확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점 등에 비추어 쟁점퇴직연금보험료는 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당되지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점 등에 비추어 쟁점퇴직연금보험료는 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당되지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점퇴직연금보험료는 조세특례제한법상 연구․인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당한다. 조세특례제한법제10조 제1항에서 내국법인이 각 과세연도에 연구․인력개발비를 지출한 경우에는 일정 요건 충족시 법인세에서 공제할 수 있도록 정하고 있고, 같은 법 시행령 [별표6] 제1호 가목에서 연구개발 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서가 자체연구개발을 하는 경우에, 해당 연구원에 대한 인건비는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 해당함을 명시하고 있는바, 쟁점퇴직연금보험료는 청구법인의 부설연구소에서 연구업무에 종사하는 직원들에게 그 근로의 대가로 유상으로 지급되었으므로 연구․인력개발비 세액공제 적용 대상 인건비에 해당한다.
(2) 청구법인이 지출한 쟁점퇴직연금보험료는 해당 과세연도에 직접 대응하는 비용이므로 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당한다. (가) 대법원 2014.3.13. 선고 2013두22147 판결 등에서는 조세특례제한법상 연구․인력개발비 세액공제 대상인 비용을 판단하는 기준에 대하여 “조세특례제한법상 연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발 전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력 개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 취지가 있으므로 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것”이라고 일관되게 판시하고 있고, “퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없다”라는 판단하에 퇴직급여충당금 및 중간정산퇴직금에 대하여는조세특례제한법상 세액공제 대상이 되는 인건비가 아니라고 판시하고 있다. (나) 그러나, 쟁점퇴직연금보험료는 확정기여형 퇴직연금보험료로 후불적 임금들과는 그 성격을 달리하는 확정 귀속 인건비로서, 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접 대응하는 비용이다.
1. 조세심판원에서는 회사가 지급한 확정기여형 퇴직연금 지급액을 근로계약이 종료되는 때에 비로소 지급의무가 확정되는 후불적 임금으로 해석해 왔으나(조심 2012전1813, 2013.4.11. 및 조심 2014전3254, 2017.4.27. 참조), 최근 대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결에서는 확정기여형 퇴직연금보험료에 대하여 “① 원고가 확정기여형 퇴직연금제도에 기초하여 과세연도 및 대상근로자별로 연구소 근속 여부에 따라 실제로 지출한 이 사건 퇴직연금보험료는 그 지출 사업연도의 비용으로 인정받을 수 있고, 위 보험료 상당의 금원은 각 연구원들에게 확정적으로 귀속하는 것으로 볼 수 있는 점, ② 이와 같이 이 사건 퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용이므로 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 퇴직연금보험료는 조세특례제한법제10조 제1항이 정한 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당”한다고 해석하여 세액공제 대상이 되는 인건비라고 판단하였다.
