[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 1994.11.1.부터 OOO에서 가구 제조업 및 도소매업을 영위하는 법인이다.
- 나. OOO은 2018.3.15.～2018.6.22. 기간 동안 청구법인의 2014～2015사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, ＜표1＞과 같이 지배주주이자 임원인 OOO에게 동일 직위의 임원보다 급여를 과다하게 지급한 것으로 보아 OOO과의 급여 차액 합계 OOO(이하 “쟁점①보수”라 한다)을 손금불산입하고, 감사인 OOO의 명의로 지급된 급여 OOO 및 퇴직급여 OOO(이하 “쟁점②보수”라 한다)을 가공급여로 보아 손금불산입하였으며, 특허기술이 적용되지 아니한 매출액에 대한 직무발명보상금 OOO을 손금불산입하고, 연구개발 업무 외 다른 업무를 겸직한 연구소장 OOO의 급여 OOO과 위 직무발명보상금 OOO을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액에서 제외하였으며, 청구법인이 2015년 제2기～2016년 제2기 과세기간 동안 OOO(이하 “OOO”라 한다) 및 OOO(이하 “OOO”이라 하고, OOO와 함께 “쟁점거래처”라 한다)로부터 실물거래 없이 공급가액 합계 OOO의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 것으로 보아 공급가액을 손금불산입하고, 쟁점②보수와 쟁점세금계산서 수취에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하는 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2018.7.13. 및 2018.7.16. 2014～2017사업연도 법인세 합계 OOO 및 2015년 제2기～2016년 제2기 부가가치세 합계 OOO을 경정․고지하였다. ＜표1＞ 사업연도별 법인세 경정 내역 ＜표2＞ 과세기간별 부가가치세 경정 내역
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.5. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) OOO와 OOO은 서로 맡은 역할의 차이가 있어 급여액이 다를 수밖에 없었고, OOO, OOO을 제외한 동일 직위에 있는 다른 임원들 역시 각자 맡은 역할에 따라 그 급여가 서로 다른 점 등을 고려하면 OOO와 OOO에게 지급한 급여가 차이가 발생하는 데에 정당한 사유가 있으므로 이 부분 부과처분은 위법하다. (가) 처분청은 청구법인이 특수관계자인 OOO에게 정당한 사유 없이 OOO와 동일한 직위에 있는 임원 OOO보다 급여를 과다하게 지급하였다고 보아 쟁점①보수를 손금불산입하였다. 즉, 처분청의 손금불산입 사유는 OOO와 OOO이 같은 등기임원이므로 이들이 동일한 액수의 급여를 받아야 한다는 점이다. (나) OOO와 OOO은 서로 맡은 역할에 분명한 차이가 있고, OOO, OOO 외의 다른 임원들 사이에서도 각자가 맡은 역할에 따라 그 급여가 서로 다르다는 점에 비추어 보면, OOO와 OOO의 급여가 서로 다른 것은 당연한 것이다. 그러나 처분청이 OOO와 OOO이 똑같은 급여를 지급 받았어야 한다는 것을 전제한 다음, 그 차액 전부를 손금불산입한 것은 OOO가 OOO보다 많은 급여를 지급 받은 것에 정당한 사유가 인정되는지 여부를 더 나아가 살펴볼 필요 없이 그 자체로 위법함이 명백하다. (다) 뿐만 아니라 OOO가 맡은 역할의 중요성 및 대체불가능성 등에 비추어 보면, OOO가 OOO보다 많은 급여를 받은 데에는 정당한 사유가 인정되므로 이와 다른 전제에서 이루어진 이 부분 부과처분은 위법하다.
1. OOO는 청구법인의 재무본부장으로서 회사의 자금 관리를 총괄하면서 전체 근로자에 대한 임금협상을 하였고, 대표이사 부재시에는 대표이사 업무를 대행하는 역할까지 하였는데, 청구법인에서 이러한 역할을 수행한 임원으로는 OOO가 유일했다.
2. 이에 비해 OOO은 영업 담당 임원이었는데, OOO 외에도 청구법인 내에서 영업을 담당하는 임원으로 OOO, OOO, OOO이 있었으므로 같은 역할을 하는 다른 임원들이 많아 같은 역할을 하는 다른 임원들이 없는 경우에 비해 상대적으로 대체가 가능하고 업무가 쉬운 OOO에게 OOO에게 지급한 급여에 상응하는 액수를 지급할 이유가 없었다.
3. 외부 영업담당자에게 영업 편의, 영업성과 달성을 위해 형식상 높은 직위를 부여하는 업계의 관행을 고려하여 청구법인의 영업부문 임원들에게 상무, 이사의 직위를 부여하였으나, 실제로 담당한 업무는 영업부문 일반 직원과 다를 바가 없었고, 영업본부에서 OOO보다 직위가 높은 임원도 여러 명 있었으므로 OOO은 OOO와 같은 직위에 있는 자라고 보기 어렵다.
