쟁청구법인이 납입한 확정기여형 퇴직연금보험료가 조특법 제10조의 세액공제 대상인 연구?인력개발비에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 반도체, 집적회로 제조업을 영위하는 중소기업으로 2018.3.21. 청구법인이 2012사업연도부터 2016사업연도까지 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따른 청구법인 기업부설연구소의 연구요원에 대하여 납입한 확정기여형 퇴직연금보험료 합계 OOO원(이하 “쟁점퇴직연금보험료”라 한다)이 조세특례제한법 제10조 의 세액공제 대상인 연구․인력개발비에 해당하는 것으로 보아 법인세 합계 OOO원의 감액 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2018.3.26. ‘내국법인이 연구업무에 종사하는 연구요원의 퇴직급여를 지급하기 위하여 납입하는 확정기여형 퇴직연금보험료는 조세특례제한법 시행령 별표 6에 따라 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 아니한다’는 이유로 위 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 대법원은 확정기여형 퇴직연금보험료 납입액을 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비로 인정하였고(대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결), 선결정례(조심 2016광1337, 2016.12.16.)도 확정기여형 퇴직연금보험료 납입액과 차이가 없는 국민연금 사용자부담금을 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비로 인정하였으므로 청구법인이 연구소 연구요원을 대상으로 지출한 확정기여형 퇴직연금보험료 납입액을 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비로 인정하여 처분청의 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다. 대법원 판례는 법률적으로 법원성이 인정되지 않지만 유사사건의 하급심 판결 및 행정심판에 원용되고 있는바, 현실적․실질적 측면에서 법원성이 인정되므로 이 건에서 위 대법원 판례는 존중되어야 한다. 선결정례에서 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비로 인정한 국민연금 사용자부담금은 사용자 입장에서 보면 확정기여형 퇴직연금 보험료 납입액과 ⅰ) 부담액의 산정방법, ⅱ)부담 목적과 의무, ⅲ)부담액의 운용책임 측면, ⅳ) 추후 부과체계 등에서 차이가 없다. 따라서, 확정기여형 퇴직연금보험료 납입액은 국민연금 사용자 부담금과 같이 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비로 인정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 제시한 대법원 판례는 조세특례제한법 시행령이 2012.2.2. 개정되기 전 사업연도가 2007～2010년인 사안으로 2012.2.2. 개정되기 전 조세특례제한법 시행령 별표 6에는 세액공제 대상 인건비에 대하여 법령상 명시적 규정이 없어 국가가 패소하였고, 조세특례제한법 시행령 별표 6은 2012.2.2. 개정된 후 소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액은 세액공제 대상 인건비에서 제외됨을 명문으로 규정하였다. 또한, 과세관청은 조세특례제한법 시행령 개정 전에도 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1에 의하여 퇴직소득에 해당하는 금액은 세액공제 대상 인건비에서 제외하여 왔다. 연구․인력개발비 세액공제 제도는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적이 있으므로 해당 사업연도 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것이나, 확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점, 근로자퇴직급여 보장법 및 같은 법 시행령은 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도에 인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하여 규정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점퇴직연금보험료를 해당 사업연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 보기 어렵다. 또한, 근로자퇴직급여 보장법에 의하면, 퇴직급여제도로 확정기여형 퇴직연금제도, 확정급여형 퇴직연금제도 및 퇴직금제도 중 어느 제도를 설정할지는 사용자의 선택에 맡겨져 있는데, 사용자가 확정급여형 퇴직연금제도 또는 퇴직금제도를 설정할 경우 퇴직금, 퇴직급여충당금, 중간정산퇴직금은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니하므로 확정기여형 퇴직연금보험료만 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함된다고 본다면, 사용자의 퇴직급여 제도 선택에 따라 세액공제 여부가 달라지게 되고, 그와 같은 차이를 인정할 특별한 사정이 없다. 한편, 퇴직연금 보험료는 관련 근거 법령, 제도의 취지, 퇴직연금제도의 다양성 등으로 볼 때 국민연금 보험료와 같은 인건비에 해당한다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 납입한 확정기여형 퇴직연금보험료가 조세특례제한법 제10조 의 세액공제 대상인 연구․인력개발비에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 기업부설연구소는 2015.6.1. 기초연구진흥 및 기술 개발지원에 관한 법률 제14조, 같은 법 시행령 제16조 제1항 및 제27조 제1항에 따라 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정받았다(최초 인정일: 2000.7.21.). (나) 청 구법인의 법인세 확정신고시 사업연도별 연구․인력개발비 세액공제 신청내역은 아래 <표2>와 같다. (다) 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1 제1항 제1호는 조세특례제한법 시행령 별표 6의 인건비에 대하여 ‘명칭 여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며, 소득세법 제22조 의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다’고 규정하여 왔고, 조세특례제한법 시행령 별표 6은 2012.2.2. 위 통칙에 규정된 인건비의 범위를 시행령에서 직접 규정하도록 개정되었다(기획재정부, 2011 간추린 개정세법).

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 청구법인 기업부설연구소의 연구요원에 대하여 납입한 확정기여형 퇴직연금보험료인 쟁점퇴직연금보험료가 조세특례제한법 제10조 의 세액공제 대상인 연구․인력개발비에 해당한다고 주장하나, 2012.2.2. 개정된 조세특례제한법 시행령별표 6 제1호 가목 1) 괄호 부분은 조세특례제한법 제10조 의 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(인건비)에서 “ 소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 법인세법 제33조 에 따른 퇴직급여충당금은 제외한다”고 규정한 점, 청구법인이 자신의 기업부설연구소 연구요원에 대하여 납입한 확정기여형 퇴직연금보험료인 쟁점퇴직연금보험료는 법인이 사용인 등의 퇴직급여에 충당하기 위하여 적립한 퇴직급여충당금과 그 성질이 유사한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.