쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 쟁점금액을 손금불산입한 처분의 당부

[주 문] OOO장이 2017.11.20., 2017.12.4. 청구법인에게 한 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 OOO 계좌(102-910027-77***)에 입금한 건물임차료 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 회원제 창고형 할인매장을 운영하고 있으며, 2011.6.22. OOO 주식회사(OOO이 투자하여 설립한 법인이며, 이하 “OOO” 또는 “임대인”이라 한다)와 사이에 OOO 소재 토지 25,421.14㎡ 및 그 지상에 신축하는 건물에 대하여 아래와 같이 임대차계약(이하 “이 건 임대차계약”이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 임대차계약에 따라 ＜표1＞과 같이 건물임차료로 쟁점계좌에 6회에 걸쳐 OOO을 입금하고 임대인에게 3회에 걸쳐 OOO을 지급하였으며, 8회에 걸쳐 세금계산서(이하 “이 건 선발행세금계산서”라 한다)를 발급받고 각 과세기간별로 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다. ＜표1＞ 이 건 선발행세금계산서 발급 및 대가지급 내역
• 다. 청구법인은 2012.12.18. 임차권 설정등기를 완료하였고, 임대인은 2012.12.21. 쟁점계좌에 예치된 OOO(예금이자 포함)을 인출하였다.
• 라. 한편, 청구법인은 OOO 본사(OOO)와 사이에 체결한 파견계약(Employee Secondment Agreement)에 따라 ＜표2＞와 같이 OOO 본사가 OOO(2005년 10월부터 2016년 1월까지 청구법인의 대표이사로 재직하였으며, 이하 “OOO”이라 한다)에게 지급할 보수를 OOO 본사에 지급하고 급여와 상여로 처리하고, OOO이 OOO과 OOO에서 부담할 OOO, 근로소득 원천세, 종합소득세, OOO, 건강보험료, OOO 등을 지출하고 복리후생비로 처리하였다. ＜표2＞ 급여, 상여 및 복리후생비 지급내역
• 마. OOO장(이하 “조사청”이라고도 한다)은 2017.2.23.부터 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, ① 이 건 선발행세금계산서 중 2012.6.19. 발급분을 제외한 나머지 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급일부터 7일 이내에 그 대가를 지급하지 아니한 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 매입세액을 불공제하고, ② OOO에게 지급한 급여, 상여 및 복리후생비(이하 “쟁점경비”라고도 한다) 중 주주총회에서 정한 임원급여 한도 초과금액(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금불산입하여 과세자료를 통보하였다.
• 바. 처분청은 이에 따라 2017.11.20. 및 2017.12.4. 청구법인에게 아래와 같이 부가가치세 및 법인세를 경정․고지하였다.
• 사. 청구법인은 이에 불복하여 2018.2.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 귀책사유 없이 임대차계약이 해지되는 등의 사유를 제외하고는 쟁점계좌에 예치된 금원을 인출할 수 없었으므로 쟁점계좌에 선급임차료를 이체한 시점을 임대인에게 선급임차료를 지급한 시점으로 보아야 한다.

(2) 쟁점경비는 OOO 본사에 소속된 직원(OOO)에 대한 파견 수수료로서 청구법인이 부담해야 할 성격의 것이므로 전액 손금산입 대상이고, 설령 법인세법 시행령 제43조 제2항의 적용대상이라고 하더라도 상여금을 제외한 기본급여는 그 대상이 아니다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 임대용역의 공급시기가 도래하기 전에 쟁점세금계산서를 발급받고 16∼260일이 경과한 후에 그 대가를 지급하였으므로 쟁점세금계산서는 선발급 세금계산서 요건을 충족하지 못한다.

(2) 쟁점경비는 청구법인에게 근로를 제공한 대가이고 청구법인도 쟁점경비를 OOO의 근로소득으로 신고하였으므로 쟁점경비 중 주주총회에서 결정된 대표이사의 연간보수 한도액을 초과하는 쟁점금액은 손금불산입 대상이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

② 쟁점금액(주주총회에서 정한 보수한도 초과액)을 손금불산입한 처분의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 11873호로 개정되기 전의 것) 제9조(거래 시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.

