조세심판원 심판청구 법인세

쟁점유동화거래 중에 발생한 비용의 귀속사업연도가 언제인지 여부 등

사건번호 조심-2018-중-1205 선고일 2019.07.08

청구법인은자산유동화에 관한 법률제13조에 규정한 양도 방식으로 쟁점유동화자산을 매수자에게 매각한 것으로 보이므로 매각 후 쟁점유동화과정에서 발생된 비용은 양수인인 매수인 등이 부담해야 할 것이지 양도인인 청구법인이 부담해야 할 이자비용 성격은 아닌 것으로 판단되는바, 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1996.4.16.부터 주택신축판매업을 영위하는 법인(시행사)으로, 2010년 6월경 신축한 OOO 일대 공동주택 719세대 중 399세대가 분양되지 아니하자 주식회사 OOO(이하 “시공사”라 한다)에게 공사대금을 지급하고자 2010.12.6. 시공사의 주선으로 OOO 주식회사 및 OOO 주식회사OOO에게 미분양아파트 399세대(이하 “쟁점유동화자산”이라 한다)를 OOO원에 양도(유동화기간: 2010.12.6.~2013.12.5., 이하 “제1차유동화거래”라 한다)하였는바, 매수자는 이를 기초로 수익증권을 발행하였고, 동 수익증권에 투자한 OOO(이하 “차주” 또는 “수익자”라 한다)는 금융기관들이 설립한 특수목적회사 OOO 외 2개 법인(이하 “대주들”이라 한다)으로부터 투자대금을 대출받았으며, 이후 차주는 매수자로부터 수취한 이익분배금으로 대주들에게 원금 및 약정이자를 지급하였다.
  • 나. 시공사는 제1차유동화거래를 성사시키기 위하여 2010.12.6. 대주들과 금융기관에서 차입한 차입금의 이자를 지급하면서 징수해야할 원천징수액 등이 부족할 경우 그 부족액을 보충(대여)해 주는 내용의 “제3자후순위대여약정서 및 자금보충약정서”(이하 “후순위대여약정서”라 한다) 및 “이자지급 보증 및 연대보증서”를 작성하는 한편, 매수자와 분양업무를 시공사가 대행하는 계약을 체결하였고, 같은 날 청구법인과 합의서(이하 “쟁점합의서”라 한다)를 체결하여 위 우발채무의 부담책임과 분양대행업무를 청구법인에게 이전하였다.
  • 다. 이후 2013.10.31. 매수자를 제외한 유동화거래 이해관계자(청구법인, 차주, 대주들, 시공사)는 차주 및 대주들의 재무제표를 기준으로 정산하기로 합의하고 2013.12.5. 제1차유동화거래를 종료하면서, 매수자는 그대로 유지하고 차주 및 수익자를 변경하는 내용의 유동화계약(유동화기간: 2013.12.6.~2015.12.5., 이하 “제2차유동화거래”라 하고, 제1차유동화거래와 합하여 “쟁점유동화거래”라 한다)을 체결하였으며, 제2차유동화거래는 2015년 말 종료되었다. 라 청구법인은 쟁점유동화거래를 차입거래로 보고, 2010.12.6.부터 2014.12.31.까지 이자비용으로 회계처리한 OOO원[청구법인이 후순위대여약정서와 쟁점합의서 등에 따라 차주 및 대주들에게 지급한 OOO원(이하 “쟁점①비용”이라 한다)과 매수자의 분양수입금 계좌에서 수익자에게 지급된 OOO원(이하 “쟁점②비용”이라 한다)을 합한 금액]을 2014~2015사업연도 법인세 신고시 손금산입OOO하는 한편, 2006년 12월부터 2010년 6월까지 7회에 걸쳐 취득한 OOO 일대 24개 필지 전․답 33,207㎡(2014년 2월 토지거래허가구역에서 해제되었으며, 이하 “쟁점농지”라 한다)에 대하여 매매대금은 수령하였으나,농지법제6조 제1항의 농지의 소유제한 규정으로 인해 소유권이전등기를 하지 못하였으므로 청구법인의 소유가 아니라고 보아 2014년 9월 종합부동산세 종합합산배제신청을 하였다.
  • 마. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.6.27.부터 2017.9.10.까지 청구법인의 2013~2016사업연도 법인세 통합조사를 실시하고 다음과 같은 조사내용 등을 처분청에 통보하였다.

(1) 조사청은 쟁점유동화거래는 매각거래이므로 청구법인이 2014〜2015사업연도에 손금산입한 OOO원을 이자비용으로 볼 수는 없으나, 해당 비용 중 쟁점①비용은 후순위대여약정서와 쟁점합의서 등에 따라 청구법인이 대주들에게 대여(자금보충)하였다가 2013.12.6. 제1차유동화거래를 종료하면서 서로 이의를 제기하지 않고 차주와 대주들이 청산하기로 합의함에 따라 이 때 회수불능이 확정된 것으로 보아 2013사업연도 손금으로 인정하고, 나머지 쟁점②비용은 청구법인이 매수자로부터 회수할 수 있을 것으로 보아 보증금으로 회계처리하다 2015.12.5. 제2차유동화거래를 종료하면서 매수자가 청산됨에 따라 이 때 회수불능이 확정된 것으로 보아 2015사업연도 손금으로 인정하였다.

