외국인투자에 대한 감면기간과 감면율을 개정전 조특법상 감면기간ㆍ감면율을 적용할수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 독일의 머크홀딩스가 발행주식의 전부를 소유하고 있는 외국인투자기업이고 조특법 제121조의2 제1항에 따른 감면대상인 외국인투자기업이고, 조특법 제121조의2 제1항에 따른 감면대상인 외국인투자 중 고도기술 수반사업인 TFT-LCD용 액정 제조업을 영위하고 있다.
• 나. 청구법인은 아래 표1 기재와 같이 투자 및 증자 등기를 하였는데, 2004.12.27. 외국 인투자로 신고한 600억원에 대하여 2004.12.30. 기획재정부장관에게 2003.12.30. 개 정전 조특법(사업개시일부터 7년간 100%, 그 이후 3년간 50%를 감면기간 및 감면율로 한다)에 의거 조세감면신청을 하여, 2005.1.21. 기획재정부장관으로부터 그 감면 결정의 통보를 받았고, 2005.1.27. 이와 관련한 2차 유상증자(100억원)의 등기를 하였다. 한편 청구법인은 2007.7.16. 기획재정부장관이 청구법인에게 한 쟁점감면결정분의 조세간면 기간 및 감면율은 7년간 100%, 그 후 3년간 50%가 적용되고, 동 감면결정일로부터 3년 이내의 증자분에 대해서는 감면결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 별도의 조세감면신청 없이 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있다는 내용의 회신에 근거하여, 2008.1.15. 3차로 140억원(이하 “쟁점증자”라 한다)을 유상증자하면서 기획재정부장관에게 별도의 조세감면신청을 하지 아니하였으며, 해당 증자분과 관련한 법인세 및 배당금에 대하여 2008년~2014년 기간 동안 100%, 2015년~2017년 기간 동안 50%의 감면을 적요앟여 법인세신고를 하였고, 2014년 11월 머크홀딩에게 배당금 883억 3,600만원을 지급하면서 감면비율을 계산할 때 쟁점증자와 관련한 2013년의 감면율을 100%로 보아 2014년 12월 원천징수분 법인세 신고를 하였다 <표1> 청구법인의 유상증자별 감면신고의 내용 투자의구분 자본등기일 감면결정일 투자금액 기간별 감면율 100% 50% 최초투자 2002.1.4. 2002.1.9. 30억원 2003～2009년 2010년～2012년 1차 유상증자 2002.2.26. 2002.2.28. 20억원 2003～2009년 2010년～2012년 2차 유상증자 2005.1.27. 2005.1.21. (감면신청 2004.12.30.) 100억원 2005～2011년 2012년～2014년 3차 유상증자 (쟁점증자) 2008.1.15. (감면신청 안함) 140억원 2008～2014년 2015년～2017년
• 다. 중부지방국세청장이 청구법인에 대하여 신고사후검증을 하면서 2015.2.23. 기획재정부장관이 국세청장에게 한 내용의 회신에 따라 쟁점증자와 관련한 2013년 감면율을 50%(2008년~2012년 기간 동안 감면율은 100% 적용)로 보고 청구법인이 쟁점배당금에 대한 법인세 신고시 적용한 해당 감면율과의 차이 상당액에 대하여 법인세를 부과하도록 과세자료를 통보하자, 처분청은 2018.2.12. 청구법인에게 2014년 11월 원천징수분 법인세 68,741,220원을 경정고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2018.3.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점감면신청의 시기(2004.12.30.)는 조세감면의 기간 및 비율을 5년간 100%, 2년간 50%로 규정한 2003.12.30. 법률 제7004호로 일부 개정된 조특법(이하 “2003년 개정된 조특법”이라 한다) 제121조의2 제2항의 시행일인 2005.1.1. 이전이므로 쟁점증자에 대하여 2003년 개정전 조특법으 L같은 조항에 따라 7년간(2013년을 포함한 2008년~2014년) 100%의 감면율이 적용되는 것으로 보아야 한다. 