쟁점토지에 대하여 「조세특례제한법」 제69조 제1항의 감면 적용을 부인하고, 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인(1965년생)은 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1984.2.22. 취득(환산취득가액 OOO원)하여 2014.11.3. OOO원에 양도하고 2014.12.31. 양도소득세 과세표준신고를 하면서 조세특례제한법 제69조 제1항을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. OOO세무서장은 청구인이 양도소득세를 신고할 당시 관할세무서가 OOO세무서임에도 불구하고 청구인의 주소지를 임의로 정정한 후 양도소득세 신고서를 전산입력하지 않고 2014.12.29. 조기경정 자료생성 후 2015.1.2. 처리완료 하는 등 부적정한 방법으로 청구인에 대한 양도소득세를 감면하였다. OOO국세청장은 이에 대하여 감사지적하였고, 처분청은 2018.4.16. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.7.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 30년 8개월 동안 보유하였으며 보유기간 중 주민등록상 재촌기간은 4년 6개월에 불과하나, 실제 쟁점토지 소재지에서 모 이OOO과 함께 거주하며 쟁점토지를 자경하였으므로, 쟁점토지는 양도당시 조세특례제한법 제69조 제1항에서 규정하는 8년 이상 재촌 자경요건을 모두 충족하였다. 청구인은 1989년 4월 주민등록상 주소지를 OOO로 이전하였으나, 이는 정신지체 1급 장애가 있는 장녀 OOO(1980년생)을 OOO에 위치한 OOO에 입학시키기 위하여 형식상 주민등록을 이전한 것에 불과하다. 1990년 3월 장녀 OOO이 OOO에 위치한 OOO에 입학하면서 청구인의 처 OOO와 자녀들은 OOO로 거주지를 이전하였으나, 청구인은 계속하여 쟁점토지 소재지인 OOO에 거주하며 농업에 종사하였다. 다만, 장녀 취학이후 농사만으로는 생활하기 힘들어서 농한기인 동절기에 가족이 있는 OOO 소재 목재소에서 1～3개월 정도 일용직으로 근무하였으며, 그로인하여 연간 OOO원 정도의 소득이 발생하였다. 장녀 OOO이 17세가 되던 해인 1996년부터 사춘기 증상으로 행동이 난폭해져 청구인의 처 혼자서는 OOO과 다른 어린 자녀를 돌보는 것이 불가능해짐에 따라 청구인도 OOO로 전입하여 함께 살게 되었고, OOO에 정직원으로 취업하여 근무하였다. 청구인은 1986.8.31. OOO에 조합원으로 가입하여 현재까지 조합원 자격을 유지하고 있고, OOO에서 2006년부터 2014년까지 지속적으로 비료 등을 구입한 사실이 확인된다. 청구인은 쟁점토지에 감자, 들깨, 고구마, 콩, 고추 등을 심어 수확하였으며, 수확한 작물은 직접 소비하거나 인근 재래시장에서 판매하였다. 청구인이 OOO에 거주하며 쟁점토지를 경작한 사실은 이웃주민 24인의 인우보증서, OOO의 교적부, 교회 장로 OOO의 확인서 등을 통해 확인할 수 있다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지 취득 후 양도시까지 청구인이 쟁점토지 소재지에 거주한 것으로 주민등록상 확인되는 기간은 4년 6개월에 불과하다. 오히려 주민등록상 거주지 인근인 OOO와 OOO에서 근로소득이 계속하여 발생한 것으로 확인되며, OOO 소재 병원에서 지속적으로 현금영수증을 발급받은 것으로 나타나 주민등록 기재와 달리 쟁점토지 소재지에서 거주하였음을 인정할 수 없다. 청구인은 관할세무서도 아닌 OOO세무서장에게 양도소득세 감면신고를 하였으며, OOO세무서 소속 공무원이 청구인의 주소지를 임의로 정정한 후 청구인이 제출한 양도소득세 신고서를 전산입력하지 않고 8년 자경 여부 등 신고서 검토 없이 2014.12.29. 조기경정 자료생성 후 2015.1.2. 처리완료 하는 등 부적정한 방법으로 청구인에 대한 양도소득세를 감면한 것으로 확인된다. 이는 청구인 스스로 쟁점토지는 양도당시 조세특례제한법 제69조 제1항에서 규정하는 8년 이상 재촌 자경요건을 충족하지 못하였음을 인정하는 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지에 대하여 조세특례제한법 제69조 제1항의 감면 적용을 부인하고, 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{지방자치법 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지.(단서 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.