고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없는 비영리법인의 수입배당금에 대해서는 이중과세 조정을 적용하려는 취지인 점을 감안하면 배당금의 일부라도 고유목적사업준비금을 설정한 비영리법인의 경우 수입배당금 익금불산입이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단됨
고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없는 비영리법인의 수입배당금에 대해서는 이중과세 조정을 적용하려는 취지인 점을 감안하면 배당금의 일부라도 고유목적사업준비금을 설정한 비영리법인의 경우 수입배당금 익금불산입이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 거부처분이 위법‧부당하지 아니하다 하더라도 신의성실의 원칙에 반하므로 취소되어야 한다. 최근 국세청은 배당소득 상당액 중 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하지 아니한 금액이 있는 경우 에는 수입배당금 익금불산입 규정을 적용할 수 있다고 해석한 사례가 있다OOO. 동 예규에 의하면 질의한 법인은 이자소득 및 현금배당소득(일반배당 및 유상감자대가로 수령)이 발생하였는데 배당소득 중 일반배당 상당액에 대하여만 고유목적사업준비금을 손금산입하고 유상감자대가에 대하여는 손금산입하지 못한 경우에 수입배당금 익금불산입규정을 적용할 수 있는지에 대하여 질의하였고, 국세청은 수입배당금 익금불산입규정을 적용할 수 있다고 해석하였는데, 이는 청구법인의 사례와 명백하게 동일하다. 청구법인은 이러한 국세청의 공적인 견해표명을 신뢰하여 2011사업연도에 대하여 수입배당금 익금불산입을 반영하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기한 것인데, 처분청은 기존 견해표명에 반하는 거부처분을 하였고, 그로 인하여 청구법인의 이익이 침해되는 결과가 초래되었다. 또한, 다음의 유권해석OOO을 살펴보면, 회신내용 중 참고할 만한 관련 사례로 법인세법 제18조의3 개정 전인 2007년에 한 유권해석OOO을 인용하고 있는데, 만약 개정된 세법 규정에 대한 해석을 기존의 유권해석과 다르게 한다면 과거의 해석을 포함하여 답변하지는 아니하였을 것이다. 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 행정청이 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 납세자의 귀책사유가 없어야 하며, 행정청의 견해표명을 신뢰하여 납세자가 어떠한 행위를 하였어야 하고, 행정청이 기존 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되어야 하는바, 국세청은 유권해석OOO을 통하여 ‘배당소득 상당액 중 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하지 아니한 금액이 있는 경우에는 수입배당금 익금불산입 규정을 적용할 수 있다’는 공적인 견해표명을 한 바 있고, 이러한 국세청의 유권해석이 정당하다고 신뢰한 청구법인에게는 귀책사유가 없으며, 국세청의 유권해석을 신뢰하여 법인세 경정청구를 하였으나 처분청이 이를 거부함으로 인하여 청구법인의 이익이 침해되었다. 청구법인은 기존 국세청의 위 예규OOO를 신뢰하여 경정청구를 제기한 것인데, 국세청은 청구법인의 경정청구와 관련된 ‘과세기준자문 회신’에서 기획재정부의 해석을 참고하라고 하면서도 과세기준자문의 회신과 기존 국세청 유권해석이 상충되는 부분에 대하여는 답변이 없었을 뿐 아니라 최근 국세청은 국세법령정보시스템에 공개되어 있던 기존 위 예규를 삭제하였고, 이는 국세청의 과세기준자문에 대한 회신과 기존 예규가 상충되기 때문인 것으로 추정되는데, 이러한 경우 기존 예규를 마치 처음부터 없었던 것처럼 아무런 설명 없이 삭제하고 기존 예규를 신뢰하여 경정청구를 한 청구법인에게 경정청구 이후의 새로운 예규를 근거로 거부처분을 하는 것은 청구법인의 신뢰를 심히 저버리는 행위에 해당하므로 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.
(2) 청구법인이 쟁점배당금 전액을 이미 당기 고유목적사업비로 지출 하였거나 기말 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입하였다면 이중으로 손금에 산입되는 것을 방지하기 위하여 수입배당금 익금불산입규정 적용을 배제하는 것은 수긍할 수 있으나, 이 건 2011사업연도와 같이 배당소득OOO원 중 일부에 대해서만 손금에 산입한 경우 에는 동일한 금액에 대하여 2가지의 규정이 동시에 적용되지 않는 범위 내에서는 손금산입이 허용되어야 한다. 즉, 청구법인의 경우 총 손금 산입액은OOO원OOO이므로 OOO원은 수입배당금 익금불산입이 허용되어야 한다. (가) 2007년말 법인세법 제18조의3 의 개정 취지는 “동일한 배당소득 금액”에 대하여 고유목적사업준비금 손금산입과 수입배당금 익금불산입이 동시에 적용되는 중복지원을 막겠다는 기존 해석을 “명확화”한 것이지 비영리법인에게 수입배당금 익금불산입 적용을 제한하여 세부담을 증가하려는 것이 아니다. 