2. 확정급여형 퇴직연금제도의 경우 당해 직원의 근로가 종료되어야 비로소 회사의 퇴직금 지급 의무가 발생하는바, 근로의 종료 이전에 회사가 인식하는 퇴직급여충당금 관련 비용은 현금지출을 수반하지 않는 기간손익의 계산을 위해 추산한 회계상의 비용에 불과하므로 이는 당해 사업연도에 직접 대응하는 비용이라 볼 수 없는 반면, 확정기여형 퇴직연금보험료는 회사가 매년 부담하는 부담금의 수준이 사전에 결정되어있는 퇴직연금제도로서, 회사는 약정된 부담금을 연금사업자에게 납부하는 것 외에 어떠한 지급 의무도 부담하지 않으며, 퇴직연금의 투자 및 운용도 근로자가 직접 결정하는 등 추후 근로의 종료를 원인으로 회사가 추가적으로 지급하는 금액은 없는바, 이는 후불적 임금이 아닌 각 사업연도별 및 대상근로자별로 직접 특정 가능한 근로의 대가에 해당한다. (3) 조세특례제한법 시행령 [별표6] 1호 가목 1)에 따르면, 소득세법 제22조 의 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 인건비에서 제외하고 있는바, 아래와 같은 이유로 쟁점퇴직연금보험료는 소득세법제22조의 퇴직소득이 아니므로 이러한 예외 규정이 적용되지 아니한다. (가) 소득세법에서는 해당 과세기간에 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득을 퇴직소득으로 규정하고 있다(소득세법제22조 제1항 제2호). 즉, 퇴직소득이 되기 위해서는 ① 현실적인 퇴직을 원인으로 ② 근로자가 지급을 받아야 하나, 확정기여형 퇴직연금보험료는 ① 근로자가 현실적으로 퇴직하는 시점이 아닌 해당 과세기간 현재 재직 중인 근로자들을 위하여 지급되며, ② 근로자가 아닌 퇴직연금사업자에게 지급되므로, 청구법인이 쟁점퇴직연금보험료를 지출하는 시점에서 근로자는 현실적으로 퇴직하지 않으며 보험료가 근로자에게 지급된 것 또한 아니므로 해당과세기간에 있어서 소득세법제22조의 퇴직소득이라 할 수 없다. (나) 장차 퇴직소득이 될 수 있다는 사실만으로는 소득세법 제22조 의 퇴직소득에 해당하여 연구인력개발비 세액공제 대상인 인건비에서 제외된다고 볼 수 없다 조세심판원은 국민연금보험료 사용자 부담금에 대하여 “근로자의 선택에 따라 연금으로 수령하는 연금소득, 일시금으로 수령하면 퇴직소득에 해당하므로, 반드시 퇴직소득으로 구분되어 과세되는 것으로 볼 수 없다”고 하여 국민연금보험료 사용자부담금을 연구인력개발비 세액공제의 적용대상이 되는 인건비라는 취지로 결정하였다(조심 2016광1337, 2016.12.16. 참조). 확정기여형 퇴직연금제도의 급여 지급은 연금 또는 일시금으로 하는데, 퇴직시점에서 연금 수급요건을 갖추지 못하거나 일시금 수급을 원하는 가입자가 있는 경우 일시금으로 지급하게 되므로(근로자퇴직급여보장법제19조 제2항, 제17조), 확정기여형 퇴직연금 또한 국민연금과 마찬가지로 퇴직시점에 일시금으로 수령시 소득세법제22조에 의한 퇴직소득에 해당하고, 연금으로 수령시 같은 법 제20조의3에 의한 연금소득에 해당하는바, 퇴직시점이 도래하기 이전에 이를 임의로 판단하여 일률적으로 퇴직소득으로 보기는 어려우므로 확정기여형 퇴직연금은 연구·인력개발비 세액공제 적용대상에서 제외되는 소득세법제22조의 퇴직소득에 해당하지 아니한다. (다) 사용자부담분의 퇴직연금보험료는 소득세법제22조에 의한 퇴직소득에 해당되지 않는 것이 본래 입법 의도라 볼 수 있다. 관련 대전고등법원 2016.11.17. 선고 2016누11467 판결에서는 “퇴직급여를 사내에 관념적으로만 적립하는 퇴직금제도에 의한 퇴직급여충당금은 근로자들의 안정적인 노후재원 마련에 문제점이 야기되므로 사외의 퇴직연금사업자에게 적립하는 퇴직연금보험제도를 사업자가 선택하도록 유도할 필요성이 있는 점, 조세특례제한법 시행령이 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되면서 별표 6에 ‘ 법인세법 제33조 에 따른 퇴직급여충당금’을 연구인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에서 제외한다는 단서 규정을 추가하면서도 ‘퇴직연금보험료’를 이러한 인건비에서 제외한다는 규정을 두지 않은 것은 이와 같은 이유 등에서 ‘퇴직연금보험료’를 ‘인건비’에 포함시키려는 입법의도가 있었던 것으로 볼 여지도 충분”하다고 판시하였다. 조세특례제한법 시행령 별표6에서는 소득세법상 퇴직소득에 대하여 세액공제 대상이 되는 인건비에서 제외됨을 명확히 규정하고 있고, 그럼에도 불구하고 위 판례에서 퇴직연금보험제도를 장려하고자 하는 정책상의 목적 등을 고려하여 ‘퇴직연금보험료는 인건비에서 제외한다는 규정을 두지 않았다’고 언급한 것은 퇴직연금보험료가 소득세법제22조의 퇴직소득에 해당한다고 해석할 수 없음을 명시한 것이다. (라) 대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결은 확정기여형 퇴직연금보험료를 세액공제 대상 인건비로 보았으며, 동 판결은 조세특례제한법 시행령별표6이 개정된 2013년 이후의 퇴직급여에 대해서도 적용 가능한 해석이다. 