청구법인이 지정주유소로부터 유류를 공급받아 쟁점차주의 차량에 주유하도록 한 유류 상당액이 청구법인 매출인지 여부 등

OOO세무서장이 2017.9.5. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO(2013년 제1기분 OOO․제2기분 OOO2014년 제1기분 OOO․제2기분 OOO2015년 제1기분 OOO․제2기분 OOO) 및 법인세 합계 OOO(2013사업연도분 OOO2014사업연도분 OOO2015사업연도분 OOO)의 각 부과처분은,

1. 청구법인이 2013년～2015년 기간 동안 OOO등 화물운송사업자에게 합계 OOO 상당의 유류를 공급하지 아니한 것으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 청구법인이 2014년․2015년 중 OOO로부터 발급받은 합계 OOO 상당의 매입세금계산서가 이들 업체들을 통하여 청구법인의 부정기적인 재화(레미콘)를 운송하거나 그 운송을 주선한 것인지를 확인하는 등 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1995.5.16.부터 레미콘 등의 제조업을 영위하고 있고, 2013년～2015년 기간 동안 제조한 재화(레미콘)를 수도권에 소재한 제3자에게 공급하기 위하여 아래와 같은 거래를 하고 각 연도별 부가가치세 및 법인세의 신고시 관련된 매입세금계산서에 기재된 매입세액을 매출세액에서 공제하고 매입액을 손금에 산입하였다. (1) 청구법인은 2013년～2015년 중 OOO(이하 “지정주유소”라 한다)와 약정된 할인가격으로 레미콘 운반차량에게 유류를 공급하는 내용의 계약(이하 “쟁점유류공급계약”이라 한다)을 체결한 후 지정주유소로부터 합계 OOO 상당의 유류를 공급받은 것으로 하여 매입세금계산서를 발급받았고(이하 그 금액을 “쟁점유류비”, 매입세금계산서를 “쟁점외매입세금계산서1”이라 한다), OOO등 화물운송사업자와 레미콘을 운반하는 내용의 계약(이하 그 화물운송사업자를 “쟁점차주”, 관련된 계약을 “쟁점운송계약”이라 한다)을 체결한 후 이들로부터 해당 운반용역을 공급받은 것으로 하여 매입세금계산서(이하 “쟁점외매입세금계산서2”, 쟁점외매입세금계산서1과 합하여 “쟁점외매입세금계산서”, 관련된 거래를 “쟁점1거래”라 한다)를 발급받았다. (2) 청구법인은 2014년․2015년 중 구두로 화물운송주선업체인 OOO(이하 “쟁점운송주선업체”라 한다)와 개별 화물운송사업자가 소유한 화물차를 배차하는 등 위 레미콘을 운반하는 내용의 계약(이하 “쟁점운송주선계약”이라 한다)을 체결한 후 이들 업체로부터 OOO상당의 해당 운반용역을 공급받은 것으로 하여 매입세금계산서 19매(이하 “쟁점매입세금계산서”, 관련된 거래를 “쟁점2거래”라 한다)를 발급받았다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.5.30.～2017.7.28. 기간 동안 법인통합조사(대상기간: 2013～2015사업연도)를 실시한 결과, 아래 <그림>과 같이 쟁점1거래가 ‘청구법인이 쟁점운송계약상 쟁점차주에게 쟁점유류비 상당의 유류를 공급한 것’에 해당한다는 이유로 그 상당액을 부가가치세 및 법인세의 각 과세표준에 산입하고(법인세의 경우 같은 금액을 유류의 원가로 손금산입), 그 공급과 관련한 매출세금계산서를 미발급한 것에 대한 가산세를 부과하며, 쟁점2거래가 ‘쟁점운송주선업체가 아니라 개별 화물운송사업자가 청구법인에게 운송용역을 공급한 것’에 해당한다는 이유로 쟁점매입세금계산서에 기재된 매입세액을 매출세액에서 불공제하고, 사실과 다른 세금계산서를 발급받은 것에 대한 가산세를 부과하는 등 부가가치세 및 법인세를 부과하도록 처분청에게 과세자료를 통지하였으며, 처분청은 이에 따라 2017.9.5. 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO(2013년 제1기분 OOO․제2기분 OOO2014년 제1기분 OOO․제2기분 OOO2015년 제1기분 OOO․제2기분 OOO) 및 법인세 합계 OOO(2013사업연도분 OOO2014사업연도분 OOO2015사업연도분 OOO지급명세서미제출가산세 합계 OOO포함)을 경정․고지하였다. <그림> 조사청이 조사한 쟁점1․2거래의 흐름

① 쟁점1거래(정기적인 레미콘 운송용역)

② 쟁점2거래(부정기적인 레미콘 운송용역)