(2) OOO 명의로 지급한 급여는 그 실질이 청구법인 대표이사에 대한 상여금이고, 퇴직급여는 2013년 말까지 청구법인의 감사로 근무한 근로에 대한 대가이므로 쟁점②보수는 손금에 해당한다. (가) 처분청은 청구법인이 2014년부터 실제로 근무하지 않은 OOO 명의로 2014년에도 계속하여 급여 등을 지급해 왔다는 사유로 급여 OOO 및 퇴직급여 OOO을 손금불산입하였다. (나) 청구법인의 대표이사 OOO은 청구법인의 전신인 OOO를 2001년에 인수하여 약 OOO 정도에 불과한 매출을 2014년 OOO까지 끌어올리는 등 14년간 매출액을 16.5배 신장시키는 큰 성과를 이루었으나, 이러한 노력에 비하여 상대적으로 적은 급여를 받아 왔다. OOO은 청구법인으로부터 급여로 2014년 OOO을, 2017년에 OOO을 지급받았는데, 관련 업종 대표이사들의 급여와 비교하였을 때 그 급여가 매우 적은 수준이다. 청구법인은 OOO의 그간의 공로를 인정하여 상여금을 지급하면서 혹시 모를 다른 임원들 사이의 위화감 조성을 막고자 OOO 명의로 지급하였다. 따라서 OOO의 명의로 지급된 급여는 그 실질이 OOO의 상여금이므로 손금에 해당한다. (다) OOO 명의로 지급한 퇴직급여는 OOO가 2008년부터 2013년까지 청구법인의 감사로 재직하여 근무한 것에 대한 대가이다. 따라서 OOO가 2014년에 청구법인에서 근무하지 아니하였다 하더라도 OOO의 근무기간 동안의 퇴직금은 지급하여야 하고, 이는 당연히 청구법인의 손금에 해당한다. 위 퇴직급여는 그 지급의 원인이 되는 근로 제공이 분명히 존재하는 이상, 실제 사용자가 누구인지 여부와 무관하게 청구법인의 손금으로 인정되어야 하고, OOO가 아닌 다른 사람이 퇴직금을 사용하였다면 이는 OOO와 실제 사용한 사람 간에 정산해야 할 사항에 불과할 뿐이다.
(3) 청구법인이 대표이사에게 지급한 직무발명보상금은 모두 손금으로 인정되어야 하고, 설령 일부가 손금불산입 대상에 해당하더라도 전문가의 평가에 의해 산정된 보상금을 손금으로 계상한 것이므로 신고납부의무를 제대로 이행하지 아니한 정당한 사유가 있으므로 가산세 부과는 위법하다. (가) 청구법인은 대표이사가 발명하여 청구법인 명의로 특허등록한 14건에 대해 직무발명보상금을 지급하기 위하여 직무발명보상금 산정기준 세칙 제4조에 따라 외부평가기관인 OOO에게 직무발명보상평가를 의뢰하였고, OOO는 OOO이 발명한 14건(총 34건의 특허 중 특히 청구법인 매출에 기여한 특허)의 특허에 대한 보상금액을 OOO으로 평가하였으며, 청구법인은 이에 따라 2016.12.29. 직무발명보상금을 지급하였다. 그러나, 처분청은 위 14건의 특허 중 실제 매출에 적용된 특허는 6건이고, 해당 6건의 특허 기술이 적용된 매출액을 기준으로 계산된 직무발명보상금이 OOO에 불과하다는 이유로 그 차액인 OOO을 손금불산입하였다. (나) 처분청이 작성한 OOO(기술연구소장) 및 OOO(생산관리팀 부장)의 문답서에 의하면, 위 14건의 특허는 전부 청구법인의 제품 생산에 적용되어 매출에 기여했다고 되어 있고, 특히 OOO은 OOO이 발명한 특허 기술이 적용되어 생산된 제품의 매출액이 청구법인 전체 매출액의 70%에 이른다고도 진술하였다, 그럼에도 처분청은 합리적 근거 없이 위 14건의 특허 중 6건의 특허를 제외한 나머지 특허는 청구법인 매출에 기여하지 않았다고 단정하여 관련 부과처분을 하였으나, 특허 14건 중 6건에 대한 보상금만 정당하다는 입증을 하지 못하고 있다. (다) 설령 위 보상금 중 일부가 손금불산입 대상에 해당하더라도, 청구법인으로서는 그 보상금을 지급할 당시 전문가의 평가 내지 자문을 통해 산정한 보상금이 적정한 수준에 해당하고, 또한 전문가로부터 안내 받은 회계처리가 적법한 것이라고 믿을 수밖에 없었으므로 이에 터잡아 이루어진 관련 세무신고에는 정당한 사유가 있다. 따라서 직무발명보상금 관련 가산세 부과처분은 위법하다.
(4) 연구소장인 OOO가 연구개발업무를 직접 수행한 직원이므로 연구개발업무 외 다른 업무를 겸임했다는 사유로 OOO의 인건비를 연구 및 인력개발비세액공제 대상에서 제외하는 것은 위법하다. (가) 조세특례제한법령에서는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 인건비의 요건으로 관련 법규에 따라 인정을 받은 기업부설연구소에서 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하는 직원의 인건비일 것을 요구하는 것 외에 해당 직원이 연구개발과제 외에 다른 업무를 겸임하지 않을 것을 요구하지 않고 있다. (나) OOO는 청구법인의 기업부설연구소에서 ① 우수제품, 특허 및 디자인 출원·등록, 시험장비 교정 등 연구소 담당업무의 결재를 하였고, ② OOO 연구소장 외 2명이 디자인한 검색대 제품이 OOO에서 주관하는 우수디자인에 선정된 바 있으며, ③ 제품개발계획에서 계속적으로 개발에 참여하였다. (다) 이처럼 OOO가 청구법인의 연구소장으로서 연구개발업무를 직접 수행한 직원에 해당함이 분명한 이상, OOO가 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸임했다는 이유만으로 그 인건비를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것은 위법하다.
