추계소득금액 계산 시 “(수입금액 × 기준경비율)”에 대한 계산부분이 누락되어 “0원”으로 잘못 기재되어 “수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액”을 수입금액에서 추가로 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
추계소득금액 계산 시 “(수입금액 × 기준경비율)”에 대한 계산부분이 누락되어 “0원”으로 잘못 기재되어 “수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액”을 수입금액에서 추가로 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2017.4.7. 청구인에게 한 2009년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 다목에서 규정한 “수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액”을 수입금액에서 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]
(1) 소득세법 제64조(부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례) ① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 "부동산매매업"이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제4호ㆍ제8호ㆍ제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.
2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액
② 부동산매매업자에 대한 주택등 매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제80조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.
③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다. (2) 소득세법 시행령 제143조(추계결정 및 경정) ③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. (단서 생략)
1. 수입금액에서 다음 각 목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 기획재정부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2018년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.
4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(법인세법 제16조 제1항 제5호 의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.
② 제1항 제1호에 따라 제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
(1) 청구인이 취득하여 양도한 쟁점부동산의 내역은 아래와 같다. OOO
(2) 국세청 대내포털시스템에 나타나는 청구인의 사업내역은 아래와 같다. OOO
(3) 처분청은 쟁점부동산 양도와 관련하여 청구인을 부동산매매업자로 보고 소득금액을 추계결정하였는데, 이에 의한 종합소득세 결의서와 추계소득금액계산서 내용은 아래와 같다. OOO OOO
(4) 이 건 종합소득세 결정당시 기준 “2009년 귀속 경비율 및 배율 고시(국세청 고시 제2010-4호, 2010.3.29.)”에서 부동산 매매(토지보유 5년 미만)의 업종코드는 “OOO”이고, 그 기준경비율은 “6%”로 고시되어 있는데, 위 추계소득금액계산서에서 업종코드가 “OOO”로 입력되어 있는 경위에 대하여 우리 원에서 처분청 담당공무원에게 확인한 바, 전산시스템상 업종코드를 “OOO”로 착오 입력[청구인의 정상적인 업종코드는 “OOO(부동산 매매업/토지보유 5년 미만)]함에 따라 위 소득금액 계산식 중 “수입금액 × 기준경비율(2009년 귀속 OOO코드의 기준경비율은 6%)” 부분이 수입금액에서 차감되지 아니하였다고 답변하였다.
(5) 청구인은 쟁점부동산 매매과정에서 직원 판매수당 등으로 약 OOO원을 지출하였고, 쟁점부동산 중 OOO 토지 1,388㎡의 실질 양도가액이 OOO원이라고 주장하며, 2019.1.9. 우리 원에 쟁점부동산 취득일 및 양도일 전후 주식회사 OOO의 일계표, 위 토지의 매매계약서(2009.2.26.) 등을 제출하였다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 매매과정에서 임차료, 인건비 등으로 지급한 OOO원을 필요경비로 인정하여야 하고 쟁점부동산 중 OOO의 실제 양도가액이 OOO원이나 OOO원으로 잘못 신고하는 등 쟁점부동산 매매과정에서 매매차익이 발생되지 아니하였다고 주장하나, 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 대상으로 부동산매매업을 영위하면서 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없다고 보아 소득금액을 추계조사 결정하였는바, 청구인은 처분청 조사당시 청구주장을 증명할 만한 장부나 관련 증빙자료를 제출하지 못하였고, 이후 2019.1.9. 우리 원에 제출한 자료는 당시 청구인이 대표이사로 있었던 OOO 주식회사의 일계표와 종업원 급여지급 목록 등을 정리한 자료로서 이는 금융거래자료, 세금계산서 등과 같이 지출한 사실이 객관적으로 확인되는 자료라고 보기 어려워 보이므로 처분청이 쟁점부동산의 매매차익에 대한 소득금액을 추계조사하면서 매입비용만을 주요경비로 인정하고 임차료, 인건비를 배제하여 이 건 종합소득세를 결정한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다만, 처분청의 쟁점부동산 매매차익 추계소득금액계산서를 보면, 청구인은 기준경비율 적용대상자 및 간편장부대상자로 이에 대한 소득금액을 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 및 각 목의 규정에 따라 “수입금액 - 주요경비(매입비용 + 임차료 + 인건비) - (수입금액 × 기준경비율)”로 계산하여야 함에도 위 산식 중 “(수입금액 × 기준경비율)”에 대한 계산부분이 누락되어 “OOO원”으로 잘못 기재되어 있음을 알 수 있다. 따라서, 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 다목에서 규정한 “수입금액에 기준경비율(2009년 귀속 OOO 업종코드의 기준경비율은 6%)을 곱하여 계산한 금액”을 수입금액에서 추가로 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.