쟁점법인세와 관련한 부과처분이 중복조사에 해당하는지 및 쟁점배당 관련 쟁점법인세에 대해 개정규정을 적용하여야 하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 네덜란드법인인 OOO의 100% 자회사로 2008.3.24. 반도체 제조장비의 유지, 보수, 업그레이딩 등과 관련하여 기획재정부장관으로부터 조세감면 결정을 통보받았다.
• 나. 청구법인은 2013.2.28. OOO에 OOO억원을 중간배당(이하 “쟁점배당”이라 한다)하였고, 2013.3.11. 쟁점배당의 원천을 감면사업과 비감면사업으로 구분하여 법인세 OOO원(이하 “쟁점법인세”라 한다)을 원천징수하여 신고․납부하였다.
• 다. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.9.6. 쟁점배당금과 관련한 쟁점법인세 계산이 적정한지 여부를 검토하기 위하여 청구법인에게 쟁점배당과 관련한 해명자료의 제출을 안내(이하 “2017년 해명안내”라 한다)하였다.
• 라. 처분청은 2018.2.5. 청구법인이 쟁점법인세 계산시 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제116조의2 개정규정 및 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제70호 의4 서식에 의하지 아니함으로써 쟁점배당 관련 원천세를 과소신고한 것으로 보아 청구법인에게 OOO원을 경정․고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 조사청은 2014년 2011～2012사업연도에 대해 법인제세 통합조사(이하 "2014년 조사"라 한다)를 실시하면서 청구법인의 2013년 쟁점배당 관련 조사를 실시하였음에도 불구하고, 2017년 재차 해명안내로 이사회 의사록 등 이 사건 부과처분을 위하여 필요한 자료들을 청구법인에게 요구하여 중복조사를 실시하였다. (가) 조사청은 2014년 조사를 진행하던 중 그 조사범위를 2009～2010 및 2013사업연도까지 확대하였고, 조사범위 확대 통지서의 별지를 보면, 청구법인의 2013사업연도에 대한 외국인투자 감면 부분이 조사대상에 포함되어 있었음을 명확하게 알 수 있다. 청구법인은 조사청의 2014년 조사시 자료 제출요구에 대해 쟁점배당에 대한 감면대상세액 계산자료를 포함한 일체의 자료를 제출하였고, 조사청은 2014년 조사에서 청구법인의 쟁점배당과 관련하여 질문․검사권을 행사하였으며, 2017년 해명안내까지 3년 동안이나 쟁점배당에 대한 쟁점법인세 감면세액 계산 등에 대해 아무런 문제제기를 하지 않았다. (나) 조사청은 2017.9.6. 쟁점배당금에 대한 쟁점법인세의 계산이 적정한지 여부에 대한 검토가 필요하다는 이유로 계산의 근거자료 등을 요청하였고, 청구법인은 쟁점배당을 주주에게 지급하기로 결의한 2013.2.20. 이사회 의사록, 원천징수 영수증, 청구법인이 계산한 세액 산정내역 등 다수의 자료를 조사청에 제출하였다. 조사청은 청구법인으로터 제출받은 이사회 의사록, 원천징수 영수증, 청구법인이 계산한 세액 산정내역 등 다수의 자료를 토대로 2018.2.5. 청구법인에게 이 사건 부과처분을 하도록 하면서, 스스로 위법한 중복조사의 가능성이 있을 수 있다고 보아 과세사실판단 자문위원회를 거치지 않았다. (다) 세무조사 과정에서는 필연적으로 납세자에 대한 권리침해가 발생할 수 있는바, ｢국세기본법｣ 제81조의4 제2항 은 세무조사의 남용을 방지하기 위하여 원칙적으로 동일한 세목 및 동일한 과세기간에 대한 재조사를 금지하도록 규정하고 있다. 법원은 위와 같이 중복조사를 금지하는 입법취지에 관하여 "반복적인 세무조사를 허용하게 되면 납세자의 영업의 자유, 프라이버시를 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험도 있어 과세관청에 의한 세무조사의 남용을 방지함에 있다"(대구고등법원 2010.8.13. 선고 2009누2291 판결, 서울행정법원 2008.12.18. 선고 2007구합47169 판결 등)고 보고, 최근 위법한 세무조사 절차에 대하여 적극적인 사법적 통제를 하고 있다. (라) ｢국세기본법｣의 입법취지와 대법원 판결의 일관된 입장에 따르면 어느 세목의 동일 과세기간에 대하여 ‘다른 항목’을 재차 조사하는 경우에도 과세관청이 특별한 사정을 입증하지 못하는 경우 중복조사에 해당한다고 보아야 할 것인바, 쟁점배당에 대한 2017년 해명안내는 2014년에 이미 조사한 내용과 동일 세목, 동일 과세기간에 대하여 동일 항목을 대상으로 한 중복조사에 해당함이 명백하고, 이미 세무조사가 이루어진 특정 세목 및 특정 과세기간에 대하여 재조사가 이루어져 위법하고, 그 결과인 이 사건 부과처분도 위법하다. (마) 2017년 해명안내는 중복 세무조사가 허용되는 예외사유가 전혀 존재하지 아니할 뿐만 아니라, 조사청이 제시한 대법원 판결은 이 사건과 전혀 사실관계가 다른 내용으로 참고가 될 수 없다. ｢국세기본법｣ 제81조의4 제2항 각호 및 동 시행령 제63조의2는 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, 심사청구, 이의신청, 심판청구 처분 결정에 따른 재조사를 하는 경우, 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우, 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우, 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우를 중복조사가 허용되는 예외사유로 규정하고 있는데, 이 사건에서는 그러한 사유가 전혀 존재하지 아니한다. (바) 조사청은 청구법인에 대하여 단순히 세액계산자료를 제출하도록 요구한 것이 아니라 "해명자료"를 제출하도록 요구하였고, 쟁점배당금의 지급을 결의한 "이사회 의사록"을 제출하도록 요구하였으며, 그에 따른 청구법인의 "세액 산정내역"을 제출하도록 요구하였다. 이는 과세관청이 과세 내용의 결정 및 과세 근거 확보를 위하여 ｢법인세법｣에서 부여된 질문검사권을 행사한 것이지, 아무런 조사 없이 단순히 세액을 경정한 것이라 보기 어렵다. 특히 이사회 의사록의 경우, 쟁점배당의 지급이 언제 결정되었는지, 그에 따라 주주에게 배당금이 언제 지급되는 것인지를 확인할 수 있는 자료로서 이 사건에서 중요한 과세근거가 될 수 있는 것이다. 따라서 2017년 해명안내에서 이사회 의사록 등의 제출을 요구한 것만 보더라도 조사청이 과연 단순히 세액을 경정한 것이 아니라 질문․검사권을 행사한 것임은 명확한 것이다. (사) 결국, 조사청의 청구법인에 대한 2017년 해명안내는 과세근거 및 세액을 산정하기 위한 ｢국세기본법｣ 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당하는 것이지, 단순히 세액만을 경정한 것이라는 처분청의 주장은 아무런 근거가 없다. 따라서 처분청의 이 사건 부과처분은 위법한 중복조사에 기초하여 이루어진 것으로 위법하다.