(5) 청구법인이 쟁점세금계산서에 기재된 공급자인 OOO 또는 OOO로부터 관련 용역을 제공받지 아니한 것은 사실이나, 청구법인이 실제 용역을 OOO로부터 제공받고 그 비용을 지급하였으므로 해당 비용은 손금에 산입되어야 한다. (가) 청구법인은 2016.1.11. OOO로부터 OOO 신축공사 중 가구공사를 하도급받았고, 해당 계약에 따라 가구공사를 한 후 2016.11.1. 하도급금액을 정산받았다. 이와 관련하여 청구법인은 실제 용역제공자로부터 판매용역 및 대행을 제공받기로 계약하고, 실제 용역제공자로부터 판매용역을 제공받아 공사를 마친 후, 실제 용역제공자의 요청에 따라 OOO에게 수수료를 지급하고 OOO로부터 세금계산서를 발급받았다. (나) 청구법인은 2015.8.31. OOO로부터 OOO 오피스텔 신축공사 중 가구공사를 하도급받았고, 해당 계약에 따라 가구공사를 한 후 공사대금을 지급받았다. 이와 관련하여 청구법인은 실제 용역제공자로부터 판매용역 및 대행을 제공받기로 계약하고, 실제 용역제공자로부터 판매용역을 제공받아 공사를 마친 후, 실제 용역제공자의 요청에 따라 OOO에게 수수료를 지급하고 OOO로부터 세금계산서를 발급받았다. (다) 청구법인은 위 가구공사 건과 관련하여 OOO와 계약을 체결하고, OOO로부터 용역을 제공받았으므로 OOO에게 이를 사실대로 밝히는 확인서를 작성하여 줄 것을 요청하였으나, OOO는 이와 같은 사실관계를 인정하면서도 차일피일 미루다 일부 사실관계만 인정하는 확인서를 작성해주었다. (라) 청구법인은 쟁점거래처의 통장내역을 OOO로부터 건네받았는데, 이를 통해 OOO가 두 회사의 통장을 보관하면서 자유롭게 인출한 것을 확인할 수 있다. 쟁점거래처의 통장 내역을 보면 청구법인이 입금한 내역이 확인되는데, 해당 금원이 청구법인으로 다시 환입되었다고 볼만한 사정은 전혀 존재하지 아니하고, 오히려 OOO가 두 회사의 계좌에서 그 금원을 인출한 사실을 통해 해당 비용이 실제 용역을 제공받은 대가로 지급된 것임을 확인할 수 있다.
(6) 청구법인이 OOO에게 쟁점②보수를 지급하고, 쟁점거래처에 쟁점세금계산서 상의 공급대가를 지급함에 있어 조세를 포탈할 의도를 가지고 적극적인 은닉행위를 하지 않았으므로 부당과소신고가산세의 적용을 취소하여야 한다. (가) 처분청은 OOO에 대한 쟁점②보수 지급 부분과 쟁점세금계산서 부분과 관련하여 부당과소신고가산세(법인세 및 부가가치세)를 부과하였다. (나) 청구법인은 쟁점②보수를 손금에 산입한 것을 넘어 그러한 손금처리의 정당성을 가장하기 위해 적극적인 부정행위를 하지 아니하였고, OOO가 청구법인에 재직하였는지 여부, 쟁점②보수가 청구법인의 손금으로 인정되어야 하는지 여부와 관련된 사실관계는 과세관청이 일반적인 세무조사 과정을 통해 쉽게 확인할 수 있는 사항이므로 청구법인이 과세관청의 조세부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 만들었다고 보기 어렵다. (다) 청구법인이 일부 사실과 다른 세금계산서를 수취하기는 하였으나, 그 배경이 되는 실물거래가 있었던 이상, 그 비용의 손금처리는 당연히 인정되어야 하고, 쟁점세금계산서와 관련하여 포탈된 세액이 있다고 볼 수 없다. 그리고 쟁점세금계산서와 관련한 비용을 손금으로 처리함에 있어서 적극적 부정행위를 하여 과세관청의 과세요건 사실을 발견을 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하지도 않았으므로 부정행위의 존재를 전제로 하는 부당과소신고가산세는 부과될 수 없다. 나아가 청구법인이 부가가치세를 면탈할 목적이나 실제 용역제공자가 부가가치세를 환급 또는 공제받는데 도움을 제공하기 위한 의도 등이 전혀 존재하지 아니하였고, 과세요건 사실에 대한 은닉을 목적으로 하였거나 적극적인 부정행위를 하지도 않았으며, 용역의 대가를 지급할 당시 부가가치세 전액을 지급하였다. 당초부터 부가가치세를 면탈 내지 포탈하여 국가의 조세수입 감소를 의도하는 적극적인 행위는 존재하지 아니하였으므로 부가가치세와 관련하여서도 부당과소신고가산세를 부과한 것은 위법하다.
(1) 대표이사의 배우자인 OOO가 동일 직위의 임원인 OOO보다 정당한 사유 없이 급여를 과다하게 수취하였으므로 법인세법 제43조 제3항에 따라 초과금액을 손금불산입한 처분은 정당하다. (가) 청구법인은 발행주식총수 중 92.67%(대표이사 OOO 37.67%, 배우자 OOO 36.33%, 처형 OOO 18.67%)를 친족이 소유하고 있는 기업으로, 조사 당시 대표이사 OOO은 개업일부터 현재까지 급여지급 규정이 없고, 재무본부장 OOO와 영업상무 OOO에게 급여를 특별한 사유 없이 차등지급한 사실을 인정하였다. (나) 청구법인의 근로소득지급명세서, 회사조직도를 보면 OOO(2002.9.5. 입사)는 재무본부장이고, OOO(2003.5.21. 입사)은 생산 및 영업팀 상무로 동일 직급의 등기임원으로 확인되고, 입사기간 역시 큰 차이가 없다. (다) 청구법인은 생산․기술력과 영업력으로 회사가 유지되는 가구 제조판매업체로, ‘재무․회계부서의 역할’이 법인의 수익 창출에 직접적으로 기여하는 ‘생산 및 영업부서의 역할’보다 더 크다고 볼만한 객관적인 실적이 없으며, 재무본부장 OOO의 역할의 중요성, 대체불가능성 및 회사에 기여한 특별한 공로 등을 확인할 수 있는 객관적인 자료도 없다. (라) 청구법인이 제출한 연봉협상, 결재대행권 관련 서류는 청구법인과 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 재무이사에게 일반적으로 부여하고 있는 권한이므로 OOO의 급여가 일반적으로 용인되는 통상적인 비용에 해당한다고 볼 수도 없다. (마) 또한, 청구법인이 제출한 급여지급명세서를 보면 대표이사 OOO 및 그 배우자만 기본급여와 각종 수당액을 인상한 사실이 확인되므로 이는 지배주주의 권한을 갖고 OOO에게만 급여를 과다지급한 것이다.