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.12.4. 이의신청을 거쳐 2018.8.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 쟁점1거래는 그 당사자들이 합리적인 경제적인 목적으로 한 물류산업의 일반적인 거래형태 중 하나이고 조세의 탈루․회피 목적이 없었으므로 청구법인이 쟁점차주에 대한 쟁점유류비 상당액의 매출을 누락하였다고 볼 수 없다. (가) 쟁점1거래는 유류비 절감 및 안정적인 운송체계의 유지를 위한 목적으로 이루어졌다. 첫째, 쟁점1거래는 레미콘제조업계의 일반적인 거래형태이다. 레미콘제조업은 영위업체 간에 원재료 및 제조설비의 투입비용, 완성품인 레미콘의 가격 등의 차이가 크지 않으므로 가격경쟁력 확보하면서 매출을 증대하기 위해서는 매출원가 중 운송비를 절감하는 것과 더불어 안정적인 운송체계를 유지하는 것이 필요한바, 청구법인은 아래 <표1> 기재와 같이 2014년․2015년 중 재료비를 제외(동일 업종에서 대체로 매출원가의 70% 정도로 동일하기 때문임)한 기타 매출원가에 대비한 운송비의 비중이 60% 이상으로 높았고, 운송비 중 지출액이 일정한 운송수수료와 다르게 가격변동의 폭이 큰 유류비를 통제하는 것이 중요하였다. <표1> 청구법인의 2014년․2015년 매출원가 대비 운송비 비중 (단위: 천원) 또한 레미콘제조업계는 고객의 건설현장에 레미콘을 운반함에 있어서 그 거리가 일정하지 않으므로 운송업체가 유류비를 과다하게 청구하는 것을 방지하기 위하여 운송비를 고정하는 것이 아니라, ‘기준유류소요량’을 정하고 대량매입에 따른 가격할인을 위하여 레미콘제조업을 영위하는 화주가 직접 주거래주유소와의 유류공급계약을 체결한 후 운송차량에 필요한 유류만을 주유하도록 하는 ‘조건부 개별운임지급 운송방식’을 영위하면서, 부정기적으로 레미콘의 출하량이 증가하면 일일이 운송업체에게 그 운반을 의뢰할 여력이 부족하므로 ‘화물운송주선업체에게 전반적인 운송을 위임하는 방식’을 각각 운용하고 있다. 청구법인도 전자의 방식을 위하여 지정주유소와 약정된 할인가격(1리터당 표준가격에서 OOO의 경우 OOO경우 OOO)으로 쟁점차주에게 유류를 주유하도록 하는 쟁점유류공급계약을 체결한 후 지정주유소로 하여금 쟁점차주의 주유기록을 관리하면서 이를 근거로 청구법인에게 쟁점유류비를 청구하도록 하고, 쟁점차주와 레미콘의 운반시 주유한 유류량이 기준유류소요량(1km당 0.5리터)을 초과할 경우 기본운송료(1회전당 OOO)에서 일정금액을 차감하고 반대로 미달할 경우 일정금액을 가산하도록 하는 쟁점운송계약을 체결한 후 쟁점차주로 하여금 지정주유소에서 주유비의 결제없이 필요한 유류만 주유하도록 한 것은 다른 레미콘회사와 동일하게 레미콘의 운송시 소요되는 유류비를 절감(단가할인)하고 쟁점차주도 청구법인으로부터 유류비의 절감액(기준유류비 - 실제주유비)을 보상받을 수 있도록 하여 지속적인 거래관계를 유지함으로써 안정적으로 레미콘을 운송체계에도 기여할 수 있도록 하기 위한 목적이었다. 한편 처분청은 쟁점운송계약 제4조(운송료) 및 제6조(운반도급료의 정산지급)를 근거로 청구법인이 쟁점차주에게 레미콘의 운송용역의 대가로서 유류를 공급(매출)하였다고 보았으나, 제4조에서 ‘유류의 지급은 1km당 0.5리터로 하되, 그 지급은 청구법인이 정한 방법을 따르도록 규정’하고 있고, 제6조에서 청구법인이 쟁점차주에게 지급할 ‘레미콘 운반도급료는 쟁점차주가 월별로 청구법인에게 청구하되 청구법인이 그 청구분에 대하여 검수한 후 제4조에 따라 산정하여 다음 달 10일까지 쟁점차주에게 지급하도록 규정’하고 있는바, 이들 규정은 청구법인이 쟁점차주에게 레미콘 운송용역의 대가로 유류를 공급한 것이 아니라 앞서 제시하였듯이 그 운송용역시 쟁점차주가 청구법인이 정한 기준유류소요량을 초과하여 유류를 사용한 경우 통상운임에서 그 상당액을 차감하고 미달한 경우에는 반대로 가산하는 방법으로 순운임(운송수수료)만 지급한다는 의미로, 실제로 쟁점차주가 부담하지 않은 쟁점유류비에 대응하는 유류를 매출하는 것이 아니라 청구법인으로서는 유류비를 절감하고 쟁점차주로서는 이에 다른 보상을 받은 것에 불과하므로 처분청의 의견은 사실과 다르다(이의신청의 심리시 쟁점차주가 쟁점유류비 외에 레미콘 운송과 관련한 다른 비용만을 부담한다는 사실에 대해서는 처분청과의 이견이 없었음). 둘째, 다른 업계에서도 쟁점1거래와 같은 형태로 거래하고 있다. 종전에는 화주가 직접 차량운반구 등의 설비 및 관련된 인적자원을 보유하면서 제조상품 등을 운반하였으나, 앞서 제시한 레미콘제조업과 동일하게 계속․반복적인 대규모 운송비가 발생하는 토목․건설분야, 전국적인 운송․배송이 필요한 산업분야 등에서도 원가절감 및 경영의 효율성 제고를 위한 목적으로 쟁점1거래와 유사하게 화주가 직접 유류비를 부담하고 있고, 특히 건설현장 등에서 필요한 건설기계임대차 표준계약서(임대료의 산정시 건설기계 가동에 필요한 유류비 등은 임차인이면서 화주인 건설회사가 부담), 모래운송에 관한 표준계약서, 토목회사 유류공급계약서, 장비비 투자내역서 등을 통하여 이러한 사정이 확인되며, 심판결정례(조심 2011중2657, 2011.11.28.)에서도 제조한 유제품을 전국에 공급하는 화주가 배송전문의 운송업체로 하여금 그 운송을 하도록 하되, 해당 운송업체가 쟁점1거래와 같이 주거래주유소 및 지입차주와 각각 유류공급, 운송에 관한 계약을 체결하고 그 거래를 한 것을 정상적인 것으로 인정하였다. (나) 쟁점1거래에서 쟁점유류비를 제외한 공급가액으로 쟁점외매입세금계산서만을 수수한 것은 적법하다. 부가가치세법 기본통칙 29-61…4에서 거래상대방으로부터 그 대가를 받지 않고 인도받은 원자재 등을 사용하여 제조․가공한 재화 ․용역을 공급하는 경우에는 해당 원자재 등의 가액을 과세표준에서 제외하도록 규정하고 있는바, 쟁점1거래와 같이 화물운송사업자가 화주로부터 그 대가를 받지 않고 원자재 등에 해당하는 유류를 공급받아 화주에게 운송용역을 제공한 경우에는 그 유류의 가액을 부가가치세의 과세표준에 포함할 수는 없다 할 것이다. 한편 처분청에서 청구법인이 쟁점차주에게 쟁점유류비 상당액의 유류를 공급한 것으로 본 근거로 보이는 국세청 법인 46012-2279(1996.8.14.)에서 차주(화물운송사업자)가 화주(레미콘 제조회사)에게 레미콘 운송용역을 공급할 때 화주로부터 그 대가로 운송횟수에 따라 용차료, 유류 및 운전기사의 식대를 제공받은 경우에는 그 용차료에 유류 및 식대를 포함한 가액을 합하여 세금계산서를 발급하도록 해석하였으나, 이는 차주가 자기명의로 유류를 매입한 경우에 대한 것이므로 화주인 청구법인이 직접 조달한 유류를 쟁점차주에게 공급한 쟁점1거래에 적용할 수는 없다 할 것이고, 다른 근거인 국세청 서면인터넷방문상담3팀-481(2008.3.5.)도 차주가 주유소에서 본인의 신용카드로 주유한 유류대금을 선결제 후 다음달 초에 정산받는 경우 운송료에 그 유류비를 합한 금액을 과세표준으로 보도록 해석한 것이므로, 쟁점차주가 유류비를 전혀 부담한 사실이 없는 쟁점1거래에 적용되지는 않는다 할 것이며, 처분청이 이 건 과세처분의 근거로 제시한 심판결정례(조심 2018소2978, 2018.9.20.)는 화물운송사업자가 화주로부터 화물운송차량에 필요한 유류를 유상으로 지원받았음을 전제로 한 것이므로 그 유상지원 사실이 없는 쟁점1거래(청구법인이 쟁점차주와 무관하게 해당 유류를 조달함)에 적용될 여지가 없다. (다) 청구법인이 쟁점1거래에서 쟁점유류비 상당의 유류를 공급한 것으로 볼 수 없다. 첫째, 운송용역을 공급받는 청구법인이 유류의 공급주체가 될 수 없다. 청구법인은 유류공급업(해당 업종을 하기 위해서는 관할관청에 등록하여야 함)을 영위하지 않을 뿐만 아니라 쟁점1거래에서 ‘쟁점차주로부터 레미콘 운송용역을 공급받은 매입자’에 해당할 뿐이지 쟁점차주에 대한 유류의 공급자에 해당하지 않고 쟁점운송계약에도 유류공급에 관한 내용은 없는 점, 쟁점차주도 청구법인 또는 지정주유소에게 쟁점유류비 상당의 금전을 지급하거나 관련된 매입세금계산서를 발급받은 사실이 없는 점 등을 볼 때 청구법인이 쟁점1거래를 통하여 쟁점차주로부터 레미콘 운송용역만을 공급받은 것(1개의 거래)으로 보아야 한다. 한편 처분청은 청구법인이 유류의 매출을 한 것으로 보면서도 가산세만을 부과하였을 뿐, 쟁점유류비 상당액을 매출누락과 그 대응원가로 각각 익금․손금산입함(증액된 소득금액이 없음)으로써 소득금액을 증액하여 법인세(본세)를 추징하지 않았는바, 이는 청구법인이 쟁점차주로부터 그 원가상당액의 매입도 누락한 것으로 보았다 할 것이어서 쟁점차주로부터 발급받은 쟁점외매입세금계산서2도 해당 원가상당액을 누락한 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다 할 것이므로 과세관청으로서는 청구법인과 쟁점차주에게 각각 세금계산서불성실가산세를 부과하여야 했음에도 그러지 않은 것은 오직 이 건 과세처분을 하기 위하여 쟁점1거래의 실질 및 그 당사자 간의 사적자치원칙을 배제하면서 사실관계를 재구성한 것(쟁점1거래가 레미콘 운송용역 및 유류매출의 2개 거래로 구성된 것으로 봄)이므로 이 건 과세처분은 위법․부당하다. 