(2) 쟁점농지 취득시기를 대금을 청산한 2009년부터 2010년으로 보고, 법인세법 시행규칙제26조 제1항에서 정한 유예기간(취득일로부터 5년)이 경과한 시점까지 사업에 사용하지 아니한 업무무관 부동산에 해당한다고 보아 쟁점농지 유지․관리비 및 지급이자 OOO을 손금불산입하고, 2014사업연도부터 종합부동산세를 과세하도록 하였다.

  • 바. 처분청은 조사청의 과세자료에 따라 2017.11.8.․2018.9.17. 청구법인에게 OOO원을 각 경정․고지하였다.
  • 사. 청구법인은 이에 불복하여 2018.1.31.․2018.11.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 처분청이 2015사업연도 손금으로 인정한 쟁점②비용 중 제1차유동화거래 기간에 발생한 OOO원은 쟁점①비용과 마찬가지로 청구법인이 부담한 이자비용이라는 점에서 성격이 동일하므로 제1차유동화거래가 종결된 2013사업연도의 손금으로 인정되어야 한다. (가) 자산유동화란 일반적으로 특수목적기구가 자산보유자로부터 유동화 자산을 양도 또는 신탁받아 이를 기초로 유동화 증권을 발행하고 해당 유동화자산의 관리․운용․처분에 의한 수익이나 차입금 등으로 유동화증권의 원리금 또는 배당금을 지급하는 일련의 행위를 의미한다. 이 사건 유동화거래의 실질은 자산의 매각이 아니고 유동화대상자산을 유동화의 형태로 바꾸어 이용한 일종의 금융거래이다. 다만, 유동화구조에 있어서 신탁재산의 도산으로 인해 자산보유자에 대한 다른 채권자의 추급권을 막기 위하여 법적 외관상 매각거래의 형식을 갖춘 것뿐이다. (나) 유동화거래가 매각거래에 해당할 경우, 유동화대상자산을 장부상 제거하며 유동화거래대가와 장부가액과의 차액을 유동화 거래일이 속하는 사업연도의 매각손익으로 인식하고, 차입거래에 해당할 경우, 유동화거래 대가를 유동화거래일의 차입금으로 계상하고 유동화대상자산의 장부가액을 재무제표상 제거하지 아니하며, 유동화 사실을 주석으로 기재한다. 즉, 유동화거래가 매각거래인지, 아니면 차입거래인지에 따라 달라지는 것은 유동화대상자산의 매각손익을 즉시 인식하느냐 않느냐의 문제일 뿐, 관련 이자비용의 손금 해당여부와 손금산입시기는 매각거래이든 차입거래이든 모두 기업회계기준과 세법의 관계규정에 따라야 한다. (다) 이자비용의 귀속시기의 판단은 기업회계기준에서 정한 발생주의, 법인세법에서 정한 각 거래 단계별 권리의무 확정주의에 따라야 하는 것이지, 조사청의 의견처럼 유동화거래가 차입거래인 경우에만 기간비용으로 인식하는 것이 아니다. 청구법인은 쟁점유동화자산의 매각대금 전액을 차입금으로 경리하고, 유동화거래기간 중 쟁점유동화자산의 분양대금을 청구법인의 손익계산서에 매출로 계상하였으며, 유동화거래비용에 해당하는 위 차입금의 이자비용은 손익계산서에 비용으로 계상하였다. (라) 조사청은 쟁점②비용을 모두 청구법인이 매수자에게 자금을 지급하고 매수자의 분양미수금에서 회수하고자 한 것인데 매수자가 분양저조로 인해 차주에게 이익분배를 하지 못하자 청구법인이 매수자에게 자금을 지원해 준 것이므로 추후 매수자의 분양미수금에서 회수할 목적으로 사후관리한 보증금이라는 의견이나, 쟁점②비용은 청구법인이 매수자에게 지원해준 금액이 아니라 청구법인이 매각형식으로 차입한 차입금의 이자로서 쟁점①비용과 마찬가지로 청구법인이 부담한 비용이다. 즉, 청구법인이 부담한 이자비용 중 쟁점②비용은 매수자의 유동화자산의 분양대금에서 펀드 수익자 운영계좌로 이체된 이자이고, 쟁점①비용은 유동화자산의 미분양 등으로 분양대금에서 이자를 충당하지 못할 경우 청구법인이 대주들에게 보충적으로 대여한 이자비용이므로 지급방식에 차이가 있을 뿐, 쟁점①비용과 쟁점②비용 모두 청구법인이 부담한 이자비용이라는 점에서 다를 것이 없다. 쟁점②비용은 매수자의 분양대금에서 펀드 수익자 운영계좌로 이체되므로 청구법인은 그 이체금액이나 내용에 대하여 전혀 알지 못하고 있다가 매 사업연도 결산기에 펀드회사(매수자)의 결산서를 보고서 청구법인의 이자비용으로 계상한 것이다. (마) 쟁점유동화거래의 실질은 유동화자산을 담보로 한 차입거래이고, 그 차입금에 대한 이자비용은 당연히 손금이 되어야 하며, 청구법인이 보전해준 이자비용이 수익자 또는 대주의 이자소득이 되어 그 이자소득에 대하여 관련 세액이 원천징수된 점을 고려하면, 청구법인이 실제로 부담한 이자의 수익자가 누구이든지, 이자수익에 대응되는 이자비용은 이자소득의 원천징수시기와 같은 시기에 이자비용으로 인식되어야 한다. 유동화전문회사 회계처리기준에서 “유동화자산 및 유가증권과 관련한 이자수익은 기간의 경과에 따라 인식함을 원칙으로 한다”고 규정하고 있으므로 이자수익에 대응되는 이자비용 역시 수익․비용 대응의 원칙에 따라 수익자 또는 대주의 이자수익 인식기간과 동일한 기간의 비용으로 인식하여 손금에 산입하여야 한다. (바) 청구법인은 2013.12.5. 차주, 대주들, 시공사가 당시 시점의 각 재무상태를 확정하여 서로 이의를 제기하지 않고 청산하는 내용의 정산합의서를 작성하며 제1차유동화거래를 종료시킨 후 기존 대출금(유동화자산 매각대금)의 상환을 위하여 그 다음날 차주(수익자)를 OOO으로 하여 새로운 제2차유동화거래를 시작하였는바, 2013.12.6.부터 시작된 제2차유동화거래는 ⅰ) 신탁업자 및 집합투자업자는 OOO과 OOO으로 변동이 없으나, ⅱ) 펀드 수익자(차주)는 OOO에서 OOO으로 변경되고, ⅲ) 대출금융기관은 기존대출금 은행과 전혀 다른 금융기관으로, ⅳ) 대출원리금 연대보증인은 시공사에서 청구법인으로, ⅴ) 업무대행자는 시공사에서 청구법인으로 변경되는 등 제2차유동화거래는 제1차유동화거래와 비교하여 전혀 다른 것이므로 제2차유동화거래를 제1차유동화거래의 연장으로 보는 것은 부당하고, 제1차유동화거래는 2013.12.5. 종료되었으므로 그 전에 발생한 이자비용OOO은 모두 2013사업연도의 손금으로 인정되어야 한다. (사) 만일, 청구법인의 주장대로 쟁점②비용 중 OOO원의 손금산입시기가 2015사업연도가 아닌 2013사업연도로 변경될 경우 해당금원은 2014사업연도로 이월되어 2014사업연도 소득금액이 감액경정되면서 2015사업연도 소득금액이 증액경정될 것이므로 전체적으로 1년간의 납부불성실가산세OOO 정도가 감경되는 효과가 있다.

