쟁점토지의 양도가 조특법 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1993.9.11.․1993.9.22.․2007.10.13. 취득한 OOO 외 2필지 전 3,190㎡(이하 “양도토지”라 한다) 를 2015.6.12.․2015.11.12. 수용을 원인으로 양도하고, 2016.6.7. 양도소득세 기한 후 신고를 하면서 조세특례제한법제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세 감면신청(감면세액 OOO원)을 하였다.
• 나. 처분청(2018.4.3. 국세청과 그 소속기관 직제 개정으로 관할 세무서장이 OOO장에서 OOO장으로 변경됨)은 2017.5.22.부터 2017.6.9.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 양도토지를 8년 이상 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 감면을 배제하여 2017.8.10. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.11.1. 이의신청을 거쳐 2018.3.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1983.10.2.․1985.11.1. 양도토지 중 같은 곳 1-1 외 1필지 전 2,449㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였으나, 등기하지 아니하다가 부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법에 따라 잔금지급일인 1983.10.2.․1985.11.1.을 등기원인일로 하여 1993년 9월 소유권이전등기를 하였는바, 쟁점토지의 실제취득일은 등기원인일인 1983.10.2.․1985.11.1.이고, 청구인은 이 때부터 근 30여년을 쟁점토지 인근의 OOO에 거주하며 쟁점토지에서 벼를 경작하였으며, 연로하신 부모님의 병환 등으로 청구인이 직접 쟁점토지를 경작할 수 밖에 없는 상황에서 농업소득으로는 부모님의 병원비를 감당할 수 없어 OOO에 소재한 OOO에서 직장생활을 병행하였는데, 출근시간이 오전 10시이므로 필요시 일찍 일어나 쟁점토지를 경작하였으며, 모내기 등 농번기에 인력이 필요할 때는 이웃주민들의 도움을 받았고, 조합원 가입증명서 및 쌀소득등보전직불금 수급내역, 비료공급확인서 등에서 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점토지를 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 공부상 청구인의 주소지는 1990.1.13.부터 2013.7.4.까지 OOO이나, 청구인은 쟁점토지 보유기간 동안 OOO 일대에서 사업을 하거나 주식회사 OOO에서 근로소득은 얻은 사실이 있는바, 쟁점토지 보유기간 중 2000년부터 2012년까지는 총급여액의 합계액이 연 OOO원을 초과하여 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 에 따라 경작한 기간으로 인정할 수 없고, 쟁점토지 인근 주민들에게 확인한 결과, 청구인은 주민등록주소지에 거주하거나 쟁점토지를 경작한 사실이 없고, 쟁점토지는 청구인의 아버지(2010년 사망)와 형이 관리하고 농작업은 주로 인부를 고용하여 경작한 것으로 조사되었고, 쟁점토지를 직접 경작하였다는 객관적인 증빙이 없는 점 등에 비추어 쟁점토지를 포함한 양도토지를 청구인이 직접 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도가 조세특례제한법제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.1.28. 법률 제13082호로 개정된 것) 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2015.4.20. 대통령령 제26205호로 개정된 것) 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3. 광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구인은 1993.9.11.․1993.9.22. ․2007.10.13. 취득한 양도토지를 2015.6.12.․2015.11.12. 수용을 원인으로 양도하고, 2016.6.7. 양도소득세 기한 후 신고를 하면서 조세특례제한법제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세 감면신청(감면세액 OOO원)을 하였고, 처분청은 2017.5.22.부터 2017.6.9.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 양도토지를 8년 이상 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 감면을 배제하여 2017.8.10. 청구인에게 이 건 처분을 한 것으로 나타난다.

(2) 등기사항전부증명서 등에서 확인되는 양도토지의 취득 및 양도시기, 면적 등은 아래 <표1>과 같다. <표1> 양도토지 등기사항전부증명서 내역

(3) 국세청 전산자료 등에 의하면, 청구인의 소득내역과 사업내역은 아래 <표2>, <표3>과 같은바, 2000년부터 2012년까지는 총급여액이, 2014년은 사업소득금액이 OOO원을 초과하므로 해당 기간은 조세특례제한법 시행령제66조 제14항에 따라 경작한 기간에서 제외되는 것으로 나타난다. <표2> 소득내역 <표3> 사업내역

(4) 청구인 등의 주민등록초본 등에 의하면, 청구인은 1985.12.27.부터 1986.7.1.까지 쟁점토지 인근의 주소지인 OOO에서 약 6개월, 1993.1.13.부터 2013.7.4.까지 약 21년 6개월 거주하였고, 동 주소지는 청구인의 어머니인 OOO이 1968.11.19. 전입한 후 2007.10.31. 사망시까지 거주한 주소지로, 청구인의 형 OOO도 2006.1.31.부터 2013.10.15.까지 전입하여 거주한 것으로 나타나며, 청구인은 1996년 재혼한 후 배우자와 자녀들이 OOO에 거주함에도 별도세대를 유지하다 2013.7.5. OOO로 전입한 후 배우자와 세대합가한 것으로 나타난다.

