청구법인이 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2016․2017 사업연도 법인세를 신고하면서 중소기업특별세액 감면을 적용하지 아니하였으나, 이후 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 조특법시행령 부칙 제22조를 적용할 경우 소기업에 해당하므로 중소기업특별세액감면 적용 대상이라고 보아 2016․2017사업연도 법인세 합계 139,572,045원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 2016사업연도 및 2017사언연도의 매출액이 각각 122억원, 114억원으로 종전 및 개정 조특법 시행령 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하지 아니하여 중소기업특별세액감면 적용대상이 아니라고 보아 2018.7.27. 경정청구 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.1. 심판청구를 제기하였다.

개정 조특법 시행령 부칙 제22조에 의하면 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 개정규정에도 불구하고 2019년 1월1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다고 규정하고 있는바, 법률 제13560호 일부개정법률 시행당시(2016.1.1)종전 조특법 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업 기준만 충족하면 2019년까지 중소기업특별세액감면을 적용할 수 있는바, 청구법인은 2015사업연도에 매출액 80억원, 근로자수 24명으로 소기업요건을 충족하였으므로 이에 해당된다.

청구법인은 2015 사업연도에는 소기업 기준을 충족하였으나, 2016사업연도 매출액은 122억원이고, 2017사업연도 매출액은 114억원이므로 종전 조특법 시행령(매출액 100억원 미만)이나 개정 조특법 시행령(매출액 80억 이하) 둘 중 어느 규정을 적용하더라도 매출액 기준초과로 소기업에 해당하지 아니하는바, 개정 조특법 시행령 부칙 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치)의 적용대상에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 청구법인이 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제7조 [중소기업에 대한 특별세액감면] (2) 조세특례제한법 시행령 제6조 [중소기업에 대한 특별세액감면]
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조특법 제7조 제1항에 따라 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 있는 “대통령령으로 정하는 소기업”에 대해서는 조특법 시행령 제6조 제5항에서 규정하고 있는데, 동 규정을 청구법인에 적용하여 보면, 종전 조특법 시행령 제6조 제5항(매출액 100억원 미만, 근로자수 100명 미만)이 적용되는 2015사업연도에 청구법인은 매출액 80억원 근로자수 24명이고, 개정 조특법시행령이 적용되는 2016사업연도 및 2017사업연도에 청구법인 매출액은 122억원 및 114억원으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 개정 조특법 시행령에 대한 부칙 제22조 “개정법률 시행 당시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업”에서 “시행당시”를 2016.1.1.로 보아야 하고, 이 경우 2016.1.1. 당시에는 20146년의 매출액이 아직 확정되지 아니하였기에 2015년 매출액을 기준으로 소기업여부를 판단하여야 한다고 주장하나, 기업의 소득세 및 법인세는 해당 과세기간의 매출액등을 기준으로 적용하고, 개정법률 시행일인 2016.1.1. 현재의 기업의 지위는 2016.1.1.이 속하는 과세기간에는 동일하게 적용되는 것이므로 개정 조특법 시행령 부칙 제22조의 “시행당시”의 기업의 지위는 2016.1.1.이 속하는 과세기간의 매출액등을 기준으로 결정됨이 타당해 보이는 점, 조세법의 입법취지는 과세기간이 되는 해당 사업연도의 종료일을 기준으로 과세표준의 크기를 확정하여 적정한 세액을 산출하기 위함인데 2016.1.1. 시점에 매출액이 확정되지 않아 불가피하게 2015년 매출액을 기준으로 소기업 해당여부를 살펴야 한다고 판단할 법적 근거가 없는점, 청구법인이 2016년에 기존 이익이 침해되어는지 여부는 2016 사업연도에 대해 종전 규정을 적용하였을 경우 소기업 혜택을 누릴수 있었는지 여부로 판단함이 타당하며, 만일 청구주장처럼 2015년 기즌으로 판단할 경우에는 이미 2015사업연도에 소기업의 이익을 향유한 사업자에 대하여 법령 개정에도 불구하고 추가적으로 향후 4년간 조세특례의 이익을 보장해주게 되어 경과규정의 취지에 부합하지 아니한 점, 청구주장에 따를 경우 2015.12.31. 이전에 소기업이었던 법인은 2016.1.1. 이후 중기업으로 성장하더라도 무조건 4년의 유예기간이 적용되어 2019 사업연도까지 과도한 조세혜택을 누리게 되는 반면, 2015.12.31. 이전에 중기업이었다가 2016사업연도에 종전규정에 의한 소기업에 해당하는 다른 법인들에게는 조세혜택이 과도하게 제한되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.