정의 대주주는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것임

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2016.2.19. 및 2016.2.22. 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)가 발행한 비상장주식 OOO를 OOO 외 3인에게 OOO원에 양도하고 2016.5.31. 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세 신고를 하면서 쟁점주식의 양도가 대주주가 양도하는 중소기업의 주식에 해당한다고 보아 20%의 세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 나. 이후 청구인은소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것) 제104조 제1항 제11호 나목(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 규정하는 대주주에는 비상장 중소 기업의 대주주가 포함되지 아니하므로 10%의 세율을 적용하여야 함에도 20%로 잘못 적용하였다는 사유로 2018.6.27. 처분청에 양도소득세 OOO원의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 청구인의 경정청구를 검토한 결과, 비상장주 식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세 세율을 적용하여야 한다고 보아 2018.8.16. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2018.11.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점규정이 2015.12.15. 개정되기 전에는 모든 중소기업의 양도소득에 대하여 10%의 세율이 적용되다가 2015.12.15. 개정되면서 10%의 세율이 적용되는 경우는 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정”하게 되었다. 한편, 2015.12.15. 개정된소득세법제94조 제1항 제3호 가목에서 “대주주”의 범위를 대통령령에 위임하여 같은 법 시행령 제157조 제4항 에서 대주주에 대하여 규정하고 있었으나, 이는 “주권상장법인의 대주주”의 범위를 위임한 것으로 보아야 하고 “비상장법인의 대주주”의 범위에 대하여는 위임하지 아니하였다고 할 것이므로소득세법상 “비상장법인의 대주주”의 범위에 대한 규정은 없다고 보아야 한다. 현행 세법상 상장주식을 양도하는 경우 대주주에 한하여 과세되는 것인바, “대주주”의 범위를 정한소득세법관련 규정은 상장주식을 양도하는 경우 양도소득세 과세대상이 되는 “대주주”의 범위를 정한 것이고, 따라서 이 건과 같이 비상장 중소기업인 쟁점주식 양도에 대하여는 소득세법제94조 제1항 제3호 등의 대주주의 범위를 적용할 수 없다. 좋은거하네 2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 소득세법 시행령제167조의8 제1항 제2호는 주권비상장법인의 대주주 정의를 “소유주식 비율 4% 및 시가총액 OOO원”으로 새로이 규정하였는바, 이는 동 개정 전에는 법령상 비상장법인의 대주주의 범위가 규정되어 있지 아니하였음을 나타낸다(비상장법인의 대주주 범위는 동 시행령 개정 부칙에 따라 2017.2.3.이 속하는 과세기간에 주식을 양도하는 분부터 적용함). 결국 2016년 비상장중소기업 주식 양도소득세율 적용과 관련하여서 쟁점규정에서 중소기업의 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우에는 10%로 세율을 정하고 있는데, 이 때 대주주의 범위는 구 소득세법제94조 제1항 제3호의 주권상장법인의 대주주만을 의미하므로 중소기업 비상장법인의 “모든 주주”는소득세법제104조를 적용함에 있어 대주주가 아닌 자에 해당되어 10%의 세율이 적용되고, 2017년 양도분부터 대주주가 아닌 자에 대하여 20%의 세율을 적용해야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2015.12.15. 개정된 쟁점규정의 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 개정된 쟁점규정의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목이 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당 하므로 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식에 해당하여 20%의 세율을 적용함이 타당하다. 또한 “ 소득세법 시행령일부개정안 입법예고” OOO에 따르면, 종전 유가증권시장과 비상장주식의 대주주 범위를 구분하지 아니하고 대주주의 범위를 규정하고 있는바, 동 개정취지에 비추어 볼 때 비상장주식의 경우에도 소득세법 시행령제157조 제4항에 해당하게 되면 대주주로 봄이 상당하고 이러한 대주주가 중소기업의 주식등을 양도하는 경우에는 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목에 따라 양도소득세율 20%를 적용하여야 할 것이다. 따라서 청구인의 경우 쟁점주식 양도일 현재 소득세법 시행령제157조 제4항 제1호에서 규정한 대주주의 요건(지분율 2%이상)을 충족한 것으로 확인되는 이상 쟁점주식의 양도에 대하여 양도소득세 10% 세율을 적용하여야 한다는 취지의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 10%의 양도소득세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2016.2.19. 및 2016.2.22. 쟁점주식을 OOO원에 양도하고 2016.5.31. 양도소득에 대한 양도소득세를 신고‧납부하면서 세율을 20%로 적용하였다가 2018.6.27. 위 양도소득세 신고에 대하여 쟁점규정상 대주주에는 비상장법인의 대주주는 포함되지 아니하므로 10%의 세율을 적용하여야 한다는 취지의 경정청구서를 처분청에 제출하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점법인은 중소기업에 해당하나 쟁점 규정과 소득세법 시행령 제157조 제4항 에 비추어 비상장 중소기업의 대주주도 포함된다고 보아 2018.8.16. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 쟁점주식이 중소기업 비상장법인의 주식에 해당하고 청구인이 소득세법OOO 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”에 해당한다는 점에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없는 것으로 나타난다.

(3) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전소득세법제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전‧후 모두 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 “대주주”에 대 하여 규정하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 2015.12.15.소득세법개정 당시 국회 기획재정위원회 조세위 원회 보고서에는 쟁점규정의 개정 취지를 다음과 같이 기술하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점규정에서 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 하므로 비상장법인 및 중소기업의 발행주식인 쟁점주식에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용 되어야 한다고 주장하나,소득세법OOO 제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있고 쟁점규정의 “대주주”는소득세법제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것이므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 비상장법인이자 중소기업이 발행한 쟁점주식에 대하여 20%의 양도 소득세 세율 적용 대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전의 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가.자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인 "이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과 세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① (개정 전과 동일)

3. (개정 전과 동일)

• 가. (개정 전과 동일)
• 나. (개정 전과 동일) 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20

(3) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

• 가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

1. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

2. 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등

• 나. 주권비상장법인의 주식등 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 나. 대주주가 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 다. 그 밖의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20 (4) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정되기 전의 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 코넥스시장상장법인[ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제11조 제2항에 따른 코넥스시장(이하 “코넥스시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처 기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다] 이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주 를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 제167조의8(중소기업의 범위) 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식등의 양도일 현재 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다. (5) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업 연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 제167조의8(중소기업의 범위) 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정 하는 중소기업”이란 주식등의 양도일 현재 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다. (6) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부개정된 것) 제157조(주권상장법인 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조 및 제167조의8에서 "주권상장법인대주주"라 한다)를 말한다.

1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 조 및 제167조의8에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

• 가. 주주 1인 및 그와 법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호 에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자 1) 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 2) 국세기본법 시행령 제1조의2 제3항 제1호 에 해당하는 자
• 나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1. 직계존비속 2) 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자 3) 국세기본법 시행령 제1조의2 제3항 제1호 에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액(이하 이 조 및 제167조의8에서 "시가총액"이라 한다)이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

• 가. 2018년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우: 25억원
• 나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 15억원
• 다. 2020년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우: 10억원 제167조의8(대주주 및 중소기업의 범위) ① 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

2. 주권비상장법인의 주주로서 제157조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주. 다만, 대주주 여부를 판단할 때 소유주식의 비율은 100분의 4 이상으로 하고, 시가총액은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등에 한정하여 40억원 이상으로 한다.