(2) 부가가치세법 시행령 제22조(용역의 공급시기) 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의2 제1항·제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 용역을 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 제공하고 그 대가를 선불로 받는 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

• 가. 헬스클럽장 등 스포츠센터를 운영하는 사업자가 연회비를 미리 받고 회원들에게 시설을 이용하게 하는 것
• 나. 사업자가 다른 사업자와 상표권 사용계약을 할 때 사용대가 전액을 일시불로 받고 상표권을 사용하게 하는 것
• 다. 노인복지법에 따른 노인복지시설(유료인 경우에만 해당한다)을 설치·운영하는 사업자가 그 시설을 분양받은 자로부터 입주 후 수영장·헬스클럽장 등을 이용하는 대가를 입주 전에 미리 받고 시설 내 수영장·헬스클럽장 등을 이용하게 하는 것
• 라. 그 밖에 가목에서 다목까지의 규정과 유사한 용역 제49조의2【부동산임대용역에 대한 과세표준 계산의 특례】④ 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 제48조 제12항 후단을 준용한다. 제54조【세금계산서의 발급특례】② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

③ 제2항에도 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 공급하는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고, 그 세금계산서 발급일부터 7일 경과 후 대가를 지급받더라도 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

1. 거래 당사자간의 계약서·약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것

2. 대금청구시기에 세금계산서를 발급받고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것

3. 대금청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것

(3) 부가가치세법 시행규칙 제9조【재화 또는 용역의 공급시기】② 사업자가 다음 각 호의 규정에 의한 공급시기가 도래하기 전에 법 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 법 제32조의 규정에 의한 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

3. 영 제22조 제2호의 규정에 의한 장기할부 또는 통신 등 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우의 공급시기

(4) 법인세법 제26조【과다경비 등의 손금불산입】 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

2. 복리후생비

(5) 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

(6) 상법 제388조【이사의 보수】이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니한 때에는 주주총회의 결의로 이를 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO장은 세무조사 결과, 청구법인이 쟁점세금계산서를 교부받은 날부터 7일을 경과하여 그 대가를 지급한 것으로 보아 매입세액을 불공제하고, OOO에게 지급한 급여, 상여 및 복리후생비 중 쟁점금액(주주총회에서 정한 보수한도 초과액)을 손금불산입하여 과세자료로 통보하였다. 관련내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO에 신규 매장을 개점하기 위하여 OOO와 사이에 이 건 임대차계약을 체결하였다. 동 임대차계약에는 “임차인은 임대인의 건축비용 상당액을 건물의 선급임차료로 부담하되, 임대인이 시공사에 지급한 건축비용과 동일한 금액을 쟁점계좌에 예치하여 임대인의 대출금 담보로 제공하며, 임대인은 동 계좌에 질권을 설정하고 임차인이 임차권을 등기한 후 질권을 행사하여 예치금을 인출한다”고 되어 있다. (나) 청구법인은 건물임차료와 관련하여 2012.6.19.부터 2013.4.25.까지 총 8회에 걸쳐 이 건 선발행세금계산서를 교부받았으며, 그 대가 일부를 2012.6.26.부터 2012.11.26.까지 총 6회에 걸쳐 쟁점계좌에 입금하였다. (다) 청구법인은 2012.12.18. 건물에 대하여 임차권 설정등기를 마쳤으며, 임대인은 2012.12.21. 쟁점계좌에 예치된 OOO(예금이자 포함)을 인출하였다. (라) 쟁점세금계산서는 발급일부터 7일을 경과하여 그 대가를 임대인에게 지급(2012.12.21., 2012.12.26., 2013.4.4., 2013.5.24.)하였으므로 선발급 세금계산서 요건(부가가치세법 시행령 제54조 제2항)을 충족하지 못한다. (마) 한편, 청구법인은 OOO 본사와 사이에 체결한 파견계약에 따라 OOO 본사가 OOO에게 지급할 보수를 OOO 본사에 지급하고 급여와 상여로 손금산입하였으며, OOO이 OOO과 OOO에서 부담할 OOO, 근로소득 원천세, 종합소득세, OOO, 건강보험료, OOO 등을 지출하고 복리후생비로 손금에 산입하였다. (바) 청구법인은 위 급여, 상여 및 복리후생비를 OOO의 근로소득으로 하여 근로소득 지급명세서를 관할 세무서장에 제출하였으며, 청구법인의 2011∼2013년 주주총회 의사록에 의하면 대표이사의 보수한도액(보너스 포함)은 아래와 같다. (사) 쟁점경비 중 주주총회에서 결정된 대표이사의 연간 보수한도액을 초과한 금액(쟁점금액)은 아래와 같다.

