20**사업연도의 조세특례제한법상 관계기업의 판단시점이 직전 사업연도 종료일 기준인지, 당해 사업연도 종료일 기준인지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1997.7.4. 설립되어 OOO 등을 영위하고 있는 법인으로, 2012.1.2. 청구법인으로부터 물적분할되어 설립된 주식회사 OOO를 관계기업에 포함하여 매출액 규모를 판단한 결과 청구법인이 중소기업에 해당하지 아니한 것으로 보아 연구인력개발비 세액공제 및 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하지 아니하고 2012사업연도 법인세를 신고․납부하였다.
• 나. 이 후 청구법인은 2017.11.24. 처분청에 2012사업연도 법인세 신고와 관련하여 직전 사업연도 종료일(2011.12.31.) 기준으로 청구법인이 중소기업에 해당한다고 보아 연구인력개발비 세액공제 및 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용한 2012사업연도 법인세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.1.5. 청구법인이 당해 사업연도 종료일(2012.12.31.) 기준으로 중소기업에 해당하지 아니한다고 보아 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.3.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 2012사업연도 법인세 납세의무 성립일(2012.12.31.) 당시 구 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것)은 ‘관계기업’과 관련하여 해당 법규에 직접 그 의미를 정하지 않은 채 구 중소기업기본법 시행령(2013.10.16. 대통령령 제24799호로 개정되기 전의 것)에서 정한 바를 따르고 있었고, 중소기업기본법 시행령이나 같은 법 시행규칙 역시 ‘관계기업 판단 기준시기’에 관한 아무런 규정도 두고 있지 않았으므로 청구법인과 분할신설법인이 관계기업에 속하는 지는 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호, 제3조의2 제1항 제1호에 따라 판단하여야 하는바, 이에 따라 판단해 보면 분할신설법인은 2012사업연도의 직전 사업연도 말일인 2011.12.31.에 설립되어 있지도 않았으므로 청구법인과 분할신설법인은 2012사업연도에 관계기업이 될 수 없다. 청구법인은 구 OOO에게 2012사업연도 중 물적분할한 분할신설법인과의 지배 또는 종속관계 적용시점에 대하여 서면질의를 하였는바, 구 OOO은 ‘ 중소기업기본법 시행령제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계는 지배기업의 직전 사업연도말 현재 주식의 소유관계를 적용하고, 따라서 2012년도 중 물적분할한 주식의 소유관계는 다음연도의 중소기업 여부 판단시 적용하므로 2011년도 말 현재 지배 또는 종속의 관계가 없고, 중소기업의 범위기준 등 다른 요건을 충족한다면 2012.1.1.부터 2013.3.31.까지는 중소기업에 해당한다’하고 회신한 바 있다OOO. 처분청은 중소기업기본법과 조세특례제한법의 입법취지가 달라 중소기업기본법 적용을 위한 중소기업의 범위와 조세특례제한법 적용을 위한 중소기업의 범위는 차이가 있고, 조세감면 등 조세특례 적용을 위한 경우에는 해당 사업연도 종료일을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하는 것이 그 입법취지에 비추어 합리적이고, 관계기업 해당 여부를 판단하기 위한 지배종속 관계의 판단시점과 관련하여 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제8항 은 확인적 규정(기획재정부 조세특례제도과 2014.1.23. 해석)이라는 의견이나, 2012사업연도 법인세 납세의무 성립일(2012.12.31.) 당시 조세특례제한법 시행령이나 같은 법 시행규칙이 ‘ 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단 기준시기’에 관한 별도의 규정을 두고 있지 않다가, 이후 2014.3.14. 개정된 조세특례제한법 시행규칙이 시행되면서 비로소 관계기업 판단기준이 마련되었는바, 2012사업연도 법인세 납세의무 성립일 이후에 신설된 위 규정은 관계기업의 판단과 관련하여 중소기업기본법 시행령에서 정한 바와 다른 새로운 판단기준을 규정한 것이므로 이는 조세법률주의와 소급과세금지의 원칙에 반하는 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인을 2012사업연도에 중소기업에 해당하지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제8항 은 ‘ 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다’고 명확히 규정하였다. 이는 조세특례제한법상 중소기업에 대한 조세특례의 입법취지가 영세 중소기업에 대하여 세제상 지원을 하여 중소기업을 육성하려는데 있으며, 중소기업 요건 중 독립성 기준 규정을 두어 상호출자제한 기업집단, 대법인 출자기업, 관계기업 등에는 중소기업 특례를 배제함을 그 목적으로 하고 있는 점을 볼 때, 2012사업연도 중 청구법인에서 물적분할하여 신설된 분할신설법인은 분할 사업연도 종료일(2012.12.31.)을 기준으로 관계기업 여부를 판단하여야 한다. 따라서, 2012사업연도 종료일 현재 청구법인과 분할신설법인은 관계기업에 해당하고 청구법인과 분할신설법인의 합산 매출액이 OOO 이상이어서 청구법인을 중소기업이 아닌 법인으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 2012사업연도의 조세특례제한법상 관계기업의 판단시점이 직전 사업연도 종료일(2011.12.31.) 기준인지, 아니면 당해 사업연도 종료일(2012.12.31.) 기준인지
• 나. 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업 -- (중략) -- 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다. (2) 조세특례제한법 시행규칙(2012.12.31. 기획재정부령 제309호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ③ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표(이하 이 조에서 "대차대조표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다.

⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 대차대조표 상의 자산총액으로 한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (4) 조세특례제한법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ⑧ 영 제2조 제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다. 부칙(기획재정부령 제406호, 2014.3.14.) 제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. (5) 중소기업기본법 시행령(2013.10.16. 대통령령 제24799호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계기업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) ①중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

• 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 제3조의2(지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제15항 에 따른 주권상장법인으로서 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2011사업연도까지 조세특례제한법상 중소기업으로서 조세특례를 받았으나, 2012.1.2. 청구법인의 콘텐츠 사업부문이 물적분할되어 분할신설법인이 설립됨에 따라 2012.12.31. 기준으로 분할신설법인의 주식 86.96%를 보유하는 최다출자자로서 2012사업연도말 기준으로 청구법인과 분할신설법인이 관계기업으로 합산한 매출액이 OOO 이상이어서 구 중소기업기본법 시행령(2013.10.16. 대통령령 제24799호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 다목에서 정한 기준을 충족하지 못하였다고 보아 2012사업연도 법인세 신고시 중소기업 특례(중소기업 특별세액 감면과 연구 및 연구개발비 세액공제)를 배제하였다가, 직전 사업연도 종료일(2011.12.31.) 기준으로 분할신설법인 설립 전이어서 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 및 구 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제3호에 따른 중소기업에 해당한다고 보아 중소기업 특례를 적용하여 달라는 경정청구를 2017.11.24. 처분청에 제출하였고, 처분청은 2018.1.5. 이를 거부한 것으로 나타난다.

(2) 기획재정부장관이 발간한 ‘2013년 간추린 개정세법’에 의하면, 중소기업 판단시 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 명확히 하기 위해 조세특례제한법 시행령제2조 제4항을 개정하였다고 그 이유를 밝히고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2014.3.14. 신설된 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제8항 에서 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다고 하고 있으나, 시행규칙 개정 전 사업연도에 있어 관계기업 매출액 산정을 위한 주식보유비율은 중소기업기본법 시행령 관련 규정에 따라 직전사업연도 말일을 기준으로 산정하여야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 2014.2.21.자 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제4항 및 2014.3.14.자 개정된 같은 법 시행규칙 제2조 제8항의 개정(신설) 취지가 조세특례제한법상 관계기업 적용 여부의 판단시점에 대한 명시적 사항이 없어 종전에 예규로 해석해 오던 사항을 명확하게 하기 위해 선언적으로 규정한 것에 불과한 점, 이 건 법인세 납세의무 성립일 당시 적용할 조세특례제한법 시행규칙(2012.12.31. 기획재정부령 제309호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3항 및 제5항에서 중소기업 판정과 관련하여 자기자본 및 자 산총액은 과세연도 종료일 현재 기준으로 판정하도록 규정하고 있 는데, 관계기업 해당 여부 판정시에만 직전 사업연도 종료일로 판 정하게 된다면 모순이 발생하는 점, 중소기업기본법 시행령 제3조의2 제1항 에서 직전 사업연도 말일을 기준으로 지배 또는 종속관계 여부를 판단하도록 하고 있다 하더라도 조세정책적 차원에서 세법에 달리 규정하는 사항이 있다면 이를 우선적으로 적용하는 것이 조세법률주의에 부합하다고 보여지는 점 등에 비추어 처분청이 2012사업연도 종료일을 기준으로 하여 청구법인을 중소기업이 아닌 법인으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.