쟁점건물의 취득가액을 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 재무제표상 장부가액으로 본 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1978.5.17. OOO(이하, “부속토지”라 한다)를 매매로 취득하고, 1998.2.20. 그 지상에 철근콘크리트조 건물(근린생활시설, 연면적 1,402.87㎡, 이하, “쟁점건물”이라 한다)을 신축으로 취득하여 보유하다가 2016.12.22. 배우자 OOO에게 쟁점건물을 양도하고 부속토지를 부담부 증여하였으며, 청구인은 2017.2.28. 쟁점건물은 매매가액을 양도가액, 환산가액을 취득가액으로, 부속토지는 부담부 채무액을 양도가액, 환산가액을 취득가액으로 하여 양도소득세OOO원을 예정신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 세무조사를 실시하여 청구인이 쟁점건물을 특수관계인 OOO에게 시가에 미달하게 양도한 것으로 보아 소득세법제101조의 부당행위계산 부인규정에 따라 양도가액을 시가(기준시가)로, 청구인이 2016년 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표상 장부가액을 취득가액으로 하여 2017.12.7. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지(이하, “쟁점처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.3.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1997년 7월경 주식회사 OOO(대표이사 OOO, 이하, “OOO”이라 한다)과 공사대금OOO)의 쟁점건물 신축도급계약을 체결한 바, 동 공사대금은 쟁점건물의 연면적 1,447.94㎡에 비추어 1㎡당 OOO 1) 에 해당하고, 공사대금은 1997.9.30.～1999.12.20. 쟁점건물에 관한 지출에만 사용하는 청구인 명의의 OOO에서 자기앞수표 또는 현금으로 인출하여 지급하였으며, 같은 기간 같은 계좌에서 인출된 금액은 OOO원으로 공사대금과 거의 비슷하고, 사용검사 이전에 공사비의 약 50%를 지급, 약 40%는 건물임대로 수령하는 임대차보증금으로 지급하였으며, 약 10%는 하자유보금으로 1～2년간을 유보하였다가 지급하는 관행에 따라 지급된 것으로 쟁점건물의 경우 임대가 늦어져서 공사대금의 지급이 다소 지연된 것일 뿐이다. 청구인은 1998.2.20. 쟁점건물에 대한 사용승인을 받았는데, 공사대금은OOO원만이 지급되었고, 청구인은 OOO로부터 공사계약과 관련하여 교부받은 매입세금계산서를 부가가치세 신고시 매입세액 공제하여 처분청에 1998.2.5.OOO원을 환급받은 바, 이를 통해 OOO도 부가가치세 신고시 자신이 수령한 공사대금에 대하여 OOO원)을 신고한 것을 알 수 있고, 사용검사 이후에도 1999.12.20.까지 합계 OOO이 지급되었으며, 청구인과 OOO이 체결한 공사계약상의 건축비는 당시 건설교통부가 고시하고 있는 표준건축비인 OOO(1998년, 건설교통부 고시 제1997-433호)에 비추어도 상당히 저렴한 금액인 것에 비추어 쟁점건물의 실제 건축비는 청구인이 OOO에 지급한OOO원이라 할 것이다. 처분청은 과세전적부심사시 OOO이 쟁점건물과 관련하여 1998년 1기 과세기간 중 매출세금계산서 2매 OOO원을 발행한 것 이외에는 쟁점건물의 공사와 관련한 매출증빙이 없어 OOO 대표자의 확인서의 신빙성이 높아 보이지 않는다는 의견을 제시하였으나, 이후 1998.1.25. 자 OOO원이 발견되어 추후에도 매출 자료가 발견될 수 있을 것이고, 처분청은 표준건축비는 과밀부담금을 산정하기 위한 기준으로서 쟁점건물은 표준건축비 대상 건축물이 아니므로 이를 취득가액의 근거자료로 삼기 어렵다는 의견을 제시하였으나, 청구인이 표준건축비를 제시한 것은 청구인이 제시한 쟁점건축의 실제 건축비가 무리한 주장이 아니라는 점을 밝히기 위한 것이며, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점건물의 건축비는OOO원이라 할 것이고 여기서 종합소득세 신고시 필요경비로 계상한 감가상각비를 차감하여 취득가액을 산정하더라도 쟁점처분 보다는 적은 금액이 될 것이다. 또한, 처분청의 주장과 같이 쟁점건물의 실제 취득가액이 OOO원이라면, 양도당시 쟁점건물의 실제 가치는 그 차액인 OOO원이라고 할 것이고, 청구인의 양도가액인 OOO백만원은 오히려 과도하게 신고된 것이라고 할 것임에도 양도가액이 과소하다는 처분청의 판단은 합리성이 없다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제97조 제1항 제1호 가목에서 양도차익을 계산함에 있어 그 취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 한다고 규정하고 있고, 실지취득가액이 매매계약서 등 취득관련서류에 의하여 직접적으로 입증되지 않더라도 여러 정황에 비추어 장부가액이 실지거래가액을 계상한 것으로 보이는 경우 장부가액을 실지취득가액으로 보는 것이 합리적이라 볼 것이다. 청구인은 본인 명의의 OOO 계좌 거래내역과 OOO의 확인서에 따른 쟁점건물의 공사대금에서 부가가치세를 차감한 OOO원이 쟁점건물의 취득가액이라고 주장하고 있으나, 청구인이 1999년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 재무제표(쟁점건물의 임대사업소득과 관련하여 제출된 최초의 재무제표)에 계상된 쟁점건물의 장부가액인 OOO 합계)과 청구인이 부가가치세 신고시 제출한 매입세금계산서상 공급가액(OOO이 일치하는 것으로 보아 쟁점건물의 실제 공사대금은 청구인이 주장한 금액이 아닌 OOO원으로 봄이 타당하다할 것이고, 청구인도 쟁점건물 공사와 관련한 매입세금계산서 공급가액 OOO이 부가가치세를 환급받았으며, 청구인이 당초 신고한 매입세금계산서 이외에도 추가로 교부 받은 매입세금계산서가 있었다면 매입세액공제(환급) 받지 않을 이유가 없는 점 등에 비추어 당시 장부가액은 실지거래가액으로 보인다. 청구인이 공사계약의 내용, 도급금액 등을 확인할 수 있는 계약서 등을 제출한 사실이 없고, OOO의 확인서는 사후에 작성된 것으로 이를 객관적 증빙이라 할 수 없으며, 청구인 명의의OOO 계좌 또한 지급일자와 지급금액만이 나타나 있어 쟁점건물의 대금이 OOO에 지급되었다는 것이 입증되지 않으므로 청구인이 쟁점건물을 취득한 후 양도할 때까지 사업용 자산으로 사용하면서 그 취득가액을 장부에 기장하고 그 금액을 기초로 산정한 감가상각비를 필요경비로 계상하여 종합소득세를 신고한 점 등에 비추어 쟁점건물의 장부가액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 쟁점처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점건물의 취득가액을, 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 재무제표상 기재된 취득가액에서 필요경비로 산입한 감가상각비를 차감하여 산정된 장부가액으로 본 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. <개정 2016.12.20, 2017.12.19>