또한 처분청이 이 건 과세처분의 근거로 제시하는 ‘청구법인의 매출규모 축소(기준경비율의 적용을 회피하는 등을 목적으로 한다는 것)’도 이 건의 쟁점과 무관하다. 더욱이 처분청은 쟁점1거래에 대하여 청구법인이 쟁점차주에게 쟁점유류비 상당의 매출(유상공급)을 한 것으로 보면서 ‘사업상 증여(무상공급)’에도 해당된다는 의견이나, 유상공급과 무상공급은 서로 다른 거래에 해당하는 점, 앞서 제시하였듯이 청구법인은 쟁점차주와 무관하게 지정주유소로부터 레미콘 운송차량에 필요한 유류를 조달하고 단지 쟁점차주로부터 그 운송용역만을 제공받은 것이므로 쟁점차주에게 그 유류를 무상공급한 것으로 볼 수 없는 점에서 처분청의 의견은 부당하다. 둘째, 쟁점1거래의 당사자들은 해당 거래로 조세탈루 또는 유류유통 등의 사회적 문제를 야기한 사실이 없다. 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 복수의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 그것이 가장행위 또는 조세회피행위로서 그 효력을 부인하는 관련 규정이 있는 등의 특별한 사정이 없는 이상, 사적자치원칙 및 법적안정성․예측가능성 측면에서 당사자들이 선택한 해당 법률관계를 존중하여야 하며, 그 법적형식의 차이에도 불구하고 실질이 같다고 하여 세법상의 과세규정과 동일하게 취급할 것은 아니라 할 것이며(대법원 2011.5.13. 선고 2010두3916 판결), 명백한 위탁매매로 확인되는 경우에는 위탁자를 공급자로 하여 세금계산서를 발급하는 것이나 위탁매매인지 아니면 일반매매인지 여부가 불분명한 경우에는 거래당사자가 법적형식을 매매거래로 약정하고 일반매매형식으로 세금계산서가 수수되고 조세탈루 또는 거래사실의 왜곡이 없었다면 그 세금계산서를 사실과 다른 것으로 볼 수는 없다 할 것이다(국세청 법령해석부가-2429, 2015.2.14.). 화물을 운송함에 있어서 화주가 차주로 하여금 차주의 부담으로 화물운송차량의 유류를 주유하도록 하고 차주로부터 그 유류비를 포함한 운송비(운임)를 청구받는 방법과 화주가 직접 화물운송에 필요한 유류를 매입하여 차주로 하여금 주유하게 하고 차주로부터 운송비만을 청구받는 방법이 있다 할 것이고, 이는 화물운송거래의 서로 다른 법률관계여서 거래당사자가 이 중 어느 것을 선택할 수 있다 할 것인데, 청구법인으로서는 앞서 제시하였듯이 유류비의 절감에 따른 가격경쟁력 확보, 절감된 유류비만큼 보상을 함으로써 차주와의 거래관계를 지속함에 따른 안정적인 운송체계를 유지하려는 목적으로 후자의 방법을 선택한 것이며(쟁점1거래), 그 선택이 경제적 합리성이 있고 두 방법 중 어느 것을 선택하더라도 거래당사자의 총 부담세액에 차이가 없다면 쟁점1거래를 정상적인 것으로 인정하여야 한다는 점에서 청구법인은 쟁점1거래에서 쟁점외매입세금계산서를 수수한 것 외에 청구법인이 쟁점차주에게 쟁점유류비 상당의 유류를 공급한 것으로 하여 매출세금계산서를 발급할 의무는 없다. (2) 쟁점2거래는 쟁점운송주선업체가 자기의 책임․계산으로 청구법인에게 레미콘 운송용역을 제공한 것이어서 그 용역제공의 주체를 개별 화물운송사업자로 볼 수는 없으므로 쟁점매입세금계산서는 정당하게 수수된 것으로 보아야 한다. (가) 쟁점2거래는 청구법인의 부정기적인 레미콘 출하량 증가에 따른 운송을 쟁점운송주선업체에게 위탁한 것이다. 앞서 제시하였듯이 레미콘제조업계는 ‘조건부 개별운임지급 운송방식’ 외에도 부정기적인 출하량 증가로 개별운송업체를 통한 운송이 곤란할 경우 ‘화물운송주선업체에게 전반적인 운송을 위임하는 방식’으로 레미콘을 운송하고 있고, 청구법인도 쟁점운송주선업체로 하여금 개별운송이 곤란한 레미콘 물량을 운송하는 쟁점2거래를 한 점, 쟁점2거래는 쟁점운송주선업체가 개별 화물운송사업자를 수배하여 그 차량번호, 운반용적 등을 기록․관리하면서 발생한 운송용역대가를 청구법인에게 청구하면 청구법인이 그 대가를 지급하면서 쟁점매입세금계산서를 발급한 것으로, 그 거래내역이 개별 화물운송사업자 운임지급내역 및 이에 관한 금융증빙자료로 입증되는 점 등을 감안할 때 정상적인 거래로 보아야 한다. (나) 쟁점매입세입세금계산서는 적법하게 수수되었다. 상법 제116조, 심판결정례(국심 2003중3725, 2004.3.26. 등), 국세청 예규(서면인터넷방문상담3팀-2508, 2004.12.10.) 등에 의하면, 운송주선사업자는 별도로 운송업의 등록을 하거나 차량을 보유하지 않더라도 자기의 책임․계산으로 직접 화주의 화물운송을 할 것을 약정하고 다른 화물운송업자로 하여금 해당 운송을 하도록 하는 경우에는 그 운임 전액에 대하여 자기의 명의로 세금계산서를 발급할 수 있다 할 것이고, 운송주선업자가 직접 화주에게 자기의 책임․계산으로 운송용역을 제공한 경우로서 화주와 개별 차주 간에 해당 운송용역에 대한 계약 및 그 대금수수가 있었다는 입증이 없는 이상, 운송주선업자가 화주로부터 지급받은 운송용역대가의 전부를 과세표준으로 보는 것인바(서울고등법원 2007.12.7. 선고 2007누19937 판결, 국심 2003중3725, 2004.3.26. 등), 쟁점2거래는 쟁점운송주선업체가 구두로 화주인 청구법인과 자기의 책임․계산으로 청구법인의 화물(레미콘)을 운송하는 쟁점운송주선계약을 체결한 후 개별 화물운송사업자로 하여금 해당 운송을 하도록 한 것이므로 쟁점운송주선업체가 자기 명의로 청구법인에게 발급한 쟁점매입세금계산서를 정당한 것으로 보아야 한다. 한편 처분청은 계약의 대상이 ‘운송주선’에 한정되는 경우 ‘운송용역’ 부분의 세금계산서를 개별 화물운송업자 명의로 발급하도록 규정한 부가가치세법 기본통칙 32-69…6을 근거로 하여 쟁점운송주선업체가 화물운송차량을 보유하거나 운송업자로 등록되지 않았다 하여 쟁점운송주선업체 명의로 발급된 쟁점매입세금계산서는 쟁점운송주선업체가 제공한 주선수수료 부분에 한정되는 것인데도 미제공된 운송용역까지 포함되었다는 이유로 ‘사실과 다른 것’으로 보았으나, 청구법인은 쟁점운송주선업체에게 개별 화물운송사업자의 주선 외에 운송용역도 위임한 점, 쟁점2거래는 청구법인이 쟁점운송주선업체로부터 운송주선 및 운송용역을 일괄하여 공급받고 그 대가를 지급한 것인 이상, 그 전체 금액에 대하여 쟁점매입세금계산서를 수수한 것이 정당한 점에서 처분청의 의견은 부당하다. 또한 처분청은 서울행정법원 2007.6.13. 선고 2006구합43429 판결 및 국세청 심사부가 2001-119(2001.6.1.)를 근거로 쟁점2거래를 정당한 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 이는 해당 거래와 같이 ‘화주와 운송주선업체 간의 거래’가 아니라 ‘운송주선업체들 간의 거래’에 대한 것이고, 후자의 거래의 경우 1차 주선업체와 다르게 2차 주선업체의 실체가 없으면서 관련 법률인 화물자동차 운수사업법 제23조에 따른 준수사항(자기명의로 운송계약을 체결한 화물을 다른 운송주선업체와 재계약하여 운송할 수 없는 것)을 위배하였다는 이유로 실제 화물운송이 이루어진 것으로 인정되지 않은 것(거래의 설정이 이례적이어서 경험칙상 신뢰할 수 없는 특별한 사정이 있는 경우)이므로 청구법인이 정상적으로 영업한 쟁점운송주선업체(현재 사업부진으로 폐업하였으나 자료상이 아닌 이상 그 사업기간 중 거래는 정상적인 것에 해당)로 하여금 레미콘 운송주선 및 그 운송용역을 위임한 쟁점2거래에 적용할 수는 없다 할 것이다. (다) 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 것으로 볼 수 없다. 첫째, 처분청은 쟁점매입세금계산서 중 사실과 다른 부분을 구체적으로 입증하지 못하였다. 처분청은 운송주선용역 및 운송용역으로 구성된 쟁점2거래 중에서 운송용역의 공급자가 쟁점매입세금계산서에 기재된 쟁점운송주선업체가 아니라 개별 화물운송사업자라는 이유로 그 전부를 사실과 다른 것으로 보았으나, 처분청 의견대로라면 운송주선용역은 정상적인 것이므로 쟁점매입세금계산서의 공급가액 중 운송용역에 대한 것만을 특정하여 관련된 매입세액의 공제를 부인하여야 하고, 개별 화물운송사업자에 대해서도 그 인적사항, 각 공급가액 등을 확인하여 위 매입세금계산서에 대응하는 매출세금계산서를 미발행한 것에 대한 가산세 등을 부과하였어야 했으나 그러지 못한 점 등을 볼 때 이 건 과세처분은 사실과 다른 세금계산서에 관한 과세관청의 입증책임을 다하지 못하였으므로 위법하다. 더욱이 처분청은 청구법인이 문서로 된 쟁점운송주선계약서를 제출하지 못하였고, 쟁점운송주선업체의 화물운송업 미영위 및 체납․폐업, 해당 업체와 개별 화물운송사업자 간의 세금계산서 미수수 등의 사실을 알지 못하였다는 이유 등으로 쟁점매입세금계산서의 진정성을 인정할 수 없다는 의견이나, 운송주선업자와 화주 간의 운송용역에 관한 ‘약정’은 서면으로 체결된 것에 국한되는 것이 아니라 구두에 의한 것도 포함된다고 보아야 하고, 이는 운송주선 및 운송용역을 일괄위임하는 약정은 그 책임소재 등을 일일이 구분할 실익이 적은데 기인하며, 다른 레미콘업체의 화물운송에도 동일하게 적용되고 있는 점, 청구법인으로서는 쟁점운송주선업체에게 운송주선 외에도 운송용역도 일괄하여 위임하였는바, 해당 주선업체가 그 운송용역시 개별적으로 수배한 화물운송사업자의 차량번호, 운반용적, 개별 운송료 지급내역(위 주선업체의 수익을 제외한 금액) 등을 알 수 없음에도 위 주선업체가 청구법인으로부터 위임받은 사업의 세세한 내용을 알지 못한데 책임을 부여하는 것은 세법상 의무위반행위의 주체가 아니고 위반행위에 대한 통제권 또는 결정권이 없는 자에게 불이익을 가하는 것은 헌법상의 자기책임의 원리에 반하는 것인 점(헌법재판소 2004.6.24.