(2) OOO 명의로 지급된 급여의 실질이 대표이사의 상여금이라 하더라도 임원 상여금 지급규정에 의하지 아니하고 부당하게 유출된 금액이므로 손금에 해당하지 아니하고, OOO가 퇴직한 지 1년이 경과한 2014.12.31.에 퇴직금으로 허위계상하여 대표이사가 사용한 금액 또한 손금에 산입하기 어렵다. (가) 청구법인 직원들의 출퇴근 기록카드, 인사기록카드 등의 서류에서 OOO가 근로를 제공하였다고 볼 만한 자료가 없었고, 생산관리팀 부장은 OOO가 근로한 사실이 없다는 확인서를 제출하였다. 또한, OOO 명의의 급여통장으로 청구법인이 매월 급여를 입금하면 며칠 안에 전액 현금으로 출금이 되었고, 퇴직급여는 10회에 걸쳐 현금으로 인출되었는데, 퇴직급여 통장의 출금전표와 필체가 청구법인 대표이사의 배우자인 OOO의 필체와 동일한 점으로 보아 OOO가 언니 OOO의 명의로 허위의 급여 및 퇴직금을 계상하고, 통장, 막도장 및 통장 패스워드를 사용하여 부당하게 법인자금을 유출하여 사용한 것을 확인할 수 있다. 이 건 조사 당시 대표이사도 해당금액을 본인이 사용하였다고 인정하였다. (나) 청구법인은 OOO 명의의 급여는 대표이사에게 지급된 상여금이라고 주장하나, 임원 상여금에 대한 지급규정 없이 친인척 명의로 허위의 인건비를 계상하고 부당유출한 법인자금은 법인세법 시행령 제43조 제2항에 따라 손금불산입함이 타당하다. (다) OOO가 2014년 이전에 이미 퇴직하였음에도 1년이 경과한 2014.12.31.에 퇴직금 명목으로 지급한 것으로, 대표이사가 차명계좌를 이용하여 현금을 인출하는 방식으로 법인의 자금을 부당하게 유출하여 사용하였으므로 허위 퇴직금에 대해 손금을 부인한 처분은 정당하다.
(3) 청구법인은 직무발명보상금 평가금액 산정에서 가장 중요한 지표인 특허 기술이 적용된 매출액을 허위로 제출하여 직무발명보상금을 과다하게 산정하여 지급하였으므로 과다지급한 보상금은 손금으로 인정하기 어렵고, 청구법인이 신고의무를 알지 못한 것에 대하여 정당한 사유가 없으므로 당초 가산세 처분은 정당하다. (가) 처분청은 조사 기간 동안 대표이사 OOO이 발명한 특허가 실제 청구법인의 매출액에 기여한 내역을 제출할 것을 요구하였고, 이에 청구법인이 제출한 자료에 근거하여 직무발명보상금을 재산정하였으며, 청구법인의 매출액에 기여하지 아니한 부분에 대하여는 손금을 부인한 것이다. (나) 청구법인이 OOO에 제출한 특허 14건 관련 매출액 OOO은 실제 특허관련 제품 생산 및 판매내역에 근거한 것이 아니라 영업팀에서 OOO에 등록한 판매제품 매출액 전액을 단순 합계하여 제출한 것으로 실제 특허가 매출에 적용된 매출액 OOO과의 차이가 상당하여 이를 단순 착오라 볼 수 없고, 직무발명보상금 평가서를 작성한 변리사는 특허 적용 매출액 등에 대한 평가자료를 잘못 제출한 경우 직무발명보상금을 재평가 할 정도로 중대한 하자라는 의견을 제시하였다. 위와 같이 청구법인은 직무발명보상금 평가금액 산정의 가장 중요한 지표인 특허기술이 적용된 매출액을 허위로 부풀려서 직무발명보상금을 산정하고, 이를 과다지급하였으므로 손금부인대상에 해당한다. (다) 또한, 가산세는 세법인 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 점과 청구법인의 직무발명보상금 도입 및 지급과정을 볼 때에도 청구법인이 신고의무 등을 알지 못한 것에 대한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 당초 가산세 처분은 정당하다.
(4) 연구소장 OOO가 OOO 및 OOO 전면시설가구 집기류 제작설치 사업 총괄자로서 현장 관리 등의 업무를 수행하였으므로 OOO의 인건비를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 부인한 처분은 정당하다. (가) OOO는 계약금액 OOO(2016년 청구법인 매출액 OOO, 매출액 대비 31%)에 달하는 OOO 및 OOO전면시설 가구집기류 제작설치 산업과 관련하여 사업총괄책임자로, 연구 개발프로젝트 업무를 전담하여 수행한 것이 아니라 청구법인의 특판매출 활동을 위하여 근무하였다. (나) 대외비로 표기된 OOO의 인사기록카드를 보면, 2015.1.5. 청구법인의 특판과 관련하여 영업팀 차장으로 청구법인에 입사하였고, 2015.4.1. 정기인사로 프로젝트 특판영업팀․제품 및 디자인 개발을 위한 기업부설연구소장으로 겸임 발령을 받았으며, 프로젝트 계약 종료일 2017.9.30.까지 OOO 현장에 상주하면서 1주일에 1, 2차례 회의를 주재하며 납품공정 및 품질관리 등의 진행사항을 관리하고 지시한 사실이 확인된다. 또한, 프로젝트가 완료된 이후 2017.11.30. 청구법인을 퇴사한 사실로 볼 때 연구개발전담요원이라기 보다는 청구법인의 특판매출과 관련하여 일시적으로 입사한 후 퇴사한 것으로 보여지므로 연구개발업무에만 종사하는 전담연구요원으로 볼 수 없다.
