조특법 시행령 제2조 제2항 본문단서에 따라 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하고 중소기업으로서의 감면세액 등을 적용하지 아니한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2005.10.13. 평면디스플레이 관련 제품, 부품 및 부분품의 제조와 수출입업을 영위할 목적으로 설립되었고, 2011사업연도의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 신고시 매출액이 OOO원을 초과하지 아니하였으나, 2012사업연도 법인세 신고시 매출액이 OOO원을 초과(OOO원)하였고, 청구법인의 발행주식 7십만주 중 4십2만주(지분율 60%)를 소유한 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 2012사업연도 법인세 신고시 매출액은 OOO원인바, 청구법인은 2012～2015사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 시행령(이하 ‘조특법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항 본문단서 및 제3호를 적용하여 ‘중소기업으로 보는 유예기간’을 적용하지 아니하는 것으로 법인세법상 접대비 손금산입한도액과 조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 한다)상 세액공제 등을 적용하였다.
• 나. 청구법인은 2018.2.5. 처분청에 2012～2015사업연도 법인세와 관련하여 ‘조특법 시행령 제2조 제2항 본문에 따른 유예기간을 적용하여법인세법상 접대비 손금산입한도액과 조특법상 세액공제 등을 적용하여야 한다’는 등의 내용으로 <별지1>의 세액에 대한 경청청구를 제출한바, 처분청은 ‘조특법 시행령 제2조 제2항 본문단서 및 제3호에 따라 유예기간을 적용할 수 없다’고 보아 2018.4.9. 청구법인에게 경정할 이유가 없다고 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.6.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2012사업연도에 최초로 매출액이 OOO원을 초과하였으므로 조특법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 2012～2015사업연도에 걸쳐 개별기업기준으로 유예기간이 적용된다할 것이다. 조특법 시행령 제2조 제2항 본문단서는 유예기간을 적용하지 아니하는 경우를 제시하고 있으나, 동 단서규정에 대하여 대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판례 등과 조심 2017중3290, 2017.11.16. 등은 ‘유예기간이 적용되고 있는 법인에는 이러한 조특법 시행령 제2조 제2항 본문단서가 적용될 수 없고 해당 사업연도말 현재 중소기업에 해당하는 법인만이 적용되는 것’이라고 해석하고 있으므로, 청구법인과 같이 개별기업기준으로 매출액이 OOO원을 초과하여 유예기간이 적용되고 있는 법인의 경우 조특법 제2조 제2항 본문단서가 적용될 수 없으므로 청구법인의 2012～2015사업연도 법인세에 대한 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 위법·부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2012사업연도에 최초로 매출액이 OOO원을 초과하였으므로 2012～2015사업연도에 조특법 시행령 제2조 제2항 본문에 따른 유예기간 중에 있다고 주장하나, 2012사업연도의 청구법인의 매출액(OOO원)과 청구법인의 지배회사인인 OOO의 매출액(OOO원)의 합계액이 OOO원을 초과하므로 관계기업에 해당하게 되어 조특법 시행령 제2조 제2항 본문단서가 먼저 적용되고 조특법 시행령 제2조 제2항 제3호 규정에 따라 청구법인은 유예기간 중에 있는 법인에 해당하지 아니한다. 청구법인이 제시한 대법원 판례와 조세심판원 결정례는 “조특법 시행령 제2조 제2항 본문단서에 따라 유예기간이 적용되는 법인에는 ‘이미 유예기간 중에 있는 법인’은 포함되지 않는다”는 것으로, 청구법인은 2012사업연도가 매출액이 최초로 OOO원을 초과한 사업연도로 조특법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 유예기간을 적용받으려는 첫 사업연도였으나 조특법 제2조 제2항 단서에 따라 2012사업연도부터 유예기간이 적용되지 아니하였으므로 기존 유예기간 중인 법인을 전제로 한 판례 등과는 사실관계가 다르므로 청구법인의 2012～2015사업연도 법인세에 대한 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인을 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문단서에 따라 2012사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하고 중소기업으로서의 감면세액 등을 적용하지 아니한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 구 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제5조 (중소기업 투자 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2012년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제126조의2 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다. (이하 생략) (2) 구 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제2조 (중소기업의 범위) ① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업,전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

