쟁점토지에 대하여 「종합부동산세법」상 종합합산과세대상 토지분 종합부동산세를 부과한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 학교법인을 운영하는 비영리법인으로 2016년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2016.6.1.) 현재 OOO1 대 15,989㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 외 8필지와 OOO 소재 주택 등을 보유하고 있다.
• 나. OOO은 쟁점토지에 대하여 교육사업용 부 동산에 대한 재산세 면제를 배제하고 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2018.6.7. 청구법인에게 2016년 귀속 OOO원(이하 “쟁점처분”이라 한다)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 교육연구시설 등 건축물을 건립하기 위한 교육용지 확보를 위하여 OOO와 쟁점토지 매매계약을 체결하고 소유권이전등기를 마친 이후 현재까지 수익사업이나 유료로 사용함이 없이 학생들의 통행로 및 산책로로 활용하고 조경관리를 하였는바, 쟁점토지는 교육사업 자체에 사용한 부동산으로 보아야 하므로 이 를 종합합산과세대상으로 보아 쟁점처분을 부과한 것은 부당하다. 설령 쟁점토지 전부를 교육사업에 사용된 부동산이라고 보지 아니하더라도 적어도 학교의 통행료로 사용된 토지 부분은 교육사업에 명백히 사용되었다고 보아야 한다. 처분청은 쟁점처분이 있기 전까지는 쟁점토지에 대하여 종합부동산세를 부과하지 아니하다가 OOO이 쟁점토지에 대하여 재산세를 부과하자 이에 따라 쟁점토지를 종합부동산세 과세대상 토지로 보아 쟁점처분을 하였는바, 동 처분은 소급과세금지원칙 또는 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다고 할 것이다. 재산세 또는 종합토지세는 모두 보유하는 재산에 담세력을 인정하여 과세하는 수익세적 성격을 지닌 보유세이기는 하나, 지방세와 국세는 과세 주체, 부과·징수 및 불복절차 등에 관한 근거 법령이 다른 별개의 처분인바, 종합부동산세는 단순히 지방세법이 정하고 있는 재산세에 대한 특례세율이 아니라 조세부담의 형평성을 제고하고 부동산의 가격 안정을 도모함으로써 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 하여 부과되는 국세로 지방세인 재산세와는 세목이 다를 뿐만 아니라 그 입법목적, 과세대상도 다르다(서울행정법원 2007.6.8. 선고 2006구합30546 판결 참조). 따라서 비록 학교교육 사업에 사용하지 아니하였다는 사유로 부과된 지방세 과세처분에 대하여 청구법인이 불복하지 아니하고 이를 납부하였다 하더라도, 지방세 과세처분에 어떠한 대세적 효력이나 기판력이나 불가쟁력이 발생할 수 없는 이상 지방세 과세처분과는 별개의 쟁점처분에 대하여 불복을 할 수 없는 것이 아닐 뿐더러 지방세 과세처분의 미불복 및 납부 사유가 당연히 이 건 쟁점처분 취소청구를 기각하는 사유도 될 수 없다. 그러므로 처분청이 지방자치단체장의 결정에 따라 쟁점처분을 하였으므로 청구법인의 관할 지방자치단체장이 쟁점토지에 대한 재산세 부과처분을 취소하지 않는 이상 쟁점처분은 잘못이 없다는 주장은 이유가 없다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2011.6.30. OOO와 쟁점토지를 OOO원에 매입하기로 하는 용지매매계약을 체결하였고 이후 이를 교육용토지로 사용하였으므로 쟁점처분은 취소되어야 한다고 주장하나,종합부동산세법제12조 제1항은 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합한 금액이 OOO원을 초과하는 경우 당해 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다고 규정되어 있는바, 청구법인은 토지분 재산세의 납세의무자로서 종합부동산세 과세기준일 현재 종합합산과세 대상인 토지의 공시가격을 합한 금액이 OOO원을 초과하는 점, 청구법인의 관할 지방자치단체장인 OOO은 쟁점토지가 종합합산과세대상에 해당되는 것으로 보아 재산세를 과세하였고 처분청은 지방자치단체장의 결정에 따라 쟁점처분을 한 점 등에서 관할 지방자치단체장이 쟁점토지에 대한 재산세 부과처분을 취소하지 않는 이상 쟁점처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지에 대하여종합부동산세법상 종합합산과세대상 토지분 종합부동산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제3조【과세기준일】종합부동산세의 과세기준일은지방세법제114 조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다. 제6조【비과세 등】