비영리법인이 자회사로부터 수령한 배당소득에 대해서는 수입배당금 익금불산입규정과 고유목적사업준비금 손금산입규정을 적용할 수 있었는데, 동일한 배당소득에 대하여 양 규정을 동시에 적용할 경우 이중으로 손금에 산입하는 결과가 되므로 이러한 처리가 허용되는지에 대하여 많은 질의와 다툼이 있었고, 동 규정 개정 전에는 “비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 설정함에 있어 설정대상 배당소득금액은 수입배당금 익금불산입을 차감한 후의 금액을 한도”로 한다OOO고 하여 이중 손금산입을 배제하는 유권해석을 통하여 그러한 문제점을 해결하였으며, 이러한 해석은 고유목적사업준비금의 본질이 기부금과 같다는 점을 감안하면 영리법인이 기부금 한도액을 계산할 때 수입배당금 익금불산입을 차감한 후의 금액을 기준으로 하는 것과 동일한 것이다. (나) 정부가 2007.10.2. 국회에 제출한 법인세법 일부개정 법률안의 제안이유를 살펴보면, 기존의 유권해석과 같이 “같은 배당소득 금액”에 대해 “이중으로” 손금산입되는 것을 막기 위한 취지였다는 것을 알 수 있는데, 여기에서 “이중으로” 손금에 산입한다는 것은 동일한 배당소득 상당액에 대하여 2개의 규정이 중복적으로 적용된다는 것이므로 이 건과 같이 배당소득금액에 대하여 일부는 수입배당금 익금 불산입을 적용하고 나머지는 고유목적사업비로 손금산입하는 경우는 이중으로 손금산입하는 것에 해당하지 아니한다. 또한, 국세청이 발간한 2007년 개정세법 해설책자를 보면, 수입배당금 익금불산입과 고유목적사업준비금이 “동시에” 적용되지 않도록 “명확화”하였다고 그 취지를 설명하고 있고, 여기에서 “동시에” 적용된다는 의미는 이미 손금산입된 배당소득 상당액에 대하여 또 다시 익금불산입을 하는 경우를 의미하는 것으로 중복지원을 제한한다는 것임을 알 수 있으며, “명확화”하였다는 것은 기존의 유권해석을 법령에 명확히 명시하였다는 것으로 이해되는바, 국세청이 기존의 해석을 변경하는 것으로 법령을 개정하였다면 “명확화”하였다는 표현은 사용할 수 없을 것이다. 즉, 기존의 유권해석은 동일한 배당소득 상당액에 대하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입하였다면 수입배당금 익금불산입을 중복하여 적용할 수 없다는 것이지 일부 배당소득금액에 대 해서만 고유목적사업준비금 손금산입이 이루어진 경우에 나머지에 대한 수입배당금 익금불산입을 적용할 수 없다는 것은 아니다. (다) 공익성이 높은 청구법인이 동일한 소득이 발생한 동문회 등의 임의단체는 물론 영리법인보다도 많은 법인세를 납부하여야 한다는 것은 형평성 및 그 취지에도 어긋난다. 청구법인의 법인세는 2008년부터 10배 이상 급격하게 상승하였는데, 이는 2007년까지는 배당소득 상당액에 대하여 수입배당금 익금불산입을 적용하고 익금불산입이 적용되지 아니한 배당소득금액에 대하여는 고유목적사업비를 손금산입하였으나, 2008년부터는 수입배당금 익금불산입을 적용하지 않았기 때문이다. 청구법인과 동일한 상황에 처한 임의단체, 영리법인의 법인세 부담액을 비교하여 보면 아래 <표1>과 같은데, 결과적으로 동일한 조건에서 가장 공익성이 큰 청구법인이 동문회는 물론 주식회사보다도 많은 법인세를 부담하게 되는 역차별이 발생하고, 이는 영리법인보다는 비영리법인을 우대하고 비영리법인 중에서도 공익성이 높은 단체를 상대적으로 우대한다는 세법의 기본 취지에 정면으로 배치된다. <표1> 법인세 부담액 비교 위와 같이 청구법인이 지출한 고유목적사업비나 영리법인 또는 동문회가 지출한 기부금의 본질은 공익사업을 위하여 지출한 것으로 동일함에도 처분청의 해석은 오히려 공익성이 높은 청구법인에 비하여 영리법인이나 임의단체를 우대하는 결과가 되어 납득할 수 없다. 따라서 청구법인도 영리법인 및 임의단체와 같이 이중과세 조정을 위한 수입배당금 익금불산입규정을 적용받아야 하고, 공익사업을 위하여 지출한 비용에 대해서는 이중 손금이 되지 않는 범위 내에서 추가로 손금에 산입할 수 있어야 한다. 구분경리의 입장에서 보면 비영리법인 내의 수익사업에서 발생하는 자금을 고유목적사업을 위하여 지출하는 것은 영리법인이 비영리법인의 고유목적사업을 위하여 기부금을 지출하는 것과 실질이 다르지 않다. 다만, 비영리법인 내에서 운영하는 수익사업소득은 결국 고유목적사업에 사용될 것이므로 영리법인이 기부금을 지출하는 것보다는 더 큰 혜택이 따라야 한다. 이러한 관점에서 비영리법인이 수익사업소득을 고유목적사업을 위하여 지출하게 되면 이자, 배당소득은 100%, 기타 과세소득은 50%까지 고유목적사업준비금을 설정할 수 있게 하여 영리법인의 지정기부금의 경우와 비교하여 손금산입 한도액이 넓어지게 되었다. 단, 법정기부금의 경우는 이미 사업소득의 50%까지 인정받았으므로 영리법인과 비영리법인이 동일한 한도를 적용받는다. 결과적 으로 비영리법인의 고유목적사업준비금은 기부금과 실질이 동일한 개념 임에도 처분청의 해석은 영리법인의 경우는 수입배당금 익금불산입에 더하여 기부금 손금산입이 가능한데 비하여 비영리법인에 대하여는 수입배당금 익금불산입과 고유목적사업준비금 손금산입 중 큰 것만이 적용된다는 것으로 이는 영리법인과의 형평에 어긋난다. (라) 처분청의 해석은 입법 취지 및 형평성과 상충되는 것으로 이러한 경우에는 문구대로만 해석할 것이 아니라 입법 취지 및 목적 등을 고려하여 해석하여야 한다. 