(5) 쟁점세금계산서는 실물 거래 없이 수취한 가공세금계산서이고, 실제 공급받은 재화나 용역의 거래가 있었다면 이에 대한 객관적인 근거자료와 사외유출된 법인자금의 실제 귀속자를 밝혀야 할 것이다. (가) 청구법인은 세무조사 당시 세금계산서에 기재된 공급자 OOO 및 OOO으로부터 관련 용역을 제공 받지 않았다는 사실을 인정하였다. (나) 청구법인의 영업총괄이사 OOO은 OOO 오피스텔 가구공사와 관련하여 OOO 및 OOO으로부터 제공받은 용역은 없고, OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 용역을 공급받았으며, OOO가 OOO와 OOO에 대금을 지급하도록 하였다고 진술하였다. 위 OOO의 진술에 따라 OOO에 실제 용역제공 여부를 확인한 바, OOO의 영업이사 OOO는 청구법인으로부터 입금은 받았으나 거래사실이 없음으로 확인하였고, 조사종결일 당시 OOO는 체납이 OOO이며, 거래일이 속하는 2016년 제1기 세금계산서 발행액이 OOO인 반면, 세금계산서 수취액은 OOO에 불과한 법인으로 자료상 혐의로 조사중이었다. (다) 또한, 청구법인이 제출한 증빙서류만으로 청구법인 실제 판매대행용역을 제공받았다고 보기 어렵고, OOO가 쟁점거래처의 통장을 자유롭게 인출하여 사용하였다는 청구주장 역시 확인하기 어렵다.
(6) 청구법인이 OOO의 명의로 허위의 쟁점②보수를 지급하고, 쟁점거래처로부터 가공의 쟁점매입세액을 수취하여 실제 거래인 것처럼 조작하는 행위는 과세관청의 조세부과 및 징수를 현저하게 곤란하게 하는 사기 기타 부정한 행위로서 부정과소신고가산세 적용대상이다. (가) 청구법인은 실제로 근무하지 않은 OOO의 명의로 허위 인건비를 계상하고, 지급의 형식을 빌려 근로소득지급명세서 등의 관련서류를 허위로 작성하였으며, 차명계좌인 OOO의 개인계좌를 통해 법인자금을 대표이사에게 부당하게 유출하였는바, 이러한 행위는 과세관청의 조세부과 및 징수를 현저하게 곤란하게 하는 사기 기타 부정한 행위로서 부정과소신고가산세 적용대상이다. (나) 청구법인이 쟁점거래처로부터 사실과 다른 세금계산서를 수수하여 가공거래에 대한 결제 증빙이나 계약서 등을 실제 거래인 것처럼 조작하는 등의 행위는 과세관청의 조세부과 및 징수를 현저하게 곤란하게 하는 사기 기타 부정한 행위로서 부정과소신고가산세 적용대상이다.
3. 심리 및 판단
① 지배주주이자 임원인 OOO에게 동일 직위의 임원보다 급여를 과다하게 지급한 것으로 보아 쟁점①보수를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부
② 감사인 OOO의 명의로 지급된 쟁점②보수를 가공급여로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부
③ 특허기술이 적용되지 아니한 매출액에 대한 직무발명보상금의 손금산입 여부 및 관련 법인세 신고납부의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있는지 여부
④ 연구개발업무 외 다른 업무를 겸직한 연구소장 OOO의 인건비를 연구 및 인력세액공제 대상에서 제외하여 법인세를 과세한 처분의 당부
⑤ 쟁점세금계산서의 공급가액을 용역의 실제공자에게 지급하였으므로 관련 공급가액을 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
⑥ 쟁점②보수의 지급과 쟁점세금계산서 수취에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하여 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분의 당부
- 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점①과 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.
1. 이 건 조사 당시 작성된 청구법인 대표이사의 확인서에는 청구법인은 임원에 대한 급여지급규정이 없고, OOO에게 특별한 사유 없이 다른 임원에 비하여 급여를 과다하게 지급한 것으로 기재되어 있다. ＜쟁점①보수에 관한 확인서, 2018.6.22.＞
2. 처분청은 청구법인이 2014년～2016년 동안 대표이사 및 그 배우자만 기본급여와 각종 수당액을 인상하여 지급하였다며 다음과 같은 급여명세서를 제시하였다. ＜표3＞ 급여지급명세서 (나) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.
1. 청구법인은 임원이 맡고 있는 역할의 차이로 인해 그 급여액이 서로 다르다며 2014년～2016년 임원 연봉총액표를 제출하였고, 청구법인이 제출한 임원 현황 및 2015년 임원 급여의 세부 내역은 각 ＜표4＞, ＜표5＞와 같다. ＜표4＞ 2014년～2015년 임원 현황 ＜표5＞ 2015사업연도 청구법인 임원의 급여
2. OOO가 재무본부장으로서 회사의 자금 관리를 총괄하면서 전체 근로자에 대한 임금협상을 하였고, 대표이사 부재시에는 대표이사 업무를 대행하는 역할까지 하였다며 조직도, 연봉근로계약서 작성 일정 공고, 보고 및 결재선 공고, OOO 대결자료 등을 제출하였다.
