용도별로 장기보유특별공제율을 합산하는 경우 장기보유특별공제율이 1세대 1주택 최대공제율인 80%를 초과하여 110%까지 산출될 수 있어 불합리한 점 등에 비추어 쟁점부동산의 용도별 보유기간에 따른 장기보유특별공제율을 합산하여야 한다는 청구인들의 주장을 그대로 받아들이기는 어려운 것으로 판단됨
용도별로 장기보유특별공제율을 합산하는 경우 장기보유특별공제율이 1세대 1주택 최대공제율인 80%를 초과하여 110%까지 산출될 수 있어 불합리한 점 등에 비추어 쟁점부동산의 용도별 보유기간에 따른 장기보유특별공제율을 합산하여야 한다는 청구인들의 주장을 그대로 받아들이기는 어려운 것으로 판단됨
심판청구를 기각한다.
(1) 1세대 1주택 고가주택에 대한 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 보유기간은 총 보유기간을 적용하고, 자본적 지출액에 대해서도 필요경비로 인정하여야 한다. (가) 청구인들은 쟁점부동산을 2003.6.14. 취득하고 2014.10.30. 양도하여 쟁점부동산의 총보유기간은 11년 4개월이며, 쟁점부동산 취득 이후 일부 기간은 주택으로, 일부 기간은 상가로 사용하였으나 총보유기간은 10년을 초과함에도 처분청은 쟁점부동산 보유기간 중 주택 보유기간(4년 5개월 27일)만을 보유기간으로 인정하여 장기보유특별공제액을 계산하였다.
1. 장기보유특별공제 제도는 장기간 보유에 따른 소득이 누적되어 과세되는 양도소득세의 부담을 줄여주고, 단기간 보유하고 시세차익을 보려는 부동산 투기수요를 억제하여 국민의 주거안정을 도모하고자 하는 것이 도입취지인 만큼 주택의 양도라 하여 주택 보유기간만을 인정하여 장기보유특별공제액을 계산한 처분은 부당하다.
2. 또한, “노후 등으로 인하여 종전주택을 멸실하고 재건축한 주택으로서 소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 비과세대상에서 제외되는 고가주택을 양도하는 경우 해당 고가주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제액을 계산할 때 소득세법제95조 제2항 표2OOO에 따른 공제율은 종전주택의 부수토지였던 기간을 포함한 보유기간별 공제율을 적용하는 것”이라는 질의회신(기획재정부 재산-34, 2017.1.16.)과 “고율의 장기보유특별공제율이 적용되는 1세대 1주택이 노후 등으로 멸실되어 재건축되는 경우에도 보유기간의 통산을 인정하는 것이 장기보유특별공제 제도의 취지에 부합하는 점 등을 종합하여 보면 이 사건 종전주택과 신축주택의 보유기간을 통산하여 이 사건 토지의 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액을 산정함이 타당하다”는 판례(대법원 2015.4.23. 선고 2014두36921 판결) 등에 비추어 쟁점부동산의 경우 주택과 상가의 보유기간에 따른 각각의 장기보유특별공제율을 합산OOO하여 장기보유특별공제액을 계산하여야 한다. (나) 한편, 처분청은 쟁점부동산의 건물분 필요경비를 계산함에 있어 보유기간 중에 상가로 용도 변경한 것으로 명시하여 양도소득세를 계산하였는바, 상가로 용도변경시 발생한 구조변경공사비 OOO원은 전액 필요경비로 인정되어야 한다. < 예비적 청구 >
(2) 세무공무원의 안내를 받아 신고․납부한 납세자에 대하여 수년간 아무런 연락이 없다가 가산세를 부과한 처분은 부당하다. (가) 청구인들은 양도소득세에 대한 전문지식을 갖고 있지 않았으므로 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 신고하기 전에 관할 과세관청(OOO 및 OOO)을 방문하여 신고할 내용을 자문 받아 신고기한 내에 양도소득세를 신고․납부하였으나, 처분청은 신고 당시에는 아무런 통지가 없다가 2년이 지난 후 신고내용상 하자가 있다 하여 양도소득세 본세와 신고․납부불성실가산세를 부과하였다. (나) 청구인들의 양도소득세를 경정함에 있어 장기보유특별공제액을 처분청의 처분대로 계산하는 것이 타당하다 하더라도, 청구인들이 과세관청의 자문내용을 믿고 적법하게 신고․납부한 행위에는 어떠한 잘못도 없으므로 양도소득세 본세와 함께 부과된 가산세는 취소되어야 한다.
