쟁점주식의 양도가 양도소득세 세율 10% 적용대상인지, 아니면 20% 적용대상인지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2016.12.21. 비상장 중소기업인 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)에서 발행한 주식 147,600주를 아래 <표>와 같이 양도한 후 ｢ 소득세법｣[2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것, 이하 “｢소득세법｣(2015.12.15.자 개정)”이라 한다] 제104조 제1항 제11호 다목 규정의 20% 세율을 적용하여 2017.1.31. 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다. OOO
• 나. 이후 쟁점법인은 비상장법인으로 청구인은 주권상장법인의 대주주에 해당되지 아니하므로 쟁점법인 발행주식의 양도는 ｢소득세법｣ (2015.12.15.자 개정) 제104조 제1항 제11호 나목 규정의 10% 세율 적용 대상이라고 주장 하면서 2018.5.14. <표> 양도주식 중 OOO 에게 양도한 87,600주(이하 “쟁점주식”이라 한다) 양도와 관련하여 기 신고․납부한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경 정청구를 제기하였으나, 처분청은 2018.7.5. 이를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.7.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 나목이 2015.12.15. 개정되기 전에는 중소기업 주식의 양도소득에 대하여는 10%의 양도세율이 적용되는 것으로 규정되어 있다가 2015.12.15. ｢소득세법｣이 개정되면서 10%의 양도세율이 적용되는 경우는 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정”하는 것으로 규정하였다. 그리고, ｢소득세법｣(2016.12.20. 법률 제14289호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 가목에서 “｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것”이라고 규정하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 이 규정에서의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하였다. 이와 같이 ｢소득세법｣(2016.12.20. 법률 제14289호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대주주”를 규정하면서 “｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인의 주식 등으로서”라는 제한적 문구를 두고 있으므로 그 법문대로 대주주에 비상장법인의 주주는 포함되지 아니하는 것으로 해석함이 타당하다. 따라서 비상장 중소기업에 해당하는 쟁점법인이 발행한 쟁점주식의 양도는 10%의 양도소득세 세율 적용대상임에도 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 ｢소득세법｣(2015.12.15.자 개정) 제104조 제1항 제11호 나목에서 규정하고 있는 “대주주”는 같은 법 제94조에서 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”의 범위와 동일한 것으로 보아야 하고, ｢소득세법 시행령｣[2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것, 이하 “ ｢소득세법 시행령｣(2016.2.17.자 개정)”이라 한다) 제157조에서 ｢소득세법｣ 제94조 규정의 대주주에 대해 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 개념으로 규정하고 있으므로 ｢소득세법｣(2015.12.15.자 개정) 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 비상장법인의 대주주도 포함하는 것으로 해석하여야 할 것이어서 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주식의 양도가 양도소득세 세율 10% 적용대상인지, 아니면 20% 적용대상인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전의 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등 제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것) 제94조(양도소득의 범위)

① (개정전과 동일)

3. (개정전과 동일)

• 가. (개정전과 동일)
• 나. (개정전과 동일) 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식 등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식 등 양도소득 과세표준의 100분의 20

(3) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 등의 양도로 발생하는 소득

• 가. 주권상장법인의 주식 등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식 등

1. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식 등

2. 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 증권시장(이하 “증권시장” 이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식 등

• 나. 주권비상장법인의 주식 등 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식 등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)의 주식 등: 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 나. 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등으로서 중소기업 외의 법인의 주식 등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 다. 그 밖의 주식 등: 양도소득 과세표준의 100분의 20 (4) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정되기 전의 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁 증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)이 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 2[코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 “코스닥시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다] 또는 코넥스시장상장법인[ ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령｣ 제11조 제2항 에 따른 코넥스시장(이하 “코넥스시장”이라 한다)에 상 장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식 등과 ｢자본시장과 금융 투자업에 관한 법률 시행령｣ 제178조 제1항에 따라 거래되는 ｢벤처 기업육성에 관한 특별조치법｣ 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우에는 100분의 4. 이하 이 조에서 같다] 이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 50억원[코스닥시장상장법인의 주식 등과 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령｣ 제178조 제1항 에 따라 거래되는 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우에는 40억원으로 하고, 코넥스시장상장법인의 주식 등의 경우에는 10억원으로 한다] 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 제167조의8(중소기업의 범위) 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식 등의 양도일 현재 ｢중소기업기본법｣ 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다. (5) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁 증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)이 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지 하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100 분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업 연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 제167조의8(중소기업의 범위) 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 주식등의 양도일 현재 ｢중소기업기본법｣ 제2조 에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다. (6) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부개정된 것) 제157조(주권상장법인 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 “대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조 및 제167조의8에서 "주권상장법인대주주"라 한다)를 말한다.

1. 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 조 및 제167조의8에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

• 가. 주주 1인 및 그와 법인세법 시행령 제43조제8항제1호 에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자 1) ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 2) ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2 제3항 제1호 에 해당하는 자
• 나. 주주 1인 등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1. 직계존비속 2) ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2 제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자 3) ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2 제3항 제1호 에 해당하는 자

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액(이하 이 조 및 제167조의8에서 "시가총액"이라 한다)이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

• 가. 2018년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우: 25억원
• 나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식 등을 양도하는 경우: 15억원
• 다. 2020년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우: 10억원 제167조의8(대주주 및 중소기업의 범위) ① 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

2. 주권비상장법인의 주주로서 제157조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주. 다만, 대주주 여부를 판단할 때 소유주식의 비율은 100분의 4 이상으로 하고, 시가총액은자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령제178조 제1항에 따라 거래되는 ｢벤처기업육 성에 관한 특별조치법｣ 제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등에 한정하여 40억원 이상으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주식이 중소기업으로 비상장법인이 발행한 주식에 해당하 고, 청 구인이 ｢소득세법 시행령｣(2016.2.17.자 개정) 제157조 제4항 규정의 “대주주” 요건에 해당한다는 점에 대해서는 청구인과 처분청 간에 이견이 없다.

(2) ｢소득세법｣(2015.12.15.자 개정 전) 제104조 제1항 제11호 나목 에 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세 율이 적용되는 것으로 규정되어 있다가 2015.12.15. ｢소득세법｣이 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였

• 다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 ｢소득세법｣(2015.12.15.자 개정) 제104조 제1항 제11호 규정의 “대주주”는 주권상장법인의 대주주만을 의미하므로 청구인의 쟁점주식 양도는 양도소득세 10% 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 같은 법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있고, ｢소득세법 시행령｣(2016.2.17.자 개정) 제157조 제4항에서 ｢소득세법｣(2015.12.15.자 개정) 제94조 제1항 제3호 가목에서 규정한 “대통령령으로 정하는 대주주”에 대하여 상장법인의 대주주와 비상장법인의 대주주를 구분하거나 둘 중 어느 하나에 대하여만 규정하고 있지 아니하므로 같은 법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 문언해석상 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 해석하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청에서 쟁점주식의 양도는 중소기업 대주주가 양도하는 주식으로서 양도소득세 세율 20% 적용대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.