(2) 청구법인은 2013사업연도 이전 발생한 배당가능소득 중 OOO억원을 2013.2.20. 중간배당 결의를 거쳐 2013.2.28. 지급한 것이고, 청구법인의 사업이 감면사업과 비감면사업으로 구성되어 있으므로 중간배당 관련 원천징수 법인세액에 대한 감면세액을 계산하기 위해 배당소득을 감면사업과 비감면사업으로 구분하고 또한 발생연도도 구분할 필요가 있었다. 구체적으로 청구법인은 배당소득에 대한 감면세액을 계산함에 있어 배당가능소득이 발생했을 당시 유효했던 국세청 예규(서면 인터넷방문상담2팀-1070, 2006.6.13.)를 적용하여 계산하였다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점법인세 신고시 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제70호 의4 서식을 작성하여 제출하여야 하나, 이를 누락하여 법인세 신고에 오류가 발생하였고, 그에 따라 조사청은 청구법인에게 2017 해명안내문을 발송하여 쟁점서식의 제출 및 세액계산의 적정여부에 대한 검토요구를 한 것으로 이는 ｢법인세법｣ 제60조 제6항 의 신고 오류에 대한 보정 요구로 세무조사에 해당하지 아니한다. 이와 같이 세액계산의 단순 착오를 경정하는 것은 당초 처분의 오류를 경정하는 것으로 대법원 2011.1.27. 선고 2010두6083 판결 및 대법원 2017.2.23. 선고 2016두60256 판결과 같이 중복조사에 해당하지 아니한다.