3. OOO은 형식상 높은 지위를 부여하는 업무관행상 ‘상무’, ‘이사’로 명칭을 부여한 것이고, 실제 업무가 일반직원과 다를 바 없었다며 조직도 및 업무분장표를 제출하였는데, 영업본부의 업무분장표상 OOO 상무보다 높은 직위의 임원은 OOO 본부장(2014년 9월), OOO 사장(2015년 3월) 외에는 없었던 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 등기부등본에 의하면, 2014년부터 2016년 기간 동안의 임원현황은 다음과 같고, 이 건 조사 및 심판청구 당시 청구법인의 제시자료와 달리 OOO은 등기부등본상 임원으로 등재되어 있지 않고, OOO는 퇴사하였다고 하나 여전히 감사로 등재되어 있다. ＜표6＞ 2014～2016년 기간 동안 임원 현황 (라) 청구법인이 제시한 임원 연봉 총액표에 의하면 2014년 OOO의 월 급여액이 OOO이었던 것이 2016년 OOO으로 상승한 반면, OOO 및 OOO, OOO 등은 거의 동일 급여를 유지한 것으로 나타난다.
(2) 쟁점②와 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 이 건 조사 당시 작성된 청구법인 대표이사의 확인서에는 OOO가 2013년 12월에 퇴사하여 2014년도에 실제 근무한 사실이 없고, 급여와 퇴직급여를 현금 등으로 인출하여 본인이 사적으로 사용하였다고 기재되어 있다. ＜쟁점②보수에 관한 확인서, 2018.6.22.＞ (나) 청구법인은 OOO가 청구법인에 감사로 재직하였고, 주주총회에 출석하여 감사업무를 하였다며 2009.12.25.부터 2013.12.22.까지 6건의 주주총회의사록을 제출하였고, 해당 의사록에는 OOO의 도장이 찍혀있다. (다) 청구법인은 OOO가 2013년 말까지 근무하다가 퇴직하였다고 주장하였으나, 청구법인의 등기부등본에는 OOO가 2001.9.20. 취임하여 2004.3.20. 퇴임, 2004.12.22. 취임하여 3년 단위로 중임(2013.3.31. 중임, 2016.3.2. 중임, 2019.3.18. 중임)을 하여 현재까지 감사로 등재되어 있다.
(3) 쟁점③과 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.
1. 이 건 조사 당시 작성된 청구법인 대표이사의 확인서에는 청구법인이 직무관련 보상금 평가를 위하여 특허법률사무소에 특허 14건이 적용된 매출액 자료를 제출하였으나, 제품 매출에 적용된 특허기술은 6건이며, 실제 특허기술이 적용된 매출액 자료를 근거로 직무관련 보상금을 재계산하면 OOO이라는 내용이 기재되어 있다. ＜직무발명보상금에 관한 확인서, 2018.6.22.＞
2. 처분청은 청구법인이 OOO에 당초 제출한 14건의 특허와 매출액, 조사 당시 청구법인과 확인하였다는 실제 매출에 적용된 특허와 매출액, 직무발명보상금 계산내역(당초 계산내역 및 재계산 내역)을 제출하였다. ＜표7＞ 당초 직무발명보상금 산정에 기초가 된 특허 목록 ＜표8＞ 청구법인의 전체 매출액 및 특허적용 매출액 ＜표9＞ 실제 매출에 적용된 특허 목록 및 매출액
3. 처분청이 제출한 청구법인의 직원 OOO(생산부서 근무)의 문답서(2018.4.23.) 중 관련 내용은 다음과 같다.
4. 처분청이 제출한 OOO 영업부 차장 OOO의 문답서(2018.4.25.)중 관련 내용은 다음과 같다. (나) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.
1. 직무발명보상규정과 직무발명보상금 산정기준 세칙에 따르면 실시처분보상금은 외부평가기관에 의해 산정된 금액을 직무발명에 대한 실시․처분보상금으로 발명자에게 지급하도록 규정되어 있고, 청구법인은 이에 따라 OOO를 통해 직무발명보상금을 OOO으로 산정한 것으로 나타난다. ＜표10＞ 보상액 산정 세부내역
2. 청구법인이 제출한 청구법인의 전 기술소장 OOO의 문답서(2018.4.17.) 중 관련 내용은 다음과 같다.
(4) 쟁점④와 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.
1. 이 건 조사 당시 작성된 청구법인 대표이사의 확인서에는 연구소장인 OOO가 2015.8.13.～2017.9.30. 기간 동안 OOO 및 OOO전면시설 가구 집기류 제작설치 사업 총괄자로 지정되어 현장관리 등의 업무를 주로 담당하였다는 내용이 기재되어 있다. ＜연구소장의 겸직에 관한 확인서, 2018.6.22.＞
2. 처분청은 OOO 및 OOO전면시설 가구집기류 제작설치 사업 착수계, 청구법인 회의록 등을 제출하였고, 해당 자료에 의하면 공사기간은 2015.8.13.～2017.9.30., 사업책임자는 OOO로 기재되어 있다. (나) 청구법인은 OOO가 위 기간 동안 청구법인의 기업부설연구소에서 연구개발업무를 하였다며 전시회 진행에 따른 업체 대금 결제 서류, 우수디자인성품 선정증(검색대 디자이너로 OOO 외 2명이 기재되어 있음), OOO 전시회 뉴스기사 등의 자료를 제출하였다. (다) 위와 같이 연구소장 OOO가 위 공사기간동안 연구개발 업무 외에 위 현장관리업무를 겸임하였다는 사실에 대해서는 다툼이 없다.
(5) 쟁점⑤와 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 처분청은 쟁점세금계산서(공급가액 OOO) 외에도 청구법인이 OOO로부터 실제 공사용역이나 판매용역의 제공 없이 공급가액 OOO의 세금계산서를 수취한 것으로 보아 법인세를 과세하였으나, 청구법인은 쟁점세금계산서에 대하여만 심판청구를 제기하였다. (나) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.
