쟁점매입세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

OOO세무서장이 2017.6.2. 청구인들에게 한 2016년 제1기 부가가치세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인들은 부동산 임대업을 영위하는 사업자로 건설사업자인 주식회사 OOO(이하 “쟁점시행사”라 한다)로부터 OOO(이하 “쟁점상가”라 한다)를 임대사업용으로 분양받기 위하여 2015.8.27. 쟁점시행사와 매매계약을 체결하였고, 쟁점시행사가 대출을 알선하여 2016.1.15. 수탁자인 주식회사 OOO에 1차 중도금 OOO을 납부하고, OOO(공급가액)의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)와 OOO의 계산서를 수취하여 2016.2.25. 2016년 제1기 부가가치세를 신고하면서 사업설비의 취득에 따른 조기 환급을 신청하여 환급받았다.
• 나. 처분청은 분양계약서상 1차 중도금의 납부약정일이 2015.11.17.이므로 쟁점매입세금계산서의 공급시기는 2015년 제2기라 하여 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 2017.6.2. 청구인들에게 2016년 제1기 부가가치세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2017.6.19. 이의신청을 거쳐 2017.12.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들은 계약금과 잔금은 직접 지급하였으나, 중도금은 쟁점시행사가 알선하여 청구인들은 대출관련 서류에 서명만 하였을 뿐이고 중도금 입금과 관련하여 청구인들은 알지 못하였으며, 시행위탁자인 쟁점시행사가 직접 금융기관으로부터 중도금을 수령한 후에 청구인들에게 중도금 입금일인 2016.1.25. 쟁점매입세금계산서를 교부하자 부가가치세를 신고하였다. 처분청의 의견과 같이 1차 중도금 납부일자가 당초 분양계약서상 기재내용과 같이 2015.11.17.이라면 실제 납부일자인 2016.1.25.까지의 기간동안 지연납부에 대한 연체이자를 지급하여야 하나 연체이자를 지급하지 않았고, 부득이한 사정으로 쟁점시행사, 신탁사 및 금융사 등과 합의하여 분양계약서는 변경하지 않았으나 서로 합의하에 1차 중도금 납부일자를 2016.1.25.로 변경하여 대출금 입금일자인 2 016.1.25.을 공급시기로 한 쟁점매입세금계산서를 쟁점시행사로부터 교부받았으므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다. 또한, 청구인들은 세금계산서 교부에 관한 어떤 지위도 없었고, 청구인들이 직접 중도금을 지급하지 않았기 때문에 주의의무를 다하지 않았다고 볼 수 없으며, 청구인들에게 귀책사유가 있다고 보기 어려우므로 선의의 거래당사자에 해당한다 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구인들은 쟁점시행사, 신탁사 및 금융사가 서로 합의 하에 1차 중도금 납부일자를 대출신청일인 2016.1.25.로 변경하였으므로 대출신청일이 정당한 공급시기라고 주장하나, 이를 입증할 증빙은 제시되지 않고 있는 반면 동일한 시기(2017년 8월)에 계약한 다른 호실(119호, 215호, 404호 등)의 1차 중도금 관련 세금계산서가 모두 2015년 제2기에 정상 발급된 것으로 볼 때 쟁점매입세금계산서도 동일 시기에 발급되는 것이 타당하다 할 것이다. 청구인들은 시행사에 연체료를 지급하지 않은 사실로 볼 때 계약서가 변경된 것으로 보아야 한다고 주장하나, 당초 분양계약서 제6조에 의하면 쟁점시행사가 중도금 대출이자를 분양자 대신 부담하기로 하였으므로 연체료에 대한 부담은 쟁점시행사에 있었던 것이지 청구인들에게 있었던 것이 아니고, 연체료가 면제되었다면 신탁사가 쟁점시행사에 면제해준 것이지, 시행사가 청구인들에게 면제해 준 것은 아니다. 한편 청구인들은 선의의 거래당사자에 해당한다고 하나, 청구인들은 납세의무자로서의 충분한 주의의무를 다하지 않은 상태에서 세법상 단순 부지 또는 오해를 주장하고 있는 것 뿐이며, 만약 청구인들 주장과 같이 대출신청일을 1차 중도금의 공급시기로 인정한다면 시행사가 세금계산서 작성일자를 임의 조정할 수 있으므로 당초 계약서의 변경이 없이 대출신청일을 1차 중도금의 공급시기로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법 제15조[재화의 공급시기] ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제34조[세금계산서 발급시기] ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제28조[구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기] ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날 이후에 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날을 그 재화의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부판매의 경우

2. 완성도기준지급조건부로 재화를 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우 제75조[세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우 (3) 부가가치세법 시행규칙 제18조[중간지급조건부 재화의 공급] 영 제28조 제3항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 2015.8.27. 쟁점상가(211호, 212호)를 분양받기로 하는 계약을 시행위탁자인 쟁점시행사, 수탁자인 주식회사 OOO, 시공사인 주식회사 OOO와 체결하였다.

