비상장주식의 쟁점주식을 양도한 청구인은 「소득세법」상 대주주에 해당하지 아니하므로 10%의 세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2016.6.15. 비상장 중소기업인 OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다)가 발행한 주식 OOO주(총발행주식의 51%%로 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 주식회사 OOO에게 OOO원에 양도하고 대주주가 양도하는 중소기업의 주식에 해당한다고 보아 20%의 세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가, 2017.9.19. 비상장 중소기업의 주식을 양도하는 경우에는소득세법제104조 제1항 제11호 및 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에 따라 대주주가 양도하는 주식에 해당하지 아니므로 10%의 세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2017.12.8. 청구인이 2015.12.31. 기준으로 OOO의 발행주식 전부를 보유하고 있는 대주주이므로 20%의 세율을 적용하는 것이 맞다고 보아 거부하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2018.1.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점주식 양도 당시소득세법에 따른 대주주에 해당하지 아니하므로 쟁점주식의 양도에 대하여 10%의 세율이 적용되어야 한다.

(1) 2015년에 중소기업의 경우 상장법인 소액주주를 제외한 나머지 모든 주주에 대하여는 10%의 세율이 적용되었으나, 2015년말에소득세법이 개정되면서 같은 법 제104조 제1항 제11호 나목에 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다”는 법문이 추가됨으로써 2016년부터는 중소기업도소득세법상 대주주에 해당하는 경우에는 20%의 양도세율이 적용되는 것으로 개정되었다. 다만, 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된소득세법제104조 제1항 제11호의 대주주의 범위는 그 문리해석상 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 정하고 있는데, 동 조문에 따르면 대주주는 주권상장법인의 대주주만을 의미하므로, 비상장 중소기업의 모든 주주는 여전히소득세법제104조 제1항 제11호를 적용함에 있어 대주주가 아닌 자에 해당된다.

(2) 2000년말 세법개정으로 2001년부터는 비상장법인의 경우 예외 없이 모든 주주가 주식의 양도소득세 과세대상에 해당되는 것으로 그 적용 범위가 확대 개정되면서 기존 비상장법인 대주주 관련 조항은 삭제되어 2001년 이후부터는 비상장법인의 경우 대주주의 개념 자체가 법문에서 존재하지 않게 되었다.

(3) 대주주의 범위에 비상장법인 주주가 포함되지 않는 문제점을 치유하기 위하여 2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된소득세법제104조 제1항 제11호 및 2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 같은 법 시행령 제167조의8 제1항 개정규정에서 주권비상장법인 대주주에 대한 개념을 새로이 신설하였으며, 이러한 세법개정에 대하여 2016년 10월 국회예산정책처가 발간한 ‘2016년 세법개정안 분석보고서’에서도 2016년도말까지 기존소득세법과 같은 법 시행령에는 상장주식의 대주주 기준만 규정되어 있을 뿐 비상장주식의 대주주 기준에 관한 규정이 없어 비상장주식의 대주주를 상장주식의 대주주 기준과 동일하게 해석하는 것은 조세법 원칙인 과세요건 명확주의에 부합하지 않는 것으로 보인다고 판단하고, 정부가 2016년 말과 2017년 초 소득세법령 개정 추진 중인 비상장주식의 대주주 기준 마련은 적정한 것으로 보인다고 분석하였다.

• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점주식 양도 후 당초 20%의 세율을 적용하여 신고한 것은 아래와 같이 적법한 신고이므로 10%의 세율을 적용하여 달라는 이 건 경정청구는 이유가 없다. (1)소득세법제94조 제1항 제3호 나목에서 주권상장법인이 아닌 법인의 주식을 양도하여 발생되는 소득에 대해서는 양도소득으로 과세하도록 정하였고, 2015.12.15. 개정된 같은 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 규정하고 있는 “대주주”는 같은 법 제94조에서 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”의 범위와 동일한 것으로 보아야 하며 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대주주의 범위를 규정하면서 같은 법 제3장(거주자의 양도소득에 대한 납세의무) 전체에서 동일한 뜻으로 해석되도록 정하였다.

(2) 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 소득세법 시행령제157조 제4항의 증권예탁증권 및 대주주의 범위에서 대주주는 “법인의 주식을 소유하고 있는 주주 1인 및 그의 특수관계인이 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직 전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 합계액이 2% 이상을 소유한 경우 또는 주식 시가총액이 50억원 이상인 경우에 해당 주주 1인 및 그의 특수관계인으로 규정하고 있어 대주주는 상장주식 및 비상장주식의 대주주를 모두 포함하는 개념으로 보아야 한다.

(3) 청구인은 2015.12.31. 현재 OOO의 지분 100%를 소유하고 있는 대주주로서 2016.6.15. 쟁점주식을 주당 OOO원에 양도하였고 이는 쟁점주식이 중소기업의 주식 여부를 불문하고 대주주가 양도하는 주식에 해당된다.

• 가. 쟁점 비상장주식인 쟁점주식을 양도한 청구인은소득세법상 대주주에 해당하지 아니하므로 10%의 세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등 (1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다): 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 다. 그 밖의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

• 가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

1. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

2. 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등

• 나. 주권비상장법인의 주식등 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

• 가. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 아닌 자가 양도하는 주식등으로서 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 10
• 나. 대주주가 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
• 다. 그 밖의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 20 (3) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 2(괄호생략) 이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 2에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 2 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 50억원(괄호생략) 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 (4) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 ｢국세기본법 시행령｣ 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)이 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 “소유주식의 비율”이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제26조의2 제1항, 제78조의3 제5항(괄호생략) 및 제157조 제4항(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등에 해당 하는 경우는 제외한다)ㆍ제5항의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행하고, 제40조의4의 개정규정은 2016년 6월 1일부터 시행하며, (…중략…) 제157조 제4항(｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등에 해당하는 경우에 한정한다), 제211조 제7항부터 제12항까지 및 제211조의2의 개정규정은 2017년 1월 1일부터 시행하며, (이하 생략) (5) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부개정된 것) 제167조의8(대주주 및 중소기업의 범위) ① 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “대통령령으로 정하는 대주주”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

2. 주권비상장법인의 주주로서 제157조 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주주. (단서생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) OOO는 광고물 작성업을 영위하는 법인으로 중소기업기본법상 중소기업에 해당한다. (나) OOO는 총 OOO주의 주식을 발행하였고, 청구인이 전부 보유하다가 이 중 쟁점주식인 OOO주를 2016.6.15. 양도하였다.

(2) 청구인은 2015.12.15. 개정된 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로 비상장 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도세율이 적용되어야 한다고 보아 경정청구를 제기하였고, 처분청은 같은 법 시행령 제157조 제4항의 대주주의 범위에 비상장 중소기업의 주식도 주주 1인과 그와 특수관계인이 직전사업연도 종료일 현재 100분의 2 이상을 소유하게 된 때는 대주주에 포함된다고 규정하고 있어 20%의 양도세율이 적용되어야 한다고 보아 거부하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 소득세법제94조 제1항 제3호 가목의 위임에 따라 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 대주주의 범위를 정하고 있는데, 동 규정에는 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하는 점, 2016.2.17. 같은 법 시행령 제157조 제4항이 개정되면서 대주주 범위가 강화되는데, 영 부칙 제1조 단서에서는 상장주식의 경우(2016.4.1.부터)와 비상장주식의 경우를 달리하여 개정안의 시행시기를 규정하고 있으므로 결국 “대통령령으로 정하는 대주주”란 상장․비상장주식 모두를 포함하는 개념인 점 등에 비추어 처분청이 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세 세율 적용 대상이라고 보아 청구인 의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.