(3) 구 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제2조 (중소기업의 범위) ① (생략)

중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다. (4) 조세특례제한법 시행령 부칙(2010.12.30.) 제1조 (시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, (중략) 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년1월 1일부터 시행한다. (5) 구 조세특례제한법 시행규칙(2013.2.23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것) 제2조 (중소기업의 범위) ② 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 상시 사용하는 종업원수는 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원, 소득세법 시행령 제20조 에 따른 일용근로자, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호 에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원 및 근로기준법 제2조 제1항 제8호 에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.

③ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표(이하 이 조에서 "대차대조표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다.

④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액으로 한다.

⑥ 영 제2조 제1항 제1호에 따른 자본금은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제15항 제3호 에 따른 주권상장법인과 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업의 경우에는 대차대조표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액

2. 제1호 외의 기업인 경우에는 대차대조표상의 자본금과 대차대조표상의 자산에서 부채를 차감한 금액 중 큰 금액

⑦ 영 제2조 제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제2항 을 준용한다.

(6) 구 중소기업기본법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제2조 (정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계기업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) ① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업
• 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
• 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제2항 을 준용한다.

1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

• 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 제3조의2 (지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조제15항 에 따른 주권상장법인으로서 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제1조의2제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

• 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인
• 나. 가목에 해당하는 개인의 친족 제3조의3 (중소기업 여부의 판단 및 적용기간) ① 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다.

② 제1항에 따른 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소기업청장이 따로 정한다. 제7조의4 (관계기업의 상시근로자수등의 산정) ① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다.

③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. [별표 1] 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준(제3조 제1항 제1호 관련) (일부) 해당 업종 분류기호 규모 기준 제조업 C 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하 [별표 2] 관계기업의 상시근로자수등의 산정기준(제7조의4 제1항 관련)

1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

• 가. “형식적 지배”란 지배기업이 종속기업의 주식등을 100분의 50 미만으로 소유하고 있는 것을 말한다.
• 나. “실질적 지배”란 지배기업이 종속기업의 주식등을 100분의 50 이상으로 소유하고 있는 것을 말한다.
• 다. “직접 지배”란 지배기업이 자회사(지배기업의 종속기업을 말한다. 이하 이 표에서 같다) 또는 손자기업(자회사의 종속기업을 말하며, 지배기업의 종속기업으로 되는 경우를 포함한다. 이하 이표에서 같다)의 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.
• 라. “간접 지배”란 지배기업이 손자기업의 주주인 자회사의 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.

2. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 상시근로자수등으로 보아야 할 상시근로자수등(이하 “전체 상시근로자수등”이라 한다)은 다음 각 목에 따라 계산한다.

• 가. 지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식등의 소유비율과 종속기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다.
• 나. 종속기업의 전체 상시근로자수등은 그 종속기업의 상시근로자수등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식등의 소유비율과 지배기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다.

3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수등은 다음 각 목에 따라 계산한다.

• 가. 지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 종속기업의 상시근로자수등을 합산한다.
• 나. 종속기업의 전체 상시근로자수등은 그 종속기업의 상시근로자수등에 지배기업의 상시근로자수등을 합산한다.

(7) 구 중소기업기본법 시행령(2009.11.19. 대통령령 제21831호로 개정되기 전의 것) 제3조 (중소기업의 범위) 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다.
• 다. 자기자본이 5백억원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

• 다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것 (8) 중소기업기본법 시행령 부칙(2009.3.25.) 제1조 (시행일) 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정: 2011년 1월 1일 제2조 (경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다. 끝.

(9) 주식회사의 외부감사에 관한 법률 시행령(2009.1.6. 대통령령 제21254호로 개정된 것 제2조 (외부감사의 대상) ①법 제2조의 규정에 의하여 외부의 감사인에 의한 회계감사(이하 "외부감사"라 한다)를 받아야 하는 주식회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식회사로 한다.