위 판결에서 쟁점이 되는 퇴직연금보험료은 2007～2010 사업연도를 대상으로 지급하였는바, 동 지급의 대상이 되는 사업연도는 조세특례제한법 시행령 별표6에서 소득세법제22조에 의한 퇴직소득이 인건비에서 제외됨을 규정한 개정시점(2013년 2월) 이전이므로, 조세특례제한법 시행령 별표6의 개정 이후인 2013년 이후에 지급한 퇴직연금보험료에는 적용되지 않는 것이라고 볼 여지가 있으나, 소득세법제22조에 의한 퇴직소득을 세액공제 대상 인건비에서 제외한다는 것은 조세특례제한법 시행령 별표6이 개정되기 이전에도 1993년부터 기본통칙 9-8…1에서 동일하게 규정하고 있었고, 관련 심판례(조심 2013부4782, 2014.3.25. 참조)에서는 해당 기본통칙의 세법해석 기준으로서의 지위를 인정한 바 있다. 따라서 기존에도 관련 기본통칙에서 소득세법제22조에 의한 퇴직소득이 세액공제 대상 인건비에서 제외됨을 규정하고 있었음에도 불구하고 최근 대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결에서 확정기여형 퇴직연금보험료를 세액공제 대상 인건비에 해당한다고 본 것은 퇴직소득이 제외됨을 좀 더 명확하게 하기 위해 시행령이 개정된 2013년 이후의 퇴직연금보험료 지급분에도 적용 가능한 유효한 해석이라고 보는 것이 타당하다.
(1) 청구법인이 납입한 확정기여형인 쟁점퇴직연금보험료는 아래와 같은 이유로 연구․인력개발비 세액공제대상 인건비에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. (가) 연구․인력개발비 세액공제대상 인건비에 대하여 “ 조세특례제한법 시행령 별표6(2012.2.2. 개정 전)” 에는 인건비 범위에 대하여 명시적 규정이 없었으나, 2012.2.2. 개정시 소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액은 세액공제 대상 인건비에서 제외함을 명문으로 규정하였는바, 청구법인이 들고 있는 대법원 2017.5.30. 선고 2016두63200 판결은 해당 과세대상연도가 2007∼2010사업연도로 조세특례제한법 시행령별표6이 2012.2.2. 개정되기 전의 사안으로 세액공제 대상 인건비에 대하여 법령상 명시적 규정이 없는 이유로 국가가 패소한 사건이며, 2012.2.2. 별표6 개정 전에도 조세특례제한법 기본통칙 9-8…1에 의하여 퇴직소득에 해당하는 금액은 세액공제 대상 인건비에서 제외하여 왔던 것이다. (나) 연구․인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 취지가 있으므로 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것인바, 청구법인이 납입한 쟁점퇴직연금보험료 역시 퇴직급여제도의 하나로서, 확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점, 근로자퇴직급여 보장법 및 같은 법 시행령은 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도에 인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하여 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 비록 청구법인이 쟁점퇴직연금보험료를 과세연도별 및 대상근로자별로 특정할 수 있고, 그 적립방법이나 지급방법에 있어 퇴직금 또는 퇴직급여충당금과 차이가 있다고 하더라도 근로자의 장기간의 근속기간을 고려하여 원칙적으로 근로 계약이 종료되는 때에 비로소 지급되는 퇴직급여를 지급하기 위하여 사용자가 납입하는 부담금이므로 이를 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 보기 어렵다. (다) 근로자퇴직급여 보장법에 의하면, 사용자는 퇴직급여제도 중 하나 이상의 제도를 설정하여야 하는데, 확정기여형 퇴직연금제도와 확정급여형 퇴직연금제도 및 퇴직금제도 중 어느 제도를 설정할지는 사용자의 선택에 맡겨져 있는바, 사용자가 확정급여형 퇴직연금제도 또는 퇴직금제도를 설정한 경우에는 퇴직금, 퇴직급여충당금, 중산정산퇴직금은 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니하고, 이와 달리 확정기여형 퇴직연금보험료의 경우에는 조세특례제한법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함된다고 본다면, 사용자가 어떤 퇴직급여 제도를 선택하는지에 따라 조세특례제한법상 세액공제 여부가 달라지게 되어, 그와 같은 차이를 인정할 특별한 사정이 없다.
