분할법인의 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 산정함에 있어 차감되는 분할신설법인 귀속 금액 계산 안분 방법

심판청구를 기각한다.

가 주식회사 OOO(이하 “분할 전 법인”이라 한다)는 자동차부품의 제조 및 판매를 주요 사업목적으로 1999.11.27. 설립된 법인으로서, 은 2014.9.1.독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사 체제로 전환하기 위하여 투자사업을 영위하는 주식회사 OOO(이하 “청구법인” 혹은 “분할존속법인”이라 한다)와 자동차부품 제조 및 판매업 등을 영위하는 주식회사 OOO(이하 “분할신설법인”이라 한다)로 인적분할되었다.

• 나. 청구법인은 2018.5.16. 2014사업연도 법인세 신고 시 과소계상한 조세특례제한법제10조의 연구·인력개발비에 대한 세액공제액 OOO 원을 적용하여 2014사업연도 법인세 OOO원, 2015사업연도 법인세OOO원, 2016사업연도 법인세 OOO원, 2017사업연도 법인세 OOO원 의 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 청구법인인 분할존속법인의 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 2년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 분할 신설법인에게 귀속될 금액을 분할일 이후 개월 수로 계산한 후 총 발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하여 계산하는 방법으로 세액공제액을 재계산할 경우 경정 후 세액공제액이 당초 신고 세액공제액보다 작아져 경정청구의 실익이 없다고 보아 2018.8.8. 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 2014사업연도의 연구ㆍ인력개발비 세액공제액 계산 시 당기발생액 방식을 적용하여 납부한 법인세에서 증가발생액 방식을 적용하여 계산한 법인세의 차액을 환급해 달라는 취지의 경정청구는 정당하다. 조세특례제한법제10조 제1항 제3호 가목에 따른 증가발생액 방식의 연구ㆍ인력개발비 세액공제는 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 연구ㆍ인력개발비가 발생하였고, 직전 2년간 연구ㆍ인력개발비 연평균 발생액이 직전 4년간 연구ㆍ인력개발비 연평균 발생액보다 적지 않은 경우, 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 발생액이 직전 2년간 연구ㆍ인력개발비 연평균 발생액을 초과하는 금액에 대해 법 소정의 공제율을 곱하여 계산하도록 규정하고 있다. 또한, 조세특례제한법 시행령제9조 제5항은 직전 4년간 연구ㆍ인력개발비 연평균 발생액을 다음 계산식에 따라 산출하도록 규정하고 있다.

① 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액

③ 해당 과세연도의 개월 수 ------------------------------------- X -----------------------

② 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) 12 이 때, 직전 2년간 연구ㆍ인력개발비 연평균 발생액의 구분 및 계산은 직전 4년간 연구ㆍ인력개발비 연평균 발생액의 구분 및 계산에 도 동일하게 적용되어야 한다. 조세특례제한법 시행령제9조 제5항의 계산식에서 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 합계액에 대하여 조세특례제한법 시행령제9조 제6항 단서에 따르면 “분할신설법인이 분할법인이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 분할법인에서 분할을 하기 전에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율(이하 “매출액 비율”이라 한다)과 각 사업연도 말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율(이하 “자산가액 비율”이라 한다) 중 큰 것을 곱한 금액을 분할법인에서 발생한 연구ㆍ인력개발비로 본다”고 규정하고 있다. 즉, 분할 전 분할법인에서 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 법 소정의 비율을 곱하여 안분한 금액을 분할법인과 분할신설법인의 과거에 발생한 연구ㆍ인력개발비로 보아 직전 4년간 연구ㆍ인력개발비 합계액을 계산하여야 한다. 따라서 청구법인은 2014사업연도 법인세 경정청구 시 위의 규정에 따라 분할법인의 직전 2년간(4년간) 연구ㆍ인력개발비 합계액에서 사업연도별로 매출액 비율과 자산가액 비율 중 큰 것을 곱하여 분할신설법인의 직전 4년간 연구ㆍ인력개발비 합계액으로 보아 귀속시킨 후, 동 상당액을 차감한 연구ㆍ인력개발비를 청구법인의 직전 2년간(4년간)의 연구ㆍ인력개발비 합계액으로 계산하여 직전 2년간(4년간)의 연구ㆍ인력개발비 연평균 발생액을 산출하고 증가 발생액 방식을 적용하였다.