(2) 쟁점농지의 취득시기를 소유권이전등기일(아직 이전등기를 하지 않음)이나 토지거래허가지역에서 해제된 날(2014.2.6.)로 보지 아니하고 잔금청산일(2009년~2010년)로 보는 것은 부당하다. (가) 토지거래허가지역 내의 일반 토지의 경우 매매계약을 체결하고 토지거래허가를 받은 후 잔금을 지급하면, 매수인은 소유권이전등기청구권이 발생하므로, 그 취득시기를 잔금청산일로 보는 것이 타당하나, 농지법 제6조 에 의하면, 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 농지를 소유하는 것이 금지되어 있고, 청구법인은 현재까지 쟁점농지에 대하여 농지전용허가를 받지 못하여 조건의 미성취로 매매계약의 효력은 유동적인 상태이므로 청구법인이 비록 잔금을 지급하였다 할지라도 청구법인에게 쟁점농지의 소유권이전등기청구권이 발생하였다고 보기 어려우므로 청구법인이 쟁점농지를 취득하였다고 볼 수 없다. (나) 법인세법 시행규칙제26조 제1항 제1호에서 관련비용이나 지급이자가 업무와 관련없는 부동산의 유예기간에 대하여 “건축물 또는 시설물 신축용 토지는 취득일로부터 5년”이라고 규정되어 있으나, 그 유예기간의 산정이 되는 부동산의 취득시기에 관하여 법인세법제27조, 같은 법 시행령 제49조 등에서 따로 정한바가 없다. (다) 대법원 판례(2015.7.23. 선고 2013다86878 판결)에 의하면, “비록 계약당시에 그 계약상 의무를 즉시 이행하는 것이 불가능하더라도 계약의 이행이 장래에 가능하게 된 경우를 예정하여 계약을 체결하였다면 그러한 계약이 무효라고 할 수는 없는 것이고, 주식회사와 같은 법인이 농지를 취득하기 위한 매매계약을 체결하였으나 구 농지개혁법 또는 농지임대차관리법상 농지매매증명을 받을 수 없는 경우라도 그 법인이 매수한 농지에 관하여 관련 법규상 농지전용허가를 받음으로써 농지의 매도인이 매수인에 대하여 소유권이전등기를 해주는 것이 가능하게 될 것을 정지조건으로 하여 매매계약을 체결하였다면 그 매매계약은 특별한 사정이 없는 한 유효하다고 할 것이고, 이는 매매예약을 체결한 경우에도 마찬가지이다”라고 판시하였는바, 위 판례에 의할 때 현재 농지전용허가 절차를 진행중인 청구법인이 체결한 쟁점농지 매매계약은 농지전용허가를 정지조건으로 한 조건부 매매계약이므로 현재까지 농지전용허가라는 정지조건의 성취가 이루어지지 아니하여 쟁점농지의 소유권이전등기 가능여부가 불확실하므로 청구법인의 소유라고 볼 수 없다. (라) 대법원 판례(2001.1.16. 선고 99두8107 판결)에 의하면, “법인이 비업무용 부동산을 취득하거나 보유하고 있는 경우 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액 및 비업무용 부동산을 취득․관리함으로써 생기는 비용 등은 손금에 산입하지 아니하도록 되어 있는바, 비업무용 부동산의 취득, 보유 또는 관리라 함은 유효하게 취득한 소유권을 전제로 할 것이고, 부동산의 소유권 취득이 무효인 이상 그에 관한 소유권이전이 경료되었다고 하더라도 법인세법상 손금불산입 규정은 적용되지 아니한다”는 취지로 판시하였는바, 쟁점농지는 ‘농지’라는 제약으로 인해 현재까지 소유권이전등기를 경료하지 못하여 청구법인의 소유라고 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점농지의 취득일을 잔금청산일로 보는 것은 타당하지 아니하다. (마) 설령 처분청의 의견대로 쟁점농지가 청구법인의 소유라 할지라도 쟁점농지는 조세특례제한법제104조의19의 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지로, 매매계약 체결당시 토지거래허가구역이었다가 2014.2.6. 그 지정이 해제되었으므로 이 때를 취득시기로 보아야 하고, 이 때를 취득시기로 보면, 법인세법 시행규칙제26조 제1항 제1호에서 정한 유예기간이 경과하지 아니하고, 조세특례제한법제104조의19에서 정한 종합부동산세 과세 제외대상에 해당하므로, 쟁점농지 관련 차입금의 지급이자 등을 손금불산입하고 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점유동화거래는 매각거래이므로 매각이후 발생한 관련 비용은 이자비용으로 볼 수 없고, 쟁점①비용은 대주들에 대한 대여금이므로 대주들이 청산된 시점(2013사업연도)에, 쟁점②비용은 매수자에 대한 대여금이므로 매수자가 청산된 시점(2015사업연도)에 회수할 수 없는 것으로 확정되었으므로 이 때를 손금귀속시기로 보아야 한다. (가) 쟁점유동화거래가 차입거래라면, 이에 따라 발생된 이자비용은 지급일이 속하는 사업연도의 손금으로 보아야 하나, 쟁점유동화거래는 매각거래이므로 해당 유동화거래 중에 발생된 비용을 청구법인이 부담한 이자비용으로 보기 어렵다. 