① 지방세특례제한법또는조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세‧과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다. 제11조【과세방법】토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여지방세법제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조【납세의무자】① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자 제17조【결정과 경정】① 관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국 세청장(이하 "관할지방국세청장"이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과·징수할 수 있다.

④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가지방세법제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다.

(2) 지방세법 제106조【과세대상의 구분 등】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
• 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태나 해당토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
• 다. 철거·멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지(각 목 생략) (3) 지방세법 시행령 제119조【재산세의 현황부과】재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상 현황에 따라 재산세를 부과한다. (4) 지방세특례제한법 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "수익사업"이란법인세법제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제41조【학교 및 외국교육기관에 대한 면제】② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및지방세법제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다. (5) 지방세특례제한법 시행령 제18조【학교등 면제대상 사업의 범위 등】② 법 제41조 제2항 본문에서 "대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지"란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다.

(6) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2011.6.30. OOO와 쟁점토지 매매계약을 체결한 후 2015.6.19. 매매대금OOO을 완납하고 2015.7.9. 소유권이전등기를 경료하였다.

(2) OOO은 쟁점토지를지방세특례제한법제41조 제2항에 근거하여 청구법인이 교육사업에 직접 사용하는 부동 산으로 보아 재산세를 면제하다가 2017년 쟁점토지가 교육사업 자체에 사용되지 아니하였다고 보아 이전 과세기간까지 소급하여 재산세를 부과하면서 과세자료를 처분청에 통보하였고 이에 따라 처분청은 쟁점토지를 종합부동산세 과세대상 토지로 보아 쟁점처분을 하였다.

(3) 청구법인은 OOO으로부터 재산세 부과처분을 통지받은 날인 2017.2.9.부터 90일이 경과하도록 동 처분에 대하여 불복절차를 거치지 아니하여 그대로 확정되었고 이에 청구법인은 위 재산세를 분할 납부하였다. (4)종합부동산세법제12조 제1항 제1호는 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 국내에 소재하는 종합합산과세대상에 해당하는 토지의 공시가격을 합한 금액이 OOO원을 초과하는 자는 해당토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있고,지방세특례제한법제41조 제2항은 학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 등을 면제한다고 규정하면서 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 이를 면제하지 아니한다고 규정하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 교육사업에 사용한 부동산에 해당하므로 이를 종합 합산과세대상으로 보아 쟁점처분을 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 토지에 대한 종합부동산세의 과세대상은 재산세 과세대상을 규정한지방세법제106조 제1항에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분되고 이에 기초한 과세방법, 공제·감면 및 비과세 등에 따라 종합부동산세가 부과된다 할 것인바, 관할 지방자치단체장이 쟁점토지에 대하여 부과한 재산세에 대하여 청구법인은 별도의 불복절차 없이 납부하여 이 건 종합부동산세 부과의 기초가 되는 선행조세인 재산세가 확정된 점,종합부동산세법제6조는 종합부동산세를 부과함에 있어 비과세 여부에 대하여지방세특례제한법또는조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정을 준용하도록 규정하고 있는 점, 또한 청구법인은 쟁점처분이 소급과세금지원칙 내지 신뢰보호원칙을 위반하였다고도 주장하나, 관할 지방자치단체장의 재산세 감면배제처분에 따라 부과된 쟁점처분에 대하여 납세자의 신뢰를 특별히 보호할 만한 사정을 인정하기 어려운 점(대법원 2004.2.13. 선고 2002두12144 판결 참조) 등에 비추어 관할 지방자치단체장이 종합합산과세대상 토지분 재산세를 부과한 쟁점토지에 대하여 처분청이 종합합산과세대상 토지분 종합부동산세를 부과한 쟁점처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.