자 2002헌가27 결정), 오히려 특정거래가 명목상의 거래이고 이에 관한 세금계산서가 사실과 다른 것인지에 대한 입증책임은 과세관청에게 있는 점(대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결, 조심 2016중3859, 2017.4.27.)에서 처분청의 의견은 부당하다. 둘째, 청구법인은 쟁점2거래에 관한 책임(주의의무)을 다하였다. 청구법인은 상법, 화물자동차 운수사업법 등 관련 법률이 정한 자격을 갖춘 쟁점운송주선업체에게 운송주선용역 및 운송용역을 위임하고 해당 업체로부터 이들 용역을 제공받은 후 그 대금을 지급하면서 쟁점매입세금계산서를 발급받은 이상, 공급받는 자로서의 책임을 다한 것으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점1거래에서 쟁점차주가 청구법인으로부터 공급받은 쟁점유류비 상당의 유류는 ‘운송용역의 대가’로 확인되므로 그 금액만큼 청구법인의 매출누락에 해당하고 그렇지 않더라도 재화의 무상제공인 ‘사업상 증여’에 해당되므로 부가가치세 과세대상이다. 첫째, 쟁점1거래에서 청구법인이 쟁점차주에게 운송용역의 대가로 쟁점유류비 상당의 유류(재화)를 공급한 것으로 보아야 한다. 차주(레미콘 운반차량을 소유한 사업자)가 화주(레미콘 제조회사)에게 레미콘 운송용역을 제공하고 그 대가로 운송횟수에 따라 용차료, 차량의 유류 및 운전기사의 식대를 제공받는 경우 화주에게 용차료에 유류비 및 식대를 포함한 가액으로 세금계산서를 교부하고, 화주는 차주에게 유류비 및 식대에 대한 세금계산서 또는 영수증을 각각 발급하는 것인바(국세청 법인 46012-2279, 1996.8.14., 서면인터넷방문상담3팀-481, 2008.3.5.), 쟁점운송계약 제4조 제1항에서 청구법인이 쟁점차주에게 1회 운송당 OOO의 운송수수료(경우에 따라 운반료 또는 운반도급료로 기재)를 지급하기로 하되, 같은 조 제4항에서 1㎞당 0.54리터의 유류를 지급하도록 규정(계약에 따라 1회 운반료 및 유류지급량이 다름)하고 있고, 제6조에서 운송수수료는 쟁점차주가 청구법인에게 매월 운송량에 대하여 세금계산서로 청구한 것을 청구법인이 검수한 것과 대조하여 제4조에 따라 산정하도록 규정하고 있으며, 제7조에서 쟁점차주가 운송용역을 수행하면서 발생한 모든 비용을 부담하도록 규정하고 있는 점을 감안할 때, 청구법인은 쟁점1거래를 통하여 쟁점차주로부터 운송용역을 공급받는 대가로 쟁점유류비 상당의 유류를 공급하는 조건으로 쟁점운송계약을 체결한 후 실제로 쟁점차주로부터 레미콘 운송용역을 공급받은 대가의 지급시 그 운송수수료를 정산한 것으로 보아야 하고, 그렇다면 청구법인이 쟁점차주에게 재화(쟁점유류비 상당의 유류)를 공급한 것에 해당한다. 한편 청구법인은 단지 쟁점차주가 청구법인이 매입한 유류를 레미콘 차량운행에 사용․소비하였을 뿐이지 그 대가성이 없는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 앞서 제시하였듯이 쟁점차주로부터 운송용역을 공급받는 대가로 지정주유소로부터 매입한 쟁점유류비 상당의 유류를 쟁점차주에게 제공한 사실이 쟁점운송계약을 통하여 확인되는 이상, 청구법인이 쟁점차주로부터 공급받은 운송용역의 대가로 쟁점차주에게 해당 유류를 제공한 것으로 보아야 하므로 청구법인의 주장은 이유없다. 나아가 부가가치세는 개인 또는 법인의 소득에 대하여 부과하는 소득세 및 법인세(인세)와 다르게 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부과되는 세목(물세)인 점을 감안할 때, 쟁점1거래가 계속적인 화물운송을 하는 업종에서의 일반적인 거래형태에 해당하고 조세탈루 또는 조세회피목적이 없었다는 이유로 정당한 것으로 인정하여야 한다는 청구법인의 주장도 받아들이기 어렵다. 둘째, 설사 그렇지 않더라도 청구법인이 쟁점차주자에게 쟁점유류비 상당의 유류를 사업상 증여한 것으로 보아야 한다. 청구법인은 쟁점차주가 청구법인이 아니라 자신이 직접 운송용역에 필요한 유류를 매입하였다면 그 비용만큼 청구법인에게 청구하는 해당 운송용역의 대금이 증액되었을 것이라는 이유로 쟁점차주에게 대가관계없이 쟁점유류비 상당의 유류를 사용․소비하도록 하였다고 주장하나, 설령 쟁점차주가 청구법인에게 발급한 쟁점외매입세금계산서2의 공급가액으로 운송용역의 대가만이 기재되어 있어서 쟁점유류비 상당이 과소계상되었더라도 청구법인으로서는 이미 과세기간이 지난 같은 상당의 매입분의 매입세액을 공제받을 수 없고, 청구법인과 쟁점차주 간에 대가관계없이 쟁점유류비 상당의 유류가 제공되었다는 청구주장대로라도 이는 부가가치세의 과세대상인 ‘청구법인의 쟁점차주에 대한 사업상 증여’에 해당하는 점에서 청구법인의 주장은 이유없다. (2) 쟁점2거래에서 청구법인이 쟁점운송주선업체로부터 운송주선용역 및 운송용역을 제공받은 사실이 객관적인 증빙자료로 입증되지 않았고, 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 없으므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 것으로 보아야 한다. 운송주선이란 계약에 따라 화주와 차주(화물운송사업자) 간의 화물 운송에 관한 계약체결을 교섭하여 주고 그 대가로 수수료를 받는 것을 의미하고(화물의 운송을 주선한 후 수수료 등의 보수를 받는 것은 중개업 중 주선업에 해당), 부가가치세법 기본통칙 32-69…6에서 운송주선용역을 공급하는 사업자가 화주와 운송위탁계약을 체결하여 화주로부터 화물, 운임 및 주선수수료를 받아 차주(운송업자)로 하여금 화물운송을 하도록 하고 그 차주에게 운임을 지급하는 경우에는 원칙적으로 운송주선용역을 공급받는 화주 또는 운송업자에게 운송용역의 대가인 수수료에 대해서만 세금계산서를 발급하고 화물운송계약이 확정될 때 운송업자의 명의로 화주에게 화물운송용역에 대한 세금계산서를 발급하도록 하도록 하며, 운송주선업자가 자신의 명의로 세금계산서를 발급하지 않은 경우에만 차주가 화주에게 세금계산서를 발급하도록 규정하되, 예외적으로 운송주선업자가 ‘자기의 책임 하에 화주의 화물을 직접 운송할 것을 약정하고 다른 운송업자에게 의뢰하여 그 화물을 운송하는 경우’에는 화주로부터 받은 운임 전액에 대하여 자기의 명의로 세금계산서를 발급하는 것이고(국세청 부가 46015-1111, 1999.4.15., 국세청 서면인터넷방문상팀3팀-2508, 2004.12.10.), 경험칙상 특별한 사정이 존재하는지 여부에 대한 입증책임은 납세의무자에게 있다 할 것인바(서울행정법원 2007.6.13. 선고 2006구합43429 판결), 운송주선업자가 예외적인 경우에 따라 화주로부터 받은 운임 전체에 대하여 세금계산서를 발급하려면 자기의 책임으로 화주의 화물을 운송한다는 내용의 약정이 체결되었는지 여부, 해당 약정의 경위 등이 객관적으로 입증되는 경우에 한정된다 할 것이다. 청구법인은 쟁점운송주선업체에게 지급한 운임에 관한 금융증빙자료를 제출하면서 해당 업체가 자기의 책임․계산으로 화주인 청구법인에게 화물(레미콘) 운송용역을 공급하였음이 입증되므로 해당 운임 전부에 대하여 청구법인에게 발급한 쟁점매입세금계산서를 정당한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점운송주선업체가 자기 책임․계산으로 화주인 청구법인의 화물운송용역을 운송하였음을 입증할 약정서, 계약서, 운송일지, 운송수수료 정산내역 등의 증빙자료를 제출하지 못한 점, 쟁점운송주선업체는 사업자등록상 ‘차량알선업’만 등록되어 있고 운송업의 등록은 되어 있지 않았으며, 화물운송에 필요한 차량, 운송기사, 차고지 등 인적․물적 자원을 갖추지 못하였고, 부가가치세의 신고시 쟁점매입세금계산서의 공급가액에 비하여 개별 화물운송(화물차 등 중기 임차)과 관련한 매입세액이 매우 적었으며, 각 과세기간의 부가가치세를 체납한 후 사업부진 등으로 폐업하였음을 감안하면 쟁점2거래로 청구법인에게 운송주선용역 외에 운송용역도 제공할 수 있는 운송업자로 인정하기 어려운 점, 청구법인은 조사청의 조사당시 쟁점2거래에 관한 약정을 구두로 체결하였다고 주장하면서 쟁점2거래와 관련한 객관적인 증빙자료를 전혀 제출하지 못하였음을 감안하면 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정하기도 어려운 점 등을 감안할 때, 쟁점2거래는 쟁점매입세금계산서에 기재된 형식대로 청구법인이 ‘쟁점운송주선업자으로부터 운송주선 및 운송용역을 공급받은 거래’가 아니라 사실상 ‘개별 차주(화물운송업자)로부터 운송용역만을 공급받은 거래’에 해당하고, 그렇다면 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 것으로 보아야 한다.