쟁점유동화거래시 작성한 매매계약서(2010.12.6.)에 의하면, 본 계약의 체결 및 그에 따른 매매목적물의 매수는 담보목적의 양수나 명의신탁이 아닌 “진정한 매매”이고(제9조 제1항 제12호․제2항 제5호), 본 계약에서 정한 내용과 조건에 따라, 매도인은 매매목적물을 매수인에게 양도하며, 매수인은 매도인으로부터 매매목적물을 매수하고(제3조 제2항), 매매목적물로부터 발생하는 수익 및 매매목적물과 관련된 제반 비용은 거래종료일 오전 00:01을 기준으로 그 직전까지는 매도인에게, 그 때부터는 매수인에게 각각 귀속된다(제10조 제1항)고 규정되어 있는 반면, 반환청구권에 대한 조항이 없으므로 자산유동화에 관한 법률제13조의 “양도의 방식”에 필요한 요건(① 매매 또는 교환에 의할 것, ② 유동화자산에 대한 수익권 및 처분권은 양수인이 가질 것, ③ 양도인은 유동화자산에 대한 반환청구권을 가지지 아니하고, 양수인은 유동화자산에 대한 대가의 반환청구권을 가지지 아니할 것, ④ 양수인이 양도된 자산에 관한 위험을 인수할 것)을 모두 충족한다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점유동화거래를 차입거래로 보아 이자비용으로 회계처리한 비용을 그 지출형태에 따라 청구법인이 대주들에게 대여한 쟁점①비용과 청구법인이 매수자의 분양대금에서 회수하고자 보증금으로 계상한 쟁점②비용으로 분류하였는바, 쟁점①비용의 손금귀속시기를 2013사업연도로 보는 것에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없으므로(귀속시기는 동일하나, 청구법인은 이자비용으로, 처분청은 대주들에 대한 대여금으로 봄), 쟁점②비용의 성격과 손금귀속시기에 대하여 구체적으로 설명하면 다음과 같다. 매수자는 쟁점유동화거래 이후 분양실적이 저조하여 차주에게 이익분배금을 지급하지 못하자 청구법인은 매수자와의 약정(의무)이 없음에도 매수자에게 쟁점②비용을 지급하였고, 매수자는 동 금액으로 차주에게 이익분배금을 지급하였으며, 차주는 대주들에게 이자 및 원금을 상환하였다. 청구법인은 위 자금지급액을 매수자의 분양수익에서 회수하고자 이를 보증금으로 회계처리하여 사후관리하였으나, 회수되지 아니한채 쟁점유동화거래가 2015사업연도에 종결되면서 매수자가 사실상 청산됨에 따라 동 대금의 회수불능이 확정되었으므로 이 때를 손금귀속시기로 본 것이다. (다) 청구법인은 쟁점유동화거래가 매각거래임에도 불구하고 차주가 대주들에게 지급한 이자비용을 마치 청구법인이 직접 지급한 것처럼 청구법인의 이자비용으로 인식하였으나, 매각 이후 발생하는 모든 유동화 관련 비용은 매수자 또는 차주가 부담하고 인식해야 할 비용이다. (라) 쟁점유동화거래에 있어 유동화자산의 분양대금은 매수자 명의의 운영계좌로 입금되고, 동 계좌에 입금된 분양대금은 차주의 이익분배금으로 지급되며, 매도인인 청구법인이 동 계좌의 운영에 대해 관여할 수 있는 권리가 없음은 당연하고, 청구법인이 이자비용으로 인식한 쟁점②비용은 사실상 청구법인이 매수자에게 자금을 지급한 것으로, 추후 매수자 소유의 분양대금에서 회수하고자 하였으나, 회수하지 못하였기에 쟁점유동화거래 종료시점(매수자가 청산되는 2015사업연도)에 손금산입한 것이다. (마) 청구법인은 쟁점①비용을 2013.12.6. 제1차유동화거래가 종료된 시점에 손금산입하였듯이, 쟁점②비용 중 제1차유동화거래시기에 발생한 OOO원은 제1차유동화거래가 종료된 2013사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 2013.12.6. 제1차유동화거래가 종료되고 제2차유동화거래가 시작되면서 매수자는 그대로 유지되는 상태에서 차주 및 대주들만 변경되었는바, 쟁점①비용은 청구법인이 차주, 대주들에게 자금보충을 하기로 약정함에 따라 자금을 대여하였다가 2013.12.6. 정산합의서에 의해 동 대여금을 청구할 대주들, 차주가 없어짐에 따라 회수가능성이 없어 2013사업연도 손금으로 인정한 것이고, 쟁점②비용은 청구법인이 매수자에게 약정 없이 자금을 지급하였다가 2015사업연도에 매수자가 청산되는 시점에 대손이 확정된 것으로 보아 손금산입을 인정한 것이므로 대여자와 대손확정시기가 동일하지 아니하다.