(단서 생략)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지 양도당시 조세특례제한법 제69조 제1항에서 규정하는 8년 이상 재촌 자경요건을 충족하였다고 주장하며, 다음과 같은 자료를 제출하였다. (가) 청구인의 주민등록상 쟁점토지 소재지 거주기간이 4년 6개월에 불과한 사실은 다투지 아니한다. 다만, 주민등록상 OOO에 거주한 것으로 기재되어 있던 1989.4.18.～1995.12.31. 기간 동안 청구인은 청구인의 모와 함께 쟁점토지 소재지에서 거주하며 쟁점토지를 직접 경작하였다고 주장하고 있다. 청구인이 이를 입증하기 위하여 제출한 청구인의 모 OOO의 주민등록표 초본에 의하면, OOO은 1988.4.4.～2007.11.12.까지 쟁점토지 인근인 OOO에 거주한 것으로 확인된다. (나) 청구인은 1986.8.31. OOO에 조합원으로 가입하여 현재까지 조합원 지위를 유지하고 있는 것으로 확인된다. (다) OOO의 거래자별 매출상세내역에 의하면, 청구인은 2006.5.3. 퇴비 20kg OOO원, 2007.4.26. 농약 등 OOO원, 2007.7.22. 농약 등 OOO원, 2010년 4월 비료 등 OOO원, 2011.4.21. 비료 등 OOO원, 2013.5.4. 비료 등 OOO원, 2014.5.29. 비료 OOO원, 2014년 5월 비료 OOO원 등을 구입한 내역이 확인된다. (다) OOO에 위치한 OOO 교적부에 의하면, 청구인은 1984년 해당 교회 교적부에 등록된 사실이 확인된다. OOO 장로는 청구인이 1984년부터 1996년까지 OOO에서 함께 신앙생활을 하였다는 내용의 확인서를 제출하였다. (라) 위 OOO을 포함하여 이웃주민 24인은 청구인이 1984년부터 1996년까지 모 OOO과 함께 쟁점토지 소재지에 거주하며, 농사를 지었다는 내용의 확인서를 작성하여 제출하였다. 해당 확인서에는 확인자의 성명, 주민등록번호, 주소가 기재되어 있으나, 연락 가능한 전화번호가 기재되어 있지 아니하여 진위여부를 확인할 수 없었다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점토지 양도당시 조세특례제한법 제69조 제1항에서 규정하는 8년 이상 재촌 자경요건을 충족하지 못하였다는 의견이며, 다음과 같은 자료를 제출하였다. (가) 청구인의 주민등록표 초본에 의하면, 쟁점토지 취득 후 양도시까지 청구인이 쟁점토지 소재지에 거주한 것으로 주민등록상 확인되는 기간은 4년 6개월인 것으로 확인된다. 청구인의 구체적인 주소 변동내역은 다음과 같다. OOO (나) 청구인은 1984년～1985년 OOO에 소재한 OOO, 1991년～1993년 OOO에 소재한 OOO, 1994년～1995년 OOO에 소재한 OOO, 1996년～2001년 OOO에 소재한 OOO, 2001년～2008년 OOO에 소재한 OOO, 2009년～2014년 OOO에 소재한 OOO 등으로부터 다음과 같이 근로소득을 지급받은 내역이 확인된다. OOO (다) 청구인은 2010.6.19.부터 2014.6.18.까지 OOO에 소재한 OOO 등에서 63회에 거쳐 현금으로 결제한 사실이 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 쟁점토지 보유기간 중 주민등록상 재촌기간은 4년 6개월에 불과하나 실제 쟁점토지 소재지에서 모 OOO과 함께 거주하며 쟁점토지를 자경하였으므로, 양도당시 조세특례제한법 제69조 제1항에서 규정하는 8년 이상 재촌․자경요건을 모두 충족하였다고 주장한다. 양도소득세 감면요건으로서 양도농지를 직접 경작하였다는 점에 대한 입증책임은 양도소득세 감면을 주장하는 납세의무자에게 있는바(대법원 1994.10.21. 선고 94누996 판결), ① 쟁점토지 취득 후 양도시까지 청구인이 쟁점토지 소재지에 거주한 것으로 주민등록상 확인되는 기간은 4년 6개월에 불과한 점, ② 청구인은 1984년부터 1985년까지 OOO에 소재한 OOO로부터 근로소득을 지급받은 사실이 확인되고, 이후 1991년부터 2014년까지 OOO에 소재한 OOO로부터 지속적으로 근로소득을 지급받았으며, 2009년부터 2014년까지 OOO에 소재한 OOO로부터 근로소득을 지급받은 것으로 확인되는 등 주민등록상 주소지 인근에서 근로소득을 지급받은 내역이 확인되는 점, ③ 청구인은 2010.6.19.부터 2014.6.18.까지 OOO에 소재한 OOO 등에서 63회에 거쳐 현금으로 결제한 사실이 확인되는 점, ④ 청구인은 OOO에서 2006년 5월부터 2014년 5월까지 비료 등을 구입한 내역이 확인되나, 해당 시기는 청구주장에 의하더라도 청구인이 쟁점토지 소재지에 거주하지 않은 기간인 점, ⑤ OOO 및 이웃주민 24인은 청구인이 1984년부터 1996년까지 모 OOO과 함께 쟁점토지 소재지에 거주하며 농사를 지었다는 내용의 확인서를 작성하여 제출하였으나, 위 확인서상에 전화번호 등이 기재되어 있지 아니하여 내용의 진위여부를 확인할 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.