1. 직전 사업연도말의 자산총액이 100억원 이상인 주식회사(그 주식회사가 분할하거나 다른 회사와 합병하여 새로운 회사를 설립한 경우에는 설립시의 자산총액이 100억원 이상인 주식회사를 말한다)

2. 주권상장법인(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인을 말한다. 이하 같다)과 해당 사업연도 또는 다음 사업연도 중에 주권상장법인이 되고자 하는 주식회사 (이하 생략) 부칙(대통령령 제21254호, 2009.1.6.) 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (이하 생략) 제5조(외부감사 대상에 관한 적용례) 제2조 제1항의 개정규정은 2009년 1월 1일 이후 최초로 시작되는 사업연도부터 적용한다. 다만, 제2조 제1항 제2호 중 주권상장법인에 관련된 부분은 2009년 2월 4일 이후 최초로 시작되는 사업연도부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 OOO가 2011～2015사업연도의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 신고시 제출한 표준손익계산서상 매출액은 아래 <표1>과 같고, 청구법인이 제출한 주식등변동상황명세서에는 OOO가 2011～2015사업연도말 현재 청구법인의 발행주식 7십만주 중 4십2만주(지분율 60%)를 소유한 것으로 기재되어 있고, 이러한 기재사항은 동일 회계연도에 대한 청구법인과 OOO의 감사보고서상 첨부된 손익계산서 및 재무재표에 대한 주석과도 동일하다. OOO

(2) OOO를 지배기업으로 하여 작성된 연결재무제표에 대한 주석에는, OOO의 연결대상 종속기업 등의 현황에 대하여 아래 <표2>·<표3>과 같이 기재되어 있다. OOO OOO <표3> OOO OOO

(3) 청구법인은 2018.2.5. 처분청에 2012～2015사업연도 법인세와 관련하여 ‘조특법 시행령 제2조 제2항 본문에 따른 유예기간을 적용하여법인세법상 접대비 손금산입한도액과 조특법상 세액공제 등을 적용하여야 한다’는 등의 경청청구를 제출한바, 동 청구에 따른 과세표준, 산출세액 및 세액공제의 변동금액은 아래 <표4>와 같다. OOO

(4) 청구법인의 경정청구에 대하여, 처분청은 2018.4.9. 청구법인에 “조특법 시행령 제2조 제2항 본문보다 같은 항 본문단서가 먼저 적용됨에 따라 2012사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없다”고 보아 경정할 이유가 없다는 이 건 거부처분을 하였고, 처분청이 작성한 경정청구 검토서에 따르면 청구법인의 경정청구에 대하여 검토한 내용은 아래 <표5>과 같다. OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인과 OOO는 중소기업기본법 시행령제2조 제3호에 따른 관계회사에 해당하고 청구법인과 OOO의 2012사업연도 매출액의 합계액이 OOO원 이상으로, 2010.12.30. 개정된 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호에 따른 독립성 규정에 적합하지 아니한 것으로 나타나는바, 2009.3.25. 신설된 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목에 따르면, 관계회사에 속하는 기업의 경우 지배기업과 종속기업을 합산한 상시근로자수 등(매출액)이 졸업기준을 초과하는 경우 중소기업으로 보지 아니한다고 규정하고, 동 부칙 제1조에서는 동 개정규정은 2011.1.1.부터 시행한다고 규정하고 있으며, 2010.12.30. 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호가 개정되어중소기업 요건으로서 위 “ 중소기업기본법 시행령제3조 제2호 다목의 규정에 적합할 것”이라는 조문이 추가되었고, 동 부칙 제1조에서는 동 개정규정은 2012.1.1.부터 시행한다고 규정하고 있으므로 2012.1.1. 개시하는 과세연도에 관계회사와의 매출액 합계액이 규모기준을 초과하는 경우 중소기업에 해당하지 아니하게 되고, 독립성 기준에 위배되는 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.