(2) 쟁점농지의 취득시기는 잔금청산일이고, 이 때부터 5년 내에 목적사업에 사용하지 아니하였으므로 쟁점농지 유지비용 등을 손금불산입하고 종합부동산세를 과세한 당초 처분은 정당하다. (가) 법인세법제40조 제2항 및 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호에 의하면, 상품 등 외의 자산의 양도에 대해 그 손익의 귀속시기를 대금을 청산한 날로 규정하고 있고, 대금 청산 전에 소유권이전 등기․등록을 하거나 당해 자산을 인도 또는 사용수익하는 경우에는 등기일, 인도일, 사용수익일 중 빠른 날을 손익의 귀속시기로 규정하고 있고, 쟁점농지를 청구법인에게 양도한 양도인들의 양도시점은 소득세법 제98조 에 따라 잔금청산일이므로 청구법인이 쟁점농지를 취득한 시기도 잔금청산일(2009년부터 2010년)로 보아야 한다. (나) 청구법인의 주장과 같이 쟁점농지 매매계약이 무효라면, 계약을 취소하고 대금반환청구를 하여야 함에도 현재까지 쟁점농지 매매대금 반환요청을 하지 않았으므로 청구법인 스스로 동 계약을 무효로 보고 있지 아니함을 알 수 있고, 쟁점농지 매매계약서상 매도인이 계약금 배액배상 등의 방법으로도 계약을 해지할 수 없도록 되어 있으며, 토지거래허가구역 해제일 이후 매도인들이 쟁점농지에 대해 잔금청산일을 양도일로 하여 양도소득세를 신고․납부한 점 등을 고려하면, 매매당사자간 쟁점농지 거래는 확정적으로 유효하다고 보아야 한다. (다) 법인세법 시행령제49조 제1항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제26조 제5항에 의하면, 법인이 보유한 부동산으로서 유예기간 경과 후에도 업무에 직접 사용하지 않는 경우 업무무관자산으로 보아 관련 비용을 부인하되, 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산의 경우에는 업무무관자산의 범위에서 제외하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 취득한 쟁점농지의 취득일을 잔금청산일로 볼 경우 취득일로부터 5년이 경과하였음에도 여전히 농지로 이용되고 있으므로 청구법인의 업무와 무관하게 사용되고 있고, 사업계획 승인을 통해 농지전용허가를 받지 못한 것은 청구법인의 귀책사유이며, 쟁점농지 매매계약 당시 해당 농지는 토지거래허가구역 내에 있었으므로 취득 후에 법령의 규정에 의해 사용이 금지 또는 제한된 부동산에 해당한다고 보기도 어렵다. (라) 비업무용부동산 보유를 제재하는 지급이자 손금불산입 규정의 취지는 타인 자본에 의존한 무리한 기업 확장으로 재무구조가 악화되는 것을 방지하고, 부동산투기 등을 억제하여 기업의 건전한 경제 활동을 유도하기 위함(대법원 2001.10.30. 선고 99두4310 판결, 참조)인바, 청구법인은 2006년~2009년 OOO원의 차입금이 있는 상황에서 유예기간 내 사용하기 어려운 쟁점농지를 취득하여 유예기간 경과 후에도 업무에 사용하지 못하고 있으므로 유예기간 경과 후의 차입금 관련 지급이자 등을 손금불산입하는 것은 타당하다. (마) 종합부동산세 납세의무자는 종합부동산세법제12조에 따라 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자인바, 청구법인은 쟁점농지에 대해 2014~2017년 재산세 납세의무자인 것으로 확인되고, 청구법인은 쟁점농지 취득일을 취득세 신고일인 2014.4.10.로 하여 조세특례제한법제104조의19 규정을 적용하여 종합부동산세 합산배제를 신청하였으나, 쟁점농지 취득일은 잔금청산일(2009~2010년) 이고, 이 때로부터 5년이 경과할 때까지 업무용으로 사용하지 아니하였으므로 종합부동산을 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점유동화거래 중에 발생한 비용의 귀속사업연도가 언제인지 여부