첫째, 관련 법률의 해석상 쟁점증자에 대한 100%의 감면율이 적용되는 기간을 7년으로 보아야 한다. 조세법률주의 원칙에 따라 조세법은 엄격하게 해석․적용되어야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 아니하므로 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항 및 그 부칙 제27조의 ‘신청시’를 엄격하게 해석․적용하여야 하고, 203년 개정된 조특법 제121조의2 제2항의 적용시기를 규정한 부칙 제27조에서 “신청시”를 기준으로 해당 조문을 적용하는 이유는 조세감면 신청시에 적용되는 법률에 의한 감면기간 및 감면율에 대한 납세자의 신뢰를 보호해주고 예측가능성을 보장해주기 위한 것으로, “신청시”라는 의미를 엄격해석해야 한다. 청구법인은 쟁점증자의 조세감면 신청시기는 600억원의 외국인투자신고 금액에 대한 조세감면을 신청한 2004.12.30.이라 할 것이므로 2003년 개정전 조특법에 따라 감면기간과 감면율을 적용하여야 하고, 2005년 개정된 조특법에 따라 별도 감면신청이 없었던 쟁점증자에 대해서 새로운 조세감면신청이 있었다고 의제하여 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항에 따라 감면기간 및 감면율을 5년간 100%, 2년간 50%로 볼 수는 없다 할 것이다. 둘째, 쟁점증자의 조세감면 신청시기를 2005년1월1일 이후로 의제할 법률적 근거가 없다. ‘감면신청’과 ‘증자’는 전혀 다른 법률행위이므로 처분청의 주장과 같이 해석․적용하는 것은 위법하다. 실제로 외국인투자에 대한 조세감면 규정인 조특법 제121조의2 및 제121조의4 규정을 적용함에 있어서 별도의 경과조치로 감면신청일을 의재한 개정사례도 있을 뿐만 아니라 입법시 지속적으로 ‘신청’과 ‘증자’의 의미를 엄격하게 구분하였다.더욱이 처분청이 같은 쟁점으로 청구법인에게 jq인세를 부과한 처분과 관련한 1심 판결에서 법원은 ‘처분청이 쟁점감면신청 이후에 신설된 것으로서 2005년 개정된 조특법을 작용하여 쟁점증자에 관한 등기일을 감면실청일로 의제하여 해당규정을 적용하는 것은 조세법률 불소급의 원칙에 반한다고 판시하였다. 셋째, 처분청의 이 건 처분은 2007년 기획재정부의 견해표명에 반하므로 신의성실원칙에 위반된다. 청구법인은 2007.6.29. 기획재정부장관에게 보낸 질의서에 2004.12.27. 증액투자의 신고를 하여 2004.12.30. 감면신청한 총 600억원의 증자에 대한 조세감면의 기간 및 감면율을 기재하여 질의하였고, 이에 대하여 기획재정부 장관으로부터 7년간 100%, 3년간 50%의 감면기간 및 감면율이 적용되는 것은 증자금액이 아닌 조세감면의 결정을 받은 건으로 회신받은 점, 총 500억원의 증자와 관련한 쟁점감면결정의 통지일로부터 3년 이내에 증자하는 경우 별도 조세감면 신청없이도 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있는지를 질의하였고, 이에 대하여 별도 조세감면신청 없이 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있다고 회신받은 점을 볼 때 처분청이 기획재정부 장관의 해석과 상반되게 쟁점증자에 대하여 5년간 100%, 2년간 50%를 적용한 것은 신의성실 원칙에 위배된다. 넷째, 이 건 처분은 외국인투자의 활성화에도 위배된다. 기획재정부가 2005년 개정된 조특법 등과 관련하여 발간한 개정세법에 의하면 개정된 같은 법 제121조의4는 ‘증자에 대한 조세감면신청절차를 간소화함으로써 외국인투자 활성화를 지원’하기 위한 것인바, 단순히 조세감면의 신청 및 결정의 절차만을 간소화하는 것만으로는 외국인투자를 촉진하는 효과를 잘성하기 어렵다. 설사 쟁점증자의 감면 기간 및 감면율을 5년간 100%, 2년간 50%로 보더라도 청구법인이 그 감면기간 등을 다르게 적용한 것은 기획재정부의 공적인 견해표명을 신뢰한데 기인하므로 청구법인이 관련 신고의무를 해태한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 관련 가산세를 면제하여야 한다.

