조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점건물의 취득가액 및 기타 필요경비를 쟁점토지의 양도가액에서 공제하여야 하는지 여부

사건번호 조심-2018-중-0865 선고일 2019.06.24

청구인 등이 단시일내 쟁점건물을 철거하려는 의도가 있었다고 보기 어려운 점,청쟁점건물을 취득할 당시 그 효용가치가 전혀 없었던 것으로 보기 힘든점, 청구인 등과 BBB의 매매계약서에는 쟁점건물이 아닌 토지만 양도한 것으로 되어 있는 점, 청구인은 BBB가 아닌 청구인 등이 명도비 및 철거비를 부담한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인 등 19명은 2004.2.12. OOO 대지 9,814㎡(이 중 5,185㎡가 2015.3.26. 같은 곳 OOO에 이기되었고, 이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상 창고 13,074.67㎡(지하층 3,192.75㎡ 포함, 이하 “쟁점건물”이라 한다), 같은 동 OOO 잡종지 8,566㎡(이하 쟁점토지 및 쟁점건물과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 공유로 취득하는 계약을 체결하였고, 같은 동 OOO 691,000㎡는 2004.6.5. 개발행위허가가 제한되었으며, 청구인 등 19명은 2004.7.5. 쟁점부동산을 OOO원에 취득하였다.
  • 나. 이후 위 19명 중 14명이 2005.12.16.부터 2007.4.17.까지 자신들의 지분을 청구인 등 5명에게 양도하는 한편(청구인이 취득한 지분 합계: 쟁점토지 OOO분의 OOO, 쟁점건물 OOO분의 OOO, 나머지 토지 OOO분의 OOO), 쟁점건물은 2005.12.7.부터 2006.9.30.까지 리모델링을 거쳐 이후 계속하여 근린생활시설로 부동산(상가)임대업에 사용되었다(근린생활시설로의 용도변경은 2006.9.26. 이루어졌다).
  • 다. 청구인 등 5명은 2015.3.27. 주택 건축 및 분양업 등을 영위하는 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 쟁점부동산 중 토지의 일부(청구인의 경우 쟁점토지 OOO)를 OOO에 양도하였고, 쟁점건물은 2015.5.7. 멸실(등기부상)되었으며(청구인 등 5명이 명도비 및 철거비 지급), 청구인은 2015.5.27. 쟁점토지 및 쟁점건물[양도가액 미기재, 취득가액 OOO원, 기타 필요경비 OOO원(2004년부터 2007년까지의 취득․등록세, 감정평가수수료 및 리모델링 비용 등 포함)] 지분의 양도와 관련하여 납부세액이 없는 것으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.
  • 라. 처분청은 중부지방국세청장의 감사 결과에 따라 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인은 토지만 양도한 경우로 쟁점건물의 취득가액 등을 필요경비로 산입할 수 없는 것으로 보아 쟁점건물의 명도비와 철거비만을 인정하여 2017.11.24. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 마. 청구인은 이에 불복하여 2018.1.29. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 경제적 실질상 쟁점토지와 쟁점건물 모두가 양도되었음에도 불구하고 처분청은 경제적 실질을 인정하지 않고, 청구인이 임대사업을 장기간 주된 사업 목적으로 영위하였으며, 매매계약서에 건물 면적과 건물 매매가액이 구분 기재되어 있지 않다는 이유로 건물분 취득가액 및 기타 필요경비를 부인하였으나, 대법원 판례OOO 및 조세심판원 선결정례OOO를 보면 매매대금에 건물대가가 포함되어 있음이 명확하고, 매매계약 시점에 건물이 존재하였으며, 매수인의 요구에 따라 매도인이 철거하는 조건의 매매일 경우 건물분 취득원가 및 기타 필요경비를 양도소득세 계산시 필요경비로 공제하여야 한다고 판단하였는바, 이 건도 아래 사유[(1)~(5)]와 같이 총 매매가액에 쟁점건물의 가액이 포함된 것이므로 건물분 취득가액 및 나머지 필요경비를 인정하여야 한다.