② 쟁점농지를 취득 후 5년 이내에 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 보아 법인세 및 종합부동산세를 과세한 처분의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 참조
  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 이 건의 주요경과는 다음과 같다.

1. 청구법인이 2010년 6월 OOO지구 아파트의 미분양으로 아파트를 준공한 시공사에게 약 OOO원의 공사대금을 지급하지 못하는 상황에 처하게 되자, 시공사는 미분양아파트 399세대를 유동화자산으로 하는 유동화를 주도적으로 계획하였는바, 이에 따라 청구법인은 2010.12.6. 매수자에게 쟁점유동화자산을 OOO원에 매각(최초 분양가액의 80%)하고 소유권을 이전하는 내용의 부동산매매계약을 아래 <표1>과 같이 체결하였다.

2. 매수자는 쟁점유동화자산의 매수대금을 조달하기 위하여 수익증권을 발행하여 OOO(차주 또는 수익자)로부터 자금을 조달하고, 수익자(차주)는 수익증권 취득대금을 금융기관들이 설립한 대주들로부터 대출받아 조달하였는데, 선․후순위 대출조건에 따라 연 6.1~7.2%의 이자를 지급하기로 대출약정을 하였다. 한편, 수익자(차주)는 매수자로부터 펀드 운영에 대한 이익분배금을 지급받고 동 금원으로 대주들에게 약정이자를 지급하였다.

3. 시공사는 쟁점유동화거래를 성사시키기 위하여 대주들 중 OOO에 대하여는 채무자가 대출약정서에 따라, 현재 부담하고 있거나 장래부담하게 될 대출금에 대하여 대출금이 전액 상환될 때까지 발생하는 이자(연체이자 포함) 지급채무를 연대보증할 것을 확약하고, OOO에 대하여는 채무자가 대출약정서에 따라 현재 부담하고 있거나 장래부담하게 될 대출금에 대한 원금 및 이자(연체이자 포함)의 지급채무를 연대보증하는 한편, 선순위 대출이자 부족분을 보충하거나 후순위 원리금의 자금을 보충하는 등의 계약을 체결하였고, 청구법인과 아래 <표2>의 쟁점합의서를 체결하여 위 우발채무의 부담을 청구법인에게 이전하였다.

4. 시공사는 매수자와 분양대행계약을 체결하였고, 이에 따라 쟁점유동화자산의 매각대행, 관리업무 등을 수행하게 되었으나, 위 <표2>의 쟁점합의서에 의하여 분양대행 업무도 청구법인이 수행하였다.

5. 청구법인은 2010년 쟁점유동화자산 매각시 매수자에게 매출세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고․납부하였고, 매수자는 청구법인으로부터 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세를 환급받았다.

6. 제1차유동화거래기간 중 미분양으로 인한 이자부족분을 시공사와 합의한 쟁점합의서에 따라 청구법인이 대주들에게 대여(자금보충한)한 금액은 쟁점①비용OOO이고, 매수자의 분양수익금에서 차주 및 대주들에게 지급된 금액이 쟁점②비용 중 OOO원(나머지 OOO원은 제2차유동화거래기간 중에 지급됨)이다.

7. 이후 2013.12.6. 매수자를 제외한 제1차유동화거래 이해관계자(청구법인, 차주, 대주들, 시공사)는 당시 차주 및 대주들의 재무제표를 기준으로 정산완료하며 차주 및 대주들이 청산하는 것에 동의한다는 내용의 “정산합의서”를 작성하였다.