고유목적사업준비금은 영리법인의 기부금과 실질이 동일한데 영리법인이 지정기부금을 지출하는 경우에 비하여 손금산입 한도를 대폭 확대하여 수익사업에서 발생한 소득으로 공익사업에 지출하게 되면 가급적 많은 금액을 손금에 산입하여 비영리법인의 법인세 부담을 경감하려는 취지이다. 또한, 영리법인의 경우 기부금을 손금에 산입하였다 하여 수입배당금 익금불산입 적용이 배제되거나 둘 중 큰 금액만을 선택적으로 적용하라는 규정은 존재하지 않는다. 수입배당금 익금불산입과 기부금 손금산입은 각 규정의 취지와 목적이 다르므로 애초부터 어느 하나를 선택하라는 규정을 둘 수 없다. 2007년말 법인세법 제18조의3 제1항 이 개정되면서 비영리내국법인은 익금불산입을 적용할 수 있는 법인에서 배제되었고 2009.2.4. 같은 법 시행령 제17조의3 제4항이 신설되기 이전에는 익금불산입이 배제되는 비영리법인의 범위에 대한 규정이 없어서 문구대로만 해석 한다면 모든 비영리법인은 익금불산입이 배제되어야 함에도 기획재정부 및 국세청은 동 시행령 신설 전에도 익금불산입대상 비영리내국법인은 제29조에 따라 준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 한정한다고 해석하였다OOO. 처분청과 같이 입법 취지보다는 오로지 문구대로의 해석이 합리적이라면 위와 같은 기획재정부 및 국세청의 유권해석은 잘못된 해석이 된다. 따라서 2007년말 법인세법 제18조의3 의 개정 취지가 이중 지원을 제한하려는 것이었다면 배당소득 상당액에서 고유목적사업비 손금산입액을 차감한 금액을 한도로 수입배당금 익금불산입을 적용하는 것이 합리적이고, 처분청과 같이 고유목적사업비를 손금에 산입하였으므로 추가적인 수입배당금 익금불산입규정을 적용할 수 없다는 해석은 그 취지에 부합하지 않다. (마) 처분청의 의견은 청구법인의 경우 이중과세문제가 발생하는데도 그대로 방치하겠다는 것으로 영리법인보다 불리한 차별을 하는 것이다. 청구법인이 수령한 배당금은 자회사가 이미 법인세를 납부한 후 지급한 것이므로 이를 다시 청구법인의 과세표준에 포함한다면 이중과세의 문제가 발생하게 되고 이러한 문제를 해소하기 위해 수입배당금 익금불산입 규정이 마련된 것이다. 수입배당금 익금불산입과 고유목적사 업준비금 손금산입은 서로 입법 목적 및 취지가 다른데 단지 배당소득 중 일부를 고유목적사업비로 손금에 산입하였다는 것이 수입배당금 익금불산입을 하지 말아야 할 이유가 될 수는 없다. 만약 청구법인이 배당소득 전액을 고유목적사업비로 손금에 산입하게 된다면 결과적으로 이중과세 문제가 발생하지 아니하므로 수입배당금 익금불산입이 배제되어도 무방하나, 배당소득 중 일부만 고유목적사업비로 손금에 산입되는 경우에는 나머지가 과세표준에 합산되어 이중과세 문제가 발생한다. 반면, 영리법인의 경우는 자회사가 명목상 100%의 법인세 감면 율을 적용받지만 일부 과세소득으로 인하여 실효감면율이 100%가 되지 않는 경우에도 수입배당금 익금불산입을 적용할 수 있도록 하여 이중과세 문제를 적극적으로 해소하고 있는 것OOO과 비교하면 부당한 차별을 받고 있다.
(3) 영리법인이 자회사로부터 배당소득을 수령한 후 배당소득 중 일부금액을 공익사업에 사용할 목적으로 기부한 경우의 총손금산입액은 수입배당금 익금불산입액에 법정기부금 또는 지정기부금 손금산입액을 합산한 것이다. 한편, 임의단체가 자회사로부터 배당소득을 수령한 후 배당소득 중 일부를 공익사업에 사용할 목적으로 기부한 경우 수입배당금 익금불산입과 무관하게 기부금에 대하여는 추가로 손금에 산입되고 이와는 별개로 임의단체는 비영리법인 중에서도 공익성이 가장 낮기 때문에 고유목적사업을 위하여 지출하는 비용에 대하여 고유목적 사업준비금을 설정할 수 없으므로 법인세법 시행령 제36조 제2항 에 따라 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 지출한 경우 지정기부금으로 보아 한도 내에서 손금에 산입할 수 있다. 청구법인이 수익사업에서 발생한 소득 중 공익사업을 위하여 사용한 금액은 본질이 기부금과 동일하므로 공공성이 매우 높은 공공기관인 청구법인은 동일한 상황에서 영리법인 또는 임의단체가 적용받는 손금 산입액과 최소한 동일하거나 커야 한다는 것을 전제하여 수입배당금 익금불산입에 더하여 수익사업소득 중 고유목적사업을 위하여 지출한 비용을 법정기부금 또는 지정기부금으로 보아 손금에 산입하여야 하고, 위 주장을 받아들이기 어렵다 하더라도 과세소득 중 수입배당금 익금불산입과 고유목적사업비 손금산입이 중복될 수 있는 배당소득 상당액에 대하여는 수입배당금 익금불산입만을 적용하고 기타 과세소득 상당액에 대하여는 고유목적사업비 손금산입을 적용할 수 있어야 한다. 처분청은 이미 설정된 고유목적사업준비금을 임의대로 변경할 수 없다는 의견인데, 이는 이미 설정하여 사용한 고유목적사업준비금이 아니라 결산조정 또는 신고조정을 통하여 아직 사용하지 아니한 고유목적사업준비금을 사업연도말에 계상한 경우에 해당되는 것으로, 결산조정 또는 신고조정을 통하여 미래에 사용할 것을 전제로 설정한 고유목적사업준비금은 결산조정의 경우 재무제표에 부채로 인식되고 신고조정의 경우에는 잉여금 처분에 포함되어 재무제표에 반영되므로 이미 확정된 재무제표를 소급해서 수정한다는 것은 허용되기 어려울 것이나, 청구법인과 같이 기중에 설정하여 현금 지출과 함께 모두 사용한 고유목적사업준비금은 순자산이 감소하여 손금에 산입한 것에 불과하여 단순한 세무조정의 문제일 뿐이고 재무제표에 반영되지 아니하여 이를 변경하거나 수정하는 것에 아무런 장애가 없으므로 결산조정 또는 신고조정을 통하여 재무제표에 반영하는 방식으로 손금에 산입한 고유목적사업준비금과는 구분되어야 한다. 