부가가치세법제29조 제5항 제4호에 의하면 국고보조금과 공공보조금은 공급가액에 포함하지 아니하는 것이나, 국비지방비 보조금은 사업과 직접 관련이 있는 보조금에 해당하여 그 가액에서 제외될 수 없는 점 등에 비추어 쟁점건물 무상임대에 대한 부가가치세 과세표준에서 국비와 지방비 보조금을 제외해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
부가가치세법제29조 제5항 제4호에 의하면 국고보조금과 공공보조금은 공급가액에 포함하지 아니하는 것이나, 국비지방비 보조금은 사업과 직접 관련이 있는 보조금에 해당하여 그 가액에서 제외될 수 없는 점 등에 비추어 쟁점건물 무상임대에 대한 부가가치세 과세표준에서 국비와 지방비 보조금을 제외해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 쟁점건물의 총 건축비OOO억원을 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세하였으나, 구부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 가.항에서 같다) 제13조 제2항 제4호는 국고보조금과 공공보조금을 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것으로 명확히 규정하고 있으므로 쟁점건물의 총 건축비OOO억원 중 국비와 지방비 보조금을 제외한 순수한 (재)OOO의 건축자금OOO을 과세표준으로 하여 부가가치세가 경정되어야 한다.
(2) 처분청은 구 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 가.항에서 같다) 제48조 제10항이 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다고 규정하고 있고, 청구법인이 주장하는 국비와 지방비 보조금은 용역의 공급과 직접 관련되는 국고보조금과 공공보조금이므로 부가가치세 과세표준에서 제외될 수 없다고 하나, 구 부가가치세법 제13조 제5항 은 같은 조 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항에 대해서는 대통령령에 위임하지 아니하고 그 외의 사항만을 대통령령에 위임하였음에도, 구 부가가치세법 시행령 제48조 제10항 은 “구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다”라고 하여 모법에서 위임하지 아니한 사항을 규정하였는바, 이는 과세요건법정주의에 위반한 규정이므로 처분청이 국비와 지방비 보조금을 포함한 쟁점건물의 총 건축비OOO원을 과세표준으로 하여 부가가치세를 과세한 처분은 모법에 위임 근거가 없는 시행령 조항을 근거로 한 처분으로서 무효의 처분이다.
(3) 설령 구 부가가치세법 시행령 제48조 제10항 의 규정이 적용될 수 있다고 하더라도 같은 조 제5항에서 “기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다”라고 규정하고 있고, 공유재산 및 물품 관리법 제94조의2 의 규정에 따라 제정된 지방자치단체 공유재산 관리 처분 기준(행정안전부지침 제2009호, 2009.8.27., 일부개정) 제2장 제1절 제4호 라목의 “기부채납 재산의 무상사용 허가기간 산출 방법”의 2) 가)에서 “기부채납 가액은 기부자의 부담액만 해당됨(국비‧지방비‧기금 등이 지원된 시설의 경우 동 지원금액은 기부채납 가액에서 공제)”이라고 명확히 규정하고 있으므로 기부채납된 건물 무상임대에 대한 부가가치세 과세표준은 총 건축비 OOO억원에서 국비와 지방비 보조금을 제외한 (재)OOO 자체 건축자금 OOO으로 함이 타당하다.
(1) 청구법인은 부가가치세 과세근거가 된 부가가치세법 제13조 및 동 법 시행령 제48조의 규정이 “포괄위임입법금지” 및 “과세요건법정주의” 등 헌법 규정에 위반한 규정이므로 이를 근거로 한 처분 역시 무효라고 주장하나, 국세기본법 제55조 에서 규정한 심판청구대상은 세법에 따른 처분이고 법령의 위헌 여부는 불복 대상이 아니므로 청구법인의 주장은 이유없다.
(2) 청구법인은 부가가치세 과세표준이 국비·지방비를 제외한 금액으로 재산정되어야 한다고 주장하나, 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것, 이하 나.항에서 같다) 제29조 및 같은 법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정된 것, 이하 나.항에서 같다) 제61조 제1항 제3호에 의하면 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 하고, 기부채납의 경우 해당 기부채납의 근거가 되는 법률에 따라 기부채납된 가액을 과세표준으로 하는 것인 바, (재)OOO은 “화장품OOO 인프라 구축 지원사업”과 관련하여 신축청사 건축비로 국비 OOO을 지원받은 사실이 청구법인이 제출한 증빙에 의해 확인되고, 이는 사업과 직접 관련이 있는 보조금으로서 부가가치세법 제29조 제5항 제4호 에 규정한 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당되지 아니한다고 할 것이며, 사업시행자가 국가 또는 지방자치단체에 기부채납하고 그 대가로 관리‧운영권을 얻어 일정기간 무상사용하는 경우 기부채납받은 국가 등은 기부채납가액 상당액을 사용수익기간 동안 사업시행자에게 부동산 임대용역을 제공하는 것으로서 사용수익기간 동안 안분하여 부가가치세 신고의무가 있는 것이므로 청구법인이 기부채납받은 가액을 총 임대수입금액으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.