• 가. 쟁점

① 청구법인이 지정주유소로부터 유류를 공급받아 운송용역을 공급하는 쟁점차주로 하여금 지정주유소에서 쟁점차주의 차량에 주유하도록 한 거래에서 유류 상당액을 청구법인의 매출로 보아야 하는지 여부

② 청구법인이 화물운송주선업자로부터 운송주선 및 운송용역을 공급받은 것으로 하여 수수된 쟁점매입세금계산서를 ‘공급하는 자’가 다른 것으로 보아야 하는지 여부

• 나. 관련 법률 (1) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 일부개정되기 전의 것) 제4조[과세대상] 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제9조[재화의 공급] ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제29조[과세표준] ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가 (단서 생략)

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가. 제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다. 제37조[납부세액 등의 계산] ① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조 제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다. 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조[가산세] ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 2퍼센트를 곱한 금액 (단서 생략)

• 가. 세금계산서를 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급하지 아니한 경우

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제69조[위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급] ① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조 제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다. ※ 부가가치세법 기본통칙 29-61…4[공급받는 자가 부담하는 원자재 등의 과세표준 계산] 거래상대방으로부터 인도받은 원자재 등을 사용하여 제조·가공한 재화를 공급하거나 용역을 제공하는 경우에 해당 원자재 등의 가액은 과세표준에 포함하지 아니한다. 다만, 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 원자재 등을 받는 경우에는 그러하지 아니하다. 32-69…6[화물운송 주선의 경우 세금계산서 발급] 운송주선용역을 공급하는 사업자가 불특정다수인의 화주와 운송위탁계약을 체결하여 화주로부터 화물·운임 및 주선수수료를 받아 운수업자로 하여금 화물을 운송하게 하고 그 운임을 지불하는 경우 세금계산서의 발급은 다음 각 호와 같이 한다.