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다. <개정 2010.12.27, 2017.12.19>

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항제1호가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항제1호나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항제1호나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항제1호나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. <개정 2010.12.27> (이하생략) (2) 소득세법 제101조 【양도소득의 부당행위계산】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다. <개정 2012.1.1> (중간생략)

⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2012.1.1> (3) 소득세법 시행령 제167조 【양도소득의 부당행위 계산】

③ 법 제101조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다. <개정 2007.2.28, 2012.2.2, 2017.2.3>

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

2. 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때 (중간생략)

⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제64조와 동법시행령 제49조 내지 제59조 및 조세특례제한법 제101조 의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 상속세 및 증여세법 시행령 제49조제1항 본문중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간"으로 보며, 조세특례제한법 제101조 중 "상속받거나 증여받는 경우"는 "양도하는 경우"로 본다. <개정 1999.12.31, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28> (이하생략)

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점건물의 일반건축물대장에 따르면 쟁점건물은 1997.7.21. 허가일, 1997.8.1. 착공일 및 1998.2.20. 사용승인일에 해당하고, 부속토지의 등기사항전부증명서에 따르면 1978.5.17. 부속토지는 청구인이 매매를 원인으로 취득하였으며, 2016.12.22. OOO에게 쟁점건물을 양도하고 부속토지를 부담부 증여(등기부상 근저당권 채권최고액 OOO만원)하였다.

(2) 청구인은 1997.10.27. 쟁점건물과 관련하여 개업일자를 1998.4.1.로 하여 부동산임대업으로 사업자등록 하였다가 2016.12.31. 폐업하였으며, 사업자등록일부터 쟁점건물의 취득시까지 청구인의 부가가치세 신고내역은 아래 <표1>과 같다.