• 가. 첫째, 관련 법률의 해석상 쟁점증자에 대한 100%의 감면율이 적용되는 기간을 5년으로 보아야 한다. 2003년 개정전 조특법의 감면기간 및 감면율은 청구법인이 2005.1.27. 등기한 100억원의 증자에 한해서만 유효하다. 또한 기획재정부는 쟁점감면결정을 하면서 청구법인이 총 600억원의 외국인투자신고금액에 대하여 쟁점감면신청을 한 것에 대하여 ‘향후 증자시 별도의 조세감면신청을 하여야함’을 명시하였으므로 해당 감면결정으로 위 투자신고금액 중 일부만 증자된 경우에는 향후 나머지 증자에 대하여 별도 감면신청을 하는 것이 당연한 점, 2003년 개정전 조특법에서 증자에 대한 조세감면에 대하여 일반적인 외국인투자감면규정을 준용하여 그 신청을 하도록 규정한 점, 2005년 개정된 조특법에서 조세감면의 신청 및 결정을 하지 아니하도록 하는 요건으로 외국인 투자신고 후 최초 조세감면결정통지일부터 3년이 되는 날 이전에 조세감면 결정시 확인된 외국인투자신고금액의 범위 안에서 증자하는 경우로 규정하였으므로 그 개정후에도 외국인 투자신고 후에도 1회가 아니라 수회에 걸져 조세감면을 받을 수 있을을 전제로 한 점등을 볼 때, 쟁점증자는 2005년 개정된 조특법 적용대상이 아니다.
• 나. 둘째, 쟁점증자의 조세감면 신청시기를 2005.1.1. 이후로 의제할 법률적 근거가 있다. 2005년 개정된 조특법에 대한 기획재정부의 간추린 개정세법에 의하면 같은법 제121조의4 제4항에서 외국인투자신고금액의 범위안에서 증자하는 경우에 감면신청의절차를 면제하도록 규정하였고, 이는 외국인투자신고 후 조세감면의결정을 받은 외국인투자기업이 증자를 하는 경우 증자시마다 증자분에 대한 조세감면의 결정을 받도록 현행 제도를 개선하는 것이 취지인바, 그 개정전에는 증자의 규모가 외국인투자신고의 금액 이내라도 증자시마다 조세감면의 신청․결정이 필요하였음을 알수 있고, 그 취지는 조세감면의 절차를 간소화하겠다는 것이지 설사 쟁점증자가 위 개정규정의 적용대상이라 하더라도 당초에 적용될 수 없는 2003년 개정전 조특법에 따른 감면기간 및 감면율을 적용하는 혜택이 부여된다고 해석할 수는 없다 할 것이다.
• 다. 셋째, 처분청의 이건 처분은 2007년 기획재정부의 질의회신에 반하지 아니한다. 청구법인이 기획재정부장관에게 질의한 2007.6.29. 당시에는 쟁점 감면결정의 대상인 외국인투자신고금액 600억원 중 100억원의 증자만이 이루어졌고 2008.1.15. 등기된 쟁점증자 140억원이 이루어지기 전이었는바, 기획재정부가 한 위 질의에 대한 회신에서 2005.1.21.자로 조세감면결정을 받은 건에 대하여 7년간 100%, 3년간 50%의 감면이 적용된다고 기재한 것은 2005.1.27.등기된 100억원의 증자에 한정된다고 보아야 하는점, 기획재정부가 2015.2.23. 국세청장에게 보낸 회신문에서 쟁점증자에 대하여 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항의 감면기간 및 감면율이 적용되는 것으로 유권해석 한 점등을 볼 때 처분청에서 쟁점증자에 대하여 2005년 개정된 조특법에 따른 조세감면신청대상이 아니고 개정 후 조특법 규정에 따른 것은 기획재저우 질의회신에 반하지 아니한다. 또한 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있었던 것으로 인정하기는 어렵다. 쟁점 감면신청을 할 당시에 2003년 개정된 조특법이 시행될 것을 알고 있었던 청구법인은 조만간에 증자할 100억원이 아니라 투자의 집행이 불확실한 600억원을 외국인투자금액으로 하여 해당 감면신청을 한 점, 쟁점 감면결정에서 증자시 해당 증자분에 대한 조세감며을 받기 위해서는 조특법에 따라 별도로 조세감면을 신청하여 그 감면결정을 받아야 한다고 기재되어 있는바, 청구법인이 쟁점증자와 관련하여 배당금의 감면기간 및 감면을 잘못 적용한데 대하여 가산세를 면제할 정당한 사유가 있었던 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.