8. 청구법인이 2010.12.6. 체결한 제1차유동화거래기간의 만료일인 2013.12.5.을 앞두고 금융기관과 협의한 결과, 차주(수익증권의 소유자)는 OOO에서 OOO 유한회사로, 대주들은 OOO 외 2개 기관에서 다른 금융기관들로 변경되었다(제2차유동화거래: 2013.12.6.~2015.12.5.).

9. 2015년 말경 쟁점유동화자산을 분양하던 매수자는 미분양아파트에 대한 종합부동산세가 2016년부터 부과될 예정이라는 국세청의 통지를 받고, 2015년말까지 분양가격을 대폭 할인하거나, 공매방식으로라도 미분양아파트를 매각하려고 하였고, 이렇게 될 경우 쟁점유동화자산과 동일 소재지에 있는 청구법인의 미분양아파트의 분양가가 하락할 것을 우려하여 청구법인은 매수자로 부터 2015년말 쟁점유동화자산 중 그 때까지 미분양된 아파트 87세대를 당시 시가 (감정가액)에 매입하고 쟁점유동화거래를 종료(종료시점에 매수자는 모든 자산을 매각하여 무재산 상태로 사실상 폐업함)하였는바, 청구법인은 쟁점유동화거래 정산시점에 그 때까지 미분양된 유동화자산 87세대를 매수자로부터 시가(감정가액)로 매입하면서 매입세금계산서를 수취하고, 소유권이전등기를 완료하였다. (나) 청구법인의 법인세 신고 및 처분청의 경정내역은 다음과 같다.

1. 청구법인은 쟁점유동화거래를 차입거래로 보아 2010.12.6. 쟁점유동화자산의 매각대금 중 부가가치세를 제외한 OOO원을 차입금으로, 쟁점유동화자산 판매분을 자신의 분양수익으로, 발생되는 비용은 이자비용으로 계상하다가 2013년 1월경 OOO지방국세청장의 세무조사시 쟁점유동화거래를 매각거래로 보아 유동화자산매각이익 OOO원을 익금산입하고 매각원가 OOO원을 손금산입하여 2010~2011사업연도 소득금액을 경정하여 관련 법인세를 고지(청구법인은 이에 대하여 불복을 제기하지 아니함)하자 이후 법인세 신고시 이자비용으로 회계처리한 OOO원에 대하여 손금불산입(유보)으로 세무조정하다가 2014사업연도에 OOO원, 2015사업연도에 OOO원을 손금산입하였다.