(5) 처분청의 양도토지에 대한 양도소득세 조사복명서(2017년 6월)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구인의 사업장OOO 또는 직장소재지OOO 및 청구인의 배우자와 자녀들의 주소지OOO를 고려할 때, 청구인이 쟁점토지 인근의 주민등록상 주소지에 거주하였다고 보기 어렵다. (나) 쟁점토지 인근주민들은 청구인이 아버지와 같이 거주하지 아니하고 가끔씩 다녀갔으며, 청구인의 형이 부모와 함께 거주하였고, 청구인의 아버지와 형도 농지경작에 직접 참여하지 아니하고 OOO에서 인부를 고용하여 농사를 지었다고 진술하였으며, 쟁점토지는 2012년경부터 OOO의 일부로 사용되었다고 조사되었는바, 캠핑장 운영자는 청구인을 알지 못하고, 청구인의 형인 OOO이 토지를 관리하며 월세를 받아갔다고 진술하였다.

(6) 청구인의 세부주장 및 제출한 증빙서류의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 연로하신 부모(아버지 OOO: 1922년생, 어머니 OOO: 1921년생)를 모시고 농사와 직장생활을 병행하였는바, 1993년 경부터 OOO(대표자: 청구인의 아버지 OOO, 1993.8.12. 개업, 1995.3.15. 폐업)을 운영하였으나, 경영악화로 폐업을 고려하던 중전에 다니던 주식회사 OOO에서 OOO 오픈을 앞두고 입사를 권유받아 OOO 근무를 약속받고 1994년 9월 재입사하였으며, OOO에 소재한 주식회사 OOO OOO에 근무하며 농업을 병행하던 중 OOO근무와 지방OOO 근무를 하게 되어 큰형 가족이 2006.1.31. 부모님이 거주하는 OOO로 전입하였다. (나) 처분청은 청구인의 아버지가 수차례에 걸쳐 토지를 양도하며 자경감면을 받았다는 의견이나, 청구인도 쟁점토지 인근의 수필지를 소유하며, 2008년에는 일부를 양도하고 자경감면(감면세액: OOO원)을 받거나 2002년 OOO 도로공사에 의한 수용시 토지보상을 아버지와 함께 받고 양도소득세를 신고한 사실이 있다고 주장하며, 양도소득세 납부내역증명서, 손실보상금내역 등을 제출하였다. (다) 청구인은 쟁점토지 인근에 거주하였다고 주장하며 주민등록초본, 어머니 OOO의 주민등록초본을 제출하였다. (라) 청구인의 아버지인 고(故) OOO의 농지원부(최초작성일:1991.2.1.)에 의하면, 농업인은 청구인의 아버지인 “OOO”이라고 되어 있고, 청구인은 세대원으로 등재되어 있으며, OOO은 쟁점토지를 포함하여 34필지를 자경하고 있는 것으로 나타나는바, 청구인의 아버지 및 어머니 소유 토지 외에 나머지 토지는 소유자가 청구인으로 되어 있다. (마) OOO에서 발행한 자료에 의하면, 청구인은 2005년부터 2008년까지 쟁점토지의 쌀소득등보전직접직불금을 수령한 것으로 기재되어 있다. (바) OOO장이 2017.9.14. 발행한 조합원 증명서를 보면, 청구인은 2001.12.28. 조합원으로 가입하였고, 납입출자금액은 OOO원인 것으로 나타난다. (사) OOO에서 2017.9.14. 발행한 조합원비료공급확인서를 보면, 청구인은 2008년부터 2016년까지 총 27포대의 비료를 공급받은 것으로 기재되어 있다. (아) 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다고 주장하며 제시한 사실확인서의 주요내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 사실확인서

(7) OOO에서 촬영한 항공사진과 인터넷 OOO 항공사진 등을 보면, 1995년․2000년에 촬영된 사진에는 쟁점토지가 농지로 이용된 것으로 보이나, 2015년 양도시 농지로 이용되었는지는 명확하지 아니한 것으로 보인다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 제69조 의 취지는 농촌의 균형발전을 지원하기 위해 자경농민에게 조세정책상 특혜를 주는 규정으로 그 특례를 해석함에 있어 엄격하게 해석하여야 할 것이고, 그에 따른 입증책임은 납세의무자에게 있다 할 것이며, 양도소득세를 감면받기 위해서는 농지소유자가 영농에만 전념하는 전업농민이거나 비록 전업농민은 아니라 하더라도 농업 외 타 직업활동이 객관적으로 보아 일시적․부수적 활동이어야 할 것인바, 국세청 전산자료에 의하면, 청구인은 쟁점토지 보유기간에 주식회사 OOO에서 18년 이상 근무하거나 세탁업 등을 영위한 것으로 나타나는 점, 2000년～2012년 및 2014년은 총 급여액과 사업소득금액이 OOO원 이상이므로 이는 경작한 기간에서 제외되는 점, 청구인이 제시한 조합원증명서(2001.12.28. 조합원 가입), 조합원비료공급확인서(2008년～2016년 비료를 공급받음) 등은 대부분 경작한 기간에서 제외되는 기간과 관련된 증빙으로, 쟁점토지를 청구인이 8년 이상 실제 경작하였다고 입증할 만한 증빙으로 보기 어렵고, 사인 간에 작성하여 제출한 자경확인서는 객관적인 증빙으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구인이 쟁점토지를 상시 경작하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 8년 이상 경작하였다고 보기 어려우므로 자경농지에 대한 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.