(2) 청구법인의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 계산방식은 조세법률주의에 근거한 계산방식으로, 합리적인 이유 없이 조세감면법규를 확장ㆍ유추해석한 처분청의 경정청구거부 처분은 위법ㆍ부당하다. (가) 대법원은 “조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다”라고 일관되게 판시하여 왔다OOO. (나) 그런데, 처분청은 조세특례제한법 시행령제9조 제6항에 따라 분할신설법인의 직전 2년간 연구ㆍ인력개발비 합계액을 계산하면서, 분할신설법인의 경우조세특례제한법및 같은 법 시행령 어디에도 분할법인의 연구개발비에 매출액 비율 혹은 자산가액 비율을 곱하여 산정한 값에 다시 분할신설법인이 설립된 해의(분할신설법인의) 과세연도가 12개월 미만일 경우 월할계산할 것을 규정하지 않고 있음에도, 임의로 월할계산을 하여 산정한 값이 분할신설법인에 귀속되는 연구개발비라고 보았다. 따라서, 처분청은 합계액과 연평균 발생액을 혼용하여 조세특례제한법 시행령제9조 제5항 및 제6항의 문언에 부합하지 않게 직전 2년간 연구ㆍ인력개발비 합계액 및 직전 2년간 연구ㆍ인력개발비 연평균 발생액을 계산하였으므로 위법ㆍ부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석을 하는 것은 허용된다고 할 것이다OOO. (2) 조세특례제한법 시행령제9조 제5항에 따라 분할신설법인에 배분된 직전 4년 평균 연구·인력개발비는 1년을 온전히 사업했을 경우를 상정하여 계산된 금액이고, 분할된 경우에 분할신설법인의 당해 사업연도에 발생한 연구·인력개발비는 분할 이후 사업연도에서 발생한 것이므로 이에 차감되는 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비도 분할 이후의 사업연도 개월 수에 상당하는 분만 산정하는 것이 타당하다.

(3) 분할신설법인에게 귀속될 금액을 분할 이후 사업연도 개월 수 만큼 월할계산하여 차감하지 않는다면, 분할 전 매출액이 거의 없었던 투자부문만 승계한 청구법인의 경우 2년간 발생한 연구·인력개발비 평균액이 OOO원으로, 연구·인력개발비 증가액이 OOO원이나 되는 불합리한 문제가 발생한다. (4) 조세특례제한법 시행령제9조 제6항에서 분할신설법인의 경우 제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액에 관하여 규정하고 있고, 같은 조 제5항의 계산식 후단에는 해당 과세연도의 개월수/12를 곱하도록 별도로 규정하고 있으므로 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비 산정과 관련하여 제4항의 계산식 후단 부분이 분할 이후의 개월 수로 안분하는 규정이라는 해석이 가능하다. 따라서 분할존속법인의 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 2년간 발생한 연구·인력개발비는 분할신설법인에게 귀속될 금액을 분할일 이후 개월 수로 계산한 후 총 발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하여 계산하는 것이며, 이와 같은 방법으로 세액공제액을 재계산할 경우 경정 후 세액공제액이 당초 신고세액보다 작아지므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법상 분할법인의 연구․인력개발비 세액공제액을 산정함에 있어서 직전 4년간 연평균 일반연구․인력개발비에서 차감되는 분할신설법인 귀속 금액 계산시 분할일 이후 사업연도의 개월 수로 안분하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다. 1～2.(생략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 4를 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙(2013.1.1. 법률 제11614호) 제36조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제에 대한 특례) 제10조제1항제3호 가목의 개정규정 중 "직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를"은 2013년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 개시하는 과세연도까지는 "해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을"로, 2014년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지 개시하는 과세연도까지는 "해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을"로 본다. (2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】⑤ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다)×해당 과세연도의 개월 수/12

⑥ 제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구・인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구・인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인 등에서 발생한 일반연구・인력개발비로 본다. 이하생략

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 2014사업연도 법인세 신고 시 구조세특례제한법제10조 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어, 제1항 제3호 나목의 규정에 의해 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 일반기업의 비율(4%)을 적용하여 신고하였다. (나) 청구법인과 분할신설법인의 승계사업 매출액은 아래 <표1>과 같다. (다) 청구법인의 4년간 발생한 연구·인력개발비를 월할계산하는 경우(당초신고)와 월할계산하지 않는 경우 (경정청구)의 배분액은 아래 <표2>․<표3>과 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적인 해석을 하는 것은 허용되는바OOO, 조세특례제한법 시행령제9조 제5항에 따라 분할신설법인에 배분된 직전 4년 평균 연구․인력개발비는 1년을 온전히 사업했을 경우를 상정하여 계산된 금액이고, 분할된 경우에 분할신설법인의 당해 사업연도에 발생한 연구․인력개발비는 분할 이후 사업연도에서 발생한 것이므로 이에 차감되는 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구․인력개발비도 분할 이후의 사업연도 개월 수에 상당하는 분만 산정하는 것이 논리상 타당한 점, 분할법인의 직전 4년 평균 연구․인력개발비를 산정함에 있어 분할신설법인인 주식회사 OOO와 청구법인의 2014사업연도 개월 수(4개월)에 해당하는 직전 4년 평균 연구․인력개발비에 상당하는 금액만 분할신설법인 귀속금액으로 산정하여 이를 직전 4년 평균 연구․인력개발비에서 차감하는 것이 합리적인 점, 조세특례제한법 시행령제9조 제6항에서 분할신설법인의 경우 제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 합계액에 관하여 규정하고 있고, 같은 조 제4항의 계산식 후단에는 해당 과세연도의 개월 수/12를 곱하도록 별도로 규정하고 있으므로 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구․인력개발비 산정과 관련하여 제5항의 계산식 후단 부분이 분할 이후의 개월 수로 안분하는 규정이라는 해석이 가능해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 4년간 발생한 연구·인력개발비 평균 발생액을 계산함에 있어 분할 이후 개월 수로 환산하여야 한다고 보아 분할법인의 세액공제와 관련한 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.