(2) 청구법인은 ① 쟁점세금계산서를 교부받은 날부터 7일 이내에 대가를 지급하였으므로 동 세금계산서는 적법한 선발행세금계산서이고, ② OOO에게 지급한 급여, 상여 및 복리후생비(쟁점경비)는 청구법인이 부담하여야 할 파견수수료이므로 전액 손금산입되어야 한다고 주장하고 있다. 그 논거는 다음과 같다. (가) 건물임차료의 지급시점은 쟁점계좌에 임차료를 이체한 시점으로 보아야 한다.

1. 청구법인은 임대인과 사이에 체결한 예금채권 근질권설정계약에 따라, 청구법인 명의로 개설한 쟁점계좌에 대한 모든 권리와 소유권 및 예치되었거나 예치될 금액에 대해서 임대인에게 근질권을 설정하였고(제2조), 근질권의 효력은 근질권계약 체결시 이미 예치되어 있는 금액 및 그 이후 예치될 금액에 당연히 미친다(제4조).

• 가) 근질권설정계약의 체결 및 이행의 목적은 이 건 임대차계약에 따른 목적물 중 건물에 대한 임차료와 쟁점계좌에서 발생한 이자를 지급할 청구법인의 의무를 담보하기 위한 것이다.
• 나) 이 건 임대차계약 제1.10.13.2조에 따라, 임대인이 건물의 각 기성 건축비용을 지급한 날로부터 2영업일 내에, 청구법인은 쟁점계좌에 임대인이 OOO에 지급한 금액에 해당하는 금액을 예치하였다. 그리고 이와 같이 예치된 금원은 근질권설정계약 제6조 제(1)항에서 정한 바와 같이 청구법인의 귀책사유 없이 임대차계약이 해지되거나 건물의 건축 또는 임차권 등기가 완료되지 아니한 경우에 한하여, 청구법인이 임대인에 대한 서면통지로써 근질권을 소멸시키고 예치금을 인출할 수 있을 뿐, 그 외 사유로는 인출할 수 없었다.
• 다) 반면, 임대인은 이 건 임대차계약 및 근질권설정계약에 따라, 임대차 개시일에 예치된 모든 금원(이자 포함)을 인출하여 임대료로 충당할 수 있었고, 실제로 그와 같이 하였다.
• 라) 청구법인은 쟁점계좌에 예치금을 입금하기는 하지만, 그에 대한 권리를 행사할 수 없을 뿐 아니라, 그로 인한 이익은 모두 임대인에게 귀속되는 것이다.

2. 부가가치세법은 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우(구 부가가치세법 시행령 제22조 제2호), 그 공급시기가 되기 전에 세금계산서를 발급하는 경우에는 그 발급한 때를 그 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있다. 따라서 쟁점계좌에 선급임차료를 이체한 시점을 공급시기로 볼 수 없다고 하더라도, 쟁점세금계산서는 공급시기 도래 전에 발급되었으므로 발급일을 공급시기로 보아야 한다. (나) 쟁점경비는 청구법인이 OOO이 소속되어 있는 OOO 본사에 지급해야 할 파견수수료이므로 보수한도 규정의 적용을 받지 않는다.

1. OOO은 OOO 본사에 소속되어 있으며 청구법인에 파견되어 용역을 제공하였다. OOO은 OOO 본사와의 고용계약에 따라 OOO 본사로부터 급여 등을 지급받고 있으며, 청구법인은 OOO 본사의 청구에 따라 OOO 본사에 파견에 따른 비용을 지급하였다.

2. 쟁점경비는 OOO의 입장에서는 근로소득에 해당하지만, 청구법인의 입장에서는 그 실질이 파견수수료이다.

3. 보수한도 규정을 적용받는다고 하더라도, 임원에게 지급한 기본 급여는 전액 손금으로 인정되어야 한다.