(1) 청구법인은 쟁점건물의 현황, 건축, 기부채납 및 20년간 무상임대 경위를 다음과 같이 제출하였다. (가) 쟁점건물은OOO에 소재하는 지상2층, 연면적 2,476.88㎡의 건축물이다. (나) OOO는 2010년 “화장품OOO 인프라 구축 지원사업” 공모를 하였고, 이에 청구법인은 보건복지부OOO, (재)OOO 자체 자금 OOO억원을 투입하여 쟁점건물을 건축하고 청구법인이 쟁점건물 건축에 소요되는 부지를 제공하는 조건으로 공모하여 선정이 되었다. (다) 그런데, 공유재산 및 물품 관리법 제13조 규정에 의하면 해당 지방자치단체의 장 외의 자는 공유재산에 영구시설물을 축조하지 못하는 것으로 규정하고 있어 (재)OOO 명의의 건축물 건축이 불가하였고, 다만 같은 법 시행령 제9조 제1항 제2호에 따라 기부채납 후 무상임대하는 조건으로는 건축이 가능하였는바, 쟁점건물이 2018년 8월 준공된 후 2013.2.26. 청구법인과 (재)OOO은 청구법인이 쟁점건물을 20년간 (재)OOO에게 무상임대하는 조건으로 쟁점건물을 기부채납받기로 하는 내용의 협약서를 체결하고 2013.4.10. 쟁점건물에 대하여 청구법인 명의로 소유권이전등기를 완료하였으며, 청구법인은 2013.6.3. (재)OOO에게 무상사용수익허가를 하였다.
(2) 청구법인이 제출한 쟁점건물의 건축비 부담 내역은 보조금 OOO)], (재)OOO 자체 부담액 OOO으로 총 건축비 합계는OOO이다.
(3) 처분청은 기부채납가액 OOO원에서 이에 포함된 부가가치세 OOO을 제외하여 부가가치세 공급가액 OOO을 산정하고 2013년 제1기 ～ 2016년 제2기 부가가치세를 경정‧고지하였다.
(4) 청구법인과 (재)OOO이 2013.2.26. 작성한 “(재)OOO 청사 기부채납 협약서”의 주요 조항 내용은 <별지2>와 같다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 청구법인은 부가가치세 과세근거가 된 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제13조 및 동 법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제48조의 규정이 과세요건법정주의 등 헌법에 위반한 규정이므로 이를 근거로 한 처분 역시 무효라고 주장하나, 법령의 위헌 여부는 불복 대상이 아닐 뿐만 아니라 부가가치세법이 2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되어 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 공급가액에 포함하지 아니한다”는 규정은 법률에 규정이 되었으므로 근거법령이 위헌이라는 이유로 과세처분이 위법하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 청구법인은 공유재산 및 물품 관리법에 따라 제정된 지방자치단체 공유재산 관리 처분 기준 등에서 기부채납 재산의 무상사용 허가기간 산출방법을 규정하면서 기부채납 가액은 기부자의 부담액만 해당되고 국비‧지방비‧기금 등의 지원금액은 기부채납 가액에서 공제한다고 규정하고 있으므로 쟁점건물 무상임대에 대한 부가가치세 과세표준은 국비와 지방비 보조금을 제외한 (재)OOO 자체 건축자금으로 해야 한다고 주장하나, 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것) 제29조 및 같은 법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정된 것) 제61조 제1항 제3호에 의하면 기부채납의 경우 해당 기부채납의 근거가 되는 법률에 따라 기부채납된 가액을 과세표준으로 하는 것인바, 공유재산 및 물품 관리법 시행령(2013.6.21. 대통령령 제24631호로 일부개정되기 전의 것) 제17조는 기부채납된 재산의 가액은 최초의 사용ㆍ수익허가 당시를 기준으로 토지 이외의 재산의 경우 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인에 의뢰하여 평가한 감정평가금액 이상의 금액으로 하도록 규정하고 있는 점, 부가가치세법 제29조 제5항 제4호 에 의하면 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 공급가액에 포함하지 아니하는 것이나, OOO의 보조금은 쟁점건물 건축비로 지원받은 것이므로 이는 사업과 직접 관련이 있는 보조금에 해당하여 그 가액에서 제외될 수 없는 점 등에 비추어 쟁점건물 무상임대에 대한 부가가치세 과세표준에서 국비와 지방비 보조금을 제외해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 따라서 청구법인이 (재)OOO으로부터 쟁점건물을 기부채납받은 후 무상사용수익을 허가한 것에 대하여 처분청이 쟁점건물의 총 건축비에서 국비 및 지방비를 제외하지 아니한 금액을 총 임대수입금액으로 보고 이를 과세표준으로 하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.