청구법인의 2011사업연도 과목별 소득금액조정명세서를 보면, 손금산입 내역에 ‘준비금을 설정하여 지출하는 것으로 보는 간주 고유목적사업준비금 손금산입함’으로 기재되어 있다. 즉, 청구법인은 기중에 수익사업소득 중 고유목적사업비로 현금 지출한 부분에 대하여 지출 직전에 고유목적사업준비금을 설정한 후에 즉시 준비금을 사용하여 고유목적사업비로 지출한 것처럼 세무처리를 한 것에 불과하므로 이러한 세무조정을 취소하고 수입배당금 익금불산입을 적용하는 것은 단지 세무조정의 변경에 해당할 뿐 아무런 문제가 되지 않는다. 따라서 청구법인과 같이 당기에 직접 지출한 현금만을 고유목적사업비로 손금에 산입한 법인과 기말에 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입한 법인은 그 성격이 전혀 다르기 때문에 형평성에 맞지 않는다는 처분청의 의견은 오해에서 비롯된 것이다. 당기에 현금으로 지출한 고유목적사업비에 더하여 아직 지출하지 않았으나 가까운 미래에 지출할 것을 전제로 고유목적사업준비금을 결산조정을 통하여 부채로 인식하거나 신고조정을 하고 잉여금 처분을 통하여 재무제표에 반영하는 것은 미래에 고유목적사업비로 사용하겠다는 신뢰를 기초로 하여 조건부로 손금산입이 이루어진 것이고 이러한 신뢰를 위반하면 세법상 불이익(법인세 및 이자상당액 추가 징수)을 받게 될 것이나, 청구법인의 경우는 사후관리에 위반되어 발생하는 불이익을 회피하기 위한 소급정정이 아니며 당기에 실제로 지출한 현금에 대하여만 손금에 산입하므로 사후관리가 필요하지 않고 이를 정정하였을 경우에 발생하는 문제점도 전혀 없으며, 이와 같이 사후관리가 필요하지 않은 혜택의 변경에 대하여는 납세자에게 유리하다면 얼마든지 변경이 가능하다는 것이 지금까지의 유권해석이다OOO. (가) 청구법인은 법정기부금단체의 요건을 모두 갖춘 공공기관이 므 로 수입배당금 익금불산입에 더하여 수익사업소득 중 고유목적사업을 위하여 지출한 비용을 법정기부금으로 보아 손금에 산입하여야 한다. 즉, 청구법인은 법인세법 제24조 제2항 제7호 에서 말하는 공공기관이고 같은 법 시행령 제36조의2 제5항의 요건을 모두 갖추고 있는 사실상의 법정기부금단체이다. 따라서 영리법인이 청구법인과 동일한 배당소득을 수령하고 그 중 일부를 법정기부금으로 지출하였다면 인식할 수 있는 손금산입액을 청구법인에게도 동일하게 적용함이 타당하다. 한편, 처분청은 고유목적사업비는 기부금에 해당하지 아니한다는 의견이나, 고유목적사업비는 수익사업에서 발생한 소득을 반대급부 없이 공익사업 지출을 위하여 사용한 것으로 내부의 공익사업이 아니라 다른 비영리법인의 공익사업에 사용되었다면 마땅히 기부금에 해 당할 성질의 비용이고, 내부의 공익사업에 사용하든 외부의 공익사업에 사용하든 공공성의 측면에서는 차이가 발생하지 아니하므로 본질은 기부금에 해당하며, 오히려 기부금의 제한된 손금산입 범위를 확장하기 위하여 고유목적사업준비금으로 보아 수익사업소득의 100% 또는 50%까지 손금에 산입할 수 있게 배려하는 것이다 OOO. 따라서 고유목적사업비를 지출하였지만 고유목적사업준비금을 손금산입하지 아니한 비영리법인의 경우에는 최소한 고유목적사업비를 기부금으로 보아 제한된 범위 내 에서 손금산입을 허용하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다 할 것이다. (나) 최소한 임의단체와 동일하게 수입배당금 익금불산입에 더하여 수익사업소득 중 고유목적사업을 위하여 지출한 비용을 지정기부금으로 보아 손금에 산입하여야 한다. 공익성이 낮은 임의단체는 고유목적사 업준비금을 설정할 수 없어서 고유목적사업을 위하여 지출하는 비용의 전부를 인정받을 수 없으나, 그 실질이 기부금이라는 점을 감안하여 지정기부금으로 소득의 10% 내에서 손금에 산입하고 있다. 청구법인이 임의단체라면 배당소득에 대하여 익금불산입한 후 고유목적사업을 위하여 지출한 금액에 대하여 지정기부금으로 손금산입을 하였을 것이므로 청구법인에게도 최소한 동일한 손금산입액은 적용되어야 한다. 이는 임의단체와는 달리 지정기부금 손금산입을 적용할 수 없다면 애초부터 고유목적사업준비금을 설정할 수 없는 공익성이 낮은 단체의 경우에는 수입배당금 익금불산입과 무관하게 고유목적사업비를 지정기부금으로 보아 손금에 산입하는 반면, 청구법인과 같이 공공성이 높아서 고유목적사업준비금을 설정할 수 있으나 수입배당금 익금불산입을 선택한 경우에는 임의단체에 비하여 불이익을 주겠다는 것이어서 형평성에 어긋난다. (다) 위의 모든 주장이 받아들여지지 않는다 하여도 과세소득 중 수입배당금 익금불산입과 고유목적사업비 손금산입이 중복될 수 있는 배당소득 상당액에 대해서는 수입배당금 익금불산입만을 적용하고 기타 과세소득 상당액에 대해서는 고유목적사업비 손금산입을 적용할 수 있어야 한다. 청구법인은 2011사업연도 법인세 신고시 배당소득 상당액에 대하여는 수입배당금 익금불산입 규정만을 적용하고 나머지 이자소득 및 부동산임대소득 상당액에 대하여는 한도액 범위 내에서 고유목적사업비 손금산입을 적용할 수 있었음에도 업무상 착오로 적용하지 못하였으므로 이를 경정함이 타당하다.