• 가) 법인세법상 임원이 법인에게 노무를 제공한 대가로 지급받는 금원은 보수와 상여금으로 나뉜다.
• 나) 보수는 정관의 규정 또는 주주총회의 결의로서 정해져야 하나, 이것은 해당 임원이 법인의 이익발생에 얼마나 기여하였는지에 상관 없이 직무집행에 대한 대가로 받는 것이므로 기업의 수익활동에 따르는 비용으로 손금에 산입된다. 반면, 상여금의 경우 정관, 주주총회, 사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 않는다(법인세법 시행령 제43조 제2항).
• 다) 법인세법 시행령 제43조 제2항의 적용대상은 상여금만 해당하며, 직무집행에 대한 대가로 지급되는 기본급여는 당연히 전액 손금산입 대상이다.

4. OOO 프로그램에 따른 보전액, 원천세 대납액, 소득세 보전액 등은 청구법인에 대한 기본 급여로서 한도와 상관 없이 손금산입 대상에 해당한다.

5. 따라서, 쟁점경비 중 상여금을 제외한 금원은 OOO에게 파견계약에 따라 지급이 예정되어 있는 급여이므로 손금으로 인정되어야 한다.

(3) 처분청은 ① 청구법인이 쟁점세금계산서를 교부받은 날부터 7일을 경과하여 대가를 지급하였으므로 동 세금계산서는 적법한 선발행세금계산서로 볼 수 없고, ② 쟁점경비는 OOO이 근로를 제공한 대가이므로 주주총회에서 정한 보수한도액을 초과하는 금액(쟁점금액)은 손금불산입 대상이라는 의견이다. 과세근거는 다음과 같다. (가) 쟁점세금계산서는 적법한 선발행세금계산서로 볼 수 없다.

1. 이 건 임대차계약상 임대기간이 개시하기 전에 임차료 전액을 선불로 지급하기로 약정하였으므로 그 공급시기는 부가가치세법 시행령 제22조 제4호 규정에 따라 예정신고기간 또는 과세기간 종료일이다.

2. 청구법인은 선지급한 임차료에 대한 세금계산서를 공급시기가 도래하기 전에 임대인으로부터 발급받았으므로 그 대가 지급이 발급일로부터 7일 이내에 이루어져야 적법한 세금계산서에 해당한다.

• 가) 쟁점세금계산서에 대한 대가 지급관계를 보면, 청구법인은 쟁점계좌에 5회에 걸쳐 OOO원을 예치하였고, 임차권 설정 등기 완료 후 2012.12.21. 임대인에게 예금이자를 포함하여 OOO을 지급하였으며, 임대인에게 직접 OOO을 지급하였다.
• 나) 청구법인은 쟁점세금계산서 발급일로부터 7일을 경과하여 임대인에게 대가를 지급(2012.12.21., 2012.12.26., 2013.4.4., 2013.5.24.)하였으므로 쟁점세금계산서는 선발행세금계산서 요건을 충족하지 못하였다.

3. 청구법인은 쟁점계좌에 임차료를 이체한 날에 임대인이 질권을 설정하여 사용이 제한되었으므로 쟁점계좌에 입금한 날을 대가를 지급한 때로 보아야 한다고 주장한다.

• 가) 그러나, 2011.6.22. 임대인과 청구법인이 체결한 개발계약 3.(d)(ⅱ)항에 따르면, 건축비용에 대한 양 당사자간의 의무사항에 대하여 “청구법인은 개량물에 대한 선지급 임대료 지급의무에 대한 담보로서 임대인에게 쟁점계좌에 대한 질권설정 형식으로 담보권을 제공한다. 임대차계약 1.10.14항에 따라 청구법인의 임차권 등기를 마친 후에 임대인은 질권자로서 질권을 행사하고, 이자와 함께 예치금을 인출할 권리를 가진다.”라고 규정되어 있으므로 청구법인의 피담보채무는 쟁점계좌 입금일이 아닌 임차권 등기일 이후에 성립하는 것이고, 쟁점계좌 입금행위는 임대인의 대출실행을 위한 담보제공 행위이지 대가지급이 아니며, 쟁점계좌가 질권설정으로 사용이 제한되었을지라도 법적 소유권자는 명의자인 청구법인이며, 기업회계에서도 질권설정 등으로 사용이 제한된 예금에 대하여 단기금융상품으로 분류하도록 하고 있다.
• 나) 또한, 청구법인은 쟁점계좌에서 발생된 이자소득에 대하여 원천징수하고, 법인세 신고시 사업연도 소득에 포함하여 신고하는 등 피담보채무가 성립되기 전까지 청구법인의 자산으로 관리하였으며, 쟁점계좌는 임차권 등기일인 2012.12.21. 임대인이 비로소 인출하여 대출금을 상환하였다.
• 다) 따라서 선급임차료 명목으로 쟁점계좌에 자금을 이체한 시점을 대가를 지급한 때라고 볼 수 없다.

