중소기업기본법에는 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 중소기업 유예기간의 적용대상자가 아닌 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
중소기업기본법에는 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 중소기업 유예기간의 적용대상자가 아닌 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
〇〇〇세무서장이 청구인에게 한 법인세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 대법원은 “이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 않아 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다”(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 같은 뜻임)라고 판시하고 있다. 또한, 조세심판원 선결정례(조심 2016중3474, 2018.1.11.)도 “유예기간 중에 있는 기업이 중소기업기본법 제3조 제2호 에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어렵다”고 판단한 것으로 보아 이 건 경정청구 거부는 부당하다.
(2) 관계기업이 속하는 기업의 경우에는 중소기업기본법 시행령 제7조의4 에 따라 산정한 상시 근로자 수가 1,000명 미만, 자기자본이 1,000억원 미만, 매출액이 1,000억원 미만, 자산총액이 5,000억원 미만이어야 이를 중소기업으로 볼 수 있고, 중소기업기본법 시행령 제3조의2 에 따르면 지배기업이 단독으로 또는 친족과 합산하여 직전 사업연도 말일 현재 종속기업의 주식 등을 30%이상 소유하면서 최다출자자인 경우 상호간에 지배 또는 종속의 관계가 성립하여 관계기업에 속하게 된다.
(3) 청구법인은 〇〇〇〇사업연도부터 종속기업의 주식 등을 100%이상 소유하면서 최다출자자이므로 중소기업기본법 시행령 제2조 및 제3조에 의거 관계기업에 해당하고, 매출액이 〇〇〇〇사업연도부터 1천억원 이상으로 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 의 실질적 독립성 요건을 충족하지 아니한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 각 호 외의 부분 단서가 규정하고 있는 중소기업 제외요건에 해당하거나 같은 법 제1항 제1호의 중소기업 규모기준에 해당하지 않게 된 경우에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 규정하면서, 단서에서 제1항 제3호의 실질적 독립성의 요건을 충족하지 못하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있어 조세특례제한법 시행령의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 유예기간 적용이 배제됨은 명백하다.
(5) 2015.2.3. 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 (유예기간규정)을 개정하여 관계기업기준에 따라 독립성을 위배한 경우에도 유예기간을 적용받을 수 있도록 하였으나 그 적용시기는 2015.1.1.이후 최초로 그 사유가 발생한 경우부터 적용하도록 하였을 뿐, 청구법인과 같이 유예기간을 적용받던 기업이 유예기간 중 관계기업 기준을 위배한 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터는 유예기간을 적용하지 않는 것이다.
(1) 청구법인은 <표1>과 같이 〇〇〇〇년 최초로 매출액이 1,000억원을 초과하게 됨에 따라 〇〇〇〇년부터 〇〇〇〇년까지 중소기업 유예기간을 적용받았다.
(2) 청구법인의 〇〇〇〇∼〇〇〇〇사업연도 연구인력개발비세액공제액 및 세액공제율은 <표2>와 같다.
(3) 처분청은 청구법인에게 경정청구 처리 결과를 통지하였으며 청구법인이 경정청구한 〇〇〇〇∼〇〇〇〇 사업연도의 연구인력개발비 세액공제율은 <표3>과 같다. (4) 중소기업기본법 시행령 (2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부개정된 것) 제3조 제2호 다목 및 2012.1.1. 시행된 조세특례제한법 시행령 (2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부개정된 것) 제2조제1항제3호(실질적 독립성 기준)개정내용은 <별지1> 기재내용과 같다.
(5) 청구법인은 〇〇〇〇년 이전부터 ㈜〇〇〇〇를 100% 소유하고 있어 중소기업기본법 시행령 제4조의4 및 별표2에 따른 실질적 지배관계에 있으므로 “관계기업”에 해당하고 〇〇〇〇년을 기준으로 관계기업 매출액이 〇〇〇원이라 중소기업 기준인 1,000억원을 초과한 것으로 나타난다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 시행령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 중소기업 유예기간 적용대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 중소기업기본법에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제9조 제1호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 같은 조 제3호는 ‘중소기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902, 대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 청구법인이 중소기업 유예기간의 적용대상자가 아닌 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 시행령 등
(1) 구 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제2조 (중소기업의 범위) ① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수・폐기물 처리(재활용을 포함한다)・원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상・오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍・시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수・자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수・자기자본・자본금・매출액・자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.
(2) 구 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ➀ (생략)
중소기업기본법 시행령 제3조제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제2호다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행령 부칙(2010.12.30.) 제1조 (시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, (중략) 제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.
(4) 구 조세특례제한법 시행규칙(2013.2.23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것) 제2조 (중소기업의 범위) ② 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 상시 사용하는 종업원수는 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원, 소득세법 시행령 제20조 에 따른 일용근로자, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조제1항제2호 에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원 및 근로기준법 제2조제1항제8호 에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.
③ 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표(이하 이 조에서 "대차대조표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다.
④ 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업・분할・합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.
⑤ 영 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 대차대조표상의 자산총액으로 한다.
⑥ 영 제2조제1항제1호에 따른 자본금은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조제15항제3호 에 따른 주권상장법인과 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업의 경우에는 대차대조표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액
2. 제1호 외의 기업인 경우에는 대차대조표상의 자본금과 대차대조표상의 자산에서 부채를 차감한 금액중 큰 금액
⑦ 영 제2조제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조제2항 을 준용한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.