2. 조사청은 청구법인이 이자비용으로 계상하였다가 손금불산입(유보)한 후 다시 손금산입한 OOO원은 쟁점유동화거래가 매각거래이므로 이를 이자비용 성격으로는 볼 수 없으나, 그 지출형태에 따라 두가지 유형으로 분류하였는바, 쟁점①비용OOO은 청구법인이 후순위대여약정서와 쟁점합의서 등에 따라 대주들에게 자금보충(대여)한 것이므로 이를 대주들에게 대여한 대여금으로 보고, 쟁점②비용OOO은 청구법인이 매수자로부터 회수할 목적으로 사후관리한 보증금으로 본 후, 쟁점①비용은 2013.12.6. 청구법인과 차주, 대주들, 시공사가 현 시점의 각 재무상태표를 확정하여 서로 이의를 제기하지 않고 청산하 기로 함에 따라 청구법인이 대주들에게 청구할 가능성이 없어졌으므로 2013사업연도에 대손확정된 것으로 보고, 쟁점②비용은 쟁점유동화거래가 2015사업연도에 종결되어 매수자가 청산됨에 따라 회수불능이 확정되었다고 보아 손금귀속시기를 조정하여 이 건 처분을 하였다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점유동화거래의 외관은 매각거래이나 실질은 양도담보 방식에 의한 차입거래이므로 제1차유동화거래 중에 발생된 이자비용은 해당 거래가 종료된 2013사업연도의 손금으로 인정되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 매수자와 쟁점유동화거래시 작성한 매매계약서(2010.12.6.)에 의하면, 본 계약의 체결 및 그에 따른 매매목적물의 매도(매수)는 담보목적의 양도(양수)나 명의신탁이 아닌 “진정한 매매”(제9조 제1항 제12호․제2항 제5호)이고, 매도인은 거래종결일에 제5조에서 정한 바에 따라 매수인으로부터 매매대금을 지급받음과 동시에, 매매목적물에 대한 적법하고 유효한 소유권, 점유 및 관리권을 어떠한 담보나 제한 없이 매수인에게 이전하고, 매매목적물을 인도하여야 하며(제6조), 매매목적물로부터 발생하는 수익 및 매매목적물과 관련된 제반 비용은 거래종결일의 오전 00:01을 기준으로 그 직전까지는 매도인에게, 그 때부터는 매수인에게 각각 귀속한다(제10조 제1항)고 정하고 있는 점, 쟁점유동화거래가 종료되면서 그 때까지 미분양된 주택을 청구법인이 다시 매매방식으로 소유권을 이전받은 점, 대전지방국세청장의 2013년 1월 청구법인에 대한 세무조사시 쟁점유동화거래를 매각거래로 보아 유동화자산매각이익을 익금산입하여 관련 법인세를 경정․고지한데 대하여 이의를 제기하지 아니한 점 등에 비추어 청구법인은 자산유동화에 관한 법률 제13조 에 규정한 양도 방식으로 쟁점유동화자산을 매수자에게 매각한 것으로 보이므로 매각 후 쟁점유동화과정에서 발생된 비용은 양수인인 매수인 등이 부담해야 할 것이지 양도인인 청구법인이 부담해야 할 이자비용 성격은 아닌 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점①비용과 쟁점②비용에 대하여 청구법인이 부담한 이자비용이 아니라 쟁점유동화거래의 대주들이나 매수자 등과 추후 정산하기하고 하고 대여하였다가 대주들이나 매수자가 이를 상환하지 아니하고 청산되자 이 시점에 대손이 확정된 것으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 마지막 으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 OOO 일대 도시개발사업을 추진하기 위하여 2006년 12월부터 2010년 6월까지 토지거래허가구역내의 쟁점농지를 양수하면서 아래 <표4>와 같이 잔금을 지급하였고, 2014.2.6. 토지거래허가구역이 해제되었다. (나) 쟁점농지 중 OOO 외 3필지의 매매계약서(2009.12.30.)를 보면, 제6조에 “매도인은 본 계약체결 이후 어떠한 사유로도 매매대금의 증액이나 추가비용을 매수인에게 요구할 수 없으며, 매수인의 계약위반이 없는 한 계약금 배액배상의 방법으로 계약을 임의해제 할 수 없다”고 기재되어 있다. (다) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 쟁점농지가 속해 있는 OOO 다른 농지에 대해 토지거래계약허가절차이행의 소OOO를 제기하여 승소하였는바, 청구법인은 매매계약이 원시적 불능이 아니라고 주장하였고, 법원도 농지취득자경증명을 취득할 수 없음을 들어 매매계약이 원시적 불능인 급부를 목적으로 하는 계약이라고 볼 수 없다는 취지로 판시한 것으로 나타난다. (라) 농지법제6조 제2항에 농지전용허가(다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 인가․허가․승인 등을 포함)를 받는 등의 경우는 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인은 아직 사업계획승인을 받지 아니 하여 쟁점농지의 소유권이전등기를 경료하지 아니한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 2014년 쟁점농지 소재지가 토지거래허가구역지정이 해제됨에 따라 이 때 취득세를 신고․납부한 후, 현재까지 재산세를 납부하고 있으며, 장부상 용지로 계상하고 있다. (바) 청구법인에게 쟁점농지를 양도한 양도인들의 양도소득세 신고내역을 보면, 양도인들은 토지거래허가구역 해제일 이후 잔금청산일을 양도일로 하여 양도소득세를 신고․납부하였다. (사) 청구법인은 쟁점농지의 매수대금은 지급되었으나, 청구법인 명의로 소유권이전등기가 되지 아니하여 청구법인의 토지로 볼 수 없다는 이유로 2014년 9월 종합부동산세 종합합산배제 신청을 하였고, 처분청은 쟁점농지의 취득시기는 잔금청산일이고 잔금청산일로부터 5년 이내 업무용으로 사용하지 아니하여 관련 지급이자 등을 손금불산입하고, 종합부동산세 과세대상으로 보아 이 건 처분을 하였다. (아) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점농지가 농지법상 제약으로 인해 소유권이전등기가 이루어지지 아니하여 청구법인의 소유로 볼 수 없으므로 관련 지급이자 등을 손금불산입하고 종합부동산세를 과세한 처분은 부당하며, 설령 청구법인의 소유로 본다 할지라도 취득시기는 토지거래허가구역 지정이 해제된 2014사업연도로 보아야 한다고 주장하나, 법인세법제27조 및 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호에서 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산은 업무와 관련이 없는 자산에 해당한다고 보면서, 다만, 기획재정부령이 정하는 기간이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산은 제외한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제26조 제6항에 의하면, 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 부동산의 취득시기는 소득세법 시행령제162조의 규정을 준용한다고 규정하고 있으며, 소득세법 시행령제162조에서 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2006년 12월부터 2010년 6월까지 쟁점농지의 매매대금을 완납한 점, 청구법인이 체결한 쟁점농지 매매계약은 토지거래계약허가를 받지 않아 그 효력이 발생하지 아니하는 유동적 무효상태였으나 2014년 지정 해제되어 그 매매계약이 소급적으로 유효하게 되었으므로 잔금청산일인 2006년 12월부터 2010년 6월 쟁점농지를 취득한 것으로 보아야 할 것인 점, 청구법인이 이미 농지법상 제약이 있는 쟁점농지를 취득하여 전용허가를 받을 수 있는 사업시행인가 등을 받지 못한 경우라 할 것이므로 쟁점농지를 취득 후 법령에 의하여 사용이 제한된 부동산이라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)