(2) 청구법인은 쟁점배당 관련 규정의 개정에 따른 시행일 이전에 발생한 소득에 대해서는 시행일 이후 배당을 지급하더라도 소득 발생 당시 유효한 예규에 따라 감면세액을 계산하여야 하여야 한다고 주장하나, 2013.2.15. ｢조세특례제한법 시행령｣ 개정시 부칙 제15조에서 이 영 시행 후 배당이나 분배를 받는 분부터 개정 규정을 적용하는 것으로 되어 있고, 2013.2.23. ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 개정시 부칙 제4조에서 서식에 관한 개정규정은 이 규칙 시행 후 신고하거나 제출하는 분부터 적용하는 것으로 되어 있다. 청구법인은 쟁점배당금 지급시 과거 예규(서면인터넷방문상담2팀-1070, 2006.6.13.)가 유효하다고 주장하나, 해당 예규는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 개정 전의 것으로서 쟁점배당금 지급시에는 유효한 예규로 볼 수 없고, 쟁점배당금은 관련 규정 및 서식 시행일 이후인 2013.2.28.에 지급하였고, 2013.3.11. 신고한 쟁점배당금에 대하여는 관련 서식에 따라 세액을 계산하여야 한다.

• 가. 쟁점

① 쟁점법인세와 관련하여 2014년 조사 후, 2017년 해명자료 제출안내를 통한 부과처분이 중복조사에 해당하는지 여부

② 쟁점배당(2013.2.28.) 관련 쟁점법인세에 대해 개정규정(조특법 시행령 제116조의2 제13항)을 적용하여야 하는지 여부

• 나. 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 조세특례제한법 제121조의2【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】③ 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제5호 에 따른 외국투자가(이하 이 장에서 "외국투자가"라 한다)가 취득한 주식 또는 출자지분(이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)에서 생기는 배당금 또는 분배금(이하 이 조에서 "배당금 등"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 외국인투자기업의 각 과세연도의 소득에 대하여 그 기업이 제1항에 따라 법인세 또는 소득세 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득의 비율에 따라 감면하되, 제2항에 따라 법인세 또는 소득세의 감면대상세액의 전액이 감면되는 동안은 세액의 전액을, 법인세 또는 소득세 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 동안은 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2013.1.1> (3) 조세특례제한법 시행령 제116조의2(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것)【조세감면의 기준 등】⑬ 제11항의 규정에 의한 주식의 직접 또는 간접소유비율은 법 제121조의2 내지 제121조의4의 규정에 의하여 조세감면 또는 조세면제의 대상이 되는 당해 조세의 납세의무 성립일을 기준으로 산출한다. 제116조의2(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 것)【조세감면의 기준 등】⑬ 법 제121조의2 제3항에 따른 외국투자가의 배당금등에 대한 법인세 또는 소득세의 감면액은 해당 외국인투자기업의 각 과세연도 소득 중 감면대상사업에서 발생한 소득의 비율에 따른 배당금등에 대한 법인세 또는 소득세에 해당 과세연도의 감면율을 곱하여 계산된 금액으로 하되, 조세조약에 따른 제한세율이 적용되는 외국투자가의 경우에는 감면을 적용한 후의 전체 배당금등에 대한 법인세 또는 소득세와 국제조세조정에 관한 법률 제29조 에 따라 전체 배당금등에 대하여 제한세율을 적용하여 계산한 법인세 또는 소득세 중 적은 금액을 해당 배당금등에 대하여 납부할 세액으로 한다. 이 경우 감면대상이 되는 배당금 등을 지급하는 외국인투자기업은 법인세법 시행령 제162조의2 또는 소득세법 시행령 제216조의2 에 따른 지급명세서를 제출할 때 기획재정부령으로 정하는 공제감면세액 및 배당소득세 계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2013.2.15> 부칙 <제24368호, 2013.2.15.> 제15조【조세감면의 기준 등에 관한 적용례】 제116조의2 제3항의 개정규정은 이 영 시행 후 외국인투자신고를 하는 분부터 적용하고, 같은 조 제13항 및 제15항의 개정규정은 이 영 시행 후 배당이나 분배를 받는 분부터 적용한다. (4) 조세특례제한법 시행규칙 제61조【서식 등】① 세액감면신청 등에 관한 서식은 다음 각 호에 의한다. 71의4. 영 제116조의2 제13항에 따른 공제감면세액 및 배당소득세 계산서: 별지 제70호의4 서식<2013.2.23. 신설> 부칙 <제322호, 2013.2.23.> 제4조(서식에 관한 적용례) 서식에 관한 개정규정은 이 규칙 시행 후 신고하거나 제출 또는 통지하는 분부터 적용한다. 다만, 별지 제104호의 서식은 2014년 1월 1일 이후 제출하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 조사청이 2014년 조사시 청구법인에게 한 조사범위확대(2013사업연도 포함) 통지 및 자료제출 요구의 주요내용은 다음 <표2> 및 <표3>과 같다. <표2> 조사범위 확대통지 주요내용 당초 확대 확대 사유 확대 범위 2011～ 2012 사업연도 2009사업연도 특정항목의 명백한 세금탈루 혐의가 다른 과세기간으로 연결 외국인 투자감면, 부품비 및 기타서비스정상가격 조정, 급여 등 2010사업연도 2013사업연도 <표3> 자료제출 요구 주요내용 제목 제출기한 자료제출요구 명세 장부․서류 등 자료제출 요구 2014.9.19.