(1) 청구인 등 19명은 공동으로 OOO을 설립하여 오피스텔 등의 신축․분양 등 개발사업 시행을 목적으로 쟁점부동산을 취득하였다. 그러나 행위제한 고시 등으로 개발이 불가능하였고, OOO의 적자는 지속되었다(몇몇 공유자가 사업에 참여하지 않겠다고 하여 공유자간 매매거래가 발생하였고, 해당 대금은 OOO 차입금으로 조달되었으며, 이로 인하여 거액의 금융비용이 발생하였다). <표1> 쟁점부동산 관련 개발행위 제한 고시 등 내역

(2) 쟁점건물에서 이루어진 임대사업은 개발행위 제한․금지 기간 동안 적자규모 축소를 위하여 임시로 이루어진 것으로, 임대사업만으로는 이익이 발생하지 않았는바, 청구인이 임대업을 주업으로 하여 쟁점부동산 지분을 취득한 것이 아니다. 청구인 등 19명이 공동지분으로 쟁점부동산을 취득한 것을 보더라도 임대목적이 아닌 주상복합 건물 또는 오피스텔 건축․분양 사업을 목적으로 쟁점부동산을 취득한 것이 명백하다. 또한, 2007.4.10. 기준 OOO에 상당하는 쟁점부동산에서 연간 OOO원 미만의 임대수익이 발생하였지만 이자비용이 연간 OOO원이 넘는 상황이었으므로 청구인 등이 임대업을 주된 사업목적으로 장기간 경영하였다는 처분청의 의견은 타당하지 않다. 이뿐만 아니라, 위 고시에 따라 개발행위가 금지됨에 따라 공유자 중 일부가 사업을 포기하여 공유자간 매매가 3번 이루어진 것을 보더라도 당초 쟁점건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적으로 쟁점부동산을 취득하였음이 명백하다(매매계약서상 계약 목적 참고).

(3) OOO은 개인사업자인 OOO보다 법인일 경우 OOO(이하 "OOO"라 한다) 자금을 지원하여 주겠다고 제안하여 OOO가 2009.6.12. 설립되었고, 쟁점부동산에 대한 조건부 매매계약 등이 체결되었으나(청구인은 조건부 매매계약 체결시 토지와 건물을 구분하여 표시하였다) 이행되지 않았으며, 최종적으로 청구인 등은 2015.3.10. 건물분도 포함하여 공유지분을 양도하였다. 매매계약일 현재 존재한 쟁점건물은 청구인 등 매도인의 책임하에 철거하는 조건으로 매매계약이 체결되었고, 잔금청산 및 소유권이 이전된 2015.3.27. 이후인 2015.5.13. 쟁점건물의 철거 등기 접수가 완료되었다. 따라서 토지의 소유권만 이전된 것으로 등기부에 나타나는 것은 당연하다.

(4) 쟁점건물은 쟁점토지의 분할로 건물의 일부가 사업부지인 OOO 토지의 밖에 위치하였고, OOO는 사업대상지 밖에 위치한 건물을 구입한다는 내용의 매매계약서를 작성할 경우 OOO 금융기관과 건설사로부터 승인받기가 어려운 상황이었다. 청구인 및 OOO는 1차 사업부지에 포함된 쟁점토지 및 쟁점건물에 대한 지분을, 나머지 공유자 3명은 OOO+ 잡종지 8,566㎡가 포함된 쟁점부동산 전체에 대한 공유지분을 양도하려 하였고, 하나의 매매계약서에 5명의 부동산 내역을 기재하는 과정에서 OOO가 사업부지 밖의 건물을 구입하겠다고 기재할 수 없었으며, 여러 OOO 금융기관과 건설사에게 이런 상황을 각각 설명하고 승인받는 것은 어려웠다(또한, 건물 신축 및 분양사업을 위한 OOO 대출이 실행되기 위해서는 토지 위의 기존 건축물이 당연히 철거되어야 하였는바, OOO가 쟁점건물을 매수하겠다는 것은 금융기관 및 시공사에서 승인할 수 없는 조건이 되므로 당연히 매도인이 자신의 책임으로 쟁점건물을 멸실하여야 하였고, OOO가 쟁점건물을 매수한다고 매매계약서에 기재하는 것은 불가능하였다). 따라서 매매계약서에는 쟁점토지만을 기재하고, 특약사항에 쟁점건물 관련 내용을 별도로 기재할 수밖에 없었다. 구체적으로 OOO 등은 대출금의 약 3분의 1을 먼저 상환받기 전에는 담보해지를 해줄 수 없다고 하였고, OOO 금융기관은 토지담보를 취득할 수 있어야 OOO 대출이 가능하다고 하였는바, 이를 위해서는 분필, 지적 측량 및 건축물 멸실 등이 이루어져야 하였으며, 건설사는 OOO 금융기관에 6개월 내 책임착공 및 약정기한 내 책임준공 확약서를 제출하였어야 하였는데, 건물 매수인이 되면 명도와 철거책임으로 6개월 내 책임착공을 할 수 없어 거액의 손해배상 등을 하였어야 했으므로 쟁점건물 인수를 동의하지 않아 서로 의견이 상충되는 상황이었으므로 매매계약서에 쟁점건물을 구분하여 표시할 수 없었던 한편, 매매계약 시점에 쟁점건물이 존재하였고, 이후 철거되었다.

