‘대주주’에 비상장법인의 대주주가 포함되지 않는 것으로 보아 10% 세율을 적용할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 주식 OOO(지분율 OOO 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2008.6.24. OOO에 취득하여 2016.4.7. OOO회사에 OOO에 양도하고, 중소기업 주식을 대주주가 양도한 것으로 보아 20%의 세율을 적용하여 2016.8.11. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가 2018.6.21. 대주주가 양도하는 중소기업 주식이라 하더라 도 비상장주식은 10% 세율을 적용하여야 함에도 20%로 잘못 적용하여 신고하였다는 이유로 처분청에 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 비상장주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 세율 적용대상이라고 보아 2018.2.19. 청구인에게 경정청구를 거부통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.5.11. 이의신청을 거쳐 2018.9.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 구소득세법제104조 제1항 제11호 및 제94조 제1항 제3호 가목을 문리해석하면 대주주라 주권상장법인의 대주주만을 의미하는 것으로 해석되며, 이렇게 해석하는 것이 납세자의 예측가능성을 침해하지 않는다고 볼 것이고, 이후 법 개정으로 제94조의 대주주를 상장법인의 주주로 명확히 기재하고 비상장법인의 대주주 규정을 새로이 추가한 점을 보더라도 구소득세법상의 대주주는 주권상장법인의 주식의 경우에만 포함된다는 점을 반증하고 있다. 따라서 쟁점주식 양도에 적용될 2015.12.15. 개정된소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 대주주는 주권상장법인의 대주주로 제한하여 해석함이 타당하므로 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 2015.12.15. 개정 전소득세법규정과 같이 10%의 세율이 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2015.12.15. 개정된소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 대주주는 주권상장법인 중 중소기업의 대주주를 의미하므로 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도소득세 세율을 적용하여야 한다고 주장하나,소득세법제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대주주의 범위를 규정하면서 같은 법 제3장(거주자의 양도소득에 대한 납세의무) 전체에서 동일한 뜻으로 해석되도록 정하였는바, 청구인은 OOO의 스 주식 13%를 소유하여 같은 법 시행령 제157조 제4항 제1호의 대주주 요건(지분율 2% 이상을 소유)을 충족하였고, 2015.12.15.소득세법이 개정되어 중소기업의 주식을 대주주가 양도하는 경우에 적용되는 세율이 10%에서 20%로 증가되었으며, 그 부칙에서 해당 개정내용을 2016.1.1. 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용하도록 규정하였으므로 청구인이 2016.6.28. 양도한 쟁점주식에 대하여는 20%의 세율을 적용하는 것이 타당하므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 소득세법 시행령제157조 제4항의 ‘대주주’에 비상장법인의 대주주가 포함 되지 않는 것으로 보아 10% 세율을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가.자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가 총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 (부칙) 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다. 제12조(중소기업 주식양도세율 조정에 따른 경과조치)자본시장과 금융투자업에 관한 법률제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원이 법 시행일 현재자본시장과 금융투자업에 관한 법률,채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 의무적으로 보호예수중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도하는 경우에는 제104조 제1항 제11호의 개정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (2) 소득세법 시행령 제157조[증권예탁증권 및 대주주의 범위] ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 OOO시장상장법인 [ 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령제11조 제2항에 따른 OOO에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령제178조 제1항에 따라 거래되는벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다]이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 OOO[코스닥시장상장법인의 주식등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조 제1항 에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 OOO으로 하고, OOO의 주식등의 경우에는 OOO으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인은 쟁점주식을 양도하고 양도소득세 세율을 20%로 적용하여 2016.8.30. 및 2016.10.31. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원 을 신고·납부하였다. (나) OOO의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 OOO은중소기업기본법제2조에 따른 중소기업요건을 충족하여 중소기업이자 주권비상장법인에 해당하며, OOO의 주주현황은 아래 <표>와 같고, 청구인이 OOO의 주식 99.8%를 소유한 사실이 국세청 전산망에 의해 확인된다. <표> OOO의 주주현황 (단위: 주, %)

○○○ (다) 쟁점주식이 중소기업 비상장법인의 주식에 해당하고 청구인이소득세법OOO 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”에 해당한다는 점에 대하여는 청구인들과 처분청 간에 이견이 없는 것으로 나타난다. (라) 2015.12.15. 법률 OOO로 일부개정되기 전 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 대주주가 아닌 자가 양도하는 경우에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전‧후 모두 주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것이라고 하여 대주주에 대하여 규정하면서 제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무에서 사용하고 있는 대주주는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 대주주와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2015.12.15. 개정된소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 개정된소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 대주주는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 대주주와 동일한 것으로 보아야 할 것인바, 위 소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것이라고 규정하고 있으므로 문언해석상 동 규정의 대주주는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 처분청이 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세 세율 적용 대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.