4. 쟁점계좌 입금행위 자체는 대가지급 여부 판단의 대상이 될 수 없다.

• 가) 입금행위만 보면 청구법인이 자기 명의계좌에 돈을 넣는 것에 불과하여 그 과정 중 임대인이 개입될 여지가 없다. 임대인은 질권설정계약을 통해 당사자(질권자)로 등장하는 것이다.
• 나) 질권설정 계약관계를 보면 통장잔액은 질권목적물으로써의 의미를 가지는데 지나지 않은바 결국 임대인에게 주어진 것은 액수가 아니라 질권이라는 권리이다. 다만 이 건에서는 근질권을 설정한 것이므로 계약당시 금액을 특정하지 않고 차후의 입금액 전체를 포괄적으로 목적물로 한 것인데 그렇다고 하여 예금액의 법적 성격이 달라지는 것은 아니다.
• 다) 그렇다면 질권의 제공이 채무변제, 즉 대가지급이 될 수 있는가를 따져보면 질권설정은 담보제공행위이다(민법 제329조).
• 라) 담보제공이라 함은 채무변제를 할 때까지 채권자에게 담보물을 유치(부동산담보 등 제외)하게 하고 변제기까지 변제되지 않을 경우 담보실행을 통해 채권만족을 얻게 하는 것이므로 질권설정 내지 담보제공 자체로 변제가 이루어지는 것이 결코 아니다.
• 마) 청구법인은 자신이 쟁점계좌의 금원을 인출할 수 없었다는 것을 변제주장의 이유로 들고 있으나 이는 담보물권의 유치적 효력에 의해 당연히 발생되는 것으로 변제와는 무관하다.
• 바) 청구법인은 임대용역은 부가가치세법 시행규칙 제9조 제2항 제3호 규정에 따라 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에 해당하므로 그 공급시기가 되기 전에 세금계산서를 발급하면 대가의 지급과 무관하게 그 발급한 때가 적법한 공급시기가 된다고 주장하나, 동 규정은 부가가치세법 시행령제22조 제2호에 의한 공급시기(대가의 각 부분을 받기로 한 때)를 대상으로 한 것으로 이 건 임대차계약의 공급시기는 같은 조 제4호 규정에 의한 공급시기이므로 위 규정을 적용할 수 없다. (나) 쟁점금액은 손금불산입 대상이다.

1. 청구법인은 쟁점경비는 OOO이 소속되어 있는 OOO 본사에 지급하는 파견수수료에 해당한다고 주장하나, 쟁점경비의 발생원인은 OOO이 청구법인에게 근로를 제공하였기 때문이므로 계정과목, 지급방법에 불구하고 근로의 대가인 보수로 봄이 타당하고, 청구법인 또한 쟁점경비를 OOO의 근로소득으로 신고하였다.

2. 쟁점경비 중 주주총회에서 결정된 대표이사의 연간보수 한도액을 초과한 쟁점금액을 손금불산입한 처분은 정당하다.

• 가) 청구법인은 연간보수 한도액을 초과하더라도 기본급여는 손금에 산입되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 OOO에게 지급할 기본급여는 OOO과 OOO 본사 사이에 책정된 연간급여액(Annaul Salary)으로 봄이 타당하다.
• 나) OOO은 청구법인과 근로계약을 체결하지 아니하고 OOO 본사와 사이에 매년 연간 급여액(Annaul Salary)을 책정하고 있는 바, 연간 급여액(Annaul Salary)의 현황은 아래와 같다.
• 다) 기본급여는 연간보수 한도액을 초과하지 않는 금액이고, 한도 초과액은 기본급여 외의 금액이므로 연간보수 한도액을 초과한 쟁점금액은 손금불산입 대상이다.