(5) 또한, 전체 매매대금은 쟁점토지 및 쟁점건물의 기준시가를 기준으로 양도인별로 배분되었으므로 전체 매매대금에 건물분 금액이 포함되어 있다. 건물 전체를 철거할 수밖에 없는 상황에서 청구인의 매매대금에는 쟁점건물에 대한 대가가 포함되어야 하였다. 청구인은 토지 중 일부OOO만 매각하는데 건물은 전체를 철거하는 상황이 되었으므로 건물분 대가를 더 책정하도록 요구하였음은 상식적이다. 청구인 등 매도인 5명과 OOO는 2012년부터 매매가액이 책정되면 인명별, 토지별 건물별로 매매가액을 안분하는 기준으로 기준시가를 적용하는 것에 동의하였고, 실제 기준시가 비율로 총 매매가액을 안분하였는데, 청구인을 포함한 양도인들의 기준시가 대비 매매가액 비율은 평균 62.5%로 큰 차이가 없다(기준시가 비율로 매매가액을 안분한 것으로, 처분청이 총 매매가액이 기준시가의 65.2%에 불과하다고 하여 총 매매가액에 쟁점건물에 대한 대가가 포함되지 않았다고 보는 것은 타당하지 않고, 총 매매가액이 기준시가 대비 62.5% 수준인 것은 청구인 등이 파산 직전의 상황이었기 때문이다). 만약, 총 매매가액에 건물을 제외한 토지에 대한 대가만이 포함되었다면 청구인과 OOO는 다른 3명보다 약 10.7~12.7% 더 비싸게 매도한 것이 되고, 건물에 대한 대가가 포함되어 있다고 하면 청구인과 OOO는 다른 3명보다 약 0.9~2.4% 정도 저렴하게 매도한 것이므로 총 매매가액에 건물에 대한 대가가 포함되어 있다. <표2> 청구인 등 양도인별 기준시가 대비 매매가액 비율

  • 나. 처분청 의견 기존건물을 매수하여 단기간 내에 기존건물을 헐고 신축건물을 지어 이를 양도하여 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우에는 철거된 기존건물의 취득가액과 철거비용 등은 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있을 것이나,청구인은 쟁점부동산을 2004.7.3. 취득하여 2015.3.27. 양도하기 직전까지 10년 이상 OOO 명의로 부동산임대업을 영위한 사실이 확인된 점, OOO는 쟁점건물을 제외한 토지만을 소유권이전한 것으로 등기부등본에 나타나고, 부동산 매매계약서상 특약사항을 보더라도 ‘현 건물의 임차인은 매도인 책임 하에 퇴거시킨 후 매수인에게 토지를 인도하고 건축물은 매도인 책임 하에 명도 및 철거하는 것’으로 되어 있어 쟁점건물을 제외한 토지만을 양도하는 것으로 나타나며, 건물철거와 관련된 비용도 양도인인 청구인이 지출한 것으로 양도소득세 신고서에 나타난 점 등에 비추어 OOO가 토지와 쟁점건물을 일괄 취득한 것으로 보기 어려운 점, 청구인은 쟁점건물의 기준시가를 적용하여 매매가액을 산정하였다고 하나, 총 매매가액OOO이 토지 및 건물을 포함한 기준시가OOO 대비 62.5%에 불과하여 총 매매가액에 쟁점건물 가액이 포함된 것이라고 볼 수 없는 점(양도인별 매매가액을 토지 및 건물 기준시가로 안분하였다고 하여 총 매매가액에 건물에 대한 대가가 포함되었다고 볼 수 없다) 등에 비추어 청구인은 OOO에 쟁점토지 지분만을 양도한 것이므로 이 건 과세처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점건물의 취득가액 및 기타 필요경비를 쟁점토지의 양도가액에서 공제하여야 하는지 여부
  • 나. 관련 법령 등

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액
  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

