연구인력에 대한 쟁점퇴직연금보험료를 연구?인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거분한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)․OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)․주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 및 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 하며, 위 4개 법인을 통틀어 “청구법인들”이라 한다)는 상호 지배․종속관계회사 1) 로서 2012～2016사업연도 법인세 신고시 기업부설연구소의 연구인력에 대한 확정기여형 퇴직연금 1) 보험료(이하 “쟁점퇴직연금보험료”라 한다) 지급액을 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외하고 신고하였다가, 쟁점퇴직연금보험료는 연구․인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당한다는 대법원 판례(2017.5.30. 선고 2016두63200 판결)에 따라 쟁점퇴직연금보험료에 해당하는 연구․인력개발비 세액공제를 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 ‘쟁점퇴직연금보험료는 조세특례제한법 시행령별표6에 따라 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 아니한다’는 이유로 2018.1.12., 2018.1.18. 이를 각 거부하였다.
• 다. 청구법인들은 이에 불복하여 2018.4.11., 2018.4.13. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인들 주장

(1) 대법원(2017.5.30. 선고 2016두63200 판결)은 ① 확정기여형 퇴직연금은 연구소 직원들에게 근로의 대가로 유상으로 지급되는 인건비에 해당하고, 세액공제 적용대상 인건비에서 이를 제외하는 규정을 두고 있지 아니한 점, ② 확정기여형 퇴직연금은 지출과 동시에 피용자에게 확정적으로 귀속되는 것이므로, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응되는 비용으로 볼 수 있는 점, ③ 확정기여형 퇴직연금은 실제로 지출되고 지출시마다 회사의 비용으로 회계처리되고, 과세연도별 및 대상근로자별로 그 지출액을 특정할 수 있는 점, ④ 퇴직급여충당금을 세액공제 적용대상 인건비에서 제외하는 규정을 추가하면서, 확정기여형 퇴직연금은 인건비에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점 등을 이유로 확정기여형 퇴직연금보험료 는 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당한다고 판시하였는바, 쟁점퇴직연금보험료 납입액은 연구․인력개발비 세액공제 적용대상 인건비로 인정되어야 한다.

(2) 조세심판원은 ‘국민연금보험료 사용자부담금은 소득세법개정에 따라 비과세대상 근로소득에서 제외된 후에도 연구․인력개발비 세액공제 적용대상 인건비에 해당한다’(조심 2016광1337, 2016.12.16.)고 판단하였는바, 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비로 인정되는 국민연금 사용자부담금은 쟁점퇴직연금보험료와 사용자의 입장에서 볼 때, ① 부담액의 산정방법, ② 부담 목적 및 의무, ③ 부담액의 운용책임 측면 등에서 차이가 없다. 따라서 사용자가 납입한 쟁점퇴직연금보험료는 국민연금 사용자부담금과 동일하게 연구․인력개발비 세액공제 적용대상 인건비로 인정되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 확정기여형 퇴직연금제도는 근로자퇴직급여 보장법에 따른 퇴직급여 제도로서, 사용자가 부담하는 쟁점퇴직연금보험료는 근로자의 퇴직소득을 구성하며 근로자의 현실적인 퇴직을 그 원인으로 하여 지급되는 금액인바, 일반적인 급여와는 달리 근로자의 현실적인 퇴직에 따른 지급액은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어렵다.

(2) 2012.2.2. 조세특례제한법 시행령별표 6 개정시 연구개발비에 해당하는 인건비에서 소득세법제22조에 따른 ‘퇴직소득에 해당하는 금액’과 법인세법제33조에 따른 ‘퇴직급여충당금’을 제외하였고, 위 시행령 개정 이전에도 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1에서 ‘퇴직소득’과 ‘퇴직급여충당금’을 인건비에서 제외하는 것으로 규정하고 있었던 바, 퇴직소득에 해당하는 금액은 연구개발비 중 인건비에 포함되지 아니하는 것으로 일관되게 규정하고 있으며, 조세특례제한법은 일반세법과는 달리 조세정책 지원을 목적으로 한 법률로서 광범위한 해석은 조세정책 목적에 반할 여지가 있으므로 보다 엄격한 해석이 요구되는바, 처분청이 쟁점퇴직연금보험료를 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인들의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 연구인력에 대한 쟁점퇴직연금보험료를 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 OOO은 1980.5.13. 산업용 계측기의 제조, 판매 등을 주된 사업으로 설립된 주권상장법인으로 1987.12.1. OOO으로부터 기업부설연구소 인정서를 받았고, 청구법인 OOO는 1989.3.18. 정밀계측기기의 제조․판매 등을 주된 사업으로 설립된 비상장법인으로 2002.10.18. OOO으로부터 연구개발전담부서 인정서를 받았으며, 청구법인 OOO은 2013.1.3. 원자력 및 화력발전소의 계측제어설비 정비용역 등을 주된 사업으로 설립된 비상장법인으로 2009.7.7. OOO으로부터 기업부설연구소 인정서를 받았으며, 청구법인 OOO는 1989.6.9. OOO의 계측센서 및 제어장치 전문업체인 OOO와 합작으로 설립되어 계측 및 제어 관련기기의 제조․판매 등을 주된 목적사업으로 하는 비상장법인으로 2004.5.20. OOO으로부터 기업부설연구소 인정서를 받았는바, 이후 청구법인들은 각 사업연도 법인세 신 고시 연구인력에 대한 인건비, 재료비 등에 대하여 조세특례제한법제10조에 따른 연구․인력개발비 세액공제를 적용받아 오고 있다.

