대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여 세율 10%를 적용하는 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인들은 비상장 중소기업인 OOO가 발행한 주식 OOO를 2016.10.19. OOO 유한회사에 각 양도하고, 쟁점주식이 대주주가 양도하는 비상장 중소기업주식으로 20%의 세율이 적용된다고 보아 <표1>과 같이 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 청구인들은 비상장 중소기업 대주주가 양도하는 주식에 대해서는 양도소득세 세율 10%를 적용해야 한다고 주장하면서 2017.12.7. 다음 <표2>와 같이 2016년 귀속 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 비상장 중소기업 대주주가 양도하는 주식에 대해서는 양도소득세 세율 20% 적용대상이라고 보아 OOO 경정청구 거부처분을 하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2018.2.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 ｢소득세법｣상 주식의 ‘대주주’에 관한 규정과 세율의 개정 과정을 살펴보면 2015년경부터 2016년경까지 ｢소득세법｣ 제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무상 “대주주”는 ‘주권상장법인의 대주주’를 의미하는 것이고, 비상장주식의 대주주에 대한 양도소득세율 규정은 2017년경 변경되었는바, 중소기업 중 비상장법인의 대주주인 청구인들의 양도소득은 2016.10.19. 발생하였으므로 청구인들은 당시 ｢소득세법｣ 제94조 및 제104조의 ‘대주주’에 해당되지 않으므로 이 사건 양도소득세 세율은 10%가 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 2015.12.15. 개정된 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 나목에서 규정하고 있는 ‘대주주’는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 대통령령에 위임하고 있는 ‘대주주’의 범위와 동일한 것으로 보아야 하고, 동 규정은 양도소득의 범위에 대해 규정하면서 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”으로 규정하고 있으므로 문언해석상 ‘대주주’는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 개념으로 봄이 타당하다.

• 가. 쟁점 대주주가 양도하는 중소기업 비상장주식에 대하여는 양도세율 10%를 적용해야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주식이 중소기업 비상장법인의 주식에 해당한다는 점에 대하여는 양측 간 다툼이 없다.

(2) 2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정되기 전 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가, 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에만 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제3호 가목(이하 “쟁점규정”이라 한다)은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”을 양도소득 과세대상으로 규정하면서 “이하 이 장에서 ‘대주주’라 한다”고 하여 제3장 ‘거주자의 양도소득에 대한 납세의무’에서 사용하고 있는 ‘대주주’는 모두 쟁점규정의 ‘대주주’와 동일한 의미인 것으로 규정하고 있다.

(3) 쟁점규정의 위임을 받은 ｢소득세법 시행령｣(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정되기 전의 것) 제157조 제4항에서는 “대통령령으로 정하는 대주주란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다”고 하면서, 제1호에서 “법인의 주식등을 소유하고 있는 주주 1인 및 그와 특수관계인이 양도일 직전 사업연도 종료일 현재 해당법인의 주식등을 100분의 2 이상을 소유한 경우 주주 1인과 그의 특수관계인”이라고 규정하는 등, 각 호는 ‘대주주를 상장주식의 주주에 한정한다’는 명시적 규정을 두고 있지는 아니하다.

(4) 국회예산정책처의 <2015년 세법개정안 분석>에 따르면 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 의 개정과 관련하여 “정부는 세법개정안을 통해 기존 10% 세율을 적용받던 중소기업 대주주에 대해 2016년 1월 1일부터 세율을 20%로 인상하고자 한다”고 하면서 그 대상이 ‘상장 중소기업주식’과 ‘비상장 중소기업주식’임을 밝히고 있다.(50쪽 참조)

(5) 기획재정부 발간 ｢2015 간추린 개정세법｣을 보면 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 나목의 개정이유에 대해 “대주주 세율 단일화”라고 밝히고 있고, 또한 2016.2.17. 대통령령 제26982호로 ｢소득세법 시행령｣ 제157조 제4항 이 개정되면서 대주주 범위가 강화(ex> 보유비율 2%→1%)된 것에 대해서는 동 개정안의 시행시기를 영 부칙 제1조 단서에서 상장주식(2016.4.1.부터)과 비상장주식(2017.1.1.부터)을 달리 구분하고 있다.

(6) 2016.12.20. 개정된 ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제3호 가목은 종전 “대통령령으로 정하는 대주주”를 “1) 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주”로 개정하였고, 이와 함께 같은 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 “소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)”를 새로이 규정하고 이의 위임을 받은 ｢소득세법 시행령｣(2017.2.3. 개정된 것) 제167조의8 제1항에서 “대통령령으로 정하는 대주주란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다”고 하면서 제1호에서 “주권상장법인의 대주주”를, 제2호에서 “주권비상장법인의 대주주”를 각각 규정하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 2015.12.15. 개정된 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 “주권상장법인 중 중소기업의 대주주”를 의미하는 것으로 보아야 할 것이므로 비상장법인으로서 중소기업의 주식인 쟁점주식에 대하여는 10%의 양도소득세 세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 2015.12.15. 개정된 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 쟁점규정에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 할 것인바, 쟁점규정은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 “주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 규정하고 있고, 쟁점규정의 위임을 받은 ｢소득세법 시행령｣ 제157조 제4항 및 각 호에서는 “대통령령으로 정하는 대주주”를 “주주 1인과 그의 특수관계인이 해당법인의 주식등을 2% 이상 소유한 경우” 등으로 규정하였을 뿐, “대주주”를 상장주식의 주주로만 한정하고 있지 아니한 점, 국회예산정책처의 <2015년 세법개정안 분석>에 따르면 기존 10%의 세율을 적용받던 중소기업 대주주에 대해 2016년 1월 1일부터 20%의 세율이 적용됨을 설명하면서 그 대상이 ‘상장 중소기업주식’과 ‘비상장 중소기업주식’임을 밝히고 있는 점, 2016.2.17. ｢소득세법 시행령｣ 제157조 제4항 이 개정되면서 대주주의 범위가 확대되었는데 영 부칙 제1조 단서에서 상장주식의 경우(2016.4.1.부터 시행)와 비상장주식의 경우(2017.1.1.부터 시행)를 별도 구분하여 시행시기를 정하고 있으므로 “대통령령으로 정하는 대주주”란 상장․비상장을 모두 포함하는 개념으로 보아야 할 것인 점, 2016.12.20. 개정된 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 제11호 가목에서 “소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주”를 새로이 규정하고, 이의 위임을 받은 ｢소득세법 시행령｣(2017.2.3. 개정된 것) 제167조의8 제1항 제1호에서 “주권 상장법인 대주주”를, 제2호에서 “주권 비상장법인의 대주주”를 규정하여 이들의 주식양도소득에 대해서는 세율이 중과됨을 명확히 한 점 등에 비추어 처분청이 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세율 적용 대상이라고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.