1. 이 건 조사 당시 작성된 청구법인 대표이사의 확인서에는 청구법인은 판매용역을 제공받지 아니하고 가구공사 판매용역수수료 명목으로 OOO로부터 공급가액 OOO, OOO으로부터 공급가액 OOO의 세금계산서를 수취하였으며, 쟁점거래처에게 지급한 공급대가의 지급사유와 그 사용처에 대하여는 답변할 수 없다고 기재되어 있다. ＜쟁점세금계산서에 관한 확인서①, 2018.6.22.＞ ＜쟁점세금계산서에 관한 확인서②, 2018.6.22.＞
2. 처분청이 제출한 청구법인 영업총괄 이사 OOO의 문답서에 기재된 관련 내용은 다음과 같다.
3. 처분청이 제출한 OOO 영업이사 OOO의 확인서에 기재된 내용은 다음과 같다. ＜OOO 확인서, 2018.5.25.＞ (다) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.
1. 이 건 조사 및 심판청구 당시 실제 용역제공자로부터 판매용역 및 대행을 제공받기로 계약하고, 판매용역을 제공받아 공사를 마쳤다고 주장하며 청구법인의 지출결의서 및 OOO와 에이치엔엘 통장 거래내역 각 5매, 2매를 제출하였으나, 실제 용역제공자에 대해 밝히지는 않았다.
2. 청구법인이 제출한 통장내역 중 OOO가 OOO에게 지급한 금액은 OOO(공급대가는 OOO)이고, OOO OOO에게 지급한 금액은 OOO(공급대가 OOO)이며, 그 외 타인(OOO, OOO, OOO 등)에게 지출된 금액이 상당하나, 청구법인에게 다시 지급되거나 현금으로 즉시 출금된 내역은 확인되지 아니한다.
3. 청구법인은 실제 용역제공자는 이후 자료를 취합하여 밝히도록 하겠다며 소명자료를 제출하지 아니하였다가 추후 OOO가 실제 용역제공자라며 OOO의 확인서를 제출하였고, 확인서의 내용은 다음과 같다. ＜OOO 확인서＞
(6) 쟁점⑥과 관련하여 국세청 국세통합전산망에 의하면 OOO는 당초 2016년 제1기 및 제2기 부가가치세를 무신고하여 과세관청이 결정고지하였으나, 현재 체납중인 것으로 나타나고, OOO도 2015년 제2기 부가가치세를 무신고하여 과세관청이 결정고지하였으나, 현재 체납중인 것으로 나타난다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO와 OOO은 서로 맡은 역할이 다르므로 지급한 급여의 차이가 발생하는 데에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 이 건 조사 당시 청구법인의 대표이사는 재무본부장 OOO와 영업이사 OOO은 동일 직급에서 업무를 수행하고, 특별한 사유없이 OOO에게 다른 임원들 보다 급여를 과다하게 지급하였다고 확인서를 작성한 점, 청구법인은 임원에 대한 개별적․구체적인 지급기준이 존재하지 아니하여 OOO에 대한 구체적 성과평가내용을 확인할 자료가 없고, OOO가 다른 임원과 차별화되는 뚜렷한 공로가 있었음을 확인할 자료도 없는 점, 조사대상 사업연도에 대표이사인 OOO과 사장인 OOO을 제외한 임원 모두(영업상무, 영업․생산이사, 영업본부장)에게 월 OOO 상당의 급여를 지급하였던 반면, OOO에게는 월 OOO 상당으로 2배 이상의 급여를 지급하였으며, 2014년～2016년 동안 위 임원들의 급여는 거의 상승하지 않은 반면, OOO의 급여만 1.6배 이상 상승한 것으로 나타나는 점, OOO은 상무의 직함을 대내외적으로 사용하고 있었고, 2015년 영업본부장 및 영업사장이 퇴사하여 영업본부에서 OOO보다 높은 직위의 임원은 없었던 것으로 보이므로 실제 일반 직원과 다를 바가 없었다는 청구주장을 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어 지배주주이자 임원인 OOO에게 동일 직위의 임원보다 급여를 과다하게 지급한 것으로 보아 쟁점①보수를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(8) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구법인은 OOO에 대한 급여의 실질은 대표이사에 대한 상여금이고, OOO에 대한 퇴직급여는 2013년 말까지 근로를 제공한 대가이므로 손금에 산입되어야 한다고 주장하나, 이 건 조사 당시 청구법인의 대표이사는 OOO가 2014년에 실제 근무한 사실이 없고, 쟁점②보수를 현금 등으로 인출하여 본인이 사적으로 사용하였다는 확인서를 작성한 점, OOO 명의의 급여의 실질이 대표이사에게 지급된 상여라고 하더라도 급여지급기준에 의하여 지급된 금액에 해당하지 아니하는 점, 청구법인의 등기부등본에는 현재까지 OOO가 감사로 등재되어 있어 OOO가 실제 청구법인에 근무한 것인지 명확하지 아니하고, 퇴직급여 명목으로 지급된 금액을 대표이사가 인출하여 사용하였던 점으로 보아 OOO가 근로를 제공한 대가로 지급한 퇴직급여라고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점②보수를 가공급여로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분도 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(9) 다음으로 쟁점③에 대해 살피건대, 청구법인은 당초 OOO에 등록한 판매제품의 매출액 전액인 OOO을 직무발명보상금 산정시 매출액 자료로 제출하여 특허법인에서 직무발명보상금을 OOO으로 산정하였으나, 이 건 조사 당시 청구법인이 스스로 매출 프로그램 자료를 이용하여 이 중 실제 특허기술이 적용된 매출액을 OOO으로 재산정하였고, 이를 근거하여 직무보상발명금을 OOO으로 재산정한 점, 반면, 청구법인은 이 건 조사 당시 청구법인이 스스로 제출한 실제 특허기술이 적용된 매출액에 오류가 있었음을 확인할만한 근거를 제시하지 못하는 점 등에 비추어 대표이사에게 지급한 직무발명보상금은 모두 손금으로 인정되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 또한, 청구법인이 특허법인에 제출한 매출액에 의해 당초 직무발명보상금OOO이 산정된 점, 그 결과 실제 특허기술이 적용된 매출액에 따른 적정 보상금액OOO의 1.7배에 달하는 보상금을 지급한 점, 그 밖에 OOO은 청구법인의 대표이사의 지위에 있었던 점 등을 종합하면 청구법인이 제출한 증거만으로 청구법인에게 법인세 신고․납부의무를 제대로 이행하지 아니한 정당한 사유가 있다고 인정하기 어려운 것으로 판단된다OOO.