(1) 쟁점부동산의 양도일 현재 건물현황에 따라 장기보유특별공제액을 계산하여야 한다. (가) 청구인들은 2003년 쟁점부동산을 주택으로 취득하였다가 2007년 상가(근린생활시설)로 용도변경하여 사용하였고, 2014년 주택으로 용도를 재변경하여 주택인 상태에서 양도한 점에 대하여는 청구인들도 이견이 없는바, 쟁점부동산은 양도일 현재 ‘주택’이므로 1세대 1주택에 해당하는 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하며, 결국 청구인들이 쟁점부동산을 주택으로 사용한 기간이 4년 5개월에 해당하는 장기보유특별공제율 OOO를 적용하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다. (나) 청구인 OOO는 쟁점부동산(건물분) 보유기간 동안 소요된 자본적 지출액 OOO원 중 건물구조 변경공사비OOO원을 전액 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 동 금액 중 OOO원은 근린생활시설 구조변경공사를 하였다는 관련 계약서, 금융이체내역 등 객관적인 증빙이 없어 실제 지출여부가 불명확하므로 필요경비 부인하였고, 특히 해당 구조변경공사를 하였다는 OOO은 건물구조공사 관련 사업을 영위한 사실이 없음이 국세통합전산망에 의해 확인된다. < 예비적 청구 > (2) 청구인들은 과세관청의 자문을 받아 양도소득세를 신고하였다고 주장하나 언제, 어디서, 누구로부터 자문을 받았는지 등에 대한 구체적인 사실관계는 확인되지 않고, 자문의 범위가 서면질의를 했다는 것인지, 양도소득세 신고서를 세무공무원의 도움을 받아 자신들이 작성했다는 의미인지 아니면 상담만 받았다는 것인지 등 정확한 사실관계를 제시하지 못하고 있으며, 설령 청구인들이 과세관청의 자문을 받았다 하더라도 이는 과세당국의 공적인 견해표명으로 볼 수 없으므로 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 될 수는 없다.
① (주위적 청구) 쟁점부동산에 대한 장기보유특별공제액 계산시 주택 보유기간의 공제율OOO과 상가 보유기간의 공제율OOO을 합산한 공제율OOO을 적용하여야 하고, 건물구조 변경공사비OOO 전액을 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 소득세법(2014.3.18. 법률 제12420호로 개정되기 전의 것) 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.(단서 생략) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 소득세법 시행령(2014.11.19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것) 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액
② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
(3) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 조사청이 OOO에 대한 종합감사를 실시한 내용은 다음과 같은바, 쟁점부동산의 취득가액을 실지거래가액인 OOO원으로 하고, 장기보유특별공제율을 OOO로 적용하도록 처분청에 처분지시 하였다. (나) 이에 따라 처분청은 2017.8.10. 청구인들에게 2014년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(청구인 OOO OOO원, 청구인 OOO OOO원)을 경정․고지하였는바, 쟁점부동산의 양도가액 및 취득가액, 건물의 용도변경사항(주택, 상가) 등에 대하여는 청구인들과 처분청 사이에 다툼이 없다. <표1> 쟁점부동산 양도소득세 신고 및 경정결정 내역 (다) 매매계약서를 보면, 청구인들(매도인)은 2014.9.23. OOO(매수인)에게 쟁점부동산(토지 409.7㎡, 건물 333.52㎡)을 OOO에 매도한 것으로 나타난다. (라) 한편, 쟁점부동산의 자본적 지출액과 관련하여 청구인들의 주장 및 처분청의 의견을 정리하면 아래 <표2>와 같은바, 청구인들은 2007.7.18. 