1. 운송주선사업자는 운송주선용역을 공급받는 자(화주 또는 운송업자)에게 운송주선용역의 대가인 수수료에 대하여 세금계산서를 발급하고 화물운송계약이 확정될 때에 운송업자의 명의로 화주에게 화물운송용역에 대한 세금계산서를 발급한다. 이 경우 화물운송주선업자의 등록번호를 비고란에 덧붙여 적는다.

2. 화물운송업자는 화물운송주선업자가 화물운송업자의 명의로 세금계산서를 발급하지 아니한 경우에만 화주에게 세금계산서를 발급한다. (3) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 일부개정되기 전의 것) 제76조[가산세] ⑤ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

⑦ 납세지 관할 세무서장은 제120조, 제120조의2 또는 소득세법 제164조, 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

1. 해당 지급명세서를 그 기한까지 제출하지 아니한 경우: 제출하지 아니한 분의 지급금액의 100분의 2(제출기한이 지난 후 3개월 이내에 제출하는 경우에는 지급금액의 100분의 1로 한다) 제116조[지출증빙서류의 수취 및 보관] ② 제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 부가가치세법 제32조에 따른 세금계산서 제120조[지급명세서의 제출의무]

① 내국법인에 소득세법 제127조 제1항 제1호 또는 제2호의 소득을 지급하는 자(제73조 제4항부터 제6항까지 및 제8항에 따라 원천징수를 하여야 하는 자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 지급명세서를 제출하여야 한다. (후단 생략)

② 제1항에 따른 지급명세서의 제출에 관하여는 소득세법 제164조를 준용한다. (4) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전의 것) 제127조[원천징수의무] ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

제164조[지급명세서의 제출] ① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조 제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는 법인세법 제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 부가가치세법 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일(제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일(제3호에 따른 사업소득과 제4호에 따른 근로소득 또는 퇴직소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일, 휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. (단서 생략)

6. 기타소득(제7호에 따른 봉사료는 제외한다)

8. 대통령령으로 정하는 장기저축성보험의 보험차익 (5) 상법 제114조[의의] 자기의 명의로 물건운송의 주선을 영업으로 하는 자를 운송주선인이라 한다. 제116조[개입권] ① 운송주선인은 다른 약정이 없으면 직접 운송할 수 있다. 이 경우에는 운송주선인은 운송인과 동일한 권리의무가 있다. (6) 화물자동차 운수사업법(2018.4.17. 법률 제15602호로 일부개정되기 전의 것) 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "화물자동차 운송사업"이란 다른 사람의 요구에 응하여 화물자동차를 사용하여 화물을 유상으로 운송하는 사업을 말한다. (후단 생략)

4. "화물자동차 운송주선사업"이란 다른 사람의 요구에 응하여 유상으로 화물운송계약을 중개·대리하거나 화물자동차 운송사업 또는 화물자동차 운송가맹사업을 경영하는 자의 화물 운송수단을 이용하여 자기 명의와 계산으로 화물을 운송하는 사업을 말한다. 제26조[운송주선사업자의 준수사항] ① 운송주선사업자는 자기의 명의로 운송계약을 체결한 화물에 대하여 그 계약금액 중 일부를 제외한 나머지 금액으로 다른 운송주선사업자와 재계약하여 이를 운송하도록 하여서는 아니 된다. 다만, 화물운송을 효율적으로 수행할 수 있도록 위·수탁차주나 1대사업자에게 화물운송을 직접 위탁하기 위하여 다른 운송주선사업자에게 중개 또는 대리를 의뢰하는 때에는 그러하지 아니하다.

② 운송주선사업자는 화주로부터 중개 또는 대리를 의뢰받은 화물에 대하여 다른 운송주선사업자에게 수수료나 그 밖의 대가를 받고 중개 또는 대리를 의뢰하여서는 아니 된다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 청구법인은 2013년～2015년 기간 동안 지정주유소와 약정된 할인가격으로 청구법인의 레미콘 운반차량에게 유류를 공급하는 내용의 쟁점유류공급계약을 체결한 후 지정주유소로부터 쟁점유류비 상당액을 공급가액으로 하여 쟁점외매입세금계산서1을 발급받았고, 쟁점차주와 쟁점운송계약을 체결한 후 쟁점차주로부터 운반용역을 공급받은 것으로 하여 쟁점외매입세금계산서2를 발급받았으며, 2014년․2015년 중 구두로 쟁점운송주선업체와 쟁점운송주선계약을 체결한 후 이들로부터 쟁점매입세금계산서를 발급받은 후, 각 연도별 부가가치세 및 법인세의 신고시 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하고 매입액을 손금에 산입하였으나, 조사청은 쟁점1거래가 ‘청구법인이 쟁점운송계약상 쟁점차주에게 쟁점유류비 상당의 유류를 공급한 것’에 해당한다는 이유로 그 상당액을 부가가치세 및 법인세의 각 과세표준에 산입하고(법인세의 경우 같은 금액을 유류의 원가로 손금산입), 그 공급과 관련한 매출세금계산서를 미발급한 것에 대한 가산세를 부과하며, 쟁점2거래가 ‘쟁점운송주선업체가 아니라 개별 화물운송사업자가 청구법인에게 운송용역을 공급한 것’에 해당한다는 이유로 쟁점매입세금계산서에 기재된 매입세액을 매출세액에서 불공제하고, 사실과 다른 세금계산서를 발급받은 것에 대한 가산세 를 부과하는 등 부가가치세 및 법인세를 부과하도록 처분청에게 과세자료를 통지하였으며, 처분청은 이에 따라 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다. (가) 국세청 전산자료를 보면 지정주유소 중 OOO(개인)는 2009.7.15.～2017.5.24., OOO(법인)는 2014.11.25.부터 유류공급업을 영위하였거나 영위하고 있고, 후자는 청구법인의 전대표이사인 홍ㅇㅇ(실명 미기재)이 대표이사로 재직 중인 것으로 나타난다. (나) 쟁점운송계약 청구법인이 쟁점차주 중 1곳인 OOO와 체결한 것을 보면, 청구법인은 2013.2.7. 2013.2.1.～2014.1.31. 기간(양측의 협의로 연장하되 특별한 이의가 없으면 연장한 것으로 함) OOO에게 1회전(운반할 레미콘이 공사현장 등 고객에게 운송되어 인수자가 송장에 확인한 것으로 보이는 것)당 OOO의 운임(운반수수료)을 지급하되, OOO로 하여금 그 운송차량에 필요한 유류를 청구법인이 지정하는 방법으로 1km당 0.5리터를 주유하도록 하고(제4조, 제13조), OOO가 해당 월의 운반량을 세금계산서에 기재하여 청구법인에게 운임을 청구하면 청구법인이 해당 운반량을 검수하여 그 다음 달 10일 그 운임을 지급하며(제6조), 운송용역에서 발생하는 모든 비용은 OOO가 부담하는 것(제7조)으로 나타나고, 쟁점차주의 과세기간별 사업자수, 쟁점외매입세금계산서2의 발급내역(매수, 공급가액) 등이 심리자료로 제출되지 않았으나 처분청은 청구법인이 쟁점차주 중 나머지도 OOO와의 계약과 동일한 내용의 계약을 체결하였다고 본 것으로 보인다. (다) 청구법인이 조사당시 조사청에게 제출한 ‘레미콘운임’의 계정별 원장을 보면 아래 <표2> 기재와 같이 쟁점차주의 소유로 보이는 지입차량, 일대차량 등에 유류를 주유한 것으로 나타나고, 조사청은 청구법인이 쟁점차주에게 쟁점운송계약에 따른 용역의 대가로 위 계정별 원장에 기재된 아래 <표3> 기재의 쟁점유류비 상당의 유류를 공급한 것으로 보고(청구법인도 조사당시 조사청에게 같은 취지의 확인서 제출) 청구법인에게 관련된 부가가치세 및 법인세를 부과하도록 처분청에게 과세자료를 통보하였으나, 쟁점차주별로 공급된 유류의 가액이 확인되지 않아서 쟁점차주에게 관련된 매입세액 불공제 등에 대한 부가가치세를 과세하지 못하는 것으로 보았다. <표2> ‘레미콘운임’ 계정별 원장 중 일부 (단위: 원)