(2) 쟁점상가 분양계약서(211호)의 주요 내용은 아래와 같다.

(3) 쟁점상가 분양계약과 관련한 주요 내용은 다음과 같다. (가) 분양면적 (나) 분양금액 (다) 분양금액 납부일정 (라) 분양금액 납부내역 (마) 건축비 납부에 대한 부가가치세 신고내역

(4) 쟁점시행사가 처분청에 제출한 사유서에는 ‘당초 쟁점상가의 공급계약서에 중도금 1차(20%)의 납부일자를 2016.1.25.로 계약서를 변경하고 세금계산서를 발급하여야 하나, 공급계약서의 내용을 변경하려면 쟁점시행사에서 독자적으로 수정할 수 없고, 신탁사, 시공사, 금융사 등의 동의를 받아 변경하여야 하는데 사실상 어려우므로 실제 1차 중도금의 공급시기는 쟁점매입세금계산서 발급일인 2016.1.25.이 맞음에도 불구하고, 부득이하게 공급계약서 상의 날짜를 수정하지 못하였다.’고 기재되어 있다.

(5) 주식회사 OOO이 발행한 금융거래확인서에 의하면, 쟁점상가의 1차 중도금을 2016.1.25., 2차 중도금을 2016.2.17. 대출실행한 것으로 나타난다.

(6) 청구인들이 쟁점상가의 1차 중도금 지급과 관련한 연체료를 납부한 내역은 나타나지 않는다.

(7) 처분청의 의견에 대한 청구인들의 항변내용은 다음과 같다. (가) 처분청은 동일시기에 계약한 다른 호실의 중도금 관련 세금계산서가 2015년 제2기에 정상 발급되었으므로 쟁점상가도 동일시기에 발급되는 것이 타당하다고 주장하나, 쟁점시행사는 지상4층 지하3층 건물의 상가 및 사무실을 분양하였으며 처분청 주장과 같이 동일시기에 다른 분양호실은 계약서 내용과 같이 동일하게 세금계산서를 교부하였으나, 쟁점상가는 쟁점시행사가 분양계약서상 1차 중도금 납부시기를 중도금대출이 가능한 시점으로 변경하기로 하였으나, 분양계약서의 내용을 변경하려면 쟁점시행사와 신탁사인 주식회사 OOO과 시공사인 주식회사 OOO, 금융사인 주식회사 OOO 등의 동의를 거쳐 변경하여야 하나 부득이 쟁점시행사가 변경계약서를 작성하지 못하였던 것으로 1차 중도금 지급일인 2016.1.25.을 공급시기로 쟁점매입세금계산서를 교부한 것은 정당하게 교부된 세금계산서이다. (나) 처분청에서는 중도금 연체료에 대한 부담을 시행사가 부담하여야 한다고 주장하나, 분양계약서 제6조(중도금 납부) 제2항 규정에 ‘을(청구인들)은 중도금 납입일에 직접 중도금을 납입하여야 하며, 미납시 청구인들이 당연히 연체료를 부담하여야 하는 것’으로 계약하였고, 청구인들은 연체료를 지급하지 않았기 때문에 1차 중도금 대출일인 2016.1.25.을 공급시기로 본 쟁점매입세금계산서 교부내용은 정당한 거래이며, 연체료를 시행사가 부담하여야 한다는 처분청의 주장은 분양계약서 내용을 잘못 판단한 것이다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점매입세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서라고 보아 매입세액을 불공제하였으나, 쟁점상가 분양계약서에 의하면 중도금 대출은 시행사가 주도하여 납부하고 대출이자 또한 시행사가 부담하는 조건인 것으로 나타나는 점, 1차 중도금 납부와 관련하여 청구인들이 연체료를 요구받거나 납부한 사실이 없는 점, 쟁점시행사는 분양계약서의 내용을 변경하려면 쟁점시행사가 독자적으로 수정할 수 없고, 신탁사, 시공사, 금융사 등의 동의를 받아 변경하여야 하는 등 현실적인 어려움이 있어 부득이하게 분양계약서 상의 날짜를 수정하지 못하였다고 처분청에 사실 확인한 점 등에 비추어 분양계약서상 1차 중도금 납부일자를 변경하지는 않았으나 청구인들과 쟁점시행사간에 사실상 합의에 의하여 당초 계약을 변경한 것이라는 청구주장은 타당해 보이므로 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.