근린생활시설 구조변경공사비로 지출한 OOO원 전액을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장한 반면, 처분청은 동 금액 중 OOO원은 필요경비로 인정(기 반영)하였으나, 나머지 OOO원에 대하여는 청구인들이 거래상대방인 OOO과 OOO의 거래사실확인서(2017.7.18. 작성)만 제시할 뿐 공사대가로 지급한 금융내역이나 관련 계약서 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하므로 필요경비로 인정할 수 없다는 의견이다. <표2> 쟁점부동산의 필요경비 내역 (마) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, OOO의 사업이력은 아래 <표3>과 같이 나타난다. <표3> OOO의 사업이력
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, (가) 장기보유특별공제는 자산의 보유기간이 장기일수록 양도가액이 상승하여 양도소득금액이 과다하게 산정되면 단기보유자의 투기억제를 목적으로 하는 양도소득세의 본질에 배치되므로 일정기간 이상의 장기보유자에게 양도차익에서 보유기간별 일정률의 해당금액을 공제하는 제도인바, 현행 법령상 양도차익은 양도시점을 기준으로 부동산현황에 의하여 과세하는 것이고, 장기보유특별공제는 보유기간에 따라 단일한 일정률을 양도차익에서 공제하는 것이므로 이를 정확히 대응시키기는 어려운 측면이 있다 하더라도, 양도차익 계산시 상가로 사용한 기간을 고려하지 아니하고 양도시점에 쟁점부동산을 1세대 1주택으로 보아 과세대상 뿐만 아니라 비과세대상 양도차익을 계산하는 반면, 장기보유특별공제 산정시에는 상가로 사용한 기간을 고려하여 그 기간에 상응하는 공제율을 합산하는 것은 타당하지 아니하는 점, 청구주장과 같이 용도별로 장기보유특별공제율을 합산하는 경우 장기보유특별공제율이 1세대 1주택 최대공제율인 OOO를 초과하여 OOO까지 산출될 수 있어 불합리한 점, 소득세법제95조 제2항 본문에서 일반자산(토지, 건물)에 대한 장기보유특별공제율의 한도를 OOO로 하면서, 그 단서에서 예외적으로 1세대 1주택에 한하여 최대 OOO까지 인정하도록 규정하고 있는바, 쟁점부동산의 경우 상가와 주택 사용기간에 대하여 일반자산 및 1세대 1주택에 따른 공제율을 따로 계산하여 이를 통산하는 것은 제도취지에도 부합하지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 용도별(주택, 상가) 보유기간에 따른 장기보유특별공제율을 합산하여야 한다는 청구인들의 주장을 그대로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 청구인들이 필요경비로 주장하는 쟁점부동산의 근린생활시설 구조변경공사비 OOO원 중 OOO과의 거래분 OOO원은 객관적인 금융증빙으로 거래사실이 확인되었으나(기 반영), 나머지 OOO원에 대하여는 청구인들이 사후 임의작성한 거래사실확인서만을 제시할 뿐 관련 공사계약서나 대금지급 관련 금융증빙 등 객관적인 입증자료를 제시하지 못할 뿐만 아니라 거래상대방인 OOO은 건물구조공사업과 관련한 사업이력도 없는 것으로 나타나므로 청구인들의 주장을 그대로 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지․착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는바, 청구인들이 과세관청의 자문을 받아 양도소득세를 신고․납부하였다고 주장하나 이를 객관적으로 확인할 수 없고, 설령 관련 자문을 받았다 하더라도 이는 과세관청의 공적인 견해표명으로 볼 수 없으므로 이를 가산세를 면제할 만한 정당한 사유라 보기는 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.