○ 고도기술 감면관련 산업지원 서비스 감면소득 계산의 감면 및 비감면 소득구분 계산근거

• 사업장별, 부문별, 거래유형별 구분

• 거래 최초시점부터 최종시점까지의 매출흐름을 알 수 있도록 위 거래유형별 각 샘플 (나) 조사청은 2017.9.6. 청구법인에게 쟁점배당 관련 쟁점법인세 계산의 적정여부에 대한 검토가 필요하다는 취지로 ‘외국인투자가 배당세액 감면 관련 해명자료 제출 안내’라는 자료를 발송하였다. (다) 청구법인은 쟁점배당금과 관련하여 배당가능소득이 발생했을 당시 다음의 국세청 예규를 적용하여 다음 <표4>와 같이 쟁점법인세를 계산하였다. <서면 인터넷방문상담2팀-1070, 2006.6.13.>

○ (질의내용) 수차례의 조세특례제한법 감면대상 유상증자에 의거, 100％ 감면대상소득과 50％ 감면대상소득이 혼재된 사업연도의 소득을 배당함에 있어, 각 감면배당금별로 산출된 국내 세법상 원천세액과 조세협약상 제한세율을 비교하여야 하는지, 당해 사업연도 전체의 소득에 대하여 세법상 원천 세액을 산출한 후에 이를 조세협약에 의한 원천세액과 비교하여야 하는지

○ (회신내용) 국내 고정사업장이 없는 외국인투자가가 조세특례제한법 제121조 의 2의 규정에 의하여 감면사업을 영위하는 외국인 투자법인으로부터 배당금을 수취시 원천징수할 금액은 같은 법 같은 조 제3항의 감면율(100％, 50％)이 상이하게 적용되는 배당액 별로 감면 후의 세액과 조세협약상 제한세율을 적용한 세액 중 적은 금액을 원천징수하는 것임. <표4> 쟁점법인세 산출액 OOO백만원(OOO백만원+OOO백만원) (단위: 백만원) * 청구법인은 종전 예규대로 감면․비감면으로 구분하여 감면분은 감면된 세액, 비감면분은 비감면분을 제한세율에 의한 세액으로 각각 계산 (라) 조사청은 개정된 시행령에 따라 다음 <표5>와 같이 전체금액을 기준으로 쟁점법인세를 계산하였다. <표5> 쟁점법인세 산출액 OOO백만원(Min(㉠, ㉡))

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대해 살피건대, 청구법인은 2017년 해명안내가 중복 세무조사에 해당한다는 주장이나, 중복 세무조사 금지원칙은 목적, 대면, 장소, 기간행위, 인과요건 등이 요구되는바, 처분청은 2017년 해명안내를 통해 이러한 요건 및 절차를 진행한 것이 아니라 단순히 청구법인에게 쟁점배당과 관련한 서류만을 요청하여 과세 여부를 결정한 것으로 보이는 점(서울행정법원 2017.9.21. 선고 2017 구합 65456 판결, 같은 뜻임), 2017년 해명안내는 법인세법제122조의 규정에 따른 법인세 신고내용의 적정여부를 확인하기 위한 사후검증으로서 특정항목인 쟁점배당과 관련한 질문 및 소명에 대한 것에 불과한 점 등에 비추어 청구법인이 2017년 해명안내가 중복 세무조사에 해당한다는 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점배당과 관련한 쟁점법인세의 원천징수 금액을 계산함에 있어 배당가능소득이 발생했을 당시 유효했던 국세청 예규(서면 인터넷방문상담2팀-1070, 2006.6.13.)를 적용한 것이 타당하다는 주장이나, 2013.2.15. ｢조세특례제한법 시행령｣ 개정시 부칙 제15조에서 이 영 시행 후 배당이나 분배를 받는 분부터 개정 규정을 적용하는 것으로 되어 있고, 2013.2.23. ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 개정시 부칙 제4조에서 서식에 관한 개정규정은 이 규칙 시행 후 신고하거나 제출하는 분부터 적용하는 것으로 되어 있는 점, 청구법인이 제시한 예규(서면인터넷방문상담2팀-1070, 2006.6.13.)는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 개정 전의 것으로서 쟁점배당금 지급시에는 유효한 예규로 볼 수 없고, 쟁점배당금은 관련 규정 및 서식 시행일(2013.2.23.) 이후인 2013.2.28.에 지급한 점 등에 비추어 쟁점배당과 관련한 쟁점법인세의 원천징수 금액 계산이 정당하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.