• 가. 쟁점 (주위적청구) 2008.1.15. 등기된 쟁점증자에 대하여 적용되는 감면기간과 감면율이 2003.12.30. 개정되기 전 조특법 제121조의2 제2항의 7년간 100%, 3년간 50%인지 아니면 그 개정후 같은 조항의 5년간 100%, 2년간 50%인지 여부 (예비적청구) 설사 후자로 보아 청구법인이 감면율을 50%로 잘못 적용한 연도의 외국투자가에 대한 배당금에 대하여 법인세를 부과할 때 가산세를 면제할 정당한 사유가 있었던 것으로 볼수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 (2003.12.30. 법률 제7003호로 일부개정되기 전의 것) 제121조의2[외국인투자에 대한 법인세등의 감면] (2) 조세특례제한법 (2003.12.30. 법률 제7003호로 일부개정된 것) 제121조의2[외국인투자에 대한 법인세등의 감면] (3) 조세특례제한법 (2003.12.30. 법률 제7003호로 일부개정되기 전의 것) 제121조의4[증자의 조세감면] (4) 조세특례제한법 (2003.12.30. 법률 제7003호로 일부개정된 것) 제121조의4[증자의 조세감면] (5) 국세기본법 제15조[신의성실의원칙] 제48조[가산세의 감면]
• 다. 사실관계 및 판단 (1)처분청이 제출한 심리자료를 보면 청구법인이 2004.12.27. 외국인투자로 신고한 600억원에 대하여 2004.12.30. 기획재정부장관에게 2003년 개정전 조특법 제121조의2 제2항에 따라 사업개시일부터 7년간 100%, 그 이후 3년간 50%를 감면기간 및 감면율로 하는 쟁점감면신청을 하여, 2005.1.21.기획재정부장관으로부터 쟁점감면결정의 통보를 받았고, 2005.1.27. 이와 관련한 2차 유상증자(100억원)를 거쳐, 2007.7.16. 기획재정부장관이 청구법인에게 한 회신에 근거하여, 2008.1.15. 쟁점증자를 하면서 기획재정부장관에게 별도의 조세감면신청을 하지 아니하였으며, 해당 증자분과 관련한 법인세 및 배당금의 신고를 하였고 2014년 11월 머크홀딩에게 쟁점배당금을 지급하면서 감면비율을 계산할 때 쟁점증자와 관련한 2013년의 감면율을 100%로 보아 2014년 12월 원천징수분 법인세 신고를 하였으나, 중부지방국세청장이 청구법인에 대하여 신고후 사후검을 하면서 2015.2.23. 기획재정부장관이 국세청장에게 한 회신에 따라 쟁점증자와 관련한 2013년의 감면율을 50%로 보고 청구법인이 쟁점배당금에 대한 법이넷 신고시 적용한 해당 감면율(100%)과의 차이 상당액에 대하여 법인세를 부과하도록 과세자료를 통보하자, 처분청이 납부불성식라산세 6,249,202원을 포함하여 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.

(2) 양측이 제출한 증빙자료는 아래와 같다. (가) 청구법인은 조특법 제121조의2에 따른 외국인 투자감면 대상 고도기술 수반사업인 TFT-LCD용 액정 제조사업을 영위하기 위하여 핵심소재의 개발 및 생산을 위한 설비투자가 필요하였으며, 이에 따라 동 사업을 위하여 투자를 진행하였다. (나) 2005.1.21. 기획재정부장관이 청구법인에게 통보한 쟁점감면 결정의 내용은 아래와 같다. 1.귀하가 청구법인을 대리하여 토즉법 제121조의2 제6항에 의거 2004.12.30.자로 우리 부에 제출한 조세감면신청에 대하여 조세감면결정을 하고 그 내용을 통보합니다.