1. 위 원장의 차변금액

2. 부가가치세 포함

3. 위 원장에서 거래처 미기재(처분청은 OOO로 본 것으로 보임) <표3> 과세기간별 쟁점유류비 내역 (단위: 원, 공급가액) (라) 국세청 전산자료를 보면 쟁점운송주선업체 중 OOO는 2013.12.17.～2015.4.23. 기간 중 차량알선․중개업(서비스업, 주업종) 및 레미콘 도 ․소매업(부업종)을, OOO는 2014.12.1.～2016.4.19. 기간 중 상품중개․알선업(도․소매업, 주업종) 및 레미콘 도매업(부업종)을 각각 영위한 것으로 나타나고, 조사청은 이들 업체가 건설기계의 등록사실이 없다고 보았다. (마) 청구법인은 2014.3.31.～2015.9.30. 기간 동안 쟁점운송주선업체로부터 아래 <표4> 기재와 같이 쟁점매입세금계산서를 수취한 후 해당 업체에게 부가가치세를 포함한 공급대가를 지급하였고, 쟁점매입세금계산서를 보면 ‘품목’란에 ‘레미콘차량’ 및 ‘운송비’가 기재되어 있으며, 그 지급사실에 대해서는 청구법인과 처분청 간의 이견이 없다. <표4> 쟁점매입세금계산서 및 그 공급대가 지급 내역 (단위: 원) (바) 쟁점운송주선업체 중 OOO는 2014년 제1기․제2기 중 OOO는 2015년 제1기․제2기 중 OOO합계 OOO의 중기(화물차 등) 임차와 관련한 매입세금계산서를 수취하였고, 조사청은 그 규모가 쟁점매입세금계산서의 공급가액OOO에 비하여 매우 적은 것으로 보았으며, 국세청 전산자료에 의하면 조사당시 OOO의 체납(부가가치세 및 종합소득세)이 있는 것으로 나타난다. (사) 청구법인은 조사당시 조사청의 운송계약서(쟁점운송주선계약에 대한 것), 차량운행일보 등 쟁점2거래와 관련한 증빙자료를 제출하여 달라는 요청에 따라 2017.4.30. 작성된 사실거래 확인서를 제출하였으나 운송계약서 등을 제출하지 못하였고, 조사청은 해당 확인서가 쟁점매입세금계산서(2014.3.31.～2015.9.30. 기간 중 발급)와 무관하며 객관적인 증빙자료가 제출되지 아니하였다는 등의 사유로 쟁점2거래가 ‘청구법인과 쟁점운송주선업체 간의 운송주선용역 및 운송용역’이 아니라 ‘청구법인과 개별 화물운송사업자 간의 운송용역’에 대한 것이므로 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 것으로 보았다(청구법인도 조사당시 조사청에게 같은 취지의 확인서 제출).