(1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 과세관청의 그 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 적극적인 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다OOO. 또한, 과세관청의 의사표시가 단순한 일반적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙을 적용하기 곤란하다 할 것OOO인바, 국세청 예규는 어디까지나 과세관청 내부에서 세법해석의 기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하여 그 자체만으로는 과세관청의 공적인 견해표명에 해당하지 아니하고, ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르는 것을 말하는 것으로OOO, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있었다고 볼 수 없다. 청구법인은 이 건 경정청구 거부처분이 신의성실의 원칙에 위배된 다고 주장하나, 청구법인이 이 건 경정청구시 근거로 제시한 기존 예규 OOO는 청구법인에 대하여 과세관청이 공적인 견해표명을 한 것이 아닌 다른 법인의 질의에 대하여 회신한 것이고, 청구법인도 법인세법 제18조의3 이 개정된 후 개정내용에 따라 법인세를 신고하여 왔으며, 조사청은 기획재정부의 예규 OOO 를 근거로 청구법인의 당초 신고가 개정된 법률에 따라 적정하게 신고된 것으로 보아 거부처분한 것이므로 이로 인하여 청구법인의 이익이 침해되었다고 할 수 없다. 따라서 이 건 경정청구 거부처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.
(2) 청구법인의 이 건 경정청구에 대하여 기획재정부는 예규 OOO를 통하여 비영리내국법인이 배당소득 중 일부 금액에 대하여 법인세법 제29조 에 따라 고유목적사업준비금 설정 으로 손금을 산입하는 경우에는 같은 법 제18조의3에 따른 수입배당금 익금불산입규정의 적용이 배제된다고 회신하였는바, 청구법인은 2011사업연도 법인세 신고시 배당금OOO원 중 OOO원을 고유목적사업 준비금으로 손금에 산입하였으므로 나머지 금액에 대하여는 익금불산입 규정을 적용할 수 없다. 청구법인은 비영리법인이 고유목적사업준비금을 계상하지 아니한 채 수익사업에서 생긴 소득을 고유목적사업에 직접 지출한 경우에도 고유목적사업준비금을 적립한 것으로 보아 손금산입이 가능하다는 관련 예규OOO에 따라 수익사업에서 발생한 수익을 고유 목적사업비(인건비 등)로 직접 지출한 후 고유목적사업준비금을 손금산입을 하였으나, 법인세법 제18조의3 및 제29조에는 공제․감면과 같이 선택해서 적용한다는 명문 규정이 없고, 같은 법 시행령 제17조의3 제4항에서 고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리내국법인은 수입배당금 익금불산입을 배제하는 규정만 있으므로 청구법인과 같이 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 직접 지출한 경우에도 반드시 고유목적사업준비금을 계상한 것으로 보아 신고조정을 하여야 하는 것이기에 이미 계상된 고유목적사업준비금을 임의로 취소할 수 없다.
(3) 청구법인은 지출한 고유목적사업비는 법정기부금에 해당한다는 주장이나, 기부금은 법인이 특수관계가 없는 자에게 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출한 것이므로 청구법인의 고유목적사업에 직접 지출한 금액은 법인세법 시행령 제35조 에서 규정하는 기부금에 해당하지 아니한다. 또한, 청구법인은 지출한 고유목적사업비가 지정기부금에 해당한다는 주장이나, 청구법인은 법인세법 제1조 제2항에서 정하는 비영리내국법인으로 같은 법 시행령 제36조 제2항이 적용되는 법인으로 보는 단체에 해당되지 아니하고, 동 규정은 고유 목적사업준비금을 설정할 수 없는 단체가 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 지출한 경우 지정기부금으로 보아 손금산입하는 것이므로 청구주장을 받아들일 수 없다. 세법에서는 특정한 손비에 대하여 법인의 내부적 의사결정 즉, 결산확정에 의하여 손금으로 계상하여야만 손금으로 인정하는 항목이 있고, 그 중 법인세법 제29조 고유목적사업준비금의 경우 회계감 사대상 비영리법인의 고유목적사업준비금은 이익(잉여금)처분에 의하여 해당 신고조정에 의한 손금산입이 허용되는 바, 청구법인과 같이 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 직접 지출한 경우에도 반드시 고유목적사업준비금을 계상한 것으로 보아 신고조정을 하여야하는 것으로, 잉여금 처분을 통하여 고유목적사업준비금을 설정하여 신고조정으로 손금산입한 경우에는 소급해서 정정이 불가함에도OOO 청구법인과 같이 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 직접 지출해서 고유목적사업준비금을 계상한 것으로 보아 신고조정을 하였을 때 소급하여 고유목적사업준비금 취소가 가능하다면 정상적으로 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입한 법인에게 청구법인과 동일한 경우가 발생하였을 때 소급정정이 불가능하여 과세형평에 어긋나는 결과가 초래되므로 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 직접 지출한 경우에도 고유목적사업준비금을 계상하여 손금산입한 것으로 보아 소급정정이 불가능하다.
① 이 건 처분이 신의성실의 원칙을 위반하는지 여부
② 비영리내국법인이 배당소득 중 일부를 고유목적사업에 지출한 경우 나머지에 대하여 법인세법 제18조의3 에 따른 수입배당금 익금 불산입규정을 적용할 수 없다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
(1) 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정된 것) 제1조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
2. 소득세법 제16조 제1항 에 따른 이자소득
3. 소득세법 제17조 제1항 에 따른 배당소득 제18조의3[수입배당금액의 익금불산입] ① 내국법인(제1조 제2호의 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출 자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액(제18조의2를 적용받는 수입배당금액은 제외한다) 중 제1호와 제2호에 따라 계산한 금액의 합계액이 제3호에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금 액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.
1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(주권상장법인의 경우에는 100분의 30)을 초과하여 출자한 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액. 다만, 발행주식총수 또는 출자총액 전액을 출자한 경우에는 다른 내국법인으로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액을 말한다.
2. 내국법인이 제1호에서 정한 비율 이하로 출자한 다른 내국법인으로 부터 받은 수입배당금액에 100분의 30을 곱하여 산출한 금액
3. 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 제18조의2 제1항 제3호를 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액
② 제1항은 제18조의2 제2항 각 호에 따른 수입배당금액에 대하여는 적용하지 아니한다.