(10) 다음으로 쟁점④에 대해 살피건대, 청구법인은 OOO가 연구소장으로 연구개발업무를 직접 수행한 이상, 연구개발 업무 외 다른 업무를 겸직하였다는 이유만으로 OOO의 인건비를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외할 수 없다고 주장하나, 조세특례제한법 제10조를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용된다 할 것(OOO, 같은 뜻임)인바, OOO는 2015.8.13.부터 2017.9.30.까지 OOO 및 OOO 전면시설 가구 집기류 제작설치 사업의 총괄책임자로 현장 관리업무를 겸직하여 연구개발 업무를 전담하였다고 보기 어려우므로 위 기간 동안 OOO의 인건비는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(11) 다음으로 쟁점⑤에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급대가를 용역의 실제공자인 OOO에게 지급하였으므로 관련 비용을 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 이 건 조사 당시 청구법인의 대표이사는 쟁점거래처로부터 판매용역을 제공받은 사실이 없이 세금계산서를 수취하였다는 확인서를 작성한 점, 이 건 조사 당시 청구법인의 직원 OOO은 OOO로부터 용역을 공급받고 쟁점거래처에 대금을 지급하였다고 주장하였으나, OOO의 OOO가 청구법인에 용역을 제공한 사실이 없다고 확인한 점, 청구법인은 이후 OOO로부터 실제 용역을 제공받았다고 주장하나, 청구법인과 OOO 간에 체결된 계약, 제공한 용역의 내용 등을 확인할 구체적인 증빙이 없고, 쟁점거래처의 통장에서 일부 금액이 OOO에게 이체된 사실만으로 실제 용역거래가 있었다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(12) 마지막으로 쟁점⑥에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점②보수의 계상행위 및 쟁점세금계산서 수취행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구법인이 실제 근무하지 않은 OOO의 명의로 쟁점②보수를 지급한 것처럼 장부와 문서를 작성하여 손금에 산입하고, 이를 대표이사가 인출하여 사용한 행위는 거짓 증빙 또는 거짓 문서를 작성하여 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 한 것으로 보이는 점, 쟁점세금계산서가 실물 거래 없이 발행된 가공세금계산서로 조사되었고, 가공세금계산서를 수취하는 행위는 사기나 기타 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에 해당하는 점, 청구법인은 쟁점②보수 및 쟁점세금계산서와 관련된 공급가액을 손금에 산입하여 법인세를 신고하고, 매입세액 공제를 받아 부가가치세를 신고하였으나, 쟁점거래처는 쟁점세금계산서상 공급가액에 대해 부가가치세를 신고․납부하지 않은 것으로 나타는 점 등에 비추어 쟁점②보수의 지급과 쟁점세금계산서 수취에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하여 법인세 및 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제26조【과다경비 등의 손금불산입】다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 인건비 제52조【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
(2) 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】② 법인이 임원에게 지급하는 상여금중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
(3) 조세특례제한법 제9조【연구·인력개발준비금의 손금산입】② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.
1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
- 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
- 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25
2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
- 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
- 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10
3. 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다) 100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
(4) 조세특례제한법 시행령 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용
1. 연구개발
1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.
- 가) 소득세법 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액
- 나) 소득세법 제29조 및 법인세법 제33조에 따른 퇴직급여충당금
- 다) 법인세법 시행령 제20조제1항 각 호에 따른 성과급 등
- 라. 해당 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액
(5) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 별표 6 제1호가목1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제18조제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.
1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
2. 문화산업진흥 기본법 제17조의3제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.
1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
2. 당해 법인의 주주로서 법인세법 시행령 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주
3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 소득세법 시행령 제98조제1항 또는 법인세법 시행령 제87조제1항에 따른 특수관계인. 이 경우 법인세법 시행령 제87조제1항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.
(6) 발명진흥법 제15조【직무발명에 대한 보상】① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.
⑦ 공무원의 직무발명에 대하여 제10조 제2항에 따라 국가나 지방자치단체가 그 권리를 승계한 경우에는 정당한 보상을 하여야 한다. 이 경우 보상금의 지급에 필요한 사항은 대통령령이나 조례로 정한다.
(7) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(8) 국세기본법 제26조의2【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 기타 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(괄호 생략). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(괄호 생략)으로 한다.
2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제47조의3【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(괄호 생략)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액 등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항ㆍ제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 과소신고납부세액 등의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
- 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등의 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액. 다만, 부정행위로 과소신고(소득세법 제70조 및 제124조 또는 「법인세법」 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)한 자가 복식부기의무자 또는 법인인 경우에는 그 금액과 부정행위로 인하여 과소신고된 과세표준 관련 수입금액에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.
- 나. 과소신고납부세액 등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액
2. 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항ㆍ제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 부정행위로 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제1호에도 불구하고 제1호에 따른 금액에 그 과소신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액으로 한다.
(9) 국세기본법 시행령 제12조의2【부정행위의 유형 등】① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사기나 기타 부정한 행위”란 조세범 처벌법제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.
(10) 조세범처벌법 제3조【조세포탈 등】⑥ 제1항에서 “사기나 기타 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
3. 장부와 기록의 파기
4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 조세특례제한법 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위