(3) 청구법인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가) 청구법인이 지정주유소 중 OOO와 체결한 쟁점유류공급계약서를 보면, 청구법인은 2014.11.25. 2014.12.1.～2015.11.30. 기간(양측이 계약만료의 통지를 하지 않으면 자동연장) 동안 OOO부터 표준단가(해당 주유소가 매월 청구법인에게 제시하는 것)에서 OOO이 할인된 가액으로 유류를 공급받되(제1조, 제3조), OOO가 청구법인에게 공급하는 매월 공급분에 대하여 세금계산서 및 이용내역서로 청구하면 청구법인이 그 다음달 10일 현금으로 결제하는 것(제2조)으로 나타난다. (나) 청구법인은 레미콘제조업 및 계속․반복적인 대규모 운송비가 발생하는 토목․건설분야, 전국적인 운송․배송이 필요한 산업분야 등에서 원가절감 및 경영의 효율성 제고를 위한 목적으로 쟁점1거래와 유사하게 화주가 직접 유류비를 부담하고 있다고 주장하면서 관련된 증빙자료를 제출하였다. 1) 모래 운송계약서(화주인 레미콘업체와 차주 간의 모래운송에 관한 표준계약서로 보이는 것으로 출처 미기재)를 보면, 차주는 화주가 지정하는 장소에서 화주의 레미콘 공장에 사용되는 모래를 채취하여 운송하되(제1조, 제2조), 화주가 유류비를 부담하는 것(제4조)으로 나타난다. 2) 유류공급계약서(2015년 ㅇㅇ건설 주식회사와 ㅇㅇ주유소와 체결된 것으로 출처 미기재)를 보면, 건설회사가 주유소로부터 고속도로건설공사구간의 공사에 소요되는 유류를 할인된 가액(공장가액보다 OOO이 낮은 금액)으로 공급받는 것으로 기재되어 있고, 유류주유현황을 보면 택지개발 현장의 5개 화물운송업체 중 2개 업체의 월간 주유금액 중 일부가 할인된 것으로 나타나며(예컨대 2곳 중 1곳이 OOO만원에서 OOO만원으로 할인받음), 장비비투자내역서를 보면 택지개발현장의 개별 화물운송업체로 보이는 ㅇㅇ건기의 운송료 OOO상당 중 유류대 OOO상당을 공제한 OOO상당을 세금계산서의 공급가액으로 기재한 것으로 나타난다. 3) 공정거래위원회의 2008.4.30.자 보도자료를 보면, 건설기계임대차 표준계약서의 제정․시행으로 그 동안의 불평등한 계약관행(우월적인 지위의 건설업자의 부당한 대여료 결정 등)을 개선하고 건설현장에서 다툼의 소지를 해소할 수 있는 것으로 나타나며, 건설기계임대차 표준계약서를 보면 제5조에서 건설기계의 가동에 필요한 유류비 및 운반비는 건설기계의 임차인이 부담하도록 한 것으로 기재되어 있다. 4) ‘건자재 물류의 표준운송원 산정에 관한 연구’ 제목의 논문(OOO의 박사학위논문으로 2006.12.4. 게재)을 보면, 건자재운송은 화주(골재생산회사)와 운송회사 간의 일대일 지입와는 다르게 각 지입사간, 지입사와 개인 차주간, 화주와 개인 운수업자 간의 복합적인 계약을 이루고, 1998년 이후의 운임자율화로 개인 차주와의 계약이 보편화 되는 등 복잡한 관계로 정확한 운송비의 관리방식이 요구되는 점, 건자재 운송의 운송비가 판매비의 32%～40%를 차지하여 정확한 운송비의 관리가 이루어지지 않을 경우 화주와 개인차주 간에 많은 피해가 우려되고 그 운송에는 상각비, 노무비 등의 고정비보다 유류비 등 변동성이 심판 비용이 원가의 큰 비중이 차지하는 점 등을 감안할 때 정확한 표준운송원가의 산정이 필요한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 쟁점차주로부터 쟁점운송계약에 따른 운송용역을 공급받고 그 대가로 쟁점외매입세금계산서2에 따른 공급가액인 운송수수료(운임) 외에, 쟁점운송계약상 ‘청구법인이 쟁점차주에게 1회 운송당 OOO의 운송수수료과 1킬로미터당 0.54리터의 유류를 지급하되, 청구법인이 검수한 운송량에 따라 운송수수료를 산정한다’는 내용이 기재된 것을 근거로 쟁점차주에게 쟁점유류비(청구법인이 지정주유소로부터 매입한 쟁점외매입세금계산서1의 공급가액) 상당의 유류를 현물로 지급하였다는 이유로 그 상당액을 청구법인의 매출누락액으로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점운송계약에서 청구법인이 쟁점차주에게 운송수수료 외에 유류를 지급하면서 청구법인이 검수한 유류량에 따라 운송수수료를 정산하기로 한 것은 대량의 재화(레미콘)를 운반하면서 발행하는 비용 중 변동성이 큰 유류비를 절감하기 위한 목적으로 보이고, 이는 공정거래위원회의 2008.4.30.자 보도자료 및 건설기계임대차 표준계약서상 ‘우월적인 지위인 임차인(건설업자)의 부당한 대여료 결정 등의 관행을 개선하기 위하여 임차인이 임차한 건설기계(쟁점1거래에서는 화주인 청구법인의 재화를 운송하는 차량)의 가동에 필요한 유류비를 부담하도록 하였음’이라고 기재된 내용을 통하여 뒷받침되는 점, 처분청에서 쟁점유류비 상당의 유류를 청구법인의 매출로 보아야 한다고 하면서 제시한 예규(국세청 법인 46012-2279, 1996.8.14 등)는 차주가 화주의 재화를 운송하면서 자신의 차량에 주유한 유류비를 화주로부터 보전받은 사례에 대한 것으로 보이므로, 쟁점차주가 화주인 청구법인이 지정주유소로부터 공급받은 유류를 자신의 차량에 주유함으로써 쟁점차주와 청구법인 간에 해당 유류와 관련한 아무런 금전수수의 관계가 없는 쟁점1거래에 적용될 여지가 없어 보이는 점, 지정주유소가 청구법인에게 쟁점유류비 상당의 유류를 공급하면서 부가가치세 등 제세의 신고․납부의무를 이행한 사실에 대해서는 다툼이 없고, 쟁점1거래를 통하여 그 거래당사자가 간에 해당 유류의 공급과 관련한 부가가치세, 법인세 등의 조세를 회피하였다는 사실이 입증되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점유류비는 청구법인이 제조한 레미콘을 고객에게 운송할 목적으로 지정주유소로부터 공급받은 유류의 공급가액이므로 레미콘 매출원가에 포함되는 것이지, 해당 유류를 다시 쟁점차주에게 공급한 것으로 보기는 어렵다 하겠다. 따라서 처분청에서 청구법인이 쟁점차주에게 쟁점유류비 상당의 유류를 공급하였다고 보아 그 상당액을 과세표준에 산입하여 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 하여 살펴본다. 부가가치세법 기본통칙 32-69…6에 의하면 운송주선업체가 화주와 체결한 운송위탁계약에 따라 개별 화물운송업체로 하여금 화주의 화물을 운송하게 하고 해당 업체에게 운임을 지급하는 거래에서, 운송주선업체는 화주 또는 개별 화물운송업체에게 운송주선용역의 대가인 수수료에 대한 세금계산서만 발급하고 화물운송에 관한 계약이 확정될 때 실제로 화물운송용역을 공급한 개별 화물운송업체의 명의로 화주에게 해당 용역에 대한 세금계산서를 발급하도록 규정하고 있고, 이처럼 운송주선업체로 하여금 운송주선용역의 수수료에 대한 세금계산서만을 자신의 명의로 발급하도록 한 것은 통상 운송주선업체는 화주와 개별 화물운송업체에게 운송주선용역만을 공급하고 그 운송용역을 공급하지 아니하기 때문이라 할 것이므로 운송주선업체가 자기의 책임과 계산으로 화주에게 운송용역도 공급한 사실이 입증되지 아니한 경우에는 운송용역을 공급한 것으로 인정할 수는 없다 할 것이다. 또한 과세처분에 있어서 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 이를 발생시키는 사실관계의 대부분이 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이므로 납세의무자가 입증활동을 하지 아니하는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합한다 할 것이다(대법원 2014.8.20. 선고 2012두23341 판결). 청구법인은 쟁점운송주선업체와 구두로 쟁점운송주선계약을 체결하였다고 주장할 뿐, 해당 업체가 실제로 동 계약에 따라 자신의 책임과 계산으로 청구법인의 재화를 운송하였는지를 입증할 객관적인 자료를 전혀 제출하지 아니하였고, 발주자가 실제로 계약이 이행되었는지 여부를 확인하는 것이 통상의 상거래 관행임을 감안하면, 2년 동안 OOO억원에 달하는 쟁점운송주선계약의 구체적인 내용은 무엇인지, 청구법인이 해당 계약의 이행여부를 어떻게 확인하였고 그 내용은 무엇인지 등과 관련한 제반사실에 대한 입증자료가 제시되지 아니하는 이상, 쟁점2거래를 실지거래로 인정하거나 청구법인이 쟁점2거래를 하면서 쟁점운송주선업체를 쟁점운송계약의 상대방으로 인식하고 그 거래대금을 지급할 수밖에 없는 것으로 볼 만큼의 주의의무를 다한 것으로 보기도 어렵다 하겠다. 다만 청구법인은 직접 제조한 레미콘 중 정기적인 물량은 쟁점1거래(직접 운송업체인 쟁점차주에게 운송용역 의뢰), 부정기적인 물량은 쟁점2거래(쟁점운송주선업체로 하여금 개별운송업체를 통한 운송 또는 그 주선 의뢰)를 통하여 고객에게 재화인 레미콘을 공급하는 것으로 보이고, 그렇다면 쟁점2거래를 자신이 하던 일을 외부의 전문업체에 도급, 위탁 등을 하는 이른바 ‘아웃소싱’을 한 것으로 볼 수도 있는 점에 비추어 볼 때, 청구법인이 ‘쟁점운송주선계약의 구체적인 내용은 무엇인지’, ‘청구법인이 해당 계약의 이행여부를 확인하였는지, 그 내용은 무엇인지’ 등을 입증할 객관적인 자료를 제출하는 경우에는 쟁점2거래를 실지거래로 인정할 수 있는 측면도 있다 할 것이다. 따라서 처분청에서 청구법인으로부터 자료를 제출받아 이를 토대로 쟁점운송주선업체를 통하여 청구법인의 부정기적인 재화(레미콘)를 운송하거나 그 운송을 주선한 것인지를 확인하는 등 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 과세처분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.