③ 제1항과 제2항을 적용할 때 출자 비율의 계산방법, 익금불산입액의 계산, 수입배당금액 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제29조[고유목적사업준비금의 손금산입] ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액(제4호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호부터 제3호까지의 소득금액을 합한 금액에서 그 결손금을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.
1. 소득세법 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액
2. 소득세법 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.(중 략)
② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.
④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
1. 해산한 경우(제3항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)
2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우
국세기본법 제13조 제3항 에 따라 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우
4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)
⑤ 제4항 제4호에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 해당 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. 제61조[준비금의 손금계상 특례] ① 내국법인이 조세특례제한법에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. 제113조[구분경리] ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산・부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
(2) 소득세법 제17조[배당소득] ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금
2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금
3. 의제배당(擬制配當)
4. 법인세법에 따라 배당으로 처분된 금액
(3) 조세특례제한법 제74조[고유목적사업준비금의 손금산입특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체 등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금.
② 법인으로 보는 단체 중 제56조 제1항 각호의 규정에 의한 지정기부금대상단체를 제외한 단체의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적 사업비로 지출하는 금액은 이를 제1항 본문의 규정에 의한 기부금으로 본다.
③ 제1항 제1호 본문 및 제2항에서 "고유목적사업비"라 함은 당해 비영리법인 또는 단체에 관한 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업(보건 및 사회복지사업 중 의료업을 제외한다) 외의 사업에 사용하기 위한 금액을 말한다. 제56조[고유목적사업준비금의 손금산입] ① 법 제29조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.
1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체
4. 주택법 제2조 제2호 에 따른 공동주택의 입주자대표회의 또는 자치관리기구
⑦ 법 제29조 제5항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액
2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율 (5) 국세기본법 시행령 제10조[세법 해석에 관한 질의회신의 절차와 방법] ① 기획재정부 장관 및 국세청장은 세법의 해석과 관련된 질의에 대하여 법 제18조에 따른 세법해석의 기준에 따라 해석하여 회신하여야 한다.
② 국세청장은 제1항에 따라 회신한 문서의 사본을 해당 문서의 시행일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 기획재정부장관에게 송부하여야 한다.
③ 국세청장은 제1항의 질의가 제9조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기획재정부장관에게 의견을 첨부하여 해석을 요청하여야 한다.
(6) 폐광지역개발지원에 관한 특별법 제3조[폐광지역진흥지구의 지정] ① 산업통상자원부장관은 폐광지역 중 다른 산업을 유치하기 곤란한 지역의 경제를 진흥하기 위하여 필요한 경우에는 도지사의 신청을 받아 폐광지역진흥지구(이하 "진흥지구"라 한다)를 지정할 수 있다. 제17조[대체산업 등의 지원] ① 산업통상자원부장관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 진흥지구의 대체산업 육성을 위한 지원 및 지원대상 농공단지의 지원에 관한 계획을 수립하여 고시하고, 해당 대체 산업을 육성하는 데에 드는 자금의 전부 또는 일부를 지원할 수 있다.
(7) 폐광지역개발지원에 관한 특별법 시행령 제21조[대체산업육성계획 등의 수립] ① 법 제17조 제1항에 따른 대체산업 육성을 위한 지원 및 지원대상 농공단지의 지원에 관한 계획 (이하 "대체산업육성계획"이라 한다)에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
5. 그밖에 산업통상자원부장관이 필요하다고 인정하는 사항
(1) 청구법인은 비영리내국법인으로 폐광지역 진흥을 위한 대체산업융자금은 고유목적사업준비금 사용액으로 인정받기 어려워 쟁점배 당금 중 인건비 등 고유목적사업에 지출한OOO원을 손금에 산입하고 법인세법 제18조의3 수입배당금 익금불산입규정은 적용하지 아니 하고 2011사업연도 법인세 OOO원을 신고․납부하였다가 이후 쟁점배당금 전체에 대하여 수입배당금 익금불산입규정을 적용하여 아래 <표2>와 같이 2011사업연도 법인세 OOO원의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 한 과세기준자문신청이 기획재정부장관에게 이관됨에 따라 처리가 지연되어 경정청구를 제기한 날로부터 2개월이 되는 날까지 그 결과를 회신하지 못함에 따라 청구법인은 경정청구를 제기한 날로부터 2개월이 되는 2017.2.28. 경정청구가 거부되었다고 보아 이의신청을 제기하였다. <표2> 청구법인의 경정청구 내역
