청구법인의 양도소득세 신고가 경정청구 대상에 해당하는지 여부

OOO이 2018.8.28. 청구법인에게 한 2012년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2012.1.6. OOO필지 토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 임의경매에 의한 매각을 원인으로 양도하고, 2012.3.28. 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였다가, 2018.3.29. 쟁점부동산의 양도소득은 법인세법이 적용되어야 하므로 양도소득세 과세대상이 아니라는 사유를 들어 위 양도소득세의 전액 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 경우 수익사업을 영위하는 비영리법인으로서 법인세법제62조의2에 의하여 양도소득세 과세대상이 아닌 것이 명백하므로 당초 납부세액은 과오납금에 해당하고, 경정청구 당시납부일로부터 5년이 경과하여국세기본법제54조에서 규정하고 있는 국세환급금의 소멸시효가 완성된 것으로 보아 2018.8.28. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 과세대상 소득을 신고하면서 단순히 세목을 잘못 적용한 것에 불과하고 다른 종중의 경우에도 법인세 과세대상을 양도소득세를 잘못 신고한 사례가 빈번한 점 등에 비추어 이 건 양도소득세 신고행위에 대하여 중대하고 명백한 하자가 있다고 보기 어려운 점, 과세관청이 과오납금을 국세환급금으로 결정하지 아니하는 경우 납세의무자는 선택적으로 경정청구 또는 과오납금 환급청구를 할 수 있는 것으로 해석되는 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법제62조의2에서 양도소득세 과세표준 예정신고가 가능한 비영리법인에 대하여 수익사업을 하는 비영리법인은 제외되는 것으로 명확히 규정하고 있는바, 청구법인은 수익사업을 영위하는 비영리법인으로 임대소득에 대하여 매 사업연도마다 법인세를 신고납부하였으므로 양도소득세 납세의무가 없음이 명백한 점, 청구주장과 같이 법인세법이 적용되어야 한다면 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못하는 경우”에 해당하므로 양도소득세 경정청구가 아닌 법인세 수정신고대상으로 법인세 수정신고와 함께 과오납한 양도소득세 차액에 대하여 법인세 환급을 주장함이 타당한 점 등을 볼 때 당초 신고납부한 양도소득세 전액의 환급을 구하는 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 청구법인의 양도소득세 신고가 경정청구 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제60조 (과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례) ① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

3. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항을 적용할 때 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 소득세법 제96조 부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조제2항 에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 소득세법 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 제51조(국세환급금의 충당과 환급) ① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(국세징수법 제14조 에 따른 납기전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.

1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비(다른 세무서에 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 포함한다)

3. 세법에 따라 자진납부하는 국세

③ 제2항 제2호에의 충당이 있는 경우 체납된 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비와 국세환급금은 체납된 국세의 법정납부기한과 대통령령으로 정하는 국세환급금 발생일 중 늦은 때로 소급하여 대등액에 관하여 소멸한 것으로 본다. 제54조(국세환급금의 소멸시효) ① 납세자의 국세환급금과 국세환급가산금에 관한 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다. (3) 국세기본법 시행령 제32조 (국세환급금 발생일) 법 제51조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 국세환급금 발생일"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날을 말한다.

1. 착오납부, 이중납부 또는 납부의 기초가 된 신고 또는 부과의 취소ㆍ경정에 따라 환급하는 경우: 그 국세 납부일(세법에 따른 중간예납액 또는 원천징수에 따른 납부액인 경우에는 그 세목의 법정신고기한의 만료일). 다만, 그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우에는 그 마지막 납부일로 하되, 국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일로 한다.

2. 적법하게 납부된 국세의 감면으로 환급하는 경우: 그 감면 결정일

3. 적법하게 납부된 후 법률이 개정되어 환급하는 경우: 그 개정된 법률의 시행일

4. 소득세법, 법인세법, 부가가치세법, 개별소비세법 또는 주세법에 따른 환급세액의 신고 또는 신고한 환급세액의 경정으로 인하여 환급하는 경우: 그 신고일. 다만, 환급세액을 신고하지 아니하여 결정에 따라 환급하는 경우에는 해당 결정일로 한다.

5. 원천징수의무자가 연말정산 또는 원천징수하여 납부한 세액을 법 제45조의2 제4항에 따른 경정청구에 의하여 환급하는 경우: 연말정산세액 또는 원천징수세액 납부기한의 만료일

6. 조세특례제한법 제100조의8 에 따라 근로장려금을 환급하는 경우: 근로장려금의 결정일

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가) 청구법인은 2008.9.25. OOO으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받았고, 청구법인이 임대소득에 대하여 매 사업연도마다 법인세를 신고납부하고 있어 수익사업을 영위하고 있는 비영리법인에 해당한다는 사실은 청구법인과 처분청간 이견이 없다. (나) 청구법인은 2012.1.6. 쟁점부동산을 양도OOO하였고, 2012.3.28. 이 건 양도소득세OOO를 예정신고․납부하였다. (다) 청구법인은 2018.3.29. 쟁점부동산의 양도소득에 대하여 법인세가 적용되어야 한다는 사유를 들어 위 신고납부한 양도소득세 전액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 청구법인이 당초 신고납부한 양도소득세는 과오납금에 해당하고 국세환급금의 소멸시효OOO가 완성되었다는 사유를 들어 2018.8.28. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 국세기본법제45조의2에서 규정하고 있는 경정청구는 같은 법 제51조 소정의 환급금청구와는 그 법적근거·청구사유·청구기간 등이 다른 별개의 청구이므로 처분청이 거부사유로 들고 있는 국세환급금청구의 소멸시효 적용대상으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 비영리법인의 경우 그 수익사업 영위여부에 따라 법인세법 제62조의2 에서 규정하는 자산양도소득에 대한 과세특례 적용대상이 구별되므로 쟁점부동산을 양도한 청구법인의 당초 양도소득세 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효에 해당한다고 보기도 어려운 점, 청구법인이 경정청구 사유로 제시하고 있는 쟁점부동산의 양도로 인한 소득의 경우 법인세법이 적용되어야 하므로 양도소득세 과세대상이 아니라는 사유는 국세기본법제45조의2 제1항 제1호에서 경정청구 사유로 규정하고 있는 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과”하는 경우에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.