2. 아울러, 증자를 할 경우 당해 증자분에 대한 조세감면을 받기 위하여는 조특법 제121조의4의 규정에 따라 별도의 조세감면 심청을 하여 조세감면 결정을 받아야 하고, 조세감면 결정을 받은 사업내용을 변경하여 감면받고자 할때는 동법 제121조의2 제6항 단서규정에 따라 조세감면내용 변경 결정을 받아야 함을 알려드립니다. (다) 2007.6.29. 청구법인이 기획재정주장관에게 질의하고 2017.7.16. 기획재정부장관이 청구법인에게 회신한 내용은 아래와 같다. <질의사항> (질의1) 청구법인이 2004.12.27. 증액투자를 신고한 600억원의 증자에 따른 조세감면과 관련하여 법인세 등의 감면기간 및 감면비율이 구 조특법에 의거 7년간 100%, 그후 3년간 50%인지, 신 조특법에 의거 5년간 100%, 그후 2년간 50%인지 여부에 대하여 질의드립니다. (질의2) 청구법인의 총 600억원의 증자와 관련하여 최초 조세감면결정통지일 2005. 1.21.부터 3년 이내인 2008.1.20.에 청구법인이 외국인투자에 의하여 증자하는 경우 동 금액이 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액 범위 안에 있다면, 비록 해당 외국인투자신고 및 조세감면결정이 2005.12.31. 이전에 이루졌다고 하더라도 2005.12.31. 신설된 조특법 제121조의4 제4항에 의거 그 증자분에 대하여 별도의 조세감면 없이 감면결정을 받은 것으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 질의드립니다. <답 변>

1. 귀사가 경협총괄과-121로 조세감면결정을 받은건의 조세감면 기간은 7년간 100%, 그 후 3년간 50%가 적용됩니다.

2. 조세감면결정통지일(2005.1.21.)로부터 3년이내에 증자분에 대하여는 조세감면결정시 확인된 외국인투자신고금액 범위 안에서 별도의 조세감면신청 없이 감면결정을 받은 것으로 볼수 있습니다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저 주위적청구에 대해 살펴보면, 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항에서 감면기간과 감면율을 축소한 것이 경쟁국의 조세감면기간(5년)을 고려하여 지원기간을 합리적으로 조정하기 위한 것이고, 등기되는 증자별로 감면신청과 감면결정을 받아야 하는 쟁점감면신청 당시의 감면절차에 의하면 2008.1.15. 등기된 쟁점증자는 증자후 5년간 100%, 그후 2년간 50%의 축소된 세액감면을 받는 것이 2003년 개정된 조특법의 입법취지에 부합하는 점, 2005년 개정된 조특법은 증자시점마다 조세감면을 신청하고 그 결정을 받로록 되어 있는 기존의 절차를 간소화하려는 것이지 조세감면을 확대하려는 취지가 아닌 것으로 볼 때, 쟁점증자는 증자후 5년간 100%, 그 후 2년간 50%의 조세감면을 적용받는 것이 타당하다 하겠다. 다음 예비적청구에 대하여 살피건대, 2003년 개정된 조특법의 시행일 직후인 2005.1.21. 쟁점감면결정의 통보공문에서 추가 증자시 별도의 감면신청과 감면결정을 받아야 한다는 내용이 포함되어 있으므로 당시 청구법인은 이미 그 이후의 증자분에 대하여는 2003년 개정된 조특법이 적용된 사실을 알고 있었던 것으로 보이므로, 가산세를 면제할 사유에 해당한다고 보기도 어렵다 하겠다. 따라서 처분청에서 2003년 개정된 조특법 제121조의2 제2항에 따라 쟁점증자의 감면기간과 감면율을 5년간 100%, 2년간 50%로 보아 청구법인이 쟁점배당금의 감면비율을 계산할 때 적용한 2013년의 감면율 100%를 부인하고 50%만 적용하ㅕ 청구법인에게 그 차이 상당액 만큼 법인세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.