(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 2011사업연도 법인세 신고내역을 보면, 고유목적사업준비금을 별도로 설정하지 아니하고 당기 중에 사용된 OOO원을 손금산입한 것이 고유목적사업준비금조정명세서(을)과 과목별 소득금액조정명세서(2)에 나타나는바, 이는 청구법인이 고유목적사업준비금을 계상하지 아니한 채 수익사업에서 생긴 소득을 곧바로 고유목적사업에 직접 지출하고 이를 고유목적사업준비금을 적립한 것으로 보아 손금에 산입한 것이고, 청구법인은 이와 관련하여 아래 <표3>과 같이 회계처리한 후 결산시 ‘<손금불산입> 고유목적회계 전출금OOO원(기타) / <손금산입> 고유목적사업비 OOO원(기타)’로 세무조정한 것으로 나타난다. <표3> 청구법인의 회계처리 내용 (나) 청구법인이 신고․납부한 사업연도별 법인세 부담액을 2007.12.31. 법인세법 제18조의3 의 개정을 기준으로 비교하면 아래 <표4>와 같다. <표4> 법인세 부담액 (다) 청구법인의 법인세 신고시 첨부된 주요계정명세서 등에 기재된 사업연도별 고유목적사업준비금, 고유목적사업비 지출액 손금산입 및 배당금수입 익금산입 내역은 각각 아래 <표5>․<표6>․<표7>과 같다. <표5> 주요계정명세상 고유목적사업준비금 <표6> 고유목적사업비 지출액 손금산입 내역 <표7> 배당금수입 익금산입 내역 (라) 청구법인의 2011사업연도 수입배당금명세서에 의하면, 쟁점배당금 중 익금불산입대상금액은 50%의 익금불산입비율에 따라 OOO원으로 산정되나, 지급이자 관련 익금불산입배제금액을 차감하여 익금불산입액은 “OOO”으로 신고되어 있고, 이익잉여금처분(결손금처리)계산서상 준비금 등 적립액 은 설정되지 아니한 것으로 확인된다. (마) 수입배당금 익금불산입제도는 일반법인의 수입배당금에 대한 이중과세를 조정하기 위하여 2000.12.29. 법률 제6293호로 개정된 법인세법 제18조의3 을 신설함으로써 도입되었다가 이후 2007.12.31. 법률 제8831호 로 개정되어 수입배당금 익금불산입 적용대상에서 비영리내국법인을 제외하였는데, 법인세법 제18조의3 의 개정 내용 및 개정이유는 다음과 같다. (바) 또한, 2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 법인세법 시행령 제17조의3 제4항 에서 위 법 제18조의3 제1항 각 호 외의 부분 중 비영리내국법인은 법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 한정한다고 개정하여 비영리법인의 수입배당금 익금불산입제도를 보완하였는데, 동 시행령의 개정내용 및 개정이유는 다음과 같다. <비영리내국법인의 수입배당금 익금불산입제도 보완> 현 행 개 정 비영리법인은 수입배당금 익금불산입 적용대상에서 제외(법인세법 제18조의3) * 비영리법인 ․ 민법 제32조 에 따라 설립된 법인 ․ 특별법에 의해 설립된 법인 중 민법 제32조 와 목적이 유사 하고 이익을 배당하지 않는 법인 ․법인으로 보는 단체 비영리법인 중 고유목적사업준비금을 손금산입하지 않은 법인에 대해 ◦ 수입배당금 익금불산입 적용
(1) 개정내용
(2) 개정이유
□ 비영리내국법인을 수입배당금 익금불산입 적용대상에서 제외한 것은 배당소득에 대해 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 경우 법인세가 과세되지 않는 점을 감안한 것이므로 ◦ 법인으로 보는 단체 중 지정기부금 단체가 아닌 단체 등 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없는 비영리법인의 수입배당금에 대하여는 이중과세조정이 적용됨을 명확히 규정할 필요 (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ 이 영 시행 후 최초로 신고하는 사업연도에 배당받는 분부터 적용 (사) 한편, 비영리내국법인의 고유목적사업준비금 손금산입제도는 1994.12.22. 법률 제4804호로 개정된 법인세법에서 종전 비영리공익법인의 이자소득에 대한 지급준비금제도를 폐지하면서 신설되었고, 2005.12.31. 법률 제7838호로 개정된 법인세법 제29조 제1항 제2 호에 비영리내국법인이 수취하는 배당소득에 대하여 전액 고유목적사업 준비금을 설정할 수 있는 규정이 신설되면서 같은 조 제5항 및 같은 법 시행령 제56조 제8항에 법인세법 또는 조세특례제한법에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우에 고유목적사업준비금 손금산입을 배제하도록 하는 규정이 신설되었다. (아) 조사청은 청구법인의 경정청구에 대하여 2017.3.2. 국세청장에게 세법해석의 과세기준자문을 신청하였고, 이에 따라 국세청장은 2007.12.31. 법률 제8831호로 개정된 법인세법 제18조의3 제4항 의 수입배당금 익금불산입 적용대상에서 비영리내국법인을 제외한 개정취지를 확인하기 위하여 동 자문신청을 기획재정부장관에게 이관한 결과, 기획재정부장관은 2017.9.25. 다음과 같은 해석을 회신하였다OOO. (3) 청구법인은 국세청의 기존 예규를 신뢰하여 경정청구를 제기한 청구법인에게 경정청구 이후의 새로운 예규를 근거로 거부처분을 함은 신의성실의 원칙에 반하고, 2007.12.31. 법률 제8831호로 개정된 법인세법 제18조의3 로 인하여 법인세 부담액이 급격히 증가하여 공익성이 높은 청구법인이 임의단체나 일반영리법인보다 더 많은 법인세를 부담하고 있으므로 이중손금이 적용되지 않는 범위 내에서 수입배당금 익금불산입을 추가 적용하여야 하며, 이를 인정할 수 없다면 고유목적사업을 위하여 지출한 비용을 기부금으로 보아 손금산입하거나 과세소득 중 배당소득에 대하여는 수입배당금 익금불산입만을 적용하고 기타 과세소득에 대하여는 고유목적사업비 손금산입을 적용하여야 한다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있는데, 청구주장을 요약하면 아래 <표8>과 같다. <표8> 청구주장 요약 (가) 청구법인은 국세청의 기존 예규OOO를 신뢰하여 이 건 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 ‘과세기준자문 회 신’에서 기획재정부의 해석OOO을 참고하라고 하면서도 기존 국세청 예규와 과세기준자문의 회신이 상충되는 부분에 대하여는 답변이 없을 뿐만 아니라 최근 국세청은 국세법령정보시스템에 공개되어 있던 기존 예규를 삭제하였는바, 국세청의 기존 예규의 내용을 요약하면 다음과 같다. (나) 청구법인이 제시한 2011사업연도 과목별 소득금액조정명세서(2)의 고유목적사업준비금 조정내용을 보면, “준비금을 설정하여 지출하는 것으로 보는 간주고유목적사업”으로 기재되어 있는데, 이는 청구법인이 당해 사업연도에 이익처분에 의하여 고유목적사업준비금을 적립하지 아니하고 당해 수익사업에서 발생한 수익을 고유목적사업비(인건비 등)로 직접 지출한 후 세무조정으로 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 것으로, 기중에 