3. 청구법인은 법인세법 시행령 제43조 제2항은 상여금에 대한 것으로 쟁점경비 전체에 대해 적용할 수 없으며, 상여금을 기업의 성과에 따라 임원의 활동을 평가하여 주는 임시적ㆍ은혜적 급부라고 정의하며, 쟁점경비 중 상여금으로 분류된 금액에 대해서만 적용할 것을 주장하고 있으나, 정관, 주주총회 의사록에서 상여금의 정의, 지급기준 등을 규정하고 있지 않는 상황에서 청구법인의 상여금 정의는 자의적이고 편협된 해석으로 명목 여하에 불구하고 기본급여와 별도로 지급되는 비정기적 보수 전액을 상여금에 포함하는 것이 타당하다. 또한, 주주총회에서는 상여금을 포함한 보수의 한도액을 결정하고 있는바 이는 법인세법 시행령 제43조 제2항 규정의 급여지급기준에 해당한다고 볼 수 있고, 이를 초과한 금액은 손금불산입 대상이다.

4. 한편, 이사 보수한도의 결의는 법정사항(상법 제388조)이므로 당해 한도와 무관한 금원에 대하여 이사는 보수청구권을 행사할 수 없다. 당초 보수한도 범주 내에도 속하지 않고 다른 명목으로도 분류되지 않았던 금원이라면 이는 당연히 잉여금에 해당한다고 할 것이고 보수한도를 초과하여 지급한 금액의 경우 그 금원성격에 관한 다른 증명이 없는 한 잉여금의 처분에 해당한다고 할 수 있어 손금산입은 인정될 수 없다.

5. 또한, 쟁점금액의 지급경위를 보면 보수한도를 초과하면서까지 지급한 점, 현 대표이사인 OOO에게는 적용되지 아니하는 점 등을 감안하더라도 통상적인 비용으로서의 요건을 충족하지 못하므로 손금산입할 수 없다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 전부 불공제하였으나, 부가가치세법 제9조 제3항은 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제54조 제2항 및 제3항은 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하고 일정기간(7일 또는 7일 경과 30일) 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 교부한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점세금계산서 교부일부터 위 기간에 그 대가의 일부를 쟁점계좌에 입금하고, 나머지는 위 기간을 경과하여 임대인에게 직접 지급한 점, 이 건 임대차계약과 근질권설정계약에 따르면 청구법인이 임대인의 건축비용 상당액을 건물임차료로 쟁점계좌에 예치하면, 임대인은 동 계좌에 질권을 설정한 다음 임대차 개시시점에 예치금을 인출하고, 청구법인은 귀책사유 없이 임대차계약이 해지되는 사유 외에는 예치금을 인출할 수 없는 것으로 약정되어 있어 청구법인은 예치금에 대하여 아무런 권리를 행사할 수 없었으므로 청구법인이 건물임차료를 쟁점계좌에 예치하는 것과 임대인에게 직접 지급하는 것의 경제적 실질이 동일한 점 등을 감안할 때 쟁점세금계산서상 매입액 중 쟁점계좌 입금액에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.

(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점경비(급여, 상여 및 복리후생비)는 OOO 본사에 소속된 직원에 대한 파견 대가이므로 전액 손금산입되어야 한다고 주장하나, 법인세법 제26조는 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서 제1호에서 인건비를, 제2호에서 복리후생비를 들고 있는바, 쟁점경비는 OOO이 청구법인의 대표이사로 근무한 대가이고 청구법인도 근로소득으로 신고한 점, OOO 본사는 OOO의 연간 급여를 2011년 9월 OOO로 책정하였고, 청구법인은 주주총회에서 대표이사의 연간 보수한도액(보너스 포함)을 2011년 9월OOO로 결정한 점 등을 감안할 때 OOO의 보수(급여 및 상여)는 주주총회에서 결정한 연간 보수한도액을 초과하지 않는 금액으로 봄이 타당하다 하겠다. 따라서 그 한도를 초과하는 쟁점금액은 그 내용에 따라 손금산입 여부를 판단하여야 할 것인데, 그 금액 상당액은 청구법인이 복리후생비로 계상한 것으로써 통상적인 비용으로 볼 수 없으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.