  • 가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제67조[즉시상각의 의제] ② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제163조[양도자산의 필요경비] ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것 (3) 소득세법 시행규칙(2016.3.16. 기획재정부령 제556호로 개정되기 전의 것) 제79조[양도자산의 필요경비 계산등] ① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 이 건의 사건 경과는 아래 <표3>과 같다. <표3> 사건 경과 (나) 청구인 등이 2015.3.10. OOO와 체결한 부동산 매매계약서 내역은 아래와 같다. (다) 쟁점부동산 중 토지의 개별공시지가 내역은 아래 <표4>와 같고, 청구인은 쟁점건물의 2015년 기준시가를 OOO원/㎡으로 계산하였다. <표4> 쟁점부동산 중 토지의 개별공시지가 내역 (라) OOO은 2004.7.3. 개업하여 2019.5.24. 현재 계속사업자로 주업종이 부동산임대업이고, 청구인(지분율 92.83%) 및 OOO(지분율 7.17%)가 공동사업자이며, 청구인은 2005년 귀속 종합소득세 신고시까지 OOO의 주업종코드를 OOO(비주거용 건물 신축․판매)로 신고하였나, 2006년부터 OOO(점포임대)로 변경하여 신고하였다. 이와 관련하여 청구인의 OOO 관련 연도별 수입금액 신고 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구인의 OOO 관련 연도별 수입금액 신고 내역 (마) 청구인 등 5명은 2007.4.17. OOO원에 쟁점부동산 지분 37.23%를 인수하였고(계약서상 ‘계약금은 없고, 잔금은 2007.4.17. 금융기관차입 즉시 지불한다’고 기재되어 있다), OOO의 2007.12.31. 현재 대차대조표상 단기차입금은 OOO원으로 나타난다. (바) 청구인은 아래 <표6>의 쟁점건물 관련 장부가액에서 감가상각액 등을 차감하고 토지의 지분율에 따라 청구인 등 5명의 건물분 취득가액 및 기타 필요경비를 산정하여 양도소득세 신고를 하였으며, 장부상 기타 필요경비에는 2015.12.16.자 리모델링 비용 등 OOO원 및 2005.12.7~2016.9.30. 리모델링 비용 등 OOO원이 포함되어 있다. <표6> 쟁점건물 관련 장부가액 (사) 청구인 등 공유자간 2005.12.16.자 부동산 매매계약서 제1조[계약의 목적]는 아래와 같다. (아) 청구인은 2009년 9월말부터 손해액을 공유자가 전액 책임지는 조건부 계약이었으므로 OOO는 차입금 및 이자비용 발생액을 선급금으로도 회계처리하였다고 주장하며 OOO의 재무상태표를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 취득 후 단시일내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에는 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있는 것이며, 낡은 지상건물이 있는 대지를 취득하는 경우, 그 대지 취득시 지출한 그 지상건물의 매입대금 및 정지공사비용은 소득세법 시행령 제163조 제3항 의 자본적 지출액 내지는 개량비에 해당하므로 필요경비로서 공제되어야 하는 것이다OOO. 청구인은 신축 및 분양을 목적으로 쟁점부동산을 취득하였으나, 개발행위 제한 고시 등으로 개발이 지연되어 부득이하게 쟁점건물에서 임대업을 영위하였고, 개발행위 제한 기간 등을 고려하면 일시적으로 임대업을 영위한 것이며, 부동산 매매대금에는 쟁점건물에 대한 대가가 포함되어 있으므로 쟁점건물의 취득가액 및 기타 필요경비를 청구인이 신고한 부동산 양도가액에서 공제하여야 한다고 주장하나, 청구인 등은 개발행위 제한 연장이 확정되지 않은 최초 개발행위 제한기간 중인 2005~2006년에 OOO원의 리모델링 비용을 부담하면서 OOO원에 취득한 쟁점건물을 창고에서 근린생활시설로 용도변경하였고, 청구인은 2006년 귀속 종합소득세 신고시부터 OOO과 관련된 주업종을 비주거용 건물 신축․판매업에서 점포임대업으로 변경하여 신고하였는바, 청구인 등이 단시일내 쟁점건물을 철거하려는 의도가 있었다고 보기 어려운 점, 쟁점건물은 청구인이 취득할 당시 신축한지 약 10년이 된 건물이었고, 청구인도 이를 취득하여 철거할 때까지 약 10년간 계속하여 임대하고 임대수입을 얻었던바, 청구인이 쟁점건물을 취득할 당시 그 효용가치가 전혀 없었던 것으로 보이지 아니하는 점OOO, 청구인 등과 OOO의 매매계약서에는 쟁점건물이 아닌 토지만 양도한 것으로 기재되어 있는 점, 청구인은 부동산 매매대금에 쟁점건물에 대한 대가가 포함되어 있다고 주장하나 확인되지 않는 한편, OOO가 아닌 청구인 등이 쟁점건물 명도비 및 철거비를 부담한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)