설정하여 현금 지출과 동시에 모두 사용한 고유목적사업준비금은 순자산이 감소하여 손금에 산입한 것에 불과하고 재무제표에 반영되지 아니하여 이를 변경하거나 수정하는 것에 장애가 없으므로 결산조정 또는 신고조정을 통하여 재무 제표에 반영하는 방식으로 손금에 산입한 고유목적사업준비금과는 달리 이미 확정된 재무제표를 소급하여 수정할 필요가 없다는 주장이다. (다) 또한, 청구법인은 산업통상자원부가 폐광지역개발지원에 관한 특별법 제3조에 따라 폐광지역 중 다른 산업을 유치하기 곤란한 지역을 진흥지구로 지정하고, 진흥지구 안에서 창업, 확장, 이전하는 기업 등에게 시설자금 및 운전자금을 저리로 대여(이하 “대체산업융자금”이라 한다)하는 ‘폐광지역 진흥지구 대체산업 육성계획’을 고시 하고, 자금 집행 및 관리기관으로 청구법인을 지정 OOO함에 따라 고유목적사업이 된 대체산업융자금 집행을 위하여 정관 제4조 제6호에 ‘폐광지역 진흥 및 지역경제 활성화를 위한 투자사업’을 청구법인의 업무로 규정하고, 재원마련을 위하여 ‘출자회사 배당금 사용지침’(출자회사 배당금 사용지침 참조)을 제정하여 쟁점배당금 상당액을 대체산업융자금으로 사용하고 있으므로 고유목적사업준비금 설정이 원천적으로 불가능하다고 주장한다. (4) 한편, 처분청은 법인세법 제18조의3 및 제29조에는 공제․감면과 같이 선택해서 적용한다는 규정이 없고, 같은 법 시행령 제17조의3 제4항에서 고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리내국법인은 수입배당금 익금불산입을 배제한다고 규정하고 있으므로 청구법인과 같이 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 직접 지출한 경우에도 반드시 고유목적사업준비금을 계상한 것으로 보아 신고 조정을 하여야 하므로 이미 계상된 고유목적사업준비금을 임의로 취소 하고 수입 배당금 익금불산입규정을 적용할 수 없다는 의견을 제시하고 있다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대 하여 살피건대, 청구법인은 국세청의 기존 예규를 신뢰하여 경정청구를 제기한 청구법인에게 경정청구 이후의 새로운 예규를 근거로 이를 거부한 처분은 신의성실의 원칙에 반한다고 주장하나, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세 자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이며, 한편, 조세법령의 규정내용 및 행정규칙 자체나 국세종합상담센터의 답변 등은 과세관 청의 공적 견해 표명에 해당하지 아니한다 OOO. 이 건의 경우 법인세법 제18조의3 이 2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되어 수입배당금 익금불산입 적용대상에서 비영리내국법인이 제외됨에 따라 청구법인 스스로 위 개정법률에 따라 수입배당금 중 고유목적사업에 지출하지 아니한 부분에 대하여 수입배당금 익금불산입규정을 적용하지 아니하고 법인세를 신고한 것이지 처분청이 청구법 인이 신뢰하였다고 주장하는 국세청 예규OOO에 반하는 처분을 함으로써 청구법인의 이익이 침해되는 결과가 초래되었다고 할 수 없으며, 위 국세청 예규OOO는 어디까지나 과세관청 내부에 있어서 세법해석의 기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하여 그 자체만으로 과세관청의 공적 견해표명에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 위 예규는 청구법인이 질의한 것에 대한 회신이 아니므로 청구법인의 사실관계를 정확히 반영한 것이 아니어서 청구법인의 신뢰의 대상이 되었다고 볼 수도 없으므로, 이 건 처분이 신의성실의 원칙을 위반한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 비영리내국법인이 배당소득 중 일부를 고유목적사업에 지출한 경우 나머지에 대하여 법인세법 제18조의3 에 따른 수입배당금 익금불산입규정을 적용하여야 하고, 이를 인정할 수 없다면 고유목적사업 지출액에 대하여는 법정기부금 또는 지정기부금으로 보아 손금에 산입하거나 고유목적사업 지출액을 손금에 산입하지 아니하고 쟁점배당소득 전체에 대하여 수입배당금 익금불산입규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니 하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합된다OOO. 법인세법 제18조의3 은 2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되어 비영리법인의 수입배당금은 전액 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입이 가능하므로 수입배당금 익금불산입과 고유목적사업준비금의 중복 적용을 배제하고 있고 다만, 고유목적사업준비금을 설정할 수 없는 비영리법인이 있을 수 있음을 고려하여 2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정된 법인세법 시행령 제17조의3 제4항 에서 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인에 한정하여 익금불산입 대상에서 제외하였는바, 이는 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없는 비영리법인의 수입배당금에 대해서는 이중과세 조정을 적용하려는 취지인 점을 감안하면 배당금의 일부라도 고유목적사업준비금을 설정한 비영리법인의 경우 수입배당금 익금불산입이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한 점, 청구법인은 쟁점배당금 중 일부는 인건비 등 고유목적사업 지출에 사용하고 나머지는 폐광지역진흥지구 내 이전기업에게 대체산업융자 금을 저리로 대여하고 있는데, 인건비 사용액 등 고유목적사업에 직접 지출한 경우는 고유목적사업준비금을 적립한 것으로 보아 손금산입이 가능하나, 대체산업융자금으로 인하여 발생하는 이자소득은 구법인 세법 제3조 제3항 제2호에서 비영리내국법의 수익사업으로 규정하고 있어서 동 융자금은 고유목적사업준비금 사용액으로 인정받기 어려워 준비금으로 설정한다 하더라도 법인세법 제29조 제4항 및 제5항에 따라 동 준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용할 수 없으므로 준비금 잔액 및 이자 상당액을 익금에 산입하여야 하는 제한이 있어서 청구법인 스스로 고유 목적사업준비금을 손금에 산입하지 아니한 것이고, 청구법인이 제시한 정관 및 출자회사 배당금 사용지침 등을 감안하더라도 청구법인은 쟁점배당금의 사용이 대체산업융자금 집행에 한정되어 있어서 고유목적사업 준비금 설정 자체가 원천적으로 불가능한 경우에 해당된다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.