조특법 제66조 제1항 및 제7항과 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제63조 제1항에서 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체육성법에 따른 농어업경영체 등록 확인서 등을 제출하도록 명확히 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 영농조합법인에 대한 법인세 면제의 적용을 배제한 이 건 처분은 달리 잘못 없음
조특법 제66조 제1항 및 제7항과 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제63조 제1항에서 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체육성법에 따른 농어업경영체 등록 확인서 등을 제출하도록 명확히 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 영농조합법인에 대한 법인세 면제의 적용을 배제한 이 건 처분은 달리 잘못 없음
심판청구를 기각한다.
(1) 조세특례제한법 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ①농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.
⑧ 제1항․제2항․제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것) 제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ⑦ 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 법인세를 면제받고자 하는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다. (3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ⑦ 법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조 에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 "농어업경영체 등록확인서"라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다. 부칙(제25211호, 2014.2.21.) 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.
(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조(농어업경영정보의 등록) ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 "농어업경영정보"라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1. 농업경영체:농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 "농업경영정보"라 한다)
2. 어업경영체:수산업ㆍ어촌 발전 기본법제27조에 따른 어선ㆍ양식시설 등 생산수단, 생산수산물, 생산방법 및 어업생산규모 등 어업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 농어업경영정보의 등록 및 변경 절차와 농어업경영정보 등록부의 작성ㆍ관리 등에 필요한 사항은 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정한다. 제8조(자금 지원 등의 제한) 중앙행정기관의 장은 다음 각 호에 해당하는 농어업경영체에 대하여는 농어업경영체의 육성 및 소득 안정 등을 위한 각종 지원의 전부 또는 일부를 제한할 수 있다.
1. 농어업경영정보를 등록하지 아니하거나 등록정보를 수정하지 아니한 농어업경영체
2. 제7조의2 제1항에 따른 부기등기를 이행하지 아니한 농어업경영체
3. 보조금을 지원받아 취득한 재산을 제7조의2 제3항 각 호의 사유가 발생하지 아니하였음에도 중앙행정기관의 장의 승인 없이 보조금의 교부 목적에 위배되는 용도에 사용하거나 양도, 교환, 대여 및 담보의 제공을 한 농어업경영체
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 2017.11.12. 국립농산물품질관리원장에게 농업경영체로 등록하였고 2015～2016사업연도 법인세 신고시 세액면제신청서에 동 등록확인서를 첨부하지 아니하였다. (나) 처분청은 청구법인의 법인세 신고내용에 대한 사후검증을 한 결과, 조특법 제66조에 따라 영농조합법인에 대한 법인세 감면을 신청하면서 농업경영체등록확인서를 제출하지 아니한 것을 확인하고 청구법인에 수정신고를 권장하였으나 이에 불응하자, 2018.4.3. 청구법인에게 동 감면적용을 배제하여 법인세 2015사업연도분 OOO원을 경정․고지하였다.
(2) 이 건 관련 법령을 살펴보면, 조특법 제66조 제1항 및 제8항에서 농어업경영체육성법에 따른 영농조합법인의 식량작물재배업소득 등에 대해서는 법인세를 면제하되 이를 적용받으려면 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하도록 규정하고 있고, 그 위임에 따라 같은 법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되어 2015.1.1.부터 시행된 것) 제63조 제7항에서 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체육성법 제4조에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서를 제출하도록 규정하고 있는바, 법인세 면제신청시 농어업경영체 등록 확인서 제출은 위 시행령 개정시 추가되었다.
(3) 청구법인이 2018.8.30. 항변자료를 추가 제출한바, 주요내용은 다음과 같다. (가) 법인세 감면대상법인 및 감면소득을 규정하고 있는 조특법 제66조 제1항에서 감면대상법인을 농어업경영체육성법에 따른 영농조합법인이라고 규정하고 있을 뿐, 같은 법률에 따라 농어업경영체등록을 한 영농조합법인이라고 규정하고 있지 아니하고 영농조합법인의 범위를 제한하는 위임규정이 없다. (나) 조특법 시행령 제63조 제7항에 따라 감면대상 영농조합법인을 농업경영체 등록을 한 영농조합법인으로 제한하는 것은 법률의 위임없이 명령에 따라 감면대상법인의 범위를 제한하여 납세자에게 불리한 처분을 하는 것이므로 아니된다. 결국, 이 건 처분은 법률의 위임없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 법에서 정한 조세감면대상의 범위를 축소한 것으로 조세법률주의의 내용 가운데 과세요건 법정주의를 위반한 것이다. (다) 이 건의 감면대상법인과 감면대상소득을 규정한 법률조항을 개정하지 아니하고, 감면신청에 관한 사항을 규정한 조특법 시행령 제63조 제7항에 첨부서류로 농업경영체 등록확인서를 추가하는 것으로 개정하여 이를 근거로 감면대상법인이 변경되었다고 하는 것은 지나친 유추해석으로 과세요건이나 조세의 부과징수절차 등을 법률로 정하는 경우에 그 규정을 가능한 한 명확하고 상세하게 정함으로써 처분청이 그 법을 자의적으로 또는 자유재량에 의하여 해석․적용하는 것을 방지하도록 한 과세요건 명확주의를 벗어난 것이다. (라) 조특법 시행령 제63조 제7항에 농업경영체등록확인서를 제출하도록 규정한 것을 법인세 감면을 신청한 법인이 영농조합법인의 요건을 갖추고 있는지 여부를 쉽게 확인하기 위하여 협조의무를 부과한 것으로 해석․적용하여야 한다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조특법 제66조 제1항에서 감면대상법인을 농어업경영체법에 따른 영농조합법인이라고 규정하고 있을 뿐, 농어업경영체 등록을 한 영농조합법인이라고 규정하고 있지 아니하므로 농어업경영체 미등록 및 등록확인서 미제출을 이유로 영농조합법인에 대한 법인세 면제의 적용을 배제한 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결, 같은 뜻임)할 것인바, 조특법 제66조 제1항 및 제7항과 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제63조 제1항에서 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체육성법에 따른 농어업경영체 등록확인서 등을 제출하도록 명확히 규정하고 있는 점, 농어업경영체육성법 제4조 제1항에서 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농업경영체는 농업경영정보를 등록하여야 한다고 규정하고 있는바, 농어업경영체 등록은 융자ㆍ보조금의 지원 등을 위한 것일 뿐 아니라, 이에 대한 등록 확인서가 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 동시에 제출하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 달리 감면요건의 충족 여부를 확인하기 위한 것이므로 조세지원 측면에서도 혜택을 부여하기 위한 전제조건으로 보이는 점, 실제 청구법인이 2017.11.17. 농어업경영체로 등록을 하였고, 이 건 과세는 그 이전 사업연도를 대상으로 하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 영농조합법인에 대한 법인세 면제의 적용을 배제하고 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.