(3) 쟁점건물에 대한 청구인의 양도소득세 신고시 양도가액은 매매가액을, 취득가액은 환산가액으로 산정한 사실이 양도소득금액계산명세서에 의하여 확인되고, 처분청은 청구인이 쟁점건물을 OOO에게 시가에 미달하게 양도한 것으로 보아 소득세법상 부당행위계산 규정에 따라 양도가액을 시가(기준시가인OOO천원), 청구인이 2016년 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표상 장부가액을 취득가액으로 산정한 사실이 처분청의 양도소득세 조사종결 보고서에 의하여 확인되며, 위 보고서에서 쟁점건물과 양도가액과 취득가액에 관한 부분은 아래 <표2>와 같고, 쟁점건물과 부속토지에 대한 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내용 중 양도가액과 취득가액을 비교하면 아래 <표3>과 같다.

(4) 청구인은 쟁점건물의 공사대금과 관련하여 청구인 명의의 OOO 계좌 에서 자기앞수표 또는 현금으로 인출하여 지급하였다고 주장하면서, 같은 계좌 거래내역을 제출하였고, 거래내역 중 청구인이 공사대금으로 지급한 내역을 요약하면 아래 <표4>와 같다. 청구인은 OOO 대표자인OOO이 2017.9.4. 작성한 확인서를 제출한바, 그 내용은 아래 <표5>와 같고, 연도별 표준건축비에 대하여 아래 <표6>과 같이 제시하였다.

(5) 쟁점건물의 취득가액과 관련하여 처분청은, 청구인이 1999년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점건물(상호: OOO의 임대소득과 관련하여 제출한 표준손익계산서상 감가상각비로 OOO원이 계상되고 있고, 같은 연도의 표준대차대조표상 건물에는OOO이 계상되어 있으며, 청구인이 2016년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점건물(상호: OOO의 임대소득과 관련하여 제출한 재무상태표에는 건물 OOO원이 계상되고 있고, 표준재무상태표에는 건물 OOO원이 계상되고 있으며, 같은 연도의 표준합계잔액시산표상 계정과목 중 건물에 대한 부분은 아래 <표7>과 같다고 제시하였다. OOO시장이 2017.8.30. 발급한 지방세 세목별 과세증명서는 쟁점물건을 과세물건으로 취득세(농특세 포함, 과세표준액:OOO원이 기재되어 있다. 처분청은 쟁점처분과 관련한 과세전적부심사결정서에서 “청구인이 쟁점건물의 공사비가 실지거래가액임을 주장하며 이를 뒷받침하는 근거로서 연도별 표준건축비 내역을 제출하였으나, 국토교통부가 고시하는 표준건축비는 수도권정비계획법제12조(과밀부담금의 부과․징수) 규정에 따라 과밀부담금을 산정하기 위한 기준 중 하나이고, 쟁점건물은 과밀부담금 부과대상 건축물에도 해당하지 않으므로 표준건축비를 취득가액의 근거로 보기 어렵다”는 의견을 제시한 바 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 양도소득의 필요경비인 취득가액은 그 양도자산의 취득에 든 실지거래가액이고, 같은 조 제3항에 따라 양도자산에 대한 감가상각비로 각 과세기간의 사업소득금액 계산시 필요경비로 산입한 금액은 실지거래가액에서 공제한 금액을 취득가액으로 규정하고 있는바, 청구인은 1997년 제2기부터 1998년 제1기까지 부가가치세 신고시 제출한 매입세금계산서합계표상 공급가액 합계액 OOO원 이외에 청구인이 OOO로부터 수취하였으나 부가가치세 신고시 제출하지 아니한 세금계산서가 더 있을 것이라고 주장하고 있으나 그에 관하여 현재까지 확인되지 않는 점, 이러한 OOO원은 청구인이 쟁점건물의 임대를 개시한 1999년부터 쟁점건물을 양도한 2017년까지 그 임대소득과 관련한 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표 등에 계상된 건물의 기초가액과 동일한 점, 청구인은 OOO에 쟁점건물의 공사대가로 OOO을 지급하였다고 주장하나 계좌거래내역에는 현금출금 또는 자기앞수표로 기재되어 있어 OOO에 실제로 지급되었는지 여부가 확인되지 않는 점, 청구인이 제시한 OOO이 작성한 확인서나 표준건축비 등으로는 쟁점건물의 실제 취득가액을 확인하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점주택의 실제 취득가액이 OOO원이라는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 또한, 쟁점건물은 청구인의 특수관계인에게 양도된 것으로, 그 양도가액이 쟁점건물의 양도가액이 소득세법 제101조, 같은 법 시행령 제167조 및 상속세 및 증여세법 제61조 에 따른 시가인 기준시가 보다 낮은 것으로 보이므로 이에 소득세법제101조에 따른 부당행위계산 규정에 따라 양도소득금액을 경정한 처분에 달리 잘못이 없고, 청구인이 주장하는 ‘취득가액에서 감가상각비를 차감한 금액’은 소득세법 제101조 등에 따른 시가로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청의 당초 처분이 위법․부당하다고 보기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.