(2) 청구법인들은 ‘확정기여형 퇴직연금은 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 연구․인력개발비 세액공제대상 인건비에 해당한다’는 대법원 확정판결(대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결)에 따라 연구전담부서에 근무하는 연구원들에 대한 확정기여형 퇴직연금 회사부담액(쟁점퇴직연금보험료)에 대하여 연구․인력개발비 세액공제를 추가로 인정하여 달라는 내용으로 처분청에 경정청구(세부내역은 아래 <표> 참조)를 하였고, 처분청은 2018.1.12., 2018.1.18. 이를 각 거부하였다. <표> 쟁점퇴직연금보험료 및 경정청구 내역

(3) 청구법인들은 국민연금보험료 사용자부담금과 쟁점퇴직연금보험료 사용자부담금은 그 내용상 차이가 없으므로, 국민연금보험료 사용자부담금을 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비로 인정한 심판결정례(조심 2016광1337, 2016.12.16.)와 같이 쟁점퇴직연금보험료 납입액도 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비로 인정되어야 한다고 주장하였다. <표> 쟁점퇴직연금보험료와 국민연금보험료와의 비교

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 시행령별표6의 제1호 가목 1) 괄호에서 인건비 중 소득세법제22조에 따른 퇴직소득, 같은 법 제29조 및 법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금을 연구․인력개발비 세액공제 대상인 인건비에서 제외하도록 규정하고 있고, 소득세법제22조 제1항 제2호에서 사용자부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득을 퇴직소득으로 규정하고 있는 점, 근로자퇴직급여 보장법령상 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도 인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하고 있어 쟁점퇴직연금보험료는 원칙적으로 근로계약이 종료되는 때에 지급하는 퇴직급여의 성격이 있으므로 해당 과세연도의 연구․인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 보기 어려운 점, 확정기여형 퇴직연금을 근로자 퇴직시 일시금 형태로 수령하는 경우 퇴직소득으로, 연금 형태로 수령하는 경우 연금소득으로 각 과세되나, 이는 퇴직금을 재원으로 소득자 입장에서 운영방법에 따라 즉시과세 또는 과세이연 등으로 소득세법상 과세방법을 달리한 것일 뿐, 사용자가 부담한 동일한 퇴직급여에 대하여 소득자의 소득구분에 따라 조세특례제한법상 세액공제를 달리 적용할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점퇴직연금보험료를조세특례제한법제10조 제1항이 정한 연구․인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인들의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018중1626, 2018.6.4. 외 다수, 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 일부개정된 것) 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구․인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구․인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구․인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구․인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구․인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구․인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

③ 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금이 있는 내국인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 연구․인력개발준비금 전액을 익금에 산입한다.

2. 법인이 해산하였을 때. 다만, 합병 또는 분할(분할합병을 포함한다)로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 해당 연구․인력개발준비금을 승계한 때에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항에 따라 연구․인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구․인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대해서는 해당 과세연도 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은 소득세법제76조 또는 법인세법제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육․훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

⑥ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연구․인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다. 제10조【연구․인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구․인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구․인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구․인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구․인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구․인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구․인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구․인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구․인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구․인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구․인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구․인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구․인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사․분석하는 활동

5. 특허권의 신청․보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사․탐사하는 활동

[별표6] 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용

• 가. 자체연구개발 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비(소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금은 제외한다)

2. 전담부서등에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

3. 전담부서등에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조 제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구․시험용 시설의 이용에 필요한 비용 (이 하 생 략) (3) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사․분석하는 활동

5. 특허권의 신청․보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사․탐사하는 활동

[별표6] 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용

• 가. 자체연구개발

① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구․시험용 시설(제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목ⓛ에 규정된 기관의 연구․시험용 시설의 이용에 필요한 비용 (이 하 생 략)

(4) 소득세법 제22조【퇴직소득】① 퇴직소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금

2. 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

② 제1항 제1호에 따른 퇴직소득은 2002년 1월 1일 이후에 납입된 연금 기여금 및 사용자 부담금을 기초로 하거나 2002년 1월 1일 이후 근로의 제공을 기초로 하여 받은 일시금으로 한다. (5) 근로자 퇴직급여 보장법 제17조【급여 종류 및 수급요건 등】① 확정급여형 퇴직연금제도의 급여 종류는 연금 또는 일시금으로 하되, 수급요건은 다음 각 호와 같다.

1. 연금은 55세 이상으로서 가입기간이 10년 이상인 가입자에게 지급할 것. 이 경우 연금의 지급기간은 5년 이상이어야 한다.

2. 일시금은 연금수급 요건을 갖추지 못하거나 일시금 수급을 원하는 가입자에게 지급할 것 제19조【확정기여형 퇴직연금제도의 설정】② 제1항에 따라 확정기여형퇴직연금제도를 설정하는 경우 가입기간에 관하여는 제14조를, 급여의 종류, 수급요건과 급여 지급의 절차·방법에 관하여는 제17조 제1항, 제4항 및 제5항을, 운용현황의 통지에 관하여는 제18조를 준용한다. 이 경우 제14조 제1항 중 “제13조 제3호”는 “제19조 제6호”로, 제17조 제1항 중 “확정급여형 퇴직연금제도”는 “확정기여형 퇴직연금제도”로 본다.