(2) 청구법인은 국민연금보험료 사용자부담금이 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하므로 확정기여형 퇴직연금보험료 역시 공제대상 인건비에 해당한다고 주장하고 있으나, 국민연금보험료와는 달리 퇴직연금보험료는 관련 근거 법령․제도의 취지, 퇴직연금제도의 다양성 등을 볼 때 국민연금보험료와 같은 인건비에 해당한다고 볼 수 없다.
② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. (2010. 1. 1. 개정)
1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다)중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. (단서생략)
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
3. 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8 (2) 조세특례제한법 시행령 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】
① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. <2009.11.20. 개정> <2012.2.2. 개정> (3) 근로자 퇴직급여 보장법 제17조【급여 종류 및 수급요건 등】① 확정급여형퇴직연금제도의 급여 종류는 연금 또는 일시금으로 하되, 수급요건은 다음 각 호와 같다.
1. 연금은 55세 이상으로서 가입기간이 10년 이상인 가입자에게 지급할 것. 이 경우 연금의 지급기간은 5년 이상이어야 한다.
2. 일시금은 연금수급 요건을 갖추지 못하거나 일시금 수급을 원하는 가입자에게 지급할 것 제19조【확정기여형퇴직연금제도의 설정】
② 제1항에 따라 확정기여형퇴직연금제도를 설정하는 경우 가입기간에 관하여는 제14조를, 급여의 종류, 수급요건과 급여 지급의 절차·방법에 관하여는 제17조 제1항, 제4항 및 제5항을, 운용현황의 통지에 관하여는 제18조를 준용한다. 이 경우 제14조 제1항 중 "제13조 제3호"는 "제19조 제6호"로, 제17조 제1항 중 "확정급여형퇴직연금제도"는 "확정기여형퇴직연금제도"로 본다.
(1) 청구법인의 경정청구에 대하여 처분청은 2017.12.5. 청구법인이 납입한 쟁점퇴직연금보험료가 조세특례제한법 시행령별표6에서 규정한 소득세법 제22조 에 따른 세액공제대상 인건비에서 제외되는 퇴직소득에 해당하고, 쟁점퇴직연금보험료를 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 보기 힘들다고 판단되어 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2012.2.2. 개정된 조세특례제한법 시행령별표6의 제1호 가목 1) 괄호에서 인건비 중 소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 법인세법 제33조 에 따른 퇴직급여충당금을 인건비에서 제외하도록 규정하고 있고, 소득세법제22조 제1항 제2호에서 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득을 퇴직소득으로 규정하고 있는 점, 확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점, 근로자 퇴직급여 보장법 및 같은 법 시행령은 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도에 인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하여 규정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점퇴직연금보험료는 원칙적으로 근로계약이 종료되는 때에 지급하는 퇴직급여의 성격이고 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접 대응되는 비용으로 보기는 어렵다 할 것이므로 이를 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당되지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2014전3254, 2017.4.27. 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.